rabgef1l (LOC108280803)


Basic Information

Item Value
gene id rabgef1l
gene name LOC108280803
gene type coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047615.1
NCBI id CM018561.1
chromosome length 21248730
location 5060030 ~ 5070433 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>XM_026941160.2
gacaggcTGCGTTGAGTTGACGCACAGGAAATGGAAACAGCTGGGTTGACTGTCTTGGCTGACTTTCAGGCGATCTTTATAATTTTATGAGTGTGGAAAGAGCTGACTGACAGCGTTTGGGGTATCCGGTGTACAGAGAAGAATGAGTTCAAGAACTGAACATCGAGGAATCTACGTGGATCAGGCAGCCCTGCTCTGCAGTAAAGGCTGTGATTTTTATGGCAATTCAACCTGGGGAGGTCTGTGTTCCAAATGTTGGCGCGAGGAGAACCAGAAGGCACGAGCCAAGCAGATAGAGGAGGACCACGCACTAGCAGAGAGACTGCAAAGAGAAGAAGAGGCAGCCTGTGCGGGTAGCAACCAGGGGGCGCACTCAGGGAACTCGTCCACCCGGCTGAGCAAACCGGAAGAGAAAAGGAATAGTCAAAAATCACGCACTGTCCCCACAGGAAAGAAATTTTTCACCACACTTGCGAAGACAACCCTAGGGAGAGatgTCAATGTTCCCAGCCAGCCAGCTCCCACCACCTCCATCAGCCAGCAGCCTGTTGCAGACTCAGACCAAGCCACAAGACAGTTCATCGATTTCCTGAAGACCCTGCAAAAGCCTGGCCGGGATATTTTCAAACAGTGTCATTCTTTCTGTTATAGTGTATCTTACAAGAAGGATCTTGGTGCAGAGGATCTTTCAGAATCTGTGCAAGACTTTTACCAGAACTTGTCTGACCGCTTACACAATGTCTACAAAGggAGTCCAGAGCGAGTAGAGGCAATAATGGATGAAGTGGAGAGGTACATAACGCTGCAGTTGTATGAACAGGCTTTCTGTCCTGAATCCGCAGATGATGAGGTCAAAGACTTGGCCATCCAGAAGAGAATCAGGGCTTTGCACTGGGTTACGGTTCAGATGCTGTGTGCCCCACTAAAAGAGGAGATCCCTGCAGTGTCAGACAGTCTGGACAAGGCCATTACTGATATAATTGAGATGGACTCCAAGCGTGTGCCCAAGGATAAGCTGAGTTATGTCACCAGGTGCAGCAAGCACATCTTCAGTGCAATAAAGCGCAGCAAGAGAGAGGCCGCGTCGGCTGACGACTTCCTCCCAGCGCTCATATATGTGGTGCTGAGGGCCAACCCACCCCGGCTGCAGTCGAACATCCAGTATATCACGCGCTTCTGCAACCCCAGACGCCTCATGAGCGGCGAGGACGGATATTACTTCACCAACCTGTGCTGTGCAATAGCTTTCATAGAAAAGCTGGATGCTCAGTCTCTAAACCTGAATCCAGAGGAATTTAAACTCTACATGTCAGACCAGGCTTCCCCTGACAGGCCCCAGGCCCCTGGAATCTCTTGTccctcatcctcttcatcacGGAGTGGCCCCAGAGCGGACAGGCCAGAGAATGACCTCATCGACTGGGGAGATGGAGTGGAGGCCTCTGTTCAGGATGTCCTGGAAGGGCTTCAACTGGACTCTTGCGCTCCATCCACCTCTGCAATCGACTCAGACAATGTAGACAGTGAGGGGCTACCGCCTCCTCTACAGCCTCAGGTTTTTGCTGGGTAGCTCTGTACCAGATCACACCACCCACTGAGTTCCTCTGTAATTGACTGTTGATATTTAACATGCCCCTGTGTGGGGGCCCTACTGACTGCAGGCTAATATGAAGTGGGTGATGGCGTCCTCACATAATCAGCAATCTGTCTCCTTATCTTTCCATTATTAGGGGAAAGGgatttgcacatttttattctgttacaGCTGAGCTCAGCACTCTCAGAATTTACGTTTTGGGTAAAACTTCACATGTGATAGATTTAGCCATCATTCTAGAGTGAAAGCACACAAGAGGTTTTCCATTGCCAAGCTAACCTTCCGTCAGTATGTTTGACAGGCATTAACAATGGGAagcaaaataatagtaaaagttaaaagtgccatttgtaataattaaaggaaaaggaaaaatgtgattCGCAAAATTAACATTCATCAGATCTTTTTAGTTCACTATGGCTCTCGTTTACTTTTTTCcggccctgaaattagctccgcTCCCTGAGACGGcgaaaagtttaatttattttattcattttattgcaGTTGCAGTTCATCTGACAGGCACCtaaggattttaaaaatgataaattgcTCCTGTAAAGGTAGCAAGCTGCATGGTAACAAGAAGAAAGCTTCACTGAAATTCATAAACTCTGAGCATGGATTCGTGTAGTTAATACGAAATTCCACTGGATATTTCAGATGGCATCTGATGGGACACTTCTATAAATTGCTATGATGAATCAGTGGGATTCGACAGGATTCTTCAGAGTGTTTAACTAGCATCGgcctcattatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtaatgtaaaaatCTGTTGATTCTGTAAATTTTTAAAGAAGTGACCCACACCAAGAGAGAAGAAACATGTATGCatgagaaattaaatgtttcttatGAGGCAATCTGCAATATTTAAGCAGTAAACATGGCTTCAGTTTGATGAAGCTAGGTTTTATTCAATGTCTGGAAGGCAAGTGAGCAGGTTATTCTGGACCATTTGACCATTTATAATCAACGTGACCTCTGTGTGCATTCACAGCTCATTGAATGAGTGTTGGCCATCTCTCTCAGTCATCCTTTCACTGCCTTGAGGTAGCTATATTTATGCACTTTTAACCTATTTGCTTTAAGGAAATTCACTTGAAAGAAACTATATTTAAAGCAGTTTGTTTTTCGTTTCACATAGCGAAGCCTGGTCaaaatgcatttattgttactttttattcataagaaaatatgaatatgGAGAATTGAAGTATTAATCAGGGATATACCTTCCTCTTCTGTACAGGTGATTGAatttctgtaggattttatcTTATGCACAGATTTCATGATATTTATTAGAGTATTTAATTGATTTTGTTTAACTGATATTGCGATCTTGCAGTCAATTTGGTCGGTGGATTATAAACTTTCAAAATTTAAGGagtgtgattttaattttagcattatttcattttaatccgACTTGTCTAACATGCACACTGTGCATTGTATTGCAGTTATAACGTTGATGATGCACTGTGAACAGGTTTAATTCAGCCAACACCAGCTCCTCCCCAAAGCAGTTGTATTTCTTGTTTCAATAGACACTACAGTTTAAATGCTGCATTCAGGATactatttaatacatttatccACCAACAATGCGATGTTAAACAATACTTCTATAAGgtttaaaggcttttttttttaactggaccACTAATCAGGATTTGCTGAAATAGCAGCCCAATAAATTCAGTAGCAATGGCTTGAATTTTCAGCACTTCCTgatttgagttttaaaaaactACTAAATCTTCCTTATTCTGCAGTATGGGATAAAGAgcagtcatttttaatacacaaTATTGATGCTGTCTTAAGTAAACCTCCGTTATTATGATTGTTGTATTTCAACATTCTGGAAAGATGAACGCCAAATGCCTCCACTTGTATTCGTTCAGAGTATGCTTGAGGTCTGCGAGCCGAACTGCTTGATGATATATGACCTAACTGTAGTTAAAGGTCATAGGACAGGGCATGGATGTATATTGTTGATCGTTGTAGAGTGCATCAGAATTGcgtctgtatttatgtatgttaaAAATAGATAATGTAATTAACAAGACATTTTTGCCACATGCATCTAGTGCATATATTCCTGCAACATTATTAGGTTATGCCCAAGTACAGTTCATTGTAAAGGTCTAATGGCTATTTATGCAGTGAAACcttaaaaaactgtaaattaaagcctgagaatgaatgaaggaataaa
>XM_034314758.1
ACTAATGAATGCTAAGCTTGTTTGTGGTGTATGGTTTTATTACTAGTTTATTAAACCTAGCAGCGGTGAGCTAGGTTGTTtcctggctagctagctagtgttagcttataacaggagaagagaagaaaacttAATTATGTTATTTCTGGTTAATTTTTAGCTGCTTTCTAGTTGTTCGCTGGCCTTCTTTAAACAATACAGACTACCCagGTGTACAGAGAAGAATGAGTTCAAGAACTGAACATCGAGGAATCTACGTGGATCAGGCAGCCCTGCTCTGCAGTAAAGGCTGTGATTTTTATGGCAATTCAACCTGGGGAGGTCTGTGTTCCAAATGTTGGCGCGAGGAGAACCAGAAGGCACGAGCCAAGCAGATAGAGGAGGACCACGCACTAGCAGAGAGACTGCAAAGAGAAGAAGAGGCAGCCTGTGCGGGTAGCAACCAGGGGGCGCACTCAGGGAACTCGTCCACCCGGCTGAGCAAACCGGAAGAGAAAAGGAATAGTCAAAAATCACGCACTGTCCCCACAGGAAAGAAATTTTTCACCACACTTGCGAAGACAACCCTAGGGAGAGatgTCAATGTTCCCAGCCAGCCAGCTCCCACCACCTCCATCAGCCAGCAGCCTGTTGCAGACTCAGACCAAGCCACAAGACAGTTCATCGATTTCCTGAAGACCCTGCAAAAGCCTGGCCGGGATATTTTCAAACAGTGTCATTCTTTCTGTTATAGTGTATCTTACAAGAAGGATCTTGGTGCAGAGGATCTTTCAGAATCTGTGCAAGACTTTTACCAGAACTTGTCTGACCGCTTACACAATGTCTACAAAGggAGTCCAGAGCGAGTAGAGGCAATAATGGATGAAGTGGAGAGGTACATAACGCTGCAGTTGTATGAACAGGCTTTCTGTCCTGAATCCGCAGATGATGAGGTCAAAGACTTGGCCATCCAGAAGAGAATCAGGGCTTTGCACTGGGTTACGGTTCAGATGCTGTGTGCCCCACTAAAAGAGGAGATCCCTGCAGTGTCAGACAGTCTGGACAAGGCCATTACTGATATAATTGAGATGGACTCCAAGCGTGTGCCCAAGGATAAGCTGAGTTATGTCACCAGGTGCAGCAAGCACATCTTCAGTGCAATAAAGCGCAGCAAGAGAGAGGCCGCGTCGGCTGACGACTTCCTCCCAGCGCTCATATATGTGGTGCTGAGGGCCAACCCACCCCGGCTGCAGTCGAACATCCAGTATATCACGCGCTTCTGCAACCCCAGACGCCTCATGAGCGGCGAGGACGGATATTACTTCACCAACCTGTGCTGTGCAATAGCTTTCATAGAAAAGCTGGATGCTCAGTCTCTAAACCTGAATCCAGAGGAATTTAAACTCTACATGTCAGACCAGGCTTCCCCTGACAGGCCCCAGGCCCCTGGAATCTCTTGTccctcatcctcttcatcacGGAGTGGCCCCAGAGCGGACAGGCCAGAGAATGACCTCATCGACTGGGGAGATGGAGTGGAGGCCTCTGTTCAGGATGTCCTGGAAGGGCTTCAACTGGACTCTTGCGCTCCATCCACCTCTGCAATCGACTCAGACAATGTAGACAGTGAGGGGCTACCGCCTCCTCTACAGCCTCAGGTTTTTGCTGGGTAGCTCTGTACCAGATCACACCACCCACTGAGTTCCTCTGTAATTGACTGTTGATATTTAACATGCCCCTGTGTGGGGGCCCTACTGACTGCAGGCTAATATGAAGTGGGTGATGGCGTCCTCACATAATCAGCAATCTGTCTCCTTATCTTTCCATTATTAGGGGAAAGGgatttgcacatttttattctgttacaGCTGAGCTCAGCACTCTCAGAATTTACGTTTTGGGTAAAACTTCACATGTGATAGATTTAGCCATCATTCTAGAGTGAAAGCACACAAGAGGTTTTCCATTGCCAAGCTAACCTTCCGTCAGTATGTTTGACAGGCATTAACAATGGGAagcaaaataatagtaaaagttaaaagtgccatttgtaataattaaaggaaaaggaaaaatgtgattCGCAAAATTAACATTCATCAGATCTTTTTAGTTCACTATGGCTCTCGTTTACTTTTTTCcggccctgaaattagctccgcTCCCTGAGACGGcgaaaagtttaatttattttattcattttattgcaGTTGCAGTTCATCTGACAGGCACCtaaggattttaaaaatgataaattgcTCCTGTAAAGGTAGCAAGCTGCATGGTAACAAGAAGAAAGCTTCACTGAAATTCATAAACTCTGAGCATGGATTCGTGTAGTTAATACGAAATTCCACTGGATATTTCAGATGGCATCTGATGGGACACTTCTATAAATTGCTATGATGAATCAGTGGGATTCGACAGGATTCTTCAGAGTGTTTAACTAGCATCGgcctcattatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtaatgtaaaaatCTGTTGATTCTGTAAATTTTTAAAGAAGTGACCCACACCAAGAGAGAAGAAACATGTATGCatgagaaattaaatgtttcttatGAGGCAATCTGCAATATTTAAGCAGTAAACATGGCTTCAGTTTGATGAAGCTAGGTTTTATTCAATGTCTGGAAGGCAAGTGAGCAGGTTATTCTGGACCATTTGACCATTTATAATCAACGTGACCTCTGTGTGCATTCACAGCTCATTGAATGAGTGTTGGCCATCTCTCTCAGTCATCCTTTCACTGCCTTGAGGTAGCTATATTTATGCACTTTTAACCTATTTGCTTTAAGGAAATTCACTTGAAAGAAACTATATTTAAAGCAGTTTGTTTTTCGTTTCACATAGCGAAGCCTGGTCaaaatgcatttattgttactttttattcataagaaaatatgaatatgGAGAATTGAAGTATTAATCAGGGATATACCTTCCTCTTCTGTACAGGTGATTGAatttctgtaggattttatcTTATGCACAGATTTCATGATATTTATTAGAGTATTTAATTGATTTTGTTTAACTGATATTGCGATCTTGCAGTCAATTTGGTCGGTGGATTATAAACTTTCAAAATTTAAGGagtgtgattttaattttagcattatttcattttaatccgACTTGTCTAACATGCACACTGTGCATTGTATTGCAGTTATAACGTTGATGATGCACTGTGAACAGGTTTAATTCAGCCAACACCAGCTCCTCCCCAAAGCAGTTGTATTTCTTGTTTCAATAGACACTACAGTTTAAATGCTGCATTCAGGATactatttaatacatttatccACCAACAATGCGATGTTAAACAATACTTCTATAAGgtttaaaggcttttttttttaactggaccACTAATCAGGATTTGCTGAAATAGCAGCCCAATAAATTCAGTAGCAATGGCTTGAATTTTCAGCACTTCCTgatttgagttttaaaaaactACTAAATCTTCCTTATTCTGCAGTATGGGATAAAGAgcagtcatttttaatacacaaTATTGATGCTGTCTTAAGTAAACCTCCGTTATTATGATTGTTGTATTTCAACATTCTGGAAAGATGAACGCCAAATGCCTCCACTTGTATTCGTTCAGAGTATGCTTGAGGTCTGCGAGCCGAACTGCTTGATGATATATGACCTAACTGTAGTTAAAGGTCATAGGACAGGGCATGGATGTATATTGTTGATCGTTGTAGAGTGCATCAGAATTGcgtctgtatttatgtatgttaaAAATAGATAATGTAATTAACAAGACATTTTTGCCACATGCATCTAGTGCATATATTCCTGCAACATTATTAGGTTATGCCCAAGTACAGTTCATTGTAAAGGTCTAATGGCTATTTATGCAGTGAAACcttaaaaaactgtaaattaaagcctgagaatgaatgaaggaataaa

Function

NR:

description
PREDICTED: rab5 GDP/GTP exchange factor-like

GO: NA

KEGG:

id description
K20131 RABGEF1; Rab5 GDP/GTP exchange factor

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_026941160.2 False 3857 mRNA 0.42 9 5060030 5070433
XM_034314758.1 True 3939 mRNA 0.41 9 5060175 5070433

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC113543019 zadh2 coding upstream 23585 5032249 ~ 5036445 (+)
bud23 wbscr22 coding upstream 469074 4583027 ~ 4590956 (+)
LOC113543006 sh2b2,LOC107573094 coding upstream 483382 4546135 ~ 4576648 (+)
cux1b cux1,LOC106581515,LOC105006988 coding upstream 526056 4376994 ~ 4533974 (+)
LOC113543315 LOC108280769,LOC108423999 coding upstream 709486 4315743 ~ 4350544 (+)
LOC113543113 NA coding downstream 185 5070618 ~ 5073139 (+)
ppm1lb ppm1l,LOC107722109,LOC107681725 coding downstream 51264 5121697 ~ 5191399 (+)
LOC113543161 arl14 coding downstream 126216 5196649 ~ 5197934 (+)
trim59 trim59 coding downstream 152100 5222533 ~ 5226707 (+)
ift80 ift80 coding downstream 179035 5249468 ~ 5322606 (+)
G314675 NA non-coding upstream 81064 4978021 ~ 4978966 (+)
LOC117599956 NA non-coding upstream 166752 4884210 ~ 4893278 (+)
G314636 NA non-coding upstream 213313 4846192 ~ 4846717 (+)
G314628 NA non-coding upstream 258927 4800652 ~ 4801103 (+)
G314609 NA non-coding upstream 279885 4779938 ~ 4780145 (+)
G314785 NA non-coding downstream 52265 5122698 ~ 5123402 (+)
G314800 NA non-coding downstream 150213 5220646 ~ 5221823 (+)
G314807 NA non-coding downstream 252891 5323324 ~ 5323675 (+)
LOC117599958 NA non-coding downstream 303997 5374430 ~ 5383232 (+)
G314833 NA non-coding downstream 304310 5374743 ~ 5374957 (+)
LOC113543089 mbp other upstream 101909 4901470 ~ 4958121 (+)
pou3f2b pou3f3,pou3f3a,LOC108280934,LOC105896554,LOC108266720 other upstream 270195 4787848 ~ 4789835 (+)
LOC113543063 stx1a,LOC105005600,LOC102795677 other upstream 297935 4592440 ~ 4762095 (+)
LOC113543208 LOC108280571,LOC108435486 other upstream 1570663 3423567 ~ 3489367 (+)
trnat-agu_12 NA other upstream 2170642 2889315 ~ 2889388 (+)
sptssb sptssb,LOC107567691,LOC107703014,LOC107750122 other downstream 17406 5087839 ~ 5091273 (+)
kpna4 kpna4,LOC107703033,LOC107750083,LOC107720438,LOC107662578 other downstream 130588 5201021 ~ 5216591 (+)
trnat-agu_13 NA other downstream 149112 5219545 ~ 5219618 (+)
si:dkeyp-97b10.3 LOC108280535 other downstream 270576 5341009 ~ 5370897 (+)
shox2 shox2,LOC107720426,LOC107598669,LOC107703017,LOC107709009,LOC107661335 other downstream 824071 5894504 ~ 5901566 (+)

Expression


Co-expression Network