XLOC_003912


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003912
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 7773832 ~ 7796332 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008757
GCACAAACTAGTTGCAGCGGAAAatccctccacacggaggtaaacgGTCATCTGCAGGCTCCCAAACTTACGCCGGACACCGCAGGAATACCTTCCATGTGCCAAGAAATCTTCTTCCTTTTTTGCTCCCTGGGGAGGACTAAGGCAGAAAAACAGAGGAAGagtgaaagaaaaaagaagacgAAGAAAATGTCCGGAGGCTATCCTAGGTAAATGGTTCTATTTTCCCCTCGGCAAAGGCCTCCATGACAATTGAGAACAGTGTCGTGAATACTGGCCTGTCTAATAGATCCCTATAGAGGGACTTAGGTTCCCATCAGAGGAACCGCACACCAGGCAGATCTGCAGTGCTCTGTTCAAGGTGTGACTGTGGGATACGACTGCTGATATACAGTCTACAGTGATTTGCAGGATTTTATTTATCCATTTGTTTGGACAGTTTGATTATGGTTTGAGGGAGTATAATATTTCAGCTTTCTCTTATACCTTGTGGCTATACCAATGTGTCCTCCattgtatttgtgtaaatatatatatatataattaaaatgaaataatacaataataataactaataaattgataatgaataaattaaagggTCTATGCCGAgggaatgaataattaataaatacatgtgcctgcttttaattttaataaaattaactttaaaagtATTTTCAACTCAGATCCATTAAACTCACTTAAAGCTGAGCTCTGATTAACtcgttaaaataagttaaagtaacctAAAGGATCATAATGTCACAGTCTGGTGTCTTCGTTGTGTTATGTTACATATCTAGTGTGTCAGTAATATATTGTGTCATGTGATGTTATGTTGTGTCGTGTTCCATGTGCGTGTGTTTCTGTCATGTGACccctttgttctgttttcccgcTGTGTGTTAATGTTTATTAGTTCCACCTGTTGGTAATCTGTTTAATAGTGTCT
>TCONS_00008759
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>TCONS_00008758
GTATTTAAGCAAGAGCTCAGGCCATGCCTCCTTGCGAAGTGTTGCCGGTTCACCTGCATTACCAAGCGTTAGTCCAAGAGACTTTCATGACTGACTGCCTGTGTATGACCCTGCCTGCCTGCCTTGATCAAGATTTCTGGAGccactcttccccggactcgaaccccgtcatagTCATCCTGGTCAACTCCTCTGTGATAACGGCACAAACTAGTTGCAGCGGAAAatccctccacacggaggtaaacgGTCATCTGGCTCCCAAACTTACGCCGGACACCGCAGGAATACCTTCCATGTGCCAAGAAATCTTCTTCCTTTTTTGCTCCCTGGGGAGGACTAAGGCAGAAAAACAGAGGAAGagtgaaagaaaaaagaagacgAAGAAAATGTCCGGAGGCTATCCTAGGTAAATGGTTCTATTTTCCCCTCGGCAAAGGCCTCCATGACAATTGAGAACAGTGTCGTGAATACTGGCCTGTCTAATAGATCCCTATAGAGGGACTTAGGTTCCCATCAGAGGAACCGCACACCAGGCAGATCTGCAGTGCTCTGTTCAAGGTGTGACTGTGGGATACGACTGCTGATATACAGTCTACAGTGATTTGCAGGATTTTATTTATCCATTTGTTTGGACAGTTTGATTATGGTTTGAGGGAGTATAATATTTCAGCTTTCTCTTATACCTTGTGGCTATACCAATGTGTCCTCCattgtatttgtgtaaatatatatatatataattaaaatgaaataatacaataataataactaataaattgataatgaataaattaaagggTCTATGCCGAgggaatgaataattaataaatacatgtgcctgcttttaattttaataaaattaactttaaaagtATTTTCAACTCAGATCCATTAAACTCACTTAAAGCTGAGCTCTGATTAACtcgttaaaataagttaaagtaacctAAAGGATCATAATGTCACAGTCTGGTGTCTTCGTTGTGTTATGTTACATATCTAGTGTGTCAGTAATATATTGTGTCATGTGATGTTATGTTGTGTCGTGTTCCATGTGCGTGTGTTTCTGTCATGTGACccctttgttctgttttcccgcTGTGTGTTAATGTTTATTAGTTCCACCTGTTGGTAATCTGTTTAATAGTGTCT
>TCONS_00008760
ACGAGGAAAGGTTTTAGCTGCACAACATCTCCTGCACTTTTTCACAGAGAGGAAAAGTGATGGATGGCACTGAGAGAGATTGGATGCATAAGATGGGCGAGGTGCTGGACTCCATGACCACTGTTTGGCAGAAGAGCGGCGTTGGTGCCCAGAAATGGAATTTCAGTGAATTTTGATGACTCAAAGTTCACTTTCCCAAGACAAATATACTTGAGGGGCGAAACCTCCCTTGGTACAACACCTCTTTTGACTTCATCTGCTATATTTTTGGTTTGATGGATAACATGTGTCTTTTGTTCACTTTCTGTGCATGCACTGCACCATCAGTGTTTACATGAAGCGGTAGTATTAGCAAAACAAATCTAATCATATTACACAGGGAAGAGTGTATCTTTGCTGACAGATATTTAATTACACACTCCGTAGtgcttttgtcatttaaaataggTGTTATCTCTCTGCTGAGCTGCTGTACAATGTCAGAGGTCTTTACAAGTGAGTGAAAATGTCCTCTGCTTTATTCAGCATaagatttaatataaatttatcttCCCTCAAAAAAGAAGGCATTTCCATTACAGGATAAAATCCATATTGAGTCTCAAGTCTGACACTCACGAGACATCCCTCGAGTTAGGCTGACCTGAGAGAATGTGTGAAGTGCAAGCGAATCGATTAAAACATTTGTGTGTGTCATAATCGTAACTGTTGGCTTAGAGATATCAATGTCATCCCGTTGCCACGTGGGGAATTTAAGACATCTTTTCCTGTGAATTTATTCTGACATGGAGGTGACACCGCCATATATAAAGCTTCTATTAATAAATTTCCGACAGCCAAACATACTCCTCAGGGGTTTACTTGGCTTTTTTTTTAAGATGCAAGGTTGTTGTAATGCATGTGTTgctaaaattatttttacagaCGTTTATTTGTAGGTAACAGTATGTAGAAAACCGTCCAAACCTTCATCTGAAGGACCACCCTTTCTATGGCAGTAAATCCAAAGGCGTTTGGCTGCTGATGGAGTTCTGGGGGACGGCAGCGATTGCACCTCACTTTATGAGTGATTTAGGACGAGCTTTTCCCTCAATGTTTTAGTCATTACTCTTAATCACACACTTCAGCCATTCCGTCCGCTTCCGTCGCCCATTTCCTCTGTCTTCAGGCTGACATTGACGGATCACAGACGCCCGCTGCATCTCCTCTGAGCCAGACAAGAATATTATCACtgcatttttttcccccctcCATCGAAAAGAAAAGCCTGCAGActttctgtttttgtttatttatttatttattactttgtttatttttttctgccatTGCAGTTGAATTTAAAGCAATTGAAAATCAACTGCGGCAAGCACAAAATGCAGCAGAAGTTTGTACATCAACTGTCGCATGCCACATGAATGTAAACTGTTCTCTAGCTCATGATAAGGATTTTCCGCTCAGCAGAAAATCGCAATTAATCCTCAAGTACTGCTCATGGAAATCCTAGCGAATGTCAAGAAACATTAAGGCTTCTTCGCCAAAAATGAATTCCAATATATTCTGCAAGGAGCAAATGTCATACAGCCATCATTACAGGGCTAAAGAGTCGGCAGTATTCCGAGATCATACACAGATCTGTTATCACACTTGAGGGGTAGACATGTAGGTGACACACAGTTCATGCGACAGAGCCCTCGGGGACAGACTGGCTTTCCGCTGAGCGTTTGACACCTTTTCCATATGCAAGCGCAGGGCCAGGCTGAAGCTGGATGGATCTGCATTATTAGGCTGGAAATGGGGGTCAGTGTGTTTGACACAAGTGCGTCTCCTCTTGCTAACAGCTGGCCTTGACTACATTACCCACATCAATCCACACGCTGCCACAGTCGAGATCAAGGGCTGCTAGATTCTGATATCCTGAGAGGCAGAGAACATTTGCTGTTTTAGATTCACTGTTTCTCATTGCCAAACGGATACGGCTGGGAATCTGGTGCTCTTTCGAGTTTTCTgtcatacaaaaataaacaataaactgtATTTTGGACTCTCGGCACAGCATCGAAAAGAGTATATTTACAAGCGTATggtttgttttacttaaaaatgtaatGGATTGAATCattgttgaataaatgaatgaatagca
>TCONS_00007489
CTGACTCAGCTCCGCTCCCTCTGCAGTCACTTCCTGTTTGTGCTGTATTTAAGCAAGAGCTCAGGCCATGCCTCCTTGCGAAGTGTTGCCGGTTCACCTGCATTACCAAGCGTTAGTCCAAGAGACTTTCATGACTGACTGCCTGTGTATGACCCTGCCTGCCTGCCTTGATCAAAGAGGAAAAGTGATGGATGGCACTGAGAGAGATTGGATGCATAAGATGGGCGAGGTGCTGGACTCCATGACCACTGTTTGGCAGAAGAGCGGCGTTGGTGCCCAGAAATGGAATTTCAGTGAATTTTGATGACTCAAAGTTCACTTTCCCAAGACAAATATACTTGAGGGGCGAAACCTCCCTTGGTACAACACCTCTTTTGACTTCATCTGCTATATTTTTGGTTTGATGGATAACATGTGTCTTTTGTTCACTTTCTGTGCATGCACTGCACCATCAGTGTTTACATGAAGCGGTAGTATTAGCAAAACAAATCTAATCATATTACACAGGGAAGAGTGTATCTTTGCTGACAGATATTTAATTACACACTCCGTAGtgcttttgtcatttaaaataggTGTTATCTCTCTGCTGAGCTGCTGTACAATGTCAGAGGTCTTTACAAGTGAGTGAAAATGTCCTCTGCTTTATTCAGCATaagatttaatataaatttatcttCCCTCAAAAAAGAAGGCATTTCCATTACAGGATAAAATCCATATTGAGTCTCAAGTCTGACACTCACGAGACATCCCTCGAGTTAGGCTGACCTGAGAGAATGTGTGAAGTGCAAGCGAATCGATTAAAACATTTGTGTGTGTCATAATCGTAACTGTTGGCTTAGAGATATCAATGTCATCCCGTTGCCACGTGGGGAATTTAAGACATCTTTTCCTGTGAATTTATTCTGACATGGAGGTGACACCGCCATATATAAAGCTTCTATTAATAAATTTCCGACAGCCAAACATACTCCTCAGGGGTTTACTTGGCTTTTTTTTTAAGATGCAAGGTTGTTGTAATGCATGTGTTgctaaaattatttttacagaCGTTTATTTGTAGGTAACAGTATGTAGAAAACCGTCCAAACCTTCATCTGAAGGACCACCCTTTCTATGGCAGTAAATCCAAAGGCGTTTGGCTGCTGATGGAGTTCTGGGGGACGGCAGCGATTGCACCTCACTTTATGAGTGATTTAGGACGAGCTTTTCCCTCAATGTTTTAGTCATTACTCTTAATCACACACTTCAGCCATTCCGTCCGCTTCCGTCGCCCATTTCCTCTGTCTTCAGGCTGACATTGACGGATCACAGACGCCCGCTGCATCTCCTCTGAGCCAGACAAGAATATTATCACtgcatttttttcccccctcCATCGAAAAGAAAAGCCTGCAGActttctgtttttgtttatttatttatttattactttgtttatttttttctgccatTGCAGTTGAATTTAAAGCAATTGAAAATCAACTGCGGCAAGCACAAAATGCAGCAGAAGTTTGTACATCAACTGTCGCATGCCACATGAATGTAAACTGTTCTCTAGCTCATGATAAGGATTTTCCGCTCAGCAGAAAATCGCAATTAATCCTCAAGTACTGCTCATGGAAATCCTAGCGAATGTCAAGAAACATTAAGGCTTCTTCGCCAAAAATGAATTCCAATATATTCTGCAAGGAGCAAATGTCATACAGCCATCATTACAGGGCTAAAGAGTCGGCAGTATTCCGAGATCATACACAGATCTGTTATCACACTTGAGGGGTAGACATGTAGGTGACACACAGTTCATGCGACAGAGCCCTCGGGGACAGACTGGCTTTCCGCTGAGCGTTTGACACCTTTTCCATATGCAAGCGCAGGGCCAGGCTGAAGCTGGATGGATCTGCATTATTAGGCTGGAAATGGGGGTCAGTGTGTTTGACACAAGTGCGTCTCCTCTTGCTAACAGCTGGCCTTGACTACATTACCCACATCAATCCACACGCTGCCACAGTCGAGATCAAGGGCTGCTAGATTCTGATATCCTGAGAGGCAGAGAACATTTGCTGTTTTAGATTCACTGTTTCTCATTGCCAAACGGATACGGCTGGGAATCTGGTGCTCTTTCGAGTTTTCTgtcatacaaaaataaacaataaactgtATTTTGGACTCTCGGCACAGCATCGAAAAGAGTATATTTACAAGCGTATggtttgttttacttaaaaatgtaatGGATTGAATCattgttgaataaatgaatgaatagca
>TCONS_00008452
AGAGAGGAAAAGTGATGGATGGCACTGAGAGAGATTGGATGCATAAGATGGGCGAGGTGCTGGACTCCATGACCACTGTTTGGCAGAAGAGCGGCGTTGGTGCCCAGAAATGGAATTTCAGTGAATTTTGATGACTCAAAGTTCACTTTCCCAAGACAAATATACTTGAGGGGCGAAACCTCCCTTGGTACAACACCTCTTTTGACTTCATCTGCTATATTTTTGGTTTGATGGATAACATGTGTCTTTTGTTCACTTTCTGTGCATGCACTGCACCATCAGTGTTTACATGAAGCGGTAGTATTAGCAAAACAAATCTAATCATATTACACAGGGAAGAGTGTATCTTTGCTGACAGATATTTAATTACACACTCCGTAGtgcttttgtcatttaaaataggTGTTATCTCTCTGCTGAGCTGCTGTACAATGTCAGAGGTCTTTACAAGTGAGTGAAAATGTCCTCTGCTTTATTCAGCATaagatttaatataaatttatcttCCCTCAAAAAAGAAGGCATTTCCATTACAGGATAAAATCCATATTGAGTCTCAAGTCTGACACTCACGAGACATCCCTCGAGTTAGGCTGACCTGAGAGAATGTGTGAAGTGCAAGCGAATCGATTAAAACATTTGTGTGTGTCATAATCGTAACTGTTGGCTTAGAGATATCAATGTCATCCCGTTGCCACGTGGGGAATTTAAGACATCTTTTCCTGTGAATTTATTCTGACATGGAGGTGACACCGCCATATATAAAGCTTCTATTAATAAATTTCCGACAGCCAAACATACTCCTCAGGGGTTTACTTGGCTTTTTTTTTAAGATGCAAGGTTGTTGTAATGCATGTGTTgctaaaattatttttacagaCGTTTATTTGTAGGTAACAGTATGTAGAAAACCGTCCAAACCTTCATCTGAAGGACCACCCTTTCTATGGCAGTAAATCCAAAGGCGTTTGGCTGCTGATGGAGTTCTGGGGGACGGCAGCGATTGCACCTCACTTTATGAGTGATTTAGGACGAGCTTTTCCCTCAATGTTTTAGTCATTACTCTTAATCACACACTTCAGCCATTCCGTCCGCTTCCGTCGCCCATTTCCTCTGTCTTCAGGCTGACATTGACGGATCACAGACGCCCGCTGCATCTCCTCTGAGCCAGACAAGAATATTATCAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097035

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008757 False 955 lncRNA 0.38 2 7773832 7775701
TCONS_00008759 False 1140 lncRNA 0.40 3 7773832 7796288
TCONS_00008758 False 1155 lncRNA 0.41 3 7773832 7796288
TCONS_00008760 False 2146 lncRNA 0.41 3 7782736 7786765
TCONS_00007489 False 2274 lncRNA 0.42 3 7782736 7796332
TCONS_00008452 True 1187 lncRNA 0.41 2 7783650 7784920

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003911 adgrl4 coding downstream 362396 7383177 ~ 7411436 (-)
XLOC_003910 vtg3 coding downstream 393144 7359496 ~ 7380688 (-)
XLOC_003909 si:dkey-197i20.6 coding downstream 417837 7350926 ~ 7355995 (-)
XLOC_003908 NA coding downstream 424335 7345800 ~ 7349497 (-)
XLOC_003907 apc2 coding downstream 453621 7281240 ~ 7320211 (-)
XLOC_003913 ttll7 coding upstream 184911 7981243 ~ 8126263 (-)
XLOC_003914 uox coding upstream 364562 8160894 ~ 8168011 (-)
XLOC_003915 pimr203 coding upstream 405510 8201842 ~ 8208464 (-)
XLOC_003916 pimr204 coding upstream 425503 8221835 ~ 8271374 (-)
XLOC_003917 si:cabz01021066.1 coding upstream 443650 8239982 ~ 8262105 (-)
XLOC_003938 BX324177.10 misc upstream 3542472 11338804 ~ 11339100 (-)
XLOC_003942 BX324177.17 misc upstream 3571262 11367594 ~ 11367890 (-)
XLOC_003943 BX324177.3 misc upstream 3574123 11370455 ~ 11370653 (-)
XLOC_003944 BX324177.4 misc upstream 3584572 11380904 ~ 11381204 (-)
XLOC_003945 BX324177.6 misc upstream 3587501 11383833 ~ 11384130 (-)
XLOC_003904 CR925817.2 non-coding downstream 657469 7116247 ~ 7116363 (-)
XLOC_003895 NA non-coding downstream 973894 6792546 ~ 6799938 (-)
XLOC_003894 BX936438.1 non-coding downstream 991756 6780708 ~ 6782076 (-)
XLOC_003893 NA non-coding downstream 1317532 6455034 ~ 6456300 (-)
XLOC_003920 CR847563.2 non-coding upstream 680629 8476961 ~ 8515750 (-)
XLOC_003922 NA non-coding upstream 1187319 8983651 ~ 9523184 (-)
XLOC_003923 CR788237.2 non-coding upstream 1489491 9285823 ~ 9286476 (-)
XLOC_003924 CR788237.1 non-coding upstream 1495949 9292281 ~ 9293411 (-)
XLOC_003925 NA non-coding upstream 1611339 9407671 ~ 9408005 (-)

Expression


Co-expression Network