RNA id: TCONS_00072801


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00072801
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.53
exon number 1
gene id XLOC_036980
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 10343864 ~ 10343980 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tgccacagccatatcaccctgcagccaaaGGCTGGTTACTctctaaagctaagcagggctgagcctggtcagtatctggatgggagaccacatggggaaactaggttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000187536

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075071 lncRNA upstream 186317 10155978 ~ 10157547 (+) True XLOC_036979
TCONS_00072798 lncRNA upstream 408798 9934310 ~ 9935066 (+) True XLOC_036977
TCONS_00075070 lncRNA upstream 446907 9893106 ~ 9896957 (+) True XLOC_036976
TCONS_00075069 lncRNA upstream 1378734 8930004 ~ 8965130 (+) False XLOC_036967
TCONS_00072777 lncRNA upstream 1378734 8942258 ~ 8965130 (+) False XLOC_036967
TCONS_00074886 lncRNA downstream 218658 10562638 ~ 10564946 (+) True XLOC_036982
TCONS_00075072 lncRNA downstream 393106 10737086 ~ 10760113 (+) True XLOC_036985
TCONS_00072807 lncRNA downstream 592793 10936773 ~ 10938469 (+) True XLOC_036987
TCONS_00075073 lncRNA downstream 2117639 12461619 ~ 12469043 (+) True XLOC_036995
TCONS_00072832 lncRNA downstream 2599299 12943279 ~ 12943755 (+) False XLOC_037000
TCONS_00072799 mRNA upstream 300005 10014514 ~ 10043859 (+) False XLOC_036978
TCONS_00072800 mRNA upstream 300005 10014817 ~ 10043859 (+) True XLOC_036978
TCONS_00072796 mRNA upstream 393377 9927516 ~ 9950487 (+) False XLOC_036977
TCONS_00072797 mRNA upstream 396410 9927624 ~ 9947454 (+) False XLOC_036977
TCONS_00072795 mRNA upstream 477333 9858935 ~ 9866531 (+) True XLOC_036975
TCONS_00072802 mRNA downstream 213164 10557144 ~ 11283197 (+) True XLOC_036981
TCONS_00072803 mRNA downstream 348925 10692905 ~ 10694930 (+) True XLOC_036983
TCONS_00072804 mRNA downstream 355058 10699038 ~ 10759513 (+) True XLOC_036984
TCONS_00072806 mRNA downstream 426900 10770880 ~ 10780660 (+) False XLOC_036986
TCONS_00072805 mRNA downstream 426900 10770880 ~ 10780660 (+) True XLOC_036986
TCONS_00072788 other upstream 951633 9371502 ~ 9392231 (+) True XLOC_036971
TCONS_00072789 other upstream 965886 9377863 ~ 9377978 (+) True XLOC_036972
TCONS_00072785 other upstream 1224617 9118553 ~ 9119247 (+) True XLOC_036969
TCONS_00072784 other upstream 1225564 9116996 ~ 9118300 (+) False XLOC_036969
TCONS_00072781 other upstream 1371932 8968965 ~ 8971932 (+) True XLOC_036968
TCONS_00072815 other downstream 1103797 11447777 ~ 11447909 (+) True XLOC_036991
TCONS_00072820 other downstream 2100539 12444519 ~ 12454758 (+) False XLOC_036994
TCONS_00072821 other downstream 2100544 12444524 ~ 12454943 (+) True XLOC_036994
TCONS_00072822 other downstream 2484025 12828005 ~ 12828120 (+) True XLOC_036996
TCONS_00072843 other downstream 2894837 13238817 ~ 13246526 (+) True XLOC_037003