RNA id: TU97207


Basic Information

Item Value
RNA id TU97207
length 5658
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 2
gene id G77895
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 14513928 ~ 14519622 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ttctttgtaattttaattcccataatttaatttttaatgctgaccattttcacttaaaaataaagaaaaaatacagtacaatatattgaaaacgaacaaacaaacaaaaatgttctgtTAGTTTTAAGTCCAGTTACTAGCAGCATTATTTCATCTACAGAAGACAGGGGAACTGAAAGACAGCCCGGGTTGGAGAGACTTTATAGCAAAACAATTGCAGTAAAAGTACAACACAGAGCAAAATTAAACAACTGGGTAGGTCAAATATGCCCTATGATATAGTCACCAAAAAGCCACCATATTGATAagcaaaacattgaaaacatgcGTTAGAGCCAAAGGATTCAAGTTTGCAACCAAACCCTGACAGTAGTAACAGACTGAAGATACTGGCAGCTTTTATTCATATGGCTGAATCTGTTAACCGatacttttaattttactttatggTAGAAATCCCTCAGTGGAAACATACCAGTCCCTTATGACGGAGAGAGAGGCCCCCATTATTATAGATGAAGGGCATAACCATGGCATGAGAGTATGACATAGCTCTAGCTTGAACACTCTCTCATTTACACTCCTTTGACATCTTCATTTGATCTTTTCAGAGCCTCAAAGTCTTATGAATCCACAGCTCCCAGTTGAACAGTGTGGATACACTGGTGTATCACCAGGAGGAAGAGTTGCTCCTTGAAAGGGCTTTTTGTTCTTGTGGGGAAGAGACATTTTGTAATGGTTTTGTAcactaaataaacaattattgcCTTTTACTCTGTGCAATCTTGCACATGGATGAAATAATTTTACTGTTTACAATAGCTTgacatattaacatttattaagtTGCTTACAGTTGACTCAGGACACAAAGAGCACTCTGCAAAATACACGCCAAATGATCAAAttccaattaattaaactgtcaggaaaacaacaaacaaacatgttttaaaaggcaTACATAACTCCAACAAGTTGATTCGGTAAGACaataacacacagcacacaaaacTGGATTATTTTGACCAATCCAACACTTTCATGTTGTTTATCCGTAACAGttatattgtatattcaaaCCCTAGGAGTAGTCAAGCATAGCCAAACAGGGCAACAGTGGTAATGTGCAGACCTACAGAAAACACATCTTTGAGCCCAAGTGTAAGCCATTGGTGCACTCACCTGCAcacaatgtgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatttgtggttTCGATCATTTTTCCAACTGGACAGCTcttaatttaaaagtgaaagttGTAGCTCTCGCTACGGTGAGTgggaaacaaaattacaaagccttttatatagaataaaaataaataaataaaccattggaAAAGTTGAACTCAAATCTGTCAAAAACCATCATCAGCTGGGACAGAAAATCATGCTCTTTCAAAACACTCAGGAATCTGAAAATACATGATATGGGAAACTTCCACATTGTTTCTGAACGTTGTTCTGTACTGAGCCCTGGAGGTAATTTAATCAaccaaaaatgttaaaaaggttAACTAAGATatggtataaaaatatattcagatgGTACtctttttatgtatgtgtatttattcatttatttaatctcaacCATTAACGTAATGCAATGCTCAACCATGTAGTGCTGGcttattcatataaaaaaagaaaaaaaaaaaaaaaaagaatgccaCTActcaaaattttaaaataatgttttactcTTTCTAGACACttctggttatttatttatttattcataaatttacaatattttctctCATTGGTATCATTAGTCTGCTGTTCTGCTGTTATGCTATTACACAATAAATATCAATCTACTGTATCTacacaatataaagaaaaaaaaaatctgcttgaAAAGGCAGTGTGCACTATAGATTTGTTCACGTGAAAAAACTTGCCATAAAAAACAGTGACACAGCACATTGTGTAGATGTAGAAAGTGTAAGCTATGACACTGGCTAAAAACTCACAAGCATTAAATAATTTCTTCCAATATGTAATATAACGCAGCCCTGCGCAAACCCCTTTTACCCAAGCTGAAATAAATTCAGAGATCATATTGATTATCACTGGGCCTTTTTGACCCCAGTCATGAAGAACAGACACATTGAAAACACTCAGTTTTATACAACCACGTCTGAAGAGAAGCATTACTATATCTTACGAAAtaacatgcaaacaaatcaaACGGTATGAACTCTTGTATCGTGGGACACAGGACTGACATTATTAGAACTTTCAATGTCCAAACCTGCCCTTAGTGTGTTCACACAGACCTTGTGACACTacacatttgactttttaaggCCAATGCACACTACATCCATGTCTTAAACCATATTTAGTATATTACTCTTTCTTACAAATTCACATACATCCTTCACACACAGTACAACAATGTTTAGCACCTTACAACACTTTTATTCAAACTGAGGGCAGACAACCAAACGACTTAAGACATCATACAAGCTTGGAAAAATATCTTAAAGTTCCTATACATAAACAactaaattgcattaaaaaacgTATGTCTACTGGTTTCAGAACAAGAACTTCAATGCTTGAATACATTGCTACTGGGCAATAGGCTACACTAACTaacattctttattttatttttttgggcaAAGTTTTCTACAAGATTTGCCATTGCTATATCACTGCAAAAGCTACACATAGGTGACATACAAAAGCAGACACTGTTCTTCTGTGTGTAGTATGATACACGTGCATAGCATGTAGGGAATGGATTGAGTGTGCATTGACCTTTACACTGAGTGAATCTTAGTTGTATAagtaatggaaattaaatggcAAATCCTGTTCTGTGTGTCTAGTTACTTCATCAACACGTTAACTCAAATACACAACAAAGGGAAATATTTACACAGGGTTAAAACATTATACTTCAGTGAAAGTGGGAAAAAATTATATCAAATGAACCCCATTGCTTTGCTAAATATTGTGATACTTTACAGATAATCACTAATCTCTGTACTATTGTACCAAGACTGACAGACTCTTTGGGGTATGTTATTCTTCTTTAAATCTGGGAACTCAGAGGAATAACCAGTGTccacaaaaagtaaaacaaacaagttaCTTTTAATGGATCTCaatttttgTATTCCTCTGGATCTTTGGTAAATTGGATTCTTCTCAAAAAATGGGCCATGAGAAATACACTCTGGGCCATTTCAAGATGATTCAACAGCAGAGAAAGCCTGGATTTTAAATGCCATCACTTGCAATCTACAACAAACCCAGGACATAGTTGTTCAGAGCTAAAGTATCcatatttcaatattgaaatgtaCCTGCTTAGCAGATAAGAGAAGTGAAAACTGAGATCAGTCAAATTAACTGATAACCTAATTACTGGAGGAGGTCTAcattaaatgtgctttaaaatagtTTACAGATCTTCCTCCTTCCACCTTCAACAATggcctctttctttctttaattcatTATATCAGGTATATAACTCAAtaaaagcataataacaatttaaGAGAAACATTTCTGCTTCAGCAATACTCGGTTTTATTAGATGGATATTAGGTTATGCAATTCCATGCCTATTccaaatacagtaaacaaaacaatataataatttctaatttagtggatcaaatatttattcatgttctgTGACAATGGAATAAGTCCAATCCCGTGTGAAATGTATGGAGCTTATTACTAACACAAGTCTCTTTGTAATACTGAAGAATGTGAGCCATACCATGGAGGTTTATTTCTACAGTAAGCAccctttgcattttttttttttaacttaatgaTGTTTTCTTTGATGTTAAAAGTATAATATCCAAATAGTTTCCTAGTTGCACTCTGACTCTGATGTAAGAATGCAAGTTTCCATGTTAGAAATGTGATGTTTCTCCTTAGTTCGCTCAGTGGTTTGCGTGGGCAGAGTTTGGTACAACTCTAATTGGCACAGTCATCTTCTAACCGTTGAATCATCGTGCAATGAGACCTccggtaaaaaaataaacttggtAAGAAAGTATTTACAGtagaaattacattatattacattattaaaaatatgtaatccaTCTCAAATCTTACAGGAACcttgtttaataattttttttaaatcatctttgtttatggtaatttgaaacaaatacagtactATGTATCCACAACCCCCTTCCCTCCCCCTCcaaacaattaaaactaaaaatgtcaGTGTGGGTGAATGAGTACCTCGCTGAAGACCATGTCACTAGGACATGCTGTGTTTGCTTAACcacactttttgtttcttaaagcaagcttcatttaaaaaaaacaaaaaacaaaaaaaaactactcaaatgatacaatatttacatattctgTTTACAAGTTTACTACactggaggaagaaaaaaaaaaaggctactTAATAATAACCACCAAGATTCAGGTAGTGTAACATTATTCTATATGTATAGATAtgtttttactatatatatctatatatctgtatatatttatgtctaaTTCTGCAAAGTCAATACCTATTTGTGAGTAATTAACCTTTCTTAGCTTTGAGCTGAATTTGTCtccatttatttcctgtttttaataaacactttaaaaatccCTGAGGGAAAATCACATGGCTCTGTGTTAAGCATATTCAGGCCACAGCACCTATTTAGAGTAAATGCTTATTATTGCTAGctttaaaagggaaaataaaagtttgataTATGTATCTTGGAAGAGATGTCAGATTCCAAAACATGTCGTATTCCCATTGATCTGTTACCTACACACATaaaccaaatgaaaatacattaaacataaaaacaggcAAACTGAAGTTGAACTGGTTGCTAATAGAACATTagaacatttcactttttttttttaattgcacaaaatATGTAGGATTTGTTATGCTTACTTTAATCCCTACACAAACACTGGCAAATAGCAATTTAGTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU97208 lncRNA downstream 1982 14505438 ~ 14511946 (-) True G77896
TU97191 lncRNA downstream 67787 14445351 ~ 14446141 (-) True G77887
TU97190 lncRNA downstream 71667 14441616 ~ 14442261 (-) False G77887
TU97181 lncRNA downstream 106108 14407618 ~ 14407820 (-) True G77878
TU97148 lncRNA downstream 342346 14171311 ~ 14171582 (-) True G77852
TU97301 lncRNA upstream 439438 14959060 ~ 14961505 (-) True G77975
TU97316 lncRNA upstream 519938 15039560 ~ 15074454 (-) True G77988
TU97320 lncRNA upstream 557968 15077590 ~ 15077845 (-) True G77992
TU97345 lncRNA upstream 663490 15183112 ~ 15183394 (-) True G78014
TU97440 lncRNA upstream 1112026 15631648 ~ 15633208 (-) True G78097
AMCG00010092 mRNA downstream 234001 14260739 ~ 14279927 (-) True AMCG00010092
AMCG00010090 mRNA downstream 801557 13703397 ~ 13712371 (-) True AMCG00010090
AMCG00010091 mRNA downstream 838262 13643088 ~ 13675666 (-) True AMCG00010091
AMCG00010088 mRNA downstream 878528 13578716 ~ 13635400 (-) True AMCG00010088
AMCG00010082 mRNA downstream 1043673 13347713 ~ 13470255 (-) True AMCG00010082
AMCG00010097 mRNA upstream 20281 14539903 ~ 14546114 (-) True AMCG00010097
AMCG00010100 mRNA upstream 289384 14809006 ~ 14829310 (-) True AMCG00010100
AMCG00010104 mRNA upstream 368842 14888464 ~ 14896353 (-) True AMCG00010104
AMCG00010103 mRNA upstream 406386 14926008 ~ 14927943 (-) True AMCG00010103
AMCG00010105 mRNA upstream 423932 14943554 ~ 14948207 (-) True AMCG00010105
TU96773 other downstream 2784763 11728503 ~ 11729165 (-) True G77544
TU95829 other downstream 7451107 7057805 ~ 7062821 (-) True G76762
TU95819 other downstream 7576860 6936718 ~ 6937068 (-) True G76752
TU95738 other downstream 7845094 6666606 ~ 6668834 (-) False G76684
TU95471 other downstream 8612944 5894675 ~ 5900984 (-) True G76463
TU98065 other upstream 3321370 17840992 ~ 17844389 (-) False AMCG00010188
TU98067 other upstream 3333245 17852867 ~ 17855730 (-) False AMCG00010190
TU98072 other upstream 3425613 17945235 ~ 17945761 (-) True G78610
TU98705 other upstream 6411549 20931171 ~ 20941393 (-) True G79147
TU98765 other upstream 6556319 21075941 ~ 21081825 (-) False AMCG00010247

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00071354 False 7816 mRNA 0.39 11 NC_007119.7 29770098 ~ 29851706 (-)
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) TU1163022 True 2428 lncRNA 0.42 2 NC_048575.1 80287152 ~ 80289599 (+)