XLOC_003887


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003887
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 6316654 ~ 6324557 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008750
cctgaacaagctaatcaaggtcggtatacttgaaacacccaggcaggtgtggtGAAGCatgttgaagctaaaccctgcagggacaccggccctcctgcaCAGAGATTGGTTACCCCTGCacaatacctacacacagttctgtccaaaccgcttacaaaagttgattttcatcgtagatgccctttaaatgtaatttagaaTAGATCCTCCTAaccccaaccaaaaaaaaaactcaggaaAGATTTGACACATTCTAGAGAGAACAGACAAAACAGAGGAGACTTTATGAAATGACAGTCAAAGGTGGTACAGGTTTCCAACTGGAAGAATAATGTGACTTAAAAGCAGCatcatgtttttatatatactgtGATATCAGCAGAAATGAATAGGTGGGCTAAACAAGCTGCAAATGAACAGGAAAAGAGAAACGAGAGATTACTTGAATGCCTTAAAAATTGGATGAAAAGAAGACAAGATTATTTGCATATTTCAGGTTAAGGTTTTATAATGGTACAAGTTGTTTAATGGAAAACAGAAATGTCTATAACAGACCAAATATATATCCACAATTGACCTTTATCACACGTTTGGAATTTGTGGCCAACAAATGACATATTCCAGTGAAATCAGCAGATGTTTAGTCCAATAGCAGCCTAGCCCTTCAAAATGAACGCTAAACACTTCCACCAGAGTCAAATTGTAGATTTAAACCACAAGACCAGTGCAGTGGAGTTATTCAGGGCCAGAAATAGCACTGGCTAGTTCACAGTCTCTCTGAGATCTACACAAACGACCCAAaaggggggggtggggggtggggggtatgCGTTTCTTATAGTACATCTGCTGCAACACAGTGAATGTAAACATTTACAGACATTTACAGCAATCCACTCGCATGAGCGAACATCTGTTTTGTAAACCTTTAGCCCTGCTTTCATATTGAcgggaaatgtctacagtaactATATGGAAACACGAACATTCTGAAGCCGAGCACCAGAAGGACGTgataaaagaaacacaaacacaaaacacaacaattAAGTGCCATAGTTGGTAAAAACACTAAAGCTCAACGTCTGCACACGTGACGAAAACAAATAATTGCTTTTAAACTAGCTAATGCTGTTACGAAGGATATATTTAGCATCTTGACCAACAAATCTACACATCTCTCTTCTTAGTTTTAGTAACATTTGAATTCaaaataaagaatatttaaaGATTATCTTACTATGAAACTAATAAATCGTGTTTAGACCTAAACGGTGCTTATTTGACCTCTTTTTACAAATGATCAGACAGACTTATTATAGCGTGCGTGTGGACAGAAACAGTCAGACAGTGCACCACACATTGTTCTTTGTTCACATCTGGTGAATAATGCTACATGAGTACCTGTCACTGGCAGTATTTTGAGAATATTCAGCAGCAGAGTGGGAAAAGCCCTTCTTTGACTTGATTGTGCGGGAGTCACAGTCAGCTTTGTGTACGTTGGCCGGCAGTAATGAACCGCATGAGTGATGTCTGACTCACACTAGCTCACAACATGCGTTCCATGACTGAAGATAAACTGGGTTTTGTTCcttcttaaaaaacaaacatataaaaaatatgtgaGATGTATAAAAGGGCAATTCTCATTAAAAAAACGTCTAGGTCATATTTCACCCCATAATTATTATGCATTGAAATAACTGTAATACAAATATAATCAATTCAGCACTTTAAAAAGcaattagctaaaataaaaagtgtaaaaatgtgttGCTTTAAAAATGATTAGTAGACTTTAAAATTGAGAAAACTCGTTAATTTTGAAGCCatatagttgactttacttaataaattgagtaaacatgatgcttttaaagtgattagttgactttaaaaaatgagagcaattatttttaaagcaataagtttagtgattagttgacttttctcTAAAAAGTGAgaaaatgcattgtttttaaagcgattagttgattttttttaaagtgagtaaacaccATACTTTGAAATTGAtgagttgactttatttaaagcgagtaaacttgttgcttttaaagaaaTTAGTTGACTAAAAAagtgagaacaagtaacaagttCAGTGATAAGTTGacttttctttaaaatgtgagtaaactttacttaataaagtgaggaAACCAGatgcttttaaaattattagaTGACTTTACATTTCAAAAAGTGAGAAAACACATAGTTTTTAAACAGATTAGTTGactaaagcgattagttgacttaaattgAAGATCTCCTTTTGTGGTATGCAAAAGCAAGAAAAGCATACAGCATTGGAATAACACCAGGGtgagtaaataacatttttgaatgaatgaatcattttaactgaaataaTATTGCATTTAGCGTTACAACAATgagaacactttaaaaaaaaaggctaCTGAAAATTAGTTAGGATGATTATTATCTAGATAAAACAAGATTCTGTTTTGGTGTGAAATGTAACCCAGACATTTTCCTATGGAATTAACTCTGTTGAAATGCGGTCCAACTTCAGAACTAGGCTCTTGTTTaacaaaattcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagagcacaCGGTCATACTTTAGATAATATAATGACAAAAACTACCTAGTAGACAAAAATATTTAGATGATAAACACTGTATATAGTATTATTTTAGTAACAGAAAATAAAGAAACCCATTTTAAGATAATAATGTTTTCATAAGTAAGATGTTTTGCTATAAAACTTCAGATCCTAAGCTATGTACAATACTAAATCTCGATATACAGGACATATTCATAAAAATAGACTGTGTGAAAAGGTACTATTGCATTGAAACTGGAtgataatatacatttaatatttattttgtacaacTGTTCGTATTAACTGTAGGTGTGGGCGACCACCAGGatgatgtttaatattttaaacaattcgTCCAATAATGAAATCTATGTCTTCAGATActcattgtgtgtatatatatatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagtagaggGCAAAAGTATGAGCCATTTTTGTATTAtgaatttttttctaatatttctcaagtgatatttaatagattaagtacattttcacagtatttcctataatattttttctgctgaagaaagtcttatttgttttatttcggctagaataaaagcagttttaatttttttttattgtcaatattattagaccccttaatcagtttttttttattagctacagaacaaaccactgttttataaggacttgcctaattacccccaaggctaatttatacttctgcgtcaagtgtaTGCATAGGCTACGGCGCAGCATACGCATGGATGCATAGCTCTCGCTGTGGCCATTGGCGGCGttgacgcacacctctcaaaaaaatttaactacatgttgCAACGACGTGTAGTGCAAGCTCTaggattgTTGTTGCCCGTCCGCCAATTCCAGCcagagtttgagccacttgtacattaaggtagtgttcagaaaaaaacaaaacaccagcgaagaaacacgacacagaaacataaacacctactgtgagctagtgttttggaagtgttattgcagagcaacacacgCACCGCACTGAAGTATAAAAGCTCGGCTACGTGCATTGCATGCGACGTGTGTGacgccgatcacttgatgcagTAGTATAAACCAGGATTAAGGCTGacttatacttctgcattaagaagcacgcacctctcaaaaatttgactacacgtcgcaatgacacgtagcgcaagctctgtgattgttttgtgtttaccttatgactaATGCTGTTGCACGCCCACCAATTCCTGCCACTGAATGACTCTGAATGGCCtctgagttttagctacttttaCATTTCGGtaagcgcaagctctgtgattggtcggcttggtagctgtgatgagtgtgggcggtgctgataGCCGCGAGCtggatggagcgagtgtttacaagtgtggaatcCCGTGAAGGAGCCCCAGAGAAAaactattgttttgtgtttaccttatgattaaagttgttgcatctctgctggttccagcctctgaataagcgagttttagctacttttaCATTTcagtagcgttcagaaaaaacaaaacacctgcgaaaaaacttgacacagaggagcataaaagcctactgccagctagtgttttggaAATGTTATTGTAGAGTAACACAAACAGCGAACAGCAGTATAAACGCACGTCTACGTGCAAGGCAGGCACCGTGGGTCACGCCTAttactcaatgcagaagtataaatcagccttaaaggctgatatatacttctgcgttaagGGCACACATATGGTCCGGCACAGCCTTTGCGCGATCGCATAGCCCTCGCCTTGGCTGACGCAggcgcgcacctctcaaaaaaatgtaactacacgttgcaacaacgcatggcgcaagctttgtgattggtcagcttacgCAGGTGCTGACAAgcgtgggcggtgctgagagtcGCGAGTCCGATGGaacaagtgtttacaagtgtggagtcccctgtaggagctccagatgaaaacttttgttttgagtttaccttatgattaaagttgttgcaagtcCACCGGTTCTagcctctgaatgagtgagtttcagctacttgtacattaaggtagcgttcagaaaaaaacaaaacattgcatttTAATGAAGTATTAATGAAGACGCAGAAGTACAAATCAGCCTTAagttgcctagttaacccaattaagcatttaaatgtccctttaagctgaatactagtatcttcaaaaatatctagaaaaatattatgtactcttatcat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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008750 True 7790 lncRNA 0.37 2 6316654 6324557

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003886 NA coding downstream 37956 6276900 ~ 6278698 (-)
XLOC_003885 ccl25b coding downstream 50931 6259048 ~ 6265723 (-)
XLOC_003884 pole4 coding downstream 110029 6197276 ~ 6206625 (-)
XLOC_003883 ccl44 coding downstream 128241 6182680 ~ 6188413 (-)
XLOC_003882 NA coding downstream 220288 6086300 ~ 6096366 (-)
XLOC_003888 nrtn coding upstream 24886 6349443 ~ 6386572 (-)
XLOC_003889 ndufa11 coding upstream 86612 6411169 ~ 6429705 (-)
XLOC_003890 VMAC coding upstream 92893 6417450 ~ 6420917 (-)
XLOC_003891 NA coding upstream 105416 6429973 ~ 6431348 (-)
XLOC_003892 larp6b coding upstream 121678 6446235 ~ 6452492 (-)
XLOC_003938 BX324177.10 misc upstream 5014247 11338804 ~ 11339100 (-)
XLOC_003942 BX324177.17 misc upstream 5043037 11367594 ~ 11367890 (-)
XLOC_003943 BX324177.3 misc upstream 5045898 11370455 ~ 11370653 (-)
XLOC_003944 BX324177.4 misc upstream 5056347 11380904 ~ 11381204 (-)
XLOC_003945 BX324177.6 misc upstream 5059276 11383833 ~ 11384130 (-)
XLOC_003881 CT573239.1 non-coding downstream 244588 6071960 ~ 6072066 (-)
XLOC_003878 NA non-coding downstream 309913 6005807 ~ 6006741 (-)
XLOC_003876 NA non-coding downstream 352283 5957009 ~ 5964371 (-)
XLOC_003893 NA non-coding upstream 130477 6455034 ~ 6456300 (-)
XLOC_003894 BX936438.1 non-coding upstream 456151 6780708 ~ 6782076 (-)
XLOC_003895 NA non-coding upstream 467989 6792546 ~ 6799938 (-)
XLOC_003904 CR925817.2 non-coding upstream 791690 7116247 ~ 7116363 (-)

Expression


Co-expression Network