afg1lb (lace1)


Basic Information

Item Value
gene id afg1lb
gene name lace1
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047624.1
NCBI id CM018570.1
chromosome length 11744058
location 10197716 ~ 10230807 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU487768
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>TU487769
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>XM_034302092.1
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Function

symbol description
lace1 peroxisome-assembly ATPase

NR:

description
lactation elevated protein 1 homolog B-like

GO:

id name namespace
GO:0000166 nucleotide binding molecular_function

KEGG:

id description
K18798 AFG1, LACE1; peroxisome-assembly ATPase

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU487768 False 2817 lncRNA 0.36 2 10226638 10230661
TU487769 False 631 lncRNA 0.43 4 10216076 10224843
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XM_034302092.1 False 2933 mRNA 0.43 13 10198146 10230807

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
nr2e1 nr2e1,LOC107726424,LOC107726614,LOC107602776,LOC107601200 coding upstream 22595 10167281 ~ 10175121 (+)
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smek1 ppp4r3a,smek1,LOC107726626,LOC107555622,LOC107698404,LOC107601285,LOC107696138 coding upstream 704114 9475295 ~ 9493602 (+)
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LOC113528867 LOC108439581,LOC108256302 coding upstream 755242 9387830 ~ 9442474 (+)
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G411024 snw1,LOC107681047,LOC107662182 non-coding downstream 323222 10554029 ~ 10557017 (+)
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G410936 snx3 other upstream 15044 10178049 ~ 10182672 (+)
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Expression


Co-expression Network