XLOC_012726 (nlrc5)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_012726
gene name nlrc5
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 17624295 ~ 17657802 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00025411
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Function

symbol description
nlrc5 Predicted to be involved in intracellular signal transduction; negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway; and positive regulation of macromolecule biosynthetic process. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human NLRC5 (NLR family CARD domain containing 5).

GO:

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GO:0060339 negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway biological_process
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GO:0000166 nucleotide binding molecular_function

KEGG:

id description
ko04054 Pattern recognition receptors

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-080429-2 Predicted to be involved in intracellular signal transduction; negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway; and positive regulation of macromolecule biosynthetic process. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human NLRC5 (NLR family CARD domain containing 5).

Ensembl:

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RNA

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TCONS_00025412 True 6341 mRNA 0.43 43 17624296 17657802

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_012728 BX470170.1 coding downstream 17538 17675340 ~ 17675455 (+)
XLOC_012729 rspry1 coding downstream 67608 17725410 ~ 17751843 (+)
XLOC_012730 si:ch211-216l23.2 coding downstream 96708 17754510 ~ 17775588 (+)
XLOC_012731 ZNF423 coding downstream 128746 17786548 ~ 17997474 (+)
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XLOC_012714 BX950194.1 non-coding upstream 550274 17072075 ~ 17074021 (+)
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XLOC_012711 CR925798.1 non-coding upstream 641229 16978628 ~ 16983066 (+)
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XLOC_012735 BX649612.2 non-coding downstream 593697 18251499 ~ 18251615 (+)
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Expression


Co-expression Network