RNA id: TCONS_00072807


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00072807
length 472
lncRNA type intronic
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_036987
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 10936773 ~ 10938469 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACTCGGCACTCTCTCTCACACTGCCGATCACAACACACAATacatgacaggactagtgtctggactggACCACTAAagcaagaattaacaagaccagagtggcagaatccTAAACACGGCTGGGTCAAGGGCTGTGGGTGTCAGGCTGAATTAATAGGGAATGTGGAGGAGAGTGACGCTGAGGTGATCTCTGTGATGACGACGCCTTATTGCTTTCCATGAACACTGCGGCTTCATGCATATTTATGAGTGGAAATATCGGTTTAACAACAGCCCTGTCTGCACACACCTTATTCCAGGACTAATGCTTGTTTCTGTGCGCCGCCAGTATCCTGACAATGAGCTTTATACCCTTTCTATTAACTCTAAATGAAAGCTGGGAGAAATGGCGTTGGCTTTGTGACCCAGCCacagcaaaagcaaaaaaaaaaatgaaataaaaactcaACACAATAATACCTGTTTGTATAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075072 lncRNA upstream 176660 10737086 ~ 10760113 (+) True XLOC_036985
TCONS_00074886 lncRNA upstream 371827 10562638 ~ 10564946 (+) True XLOC_036982
TCONS_00075071 lncRNA upstream 779226 10155978 ~ 10157547 (+) True XLOC_036979
TCONS_00072798 lncRNA upstream 1001707 9934310 ~ 9935066 (+) True XLOC_036977
TCONS_00075070 lncRNA upstream 1039816 9893106 ~ 9896957 (+) True XLOC_036976
TCONS_00075073 lncRNA downstream 1523150 12461619 ~ 12469043 (+) True XLOC_036995
TCONS_00072832 lncRNA downstream 2004810 12943279 ~ 12943755 (+) False XLOC_037000
TCONS_00072835 lncRNA downstream 2138383 13076852 ~ 13089863 (+) True XLOC_037001
TCONS_00072841 lncRNA downstream 2295106 13233575 ~ 13234144 (+) False XLOC_037003
TCONS_00072842 lncRNA downstream 2296551 13235020 ~ 13239029 (+) False XLOC_037003
TCONS_00072806 mRNA upstream 156113 10770880 ~ 10780660 (+) False XLOC_036986
TCONS_00072805 mRNA upstream 156113 10770880 ~ 10780660 (+) True XLOC_036986
TCONS_00072804 mRNA upstream 177260 10699038 ~ 10759513 (+) True XLOC_036984
TCONS_00072803 mRNA upstream 241843 10692905 ~ 10694930 (+) True XLOC_036983
TCONS_00072799 mRNA upstream 892914 10014514 ~ 10043859 (+) False XLOC_036978
TCONS_00072808 mRNA downstream 95845 11034314 ~ 11229565 (+) False XLOC_036988
TCONS_00072809 mRNA downstream 96498 11034967 ~ 11035779 (+) False XLOC_036988
TCONS_00072810 mRNA downstream 264083 11202552 ~ 11228363 (+) True XLOC_036988
TCONS_00072811 mRNA downstream 343500 11281969 ~ 11341315 (+) False XLOC_036989
TCONS_00072812 mRNA downstream 355361 11293830 ~ 11341315 (+) True XLOC_036989
TCONS_00072801 other upstream 592793 10343864 ~ 10343980 (+) True XLOC_036980
TCONS_00072788 other upstream 1544542 9371502 ~ 9392231 (+) True XLOC_036971
TCONS_00072789 other upstream 1558795 9377863 ~ 9377978 (+) True XLOC_036972
TCONS_00072785 other upstream 1817526 9118553 ~ 9119247 (+) True XLOC_036969
TCONS_00072784 other upstream 1818473 9116996 ~ 9118300 (+) False XLOC_036969
TCONS_00072815 other downstream 509308 11447777 ~ 11447909 (+) True XLOC_036991
TCONS_00072820 other downstream 1506050 12444519 ~ 12454758 (+) False XLOC_036994
TCONS_00072821 other downstream 1506055 12444524 ~ 12454943 (+) True XLOC_036994
TCONS_00072822 other downstream 1889536 12828005 ~ 12828120 (+) True XLOC_036996
TCONS_00072843 other downstream 2300348 13238817 ~ 13246526 (+) True XLOC_037003