XLOC_005747


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_005747
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 4711269 ~ 4721332 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013548
agtctgagAAGAATATATAATGCGCTGAAGTCTCCTATACGCTCTGTTCTCAGATCAGTGTTTTGAATAAAAGGCAGCGCTGCAGCAATAGAGCTACAGCATCAAGACTGAGAGAGCAAAGACCGGCTAAATCAAGGGTATAAAGGTCATGGAGGgagaaagaagaaataaaaaatatccaaaaactCTTGTTGAACTGAAGTCTGTTAATCTGCAATCAGCATTCATAATAATCtttgctttttttattcatttatatataatttcccCATTTAAACATACATTCATGCAACACCCGCTTTAGAATAGATTccatatatatttgatatattattattattataataaaaaaataaaaccctgaaacatacataaaacacaatgaataaactaaaagaaGTTCAACTGAAGTTGAGATAATGGCCCGACCCGAGTCCCGACATCAACTGTATGTCTCGGGAAGTCAGTGTACTGGGCATCCTTGAGCAGAtgatactgtagtgtttttgctCAGCGACTTTATCTTGGAGTGTGTTTTAGGCTGAGTTTATGATTATGGGTCAAATAAGGCagaatggatggatatatttCACCTGTTTTGTACTGCTATGGACCATCTACGAATTTAAAATCGTCAATCATGACAACAAGATGGACAACTCTCATTTATTTAGTGTCATTAATGTGCACAGTGCCCTTGATTCTGACTTTCATTAACAACCTCACAGTTTCTCCAATGGTATCTTATTCAACCAGTGAGCTTTTAAGGTTAAGAATTAAAACATGTATAATGATTCAGTCATTTCCTTTAGGGTGATCAAAAAGGAGCGctccactttttcttttttataaacggAGTCCTTTTTCAAGAGACCAGGAGCTAAACAGTCGAGTTTTATCATTACAGCCAATCTTCAAGtgtggcgggagcacttttagcttagcttagcataaatcattgaaacagattggaccattagcatctaatgTAGCTGATATGTTTAGGAACTATACACTCACTCTGGTGTAATAATCAGGGGGCTTTGCTGTGATTATAATATGCAgctcctgaaaatagtccccagctaggtaacaACACCGTGTAATGTCTTAGCGGCTACAGCGGGATATgtcagcaaagttccttgattattacactaGAACAAGAGTAAAGTTCCTAGCTATatcggcctagaaaatagcaacttttcattttccatcagtcttagtacacaaagTTACTACAGAAGATTTAAGatttaaattggaaaattataCCATAAaattgagcaagatgctaatggtctaatctgattcaattatgtatgctaagctaagctaaaagtccaCCCACCAGACTTTGAGATTGGCTtaacagcttcaaaaattagggatcttctaaaatgagcctatttctaaAAAAGTGGATTGTTCCTTTAGCACTTAGGATCAGCACAATCCTACAATGTTGTCCCAGAACCAACAGTAGATATGCATTTATCCTCATTAGCTGTAACTAGATGAATAGAAGTGTCCAATCTGAAATAAACGCTCTTCATAAACAAAGtggaatttaaaaaattatatatatatatatatatatacatacagagagagaaagagagagagagagaagcctCTTTAGTGAAAACAGTGGGCCTTTAACGCATTTATTAGAAAACAACACCTACAGGTCCGGACTTGGTGTCAATGTAATTCAGCCATTCGCGCTGGAACTATTGCCATATGAAAACCACAGCTTggataaaggaatagttcacccaaaaattttaattctgaaaTGTACCAAAAATTAGGTTTAATCAGAATATTACCAGTCTACGACAATGCTTTTGTGCGCGCATGACCTTATTCTACAGTTCCTTTcattcagtgtcagtatagggtgcatgTTCAATAGATCACTGTGCTCTTTATGCATGTGACGCTTCGTTGAGCTTCTGAAATATTAACTCGGATACGCCTGTGCTTTGTTTAAAATGGAAGTCGCATGTTGGCATCTCGATATACATCAGTGCACAGTGCTCATAAATGTAAACCCTTTACTGACACAAGAAGGATCAGGTTAGGACTCTAGGCTGGCCATTTTATATTTTGaaagttttcagcttttttacagACTTATGTGACAGGGTTCATTGTTTTGTTAGTTGATTGGATGAAATGCGTGCTCTATAATGACACAATAAGGTTCGGGTTAGGACTGTAGGCTGGCCATTTTATATTTTGAAAGTTTTCAGCTTCTTTACACACTTGTGTGACAGGTTTCATTGTTCTGCTGGCTAATTTGGTAATGAAGTATGGGAAGGAACCACATGTTTCTGAggggttttttaaaaaaaacagttgcatGGTAAAAGAGGCCCAAATCAAAAAGGCCAAATCCATTTTCTGGACTTTTAATGAGTCAGAACTGTTGCTGTTTATGAAAGATgagagagctcctggatttcatctaaaatatcttaatttgtgttgcgAAGACAAACAAAGATCTCAGGGGTTTAGAAAGACATGAAGCCATGTCATTAATAAAAGAATTGTTCTCTTTTtttgtgggtgaactaaccctttaccAAGAACTGGATTGTTTGGTCTGTTTAAAAGAACAGTTCCTCATAAATAGGAATTCTGCCTTTTTTTACCTTGTCATTCCAAAGGGATAGGCTGTTCAATATAGATACATTTAAAAAACCTTCAGCTCTTTTCCAATAACACATAGTTTATAGTGATCATCTCTGTAAAGCTCTTATATAAAGGTACCACATATGACTTAAATCTCCTGAAGTCATACCTTTTTTTTTGCTTGAGGAACAGATTTTAAAAAACTACTTCACCTTAAAATGTCatcatcgtttactcatcctcAGATGGGTTCGGAACAACATGAAGGTGGGCAAATattgacacattttgtattttggGCAAATTACTTACTTGATTAACTAAGACTTCCAAATTCAGCCACTCTAAAAcgtaaaaatataaacatgaatGACATTTAATTTTGGCCTTAAAGAGATAAAAATGTCATCCGTTTATCAGAATTGTCAAATAGAAGATTTCAAATAGAGAGGAGTTATATTTAAAGACTATTATCCTTAAGTCAATGATGGTTTTTTTTGGCTTCCAGTAAGTTCTGTGGTTAACACAAGTTCATTATATTTCACAACTGAAAAGCCCATAGAATAGTACTAATGGCTTTAATTGTTGAGAGAACTAAGGTGAAACAAAGTCATTACAGCAGTGCTCCATGTAGTGTCTAAAATAATATTCTTATGATTTCAGATATTAAAATCTGGCATGTTCTTTTTGCCAGAGCTttacactgaagaaaaaaaacggaaaaaaaaaaactgttaaaagatGATTCCTttgtttactacattttttaaggtaagtggttgcaaacaatttatttgggttgagtttaaacaaataaatttagttgaacattactaaatttaattagtttgtttcagTTCAGCCcgaataaattgtttgcaacaattttgcagaaatcgtATTTTCAGTTTAGACTGGAGCTCACCCTTTGAGATTTAAACACATTATGAATTGAGGACTAAACTGTGTCAAAATCTCAACATGAATATGAATTTGTAATGACCACACCACAGAAAGTGATAAGTTACTTCACTTTTAAAGTCTGTTAAAAGTGACAagatgactttacttaaagtgagtaaacctgttataACTTAAACCTGAAGTTGGCTTcacttaattattataataatgcacATATTTCATTGACTtaattttaaaaggaacactaCAGTTTTACTTTGGAAATAGTAATTTTACGTCACTGAGCAAACTACAGGAACAGTATACAAaagtataatttaattttttgtctcTCTTCGTACACTATGTAAAAACAGAAGAGTCacactttaaataggaaaattataacAATTTTGGAGATGCTAATAATCCAATACAATTATTTATGCTAATCTAATTGTACTCCTGCCAGATCCTACTCTTGGTGACTTGTGAAATAAgtcaatttctaaaaaaaataaataaataaattatataaaatataataataataataataaaaaagtacagtgttcctcacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatcggtcccactttaaatgaaatgttcttaactaatatgtattgAAATTAAATACACGAAAATTAACAGTTTGTTAAAATGCACTTAAATGTACTTACGTTTTACATCGTACTTATGctacatgtaattacatctgtaatcaaTTTCTGCactacatttataattacactgttgatcattccttacaccttaacccacccttaaacctaaccACAACacccaaacctgtccctaaccctacctgtttcctacctcaagagcaccagaagtgttctgcaatacattatgaacacattaaatacagtatatttacattttaaagtaaacagTAGTTAAAGAACACAATATAAAATGGGACCatcaaaaacattattattttttttcaaattttggaATGacttgctaatggtctaatccgattgaatgatttatgctaagctaagctaataatGCTCCCGTAGGACACGAAGGAAAACAAGGAAAAAACTAACCTCTTTAATGCTTGGTGACATGTAAAATGAGGCtagttctaaaaaaaataaataaaaaaatacttttactgCTTGTTCTAACTTCTTATTTATGATAAGTTGAATCAACttaatttttgagtttttttgggggggggaacaactcttaattgttttatgtttaatcaacttaaattagcaaaaacaaatTAAGATAACTTAAACGATTTGTGTAGATaccacatgaaggaattgtgtggaacccagtgtttaaagcaatgggtttactcacatttttttttaagtaaattcaactaatcactttacaagcaacaggtttactcagtttaagtaaaatcaatccta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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013548 True 8594 lncRNA 0.32 2 4711269 4721332

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_005746 pla2g12b coding upstream 27674 4671698 ~ 4683595 (+)
XLOC_005745 NA coding upstream 44348 4641305 ~ 4666921 (+)
XLOC_005743 pde10a coding upstream 90554 4505079 ~ 4620715 (+)
XLOC_005744 NA coding upstream 157599 4553392 ~ 4553670 (+)
XLOC_005742 tbxtb coding upstream 257606 4439074 ~ 4453663 (+)
XLOC_005748 micu1 coding downstream 150554 4871886 ~ 4969687 (+)
XLOC_005749 mrps6 coding downstream 274101 4995433 ~ 5000739 (+)
XLOC_005750 psap coding downstream 283592 5004924 ~ 5028964 (+)
XLOC_005751 NA coding downstream 402098 5123430 ~ 5129369 (+)
XLOC_005752 CR788226.1 coding downstream 676209 5397541 ~ 5401220 (+)
XLOC_005739 NA non-coding upstream 302313 4398151 ~ 4408956 (+)
XLOC_005737 NA non-coding upstream 375367 4332745 ~ 4335902 (+)
XLOC_005734 NA non-coding upstream 519233 4181231 ~ 4192036 (+)
XLOC_005753 NA non-coding downstream 684818 5406150 ~ 5411457 (+)
XLOC_005754 NA non-coding downstream 731780 5453112 ~ 5463881 (+)
XLOC_005755 NA non-coding downstream 767926 5489258 ~ 5558521 (+)

Expression


Co-expression Network