XLOC_017524


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_017524
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007131.7
NCBI id CM002904.2
chromosome length 55201332
location 38128054 ~ 38138423 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00036641
AATCCGATCAACActtgttaaataattattaatttaacaacatatgcTCAACTTTTCTCAAATGGAAACTAATTAAAACACCACAGAATTTGCAAGATTTTGAAACAGATGTTGCTCAAACACgaaattaaatacacaaatcatGACTTATTCAGGTGCAAAGACACAAAGCTTTATTTCCAAGATGATGATGCaaagtaaaaataatagtttagtgCAAATTTTTAAAGAGAGCATCTAACAAAGCACTGTTCATTTTAGCTAGAAATAAATACCGTGTGTGATTTGCTATCGCAGAccaatataattaaaaaacagcCTTTGCCTTTTCTAATGCAGTTAAATCATCTATCAATTTCTGTTCAAGATAAGTTAAATTTCTAAATTCTAGGCTTTTAATTTCATCTAAATTTTTCCTTGATATTTCATATCCACAGCTTCTGGTCTAGAGAGCCAAGCTGGATATCAAATATTGATCAAGAACCAGCAGATATGAGCAGCTTTTCTCTCCATAAGCAAAGAAGCAGGCAGTGGTTTGAGTGAGAATATACCACAGGAAATTTTTTCTTTGCTAGTCTCAAGCCTGTGTTCTGTGGCCAGGGGAAAGATTAGCCTTCTCCTATGATTATGATGTACTTGTCATTGCTGAGTTGTGTTTCCCTGTTTCTCCACATCCTCCATGCCAATCTGCCAAAGAGAAACATTTCAAGTCTTTAATTGATCTATATATCTTTCTTTGAAAGTTAACTCCATTGTTTAATCTGTTCAAGAAGTTCAACCTCCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAGGCATATCTCCACTCTTGTGATTCTCCGTCTTCTGCCTTTTGTGGTTCCACTGTCTGTAAGAAAAAACCTTCCACAGACACCTATCTAActatctatgcccaccaccacccccttccacttGGAAGGTCGTCTATTtaaacattcatccatccatccaggaaATATCTAACCTAACCATCAGTTTCCAggcattgctgaggtgtgtgatttccttgtttctccacatgctccaCTCCAACCTGCAAAAAGGCAAAGAcaagactaacagagctctacagtATGTATTTGCTAAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACTGATCCTCTTGTAATTCTCCTTTTTATGCCTGTTGTGTGTTCATTACCTTTTACAGACAAGAagtctatctaactatctatgcccaccaccacccccttccttttggaaggacatctatcaTGTATAGGCAATACCAGACCATCAGTTTCCTGTCATTGTTGACGTGTATGATTCCCTCGTTTCTCCACTTCAATCTGTAAAAGGTAAATAGTGCATCAATAGTTTAAATTACTTTATGAAGTTATTTGATTCAACTTACACATTTAGGGATGTACCTCATTATGTACTTGTCATTGCTGAAGTGTTTCCCAgtttctccacatgctccatgacaatctgccaaagagaaagataCCAAGTCTTTAAATAATCTTAATAACTTAAGTTAACCCCATTGTTCAATCTGTTCAAACAGTTCTACCTGGTTACTGATTTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACCAATCCTGTTGTGAATCTCCCTCTCCTTGCTGTTGTATGTCCATTATCTGAAAAAGAAATCCCTGCCACAGACAATACATTCATCTATCGACCCATCctttcatccatacatccattcagtTGTCAATCATTGCTGAAGTGTGATTCCTGTATTTCTCCATACAGTTCACTCCAATCTGCAAAAGACGAGAGAATTGAGATCAAGTCTTAAattataataacttaataataacttTCTTTGGAAGTTAACTCCATTGTTCAATCTGTTCAAACAGTTCTACCTGCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACTGTTCTCATTATGAGttttcctcttcttcctcttttATTCCATTGGCTGAAAAAAAACACCTTCCACCGACAGGACATTTAAATAActatctatgcccaccaccacccccttcctcttggaaggacatctatcaTATATTGGTAATACAACACAATCAGGTTCCTGTCTTTGCTGAGGGTTGTGAATCCCTTATTTCTCCACTCCaatctgtaaaagacaaagacagaatCAATGAAGCTCTGCTTACTTGTTCATTACATGCAAACATATCTGTTACGGacaatctatctgtctgtctgtaagaAAATACCCTATCTTCACTTACTctgtaaaaattgttttaaagttaATTTCATTCCCGTTACAGATTTAAGGTAGTACCTCGTTTATATTGATGTACTTGTCATTGCTGTGGAGTGTTTCTCTGTTTCTGCATGCcaatctgccaaagagaaagatatcaagtGTTTAATTAATCGTAATAACTTACCTTGGAAGTTAACTCCATTTCTAAATTTGTTCAAGaagttcaaactacttactgGGCTACAGCTCTACAAGCATATCTCCACGGAGAAACTCATGATTCTCTttcttctgtctgttgtgtgtccattacctgaaaaagaaacccCTGCCACAGACaacccatccttccatccatacatccatgcaGTTTTCAATCGTTGCTGAAGTGTGATTCCTGTATTTCTCCATACAGTTCACTCCAATCTGCAAAAGACGAGAGAATTGAGATCAAGTCTTAAattataataacttaataataacttTCTTTGGAAGTTAACTCCATTGTTCAATCTGTTCAAACAGTTCTACCTGCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACTGTTCTCATTATGAGttttcctcttcttcctcttttTTCCATTGGCTGAAAGAAACACCTTCCACCGACAGGACACTTAAATAActatctatgcccaccaccacccccttcctcttggaaggacatctatcaTATATCGGTAATACCAGACAATCAGGTTCCTGTCTTTGCTGAGGTTTGTGAATCCCTTATTTCTCCACTCCAATCTGTATAAGACAAAGACAGAATTAATGAAGCTCTGCTTACTTGTTCATTACATGCAAACATATCTGTTAAGgacaatctatctatctgtctagctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtaggaAGTAGGCTGTTTTCACTTACTCtgtaaaaattatgttttaaagttAATTTCATTCACGTTACAGATTTAAGGTAGTAGCTCATTTATAATGATGTACTTGTCATTGCTGATGTGTTTCTCTGTTTCTGCATGCcaatctgccaaagagaaagatattAAGTGTTTAATTAATCCTAATAATTTACTTTGGAAGTTAACTCCATTCTTAAATTTGTTCAAGAAGTTCAAACTCCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACAGAGAAACTCATGATTCTCTttcttctgtctgttgtgtgtccattacctgCAAATAAAATAACTGACACAGAAAAGAGATCTATCTAGTCTATTTCCACCACTACCTTCCTCTTGGAAGAACATCCTTCTATCTAATTTCATTCAACTTACAAATTTAAGGTAGTAGCTCATTTATAATGATGTACTTGTCATTGCTGAAGTGTGTTTCTCTGTTTCTGCATGCcaatctgccaaagagaaagGTATGAAGTGTTTAAATAATCCTAATAACTTTTTTTGGAAGTTAACTCCATTGTTCAATCTGTTCAAACAGTTCTGCCTGCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCGTTGATCCTGTTGTGATTCAACCTCTTCTCCTTGTTGTATGTCCATTACCTGAAAGAGAAACCCCTGCCACAGACAAGACATCCAGCCATTCATACATCcacccaccaccacccccttcatcttggaaggacatctatcaTCCATCAATAATACTAGATCATCTGTTTTCTATCATTGTTGAGGTGTGTGAATCCCTTATTCCTTCACTCCAATCTGTAAAAGAGAAAGTGTGAGCATCAATAGAGCTCTACCTATTTGTTCATTACCTGCCAAGAAAATGCTTGCTAAGTACAAGATATCTATATGAAGAGAATACATGACCATCACTTACtctgtaaaaataatacaatgttttaacttactttaacttattactttactttaagttaaacatgtcatttaaaatgctttataaaGTTCATATGATTTAACTTACACATTTAAGGATGTACCTCATTTATTATGATGTACTTGTCATTGCTGAAGTGTTTCCCAgtttctccacatgctccatgACAATCTGCCAAAGAGAAATATATCAAGTCTTTAATTAGTCTTAATAACTTAAGTTAACTCTATTGTTAAATCTGTTCAAGAAGTTCAAACTCCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACAGAGAAACTCTTGTGATTCTccttcttctgtctgttgtgtgtccattacctgCAAATAAAATAACTGACACAGAAAAGAGATCTATCTAGTCTATTTCCACCACTACCTTACTCTTGGAATAATATCCTTGTATCTAATTTCATTCAACTTACAAATTTAAGGTAGTAGCTTATTTATAATGATGTACTTGTCATTGCTGTGGAGTGTTTCTCTGTTTCTGCACGCCAATCTACCAATGAGAAAGATATCAAGTGTTTAATTAATCCTAATAACTTTCCTTGGAAGTTAACTCCACTGCTCAATCTGTTCAAACAGTTCTACCTGGTTACTAAGTTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACCAATCCTGTTGTGAATCTCCCTCTCCTTGCTGTTGTCTccatcagggcttgacattaactgttTTGatcactagccactgtggctggtagttttccaacattactagccacttgccattttcactagcccaacttttgttgtttggaaaatatattttatatgaataaatgtcactttgacatgctaaaatcacttgatttag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>TCONS_00036642
GAAGTTAACTCCATTTCTAAATTTGTTCAAGaagttcaaactacttactgGGCTACAGCTCTACAAGCATATCTCCACGGAGAAACTCATGATTCTCTttcttctgtctgttgtgtgtccattacctgaaaaagaaacccCTGCCACAGACaacccatccttccatccatacatccatgcaGTTTTCAATCGTTGCTGAAGTGTGATTCCTGTATTTCTCCATACAGTTCACTCCAATCTGCAAAAGACGAGAGAATTGAGATCAAGTCTTAAattataataacttaataataacttTCTTTGGAAGTTAACTCCATTGTTCAATCTGTTCAAACAGTTCTACCTGCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACTGTTCTCATTATGAGttttcctcttcttcctcttttTTCCATTGGCTGAAAGAAACACCTTCCACCGACAGGACACTTAAATAActatctatgcccaccaccacccccttcctcttggaaggacatctatcaTATATCGGTAATACCAGACAATCAGGTTCCTGTCTTTGCTGAGGGTTGTGAATCCCTTATTTCTCCACTCCaatctgtaaaagacaaagacagaatCAATGAAGCTCTGCTTACTTGTCCATTACCTGCAAACATATCTGTTAAggactgtctatctatctatctagctgtctgtctgtctgtctgtccgtccgtccgtccgtccgtccgtccgtccgtccgtctgtcttaAGGAAATACCCTATCTTCACTTACTCTGTAAAAATTAAAACTCTGTTTTAAAGTTAATTTCATTCACGTTAAAGATTTAAGGTAGTGACTCATTTATAATGATGTACTTGTCATTGCTGAAGTGTGTTTCTCTGTTTCTGCATGCcaatctgccaaagagaaagatatcaagtGTTTAATTAATACTAAT
>TCONS_00036406
ATGAAGTGTTTAAATAATCCTAATAACTTTTTTTGGAAGTTAACTCCATTGTTCAATCTGTTCAAACAGTTCTGCCTGCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCGTTGATCCTGTTGTGATTCAACCTCTTCTCCTTGTTGTATGTCCATTACCTGAAAGAGAAACCCCTGCCACAGACAAGACATCCAGCCATTCATACATCcacccaccaccacccccttcatcttggaaggacatctatcaTCCATCAATAATACTAGATCATCTGTTTTCTATCATTGTTGAGTTCTACCTGCTTACTGAGCTCCAGCTCTTCAAGCATATCTCCACTGTTCTCATTATGAGttttcctcttcttcctcttttGTTACATTTGCTGAAAAAAACACCTTCCACCGACAGGACATTTAAATAActatctatgcccaccaccacccccttcctcttggaaggacatcta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00036641 False 8374 lncRNA 0.37 2 38128054 38138423
TCONS_00036642 False 934 lncRNA 0.39 2 38130452 38138423
TCONS_00036406 True 468 lncRNA 0.41 2 38131736 38136741

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_017523 galnt14 coding upstream 8164 38031439 ~ 38119890 (+)
XLOC_017522 vash2 coding upstream 211532 37866171 ~ 37916522 (+)
XLOC_017521 flvcr1 coding upstream 265519 37844035 ~ 37862535 (+)
XLOC_017520 NA coding upstream 286048 37836126 ~ 37842006 (+)
XLOC_017519 tatdn3 coding upstream 300671 37820990 ~ 37827383 (+)
XLOC_017525 ehd3 coding downstream 63221 38201644 ~ 38241859 (+)
XLOC_017526 ccl38.6 coding downstream 119343 38257766 ~ 38291952 (+)
XLOC_017527 ccl38a.5 coding downstream 141100 38279523 ~ 38280392 (+)
XLOC_017528 ccl38a.4 coding downstream 147248 38285671 ~ 38286553 (+)
XLOC_017529 stum coding downstream 184021 38322444 ~ 38359333 (+)
XLOC_017515 NA non-coding upstream 522929 37495088 ~ 37605125 (+)
XLOC_017511 BX855623.1 non-coding upstream 847272 37256654 ~ 37280782 (+)
XLOC_017510 NA non-coding upstream 920681 36925790 ~ 37207373 (+)
XLOC_017509 NA non-coding upstream 1217103 36860737 ~ 36910951 (+)
XLOC_017530 NA non-coding downstream 235249 38373672 ~ 38447247 (+)
XLOC_017534 NA non-coding downstream 452085 38590508 ~ 38598879 (+)
XLOC_017538 BX511178.1 non-coding downstream 636549 38774972 ~ 38775087 (+)
XLOC_017541 NA non-coding downstream 909636 39048059 ~ 39195117 (+)
XLOC_017544 AL845306.1 non-coding downstream 1193546 39331969 ~ 39332092 (+)

Expression


Co-expression Network