XLOC_003908


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003908
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 7345800 ~ 7349497 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008451
AGTAACACCAATAATTTAAGTGATGTTATTGTTATCAAACGTTCAATGTTTTCCAGCAGGGGGCAGTGGCCCAGAATTCATCTCCACACAAACATGACTGTttgtgaaagaaagaaaaaatcacGATGGACAAATTCTTAAAACTGACAGACGCATTGCAGTTAATCTGGTCGGTAGATGCACCAAGTCTGACTGAGCAGATGTTCCACCAGATGCTCTTTTTACATCTTCAGACACACTCATTCCCTTCAGTATCTATCATTATCATCCATCATTACTACCGCGGCGACATAACAAGGGTGCAGGGTTCACTTCACTTGATGTAAAAGACTTTCCACCTTAACTAAGTATGGTAAGTGCATGCAACCTTAACTACAGTGAACctagaactattattattattaagtcacTCTAAAAatggaattatatatatattttttatatatttttttttttttcacccccaaaaaaattctgtttttcCATCATTTACAGTACTCACCCTGgactgttcagtttttttttccaaaagaagatattttgaagaatgttggaaaactatgAGAATTaaaatccatagtaggaaaaacaaatgctatgaaagTCCTTGGTTCCAGTTTTCAAacattctttttttctgttcaacagaactCCAAACTGATTTGGAGCAAGTCGAGGGTGAGAAGTGAGGGCAGATTTTAATTaaggggggtgaactatccctttaacacacaCTGTGACTTAGGTCACAGACACAGATAGAAGATCATATGTAGTTAATGTGAAAATTATTTGGATGCTGTGACATACGGCAGAATTATATGACCTGGTGAATTCCTGTTAAAGCTACCGCATAAAAATTCCACACAAAAACCCATGGACAGAGCATGGCATTGTTTTCAAATTTGGAgcccttctttctttttctcttttgtttttcctATAAAAGTTTATTATTGGTACAAGCCATGAATGTTTGCTACAAATACAGGCTCAAGACAGGAAATCCAGGATACCTATAATCCcctgtgtgtgtgaattataaaCCATAAAGCCTAGTCTGTTGTAAACTATTATCTCTGACAACCCTGTCATGCATGAGACAGTGCTTGCTGTTCAGCAAGGTTATCTTTCTGATTGGTCCGCTTCACATGGATTGACAAGATTGGCTCGTTCAAGTCGACAGCGTCtacattttttgttatgtttaaaaatgattgGGAGCTTCTAAGCCATTTGGCTTGGCTTGCTAGTTCCAAACTACGACTGTACAAGCATCAATGAGTTCCTCGTGACGTgaaaaaatgccaataaaagtcattttgtttaactgtagagttgaattgtcaacatcaaaagtcaacaaagGAGAGATCAACACcccataatgtaattcacaaACTCaagtaaatggaaaacacttgtaaatcacacAATAGaggaactgttaattaac
>TCONS_00008755
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>TCONS_00008756
CCAGAATTCATCTCCACACAAACATGACTGTttgtgaaagaaagaaaaaatcacGATGGACAAATTCTTAAAACTGACAGACGCATTGCAGTTAATCTGGTCGGTAGATGCACCAAGTCTGACTGAGCAGATGTTCCACCAGATGCTCTTTTTACATCTTCAGACACACTCATTCCCTTCAGTATCTATCATTATCATCCATCATTACTACCGCGGCGACATAACAAGGGTGCAGGGTTCACTTCACTTGATGTAAAAGACTTTCCACCTTAACTAAGTATGTACTCACCCTGgactgttcagtttttttttccaaaagaagatattttgaagaatgttggaaaactatgAGAATTaaaatccatagtaggaaaaacaaatgctatgaaagTCCTTGGTTCCAGTTTTCAAacattctttttttctgttcaacagaactCCAAACTGATTTGGAGCAAGTCGAGGGTGAGAAGTGAGGGCAGATTTTAATTaaggggggtgaactatccctttaacacacaCTGTGACTTAGGTCACAGACACAGATAGAAGATCATATGTAGTTAATGTGAAAATTATTTGGATGCTGTGACATACGGCAGAATTATATGACCTGGTGAATTCCTGTTAAAGCTACCGCATAAAAATTCCACACAAAAACCCATGGACAGAGCATGGCATTGTTTTCAAATTTGGAgcccttctttctttttctcttttgtttttcctATAAAAGTTTATTATTGGTACAAGCCATGAATGTTTGCTACAAATACAGGCTCAAGACAGGAAATCCAGGATACCTATAATCCcctgtgtgtgtgaattataaaCCATAAAGCCTAGTCTGTTGTAAACTATTATCTCTGACAACCCTGTCATGCATGAGACAGTGCTTGCTGTTCAGCAAGGTTATCTTTCTGATTGGTCCGCTTCACATGGATTGACAAGATTGGCTCGTTCAAGTCGACAGCGTCtacattttttgttatgtttaaaaatgattgGGAGCTTCTAAGCCATTTGGCTTGGCTTGCTAGTTCCAAACTACGACTGTACAAGCATCAATGAGTTCCTCGTGACGTgaaaaaatgccaataaaagtcattttgtttaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008451 False 1456 lncRNA 0.37 2 7345800 7349497
TCONS_00008755 False 3461 lncRNA 0.36 1 7345926 7349386
TCONS_00008756 True 1117 lncRNA 0.38 3 7345926 7349427

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003907 apc2 coding downstream 25589 7281240 ~ 7320211 (-)
XLOC_003906 zgc:113223 coding downstream 84083 7253077 ~ 7261717 (-)
XLOC_003905 smim7 coding downstream 189107 7151579 ~ 7156693 (-)
XLOC_003903 bmp7a coding downstream 198260 7107798 ~ 7147540 (-)
XLOC_003904 CR925817.2 coding downstream 229437 7116247 ~ 7116363 (-)
XLOC_003909 si:dkey-197i20.6 coding upstream 1429 7350926 ~ 7355995 (-)
XLOC_003910 vtg3 coding upstream 9999 7359496 ~ 7380688 (-)
XLOC_003911 adgrl4 coding upstream 33680 7383177 ~ 7411436 (-)
XLOC_003912 NA coding upstream 424335 7773832 ~ 7796332 (-)
XLOC_003913 ttll7 coding upstream 631746 7981243 ~ 8126263 (-)
XLOC_003938 BX324177.10 misc upstream 3989307 11338804 ~ 11339100 (-)
XLOC_003942 BX324177.17 misc upstream 4018097 11367594 ~ 11367890 (-)
XLOC_003943 BX324177.3 misc upstream 4020958 11370455 ~ 11370653 (-)
XLOC_003944 BX324177.4 misc upstream 4031407 11380904 ~ 11381204 (-)
XLOC_003945 BX324177.6 misc upstream 4034336 11383833 ~ 11384130 (-)
XLOC_003895 NA non-coding downstream 545862 6792546 ~ 6799938 (-)
XLOC_003894 BX936438.1 non-coding downstream 563724 6780708 ~ 6782076 (-)
XLOC_003893 NA non-coding downstream 889500 6455034 ~ 6456300 (-)
XLOC_003891 NA non-coding downstream 914452 6429973 ~ 6431348 (-)
XLOC_003920 CR847563.2 non-coding upstream 1127464 8476961 ~ 8515750 (-)
XLOC_003922 NA non-coding upstream 1634154 8983651 ~ 9523184 (-)
XLOC_003923 CR788237.2 non-coding upstream 1936326 9285823 ~ 9286476 (-)
XLOC_003924 CR788237.1 non-coding upstream 1942784 9292281 ~ 9293411 (-)

Expression


Co-expression Network