AMCG00001644 (rab1a,LOC107676578,LOC103035225,LOC107666439,LOC107601860,LOC105005759,LOC107725478)


Basic Information

Item Value
gene id AMCG00001644
gene name rab1a,LOC107676578,LOC103035225,LOC107666439,LOC107601860,LOC105005759,LOC107725478
gene type coding
species bowfin (Amia calva)
category of species ecological fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030143.1
NCBI id CM030143.1
chromosome length 20516281
location 10709873 ~ 10717682 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome

Sequence

>AMCG00001644
CAGCAGGTTTGAGCATGCTTTTTTCTTGCTTGCTAATAAAACTCTCATTTACAGCTCGCATAGGTCATTATATAAGTCATTATATGTCACAGCTTTTTattgattgctttttattttaatttggtagCTTTACAGGTTGGATTCCTGTGCACTGAAGGTGGAAAGGGTAGTTTAGGAGACTGCAAGGTGATCACCTCTGAGGACTTGTACTGGTGTAGACTGAGCTGGCTGTGTGTGGTAGATGCCGACGGAGCAAGGTGCTCATTATAAGAGTGGGGGGGGAGTGTTAATGATTATATCTTAGCACTTTTAACTTGTGCCGTCCAAGGCAAATGCTAAAATGCATCAGTAAAGCctttttttatctgtttattatACTGTTAAATTGTATTCACAAGTTGTAGAGTGTGCCCTGTACTCTGGAACTTGTGATTAGCAGGGTTTTTCCTGTTTTCGAAGAATATCTGATTCAGTCACATCTTCTTAAATTGTTAATTACCCCCTTTTGCTTTAGTTTAATGTgatgcagtattttaaataattcagtagcagtattttatatttagattaagcaatatatttgtattttgcttttgatcaGATTTTATCCCCCAAATTCCACTGACAAATACAGACAAGGTGATATGTGTCCTTGGCTTtggtataaacacacacagctcaggTCCTTGCGTTGCTCTTGGTTTTCTATTGGTCTGTTTTCTGATtgacttaattgaattaattagtaACCTACAAACAAGTTGACCTcattacagatgttttattatGAGCATAGCTGTTCATTCTGAACAGTGTTTACTACTTTTATCAAAGTGTACTGTAACAATACAACTAAAACCAagaaactgtattttgtattagtataGGTTAATAGTATTTAGTTGTAAACTATACATAATTAATCAAGGGTAGTTACCTTGCAATACCCCAGATAGGTTTTTCCTTATGCACAATTTTATTTAGGCTATCCAGTGACCCTGTTAAACAGATGTAGGctttaactaaaacataaaatgctactcaatataatttaacaaaccATTGGGTTTCCAAGTACCCCTTGTCTAGAAAATTGAATATCTTCCTGTGATAATCTGCTAaagattttctttccttctatGGTTTTCTGAAATGAGACAAAGCCCCAATTTAGTGGTTCTGTCACTGTTTTGAAAACTAGTTACCCAAAATAAATGACCTGTGTGGGTGTCTCGCAGTGCTCAGCAGGAAATGGACATGACTGACAGCTCTCCTTGATTTTCTTGGTCTGCTGCTGCAGAGTTTTGGTATAAGATCTTAGAATCAAAAGAATAAACTATAAAAAGGATGTGAACTGTGTAAATTAATTTTTATTCAGCACATTCAGCACAAATACTTCTAATACTgtctacacatttttttatactAAGGAACAATTACAAGAACAATTCAACATATCAACCATAGTAGCTTGGGTGATTGTCATATACATTGATCCTTGAGGATTTAAATCACAATTGTTTTCTGCCTTAGAAATGTTTTCACTTGGAAAGATATTAACATAAATTGTCCTCTAGTTCTGTAACATGTGCAgagatttgtttgttgtgaagCTGAGGGTATTGATTTAGATTTCTCTAGAAATGAAACCACTCATTGGCATAACTGGAACACGACTCAACTCCCTAAGTCACAGCATTCTGGATATATTCATAGTGGGGTATGTAGCCTGCTTCCACTTTGCAGAATAACAGTGGTGATGCTAACTAggcagctttattttattgcctGATGTGGACAGATCTCTAtagttaaaactaaaataattcctttgctttatataattaaatgtctgCCATTGATTGCTTCAGTGCAGAAAGATATTCACTTTTACATGTCTTACATGGGGGATTGTTTAAATTCCACTGCCACACGCTTTGCTGGCATTATACAATTTAAGTGAGAAAATGGAGGCCAATAAATAgtttatgtaaaaatgaaagcCTAATCCTGaatttctctttaaaattaGATCTGTGAGAGATCTTTGAACCTGTTCAAGTTTGACGGCCTTGAATAGGAAGGGCAGTGCTGTGTTAAGCTCTCTCAGTGATGTGGCAGATCCTAGACAGCCAGGAAGTGCTGGGAACAGAGATTTCCTCCTGATATGTCTTTTCAAAGATAGGCACTCTTTAGATGCACCAGAATATAGGTTTCAAacaatgactgtctgaagttAGTTTAGGTTTGAATCCTTTCATTGTTTGACTAAGGTGTATTCATCTCATACTGTTTGGCTTGTCAACAAATGTTTTGGCCAGATGACACATTTTGCAGGCTTTTTCAATATCGCCAACACCGCgggctatttgtttttttttctgaccttTACTGAATGCATAGTACTCTTAAAGACCAAGCTACACATGTGATCCCTTGCAGCCAAACCTCTGTTGCTGTACTGCTCCTTGCTAATTTTGCAGGGCTCAGTTATCCATGCTGAATTGTATGATCATACACTCCACATGTGAGGGAGCATGTGTCAGCTTCTTTGCGACAGACTACAGTTTCTGAATGTTGGCTCCTGTGATCCAGTTGTAATGCATGATCTCGCACTCTGTGATCCCAGGCAAATGCAGGATATCCTGCCCTGATCACACCTTGTTCCTCGAGTGGGGAGTGGAATTCggatttcagttcagttaacACCTAACATTGTTTCGTCTTGGCAGGTGTGGAACGTCTAAAATATTAGTTTTGCCTCAGTGCATAGTAAGGGAAGGGACTAAGACTCACATTTTGTCTCGTATTGCTTCTCTGCAATACTTCCAACCTGGCTTTTGGGCAGGGAGGTTACCTCCAACTGTCATACTGTAGTACTAGTAGGTTAGACGCAACTGGAACTgtgttttatgattatattgAATGCTAGTCATGGCTTCAGAACGAAGATATCAGTGACTTGCTTGGATGAAAACTTTCATTTGAGAGTGAATTCTAAATTTGGTCTTCATAaacaaatttaataataaaatgggtATGAAAGCACCCTAAGAGAACCTTTTTGTTAGTCGAAGAATAAACAAAGCAATCGTGCAATTTCTGAGTtatgattttaatgtgtgtaatttgtgtttcagtgacTATTTATTCAAGCTGCTTCTGATTGGTGACTCTGGTGTTGGAAAGTCTTGCCTGCTCCTTCGGTTTGCAGATGACACGTACACAGAAAGCTACATTAGCACTATTGGTGTGGACTTTAAAATAAGAACTATAGAATTAGATGGAAAGACGATCAAACTTCAGATTTGGGACACAGCCGGACAGGAAAGGTTTCGAACGATCACATCCAGTTACTACAGAGGAGCACATGGCATTATAGTAGTGTATGATGTTACAGACCAAGAGTCTTTCAATAATGTTAAACAGTGGCTACAGGAGATAGATCGCTACGccagtgaaaatgttaacaagTTATTGGTAGGCAACAAGTGCGACCTAACTACAAAGAAGGTTGTGGATTACACAACGGCAAAGGAATTTGCAGATTCTCTGGGTATCCCCTTTTTGGAAACCAGTGCGAAGAATGCGACAAACGTAGAACAGGCCTTCATGACAATGGCTGCAGAGATTAAAAAGAGAATGGGCCCCGGGGCCACGGCTGGTGGCTCAGAGAAATCCAATGTCAAAATCCAGAGCACTCCGGTCAAGCCATCCTCCGGAGGATGCTGCTAAGGCCCTCTTCCACCCTCCCAAAATCTGATTTAATAAGCCCAAgagtaaaagagaaaaaaatacataaaagttgCCTGAATTGTACTGTATGTAGCTGCACTACTACAAATTCTCCAAACAAGGTCAGCAATCCAACGGTCAGCCTCTGGGCTGCTTTTATCCCCTCAATCCAAGACCGCTAACTTCATTTTCAGAACTGTTTTAAACCTTTGTGTGCAggtttataaataatgtgtgtaaATCTCATTGCATTCCTTCTGCAGGACTGTTCTGTGGTTGGGttcaataactttttttgttttttttttgtttatatcgGCATGTTTAGACGTCCATTTAGGTCCTCCTCTGAAGATGAAGTTCAGCCATTGCGTTTCAACCAACAGCACAACAGTGTTTCACTGTCTATGGCATCAGTAAAGTCTAGtgaaatgttatatatgtaaGATCTGATTTGCTAGTCCTATAGAGAGATAAAtggaataaattacattatccGATTGAGTAGTTTAACTTCATAATCTCTGCATATAATTTGTGGCTGCAGACTATTGTAATTTGTTGCACAATATGTAACATTAAACAACTgaagaaatgtttaataaatattgtacttATTGGAATTCCTACCACACTGTATGATAAAAATGAAACGATTGTCTGCGATTTCTAGTGGCATatgtagaatacattttgtgtgttttaattatttattctacaTTTATATGGCAAATATATTGTACCGGTAATTTAGACTGTTTGCAATTGGCCATGACCTGTGGACACCTGATTGCAAGTGGCAATGAAAGAATTGCTTATGAAACACTATGTTCTTTTTCATAATAAAGGCAActgaattcagttttaaatgagCTGGAAAACACTTCATAGCTAGGTTTTCTGTTACTTTATGAGCACTGTTGTCATGCCCGAGTATTGCATGTAGTTGTATTGGGTTAGATTGCTATCAACATGTCTGTCTTTTGCCTCCTTCACTGGAGGAGGTGACGACTCCTAAGAAATGTTCTTTCAGCTCCAGCAGTATTTACCCCCTCCTCATTTACAGGTATTGTTGGATGAATAATGGTGGATGTCTGCTTTTCCAGTCTCATTTTTCACAGCTCAGGTTTTTGAAATTGCACGTCCCATGAAAATTTGATTAATCCAATGCACCAGTTAGAACTTGAGGGTGCCGTTTTCAATGAAtacctgtatgtgtgtgtgtatatatatatatataaattatacacatgcatgcatttgtttgtaaaaGTCACTTCAGAAGACATTTAgccttattaaaatgaacacatccAAAACTACTGCTGTGTTAAATCCCCCAAGGGAACATAGAAATTGAATTTGGCACGATAAGGTTGTTCAACTTCTAATCACTATAGAaaggtgaaagaaaaatgtatcccATTCTGCAGCTGGTTCACTTGacatacatttcttttgtttatgGGGTGGGAGGGAGTTTTGGGATGGGTGGTTATTTGTACAGGCACTTAAACTAACATGCGCATGCATTGAGCTAAAAAGTCTGTAATTTCTATATATcaaagtgatttttattttgttctgaaagTAATCACCGTACATTTTAACTTACCTGTGGATATGCAAGATGTCTCTGGTGAAATCACACACTCACCTTGACACAGTTAAAATCGAGGACCACAAAAtgttctttgaaaaataatgctGTGTATTTTACCAAGTTTATTTTGTGGCTACCAGAACAGTGAAACTTAACTATTTTCATATATGAAAGACAATGTAAACCCAATAGTTGTCAGTTGCattaagaaatgaaaaacaatacattgtaaAGGCTTGAACTTGTATCAAAACTTTGTCAAGTGGCACTAACTAAGAAATTGTGGTTATTGGagaataatttgatttacagATTGCAGAGCATTCAAGAAAAATggttcattttaatgcagtcCCCCCATATATGAGTTCCTTAAGGTCTTAGAAGTTGGTAGGATCAGTACCAGTTCAAAGTACTGCTCTGCCAAGGCTTGTATATTTTTACTGATTGACCACTGGTTATAGTTGAGAGCTTGTTATAATTGTGCAGTTTTTCTTTAGTTAGGTAAGAGACTACTTGCTGCAGTCTCTTAGAACGTGCATAGTTTGTTGCGTGAATTGTGTACAATGAATTGGAACATTGCTCTGGCATTTTTGATcatttgcagtttttatttttatatattaatctgtagatttttttgtaacattaaaTAAGCAGCTATACCTGAAAAATGGTCCAATAgttttttttgcacattgtttATATACCAGTTGATTTTATTCCTGCATGTTAAGGCAGATCTATGCCAGTGGTCCTCAGACATGGGTGGGATGCTGTTCCTTGTGCAATTGCTCATTCACCTTGACTGGAAGTTCTTCAGCATGAGGCCACAATGGGAGTGGGAATAAGAGGACGAGAAGAAAAAACTGCCCACTGAAAATCTAGTAAATTAGTATGACGGAGTGCATTTcatatgtgaaaaataaaatattgaatgtgttAT

Function

symbol description
rab1a Enables GTPase activity. Involved in several processes, including COPII-coated vesicle cargo loading; growth hormone secretion; and positive regulation of macromolecule metabolic process. Located in Golgi apparatus and extracellular exosome.

NR:

description
PREDICTED: ras-related protein Rab-1A

GO: NA

KEGG:

id description
K07874 RAB1A; Ras-related protein Rab-1A

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
AMCG00001644 True 6284 mRNA 0.37 5 10709873 10717682

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
AMCG00001646 NA coding upstream 4596 10694966 ~ 10705277 (+)
AMCG00001639 c1d coding upstream 483791 10222565 ~ 10226082 (+)
AMCG00001640 wdr92,LOC107699151,LOC103374796 coding upstream 497799 10208776 ~ 10212074 (+)
AMCG00001641 ppp3r1b,LOC108441257,LOC107594412,LOC107558205,LOC107577029 coding upstream 507938 10199198 ~ 10201935 (+)
AMCG00001632 LOC107580235 coding upstream 531975 10174132 ~ 10177898 (+)
AMCG00001657 NA coding downstream 79046 10796728 ~ 10797750 (+)
AMCG00001654 NA coding downstream 134191 10851873 ~ 10870202 (+)
AMCG00001650 peli1b,LOC107583279,LOC107583565,LOC107720901,LOC107670869,LOC107654901 coding downstream 187792 10905474 ~ 10918546 (+)
AMCG00001651 NA coding downstream 201573 10919255 ~ 10937919 (+)
AMCG00001663 NA coding downstream 274396 10992078 ~ 11042644 (+)
G159294 actr2,actr2a,LOC108423375,LOC104930021 non-coding upstream 22437 10684782 ~ 10687436 (+)
G159273 NA non-coding upstream 261127 10441947 ~ 10448746 (+)
G159250 NA non-coding upstream 390729 10315061 ~ 10319144 (+)
G159204 NA non-coding upstream 639539 10069930 ~ 10070334 (+)
G159169 NA non-coding upstream 840270 9869168 ~ 9869603 (+)
G159333 NA non-coding downstream 42294 10759976 ~ 10760189 (+)
G159356 NA non-coding downstream 123415 10841097 ~ 10843834 (+)
G159377 NA non-coding downstream 249652 10967334 ~ 10968401 (+)
G159378 NA non-coding downstream 251719 10969401 ~ 10972090 (+)
G159441 NA non-coding downstream 499637 11217319 ~ 11221908 (+)
AMCG00001643 spred2 other upstream 32019 10655187 ~ 10677854 (+)
AMCG00001630 NA other upstream 550047 10157734 ~ 10159826 (+)
G159174 NA other upstream 795209 9913308 ~ 9914664 (+)
G158836 NA other upstream 2548058 8159146 ~ 8161815 (+)
G158725 kat14,LOC106584902 other upstream 2776318 7933156 ~ 7933555 (+)
AMCG00001645 NA other downstream 29807 10747489 ~ 10757858 (+)
AMCG00001691 NA other downstream 1612297 12329979 ~ 12333700 (+)
G160026 NA other downstream 3551933 14269615 ~ 14270190 (+)
AMCG00001760 mpc1,LOC107725004,LOC106589821,LOC107693783 other downstream 4613938 15331620 ~ 15334580 (+)
AMCG00001762 NA other downstream 4714655 15432337 ~ 15439031 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
zebrafish (Danio rerio) XLOC_005972 rab1ab coding NC_007124.7 CM002897.2 24402406 ~ 24411961 (+)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000012_12675446_12678283 RAB1A, RAB1AB coding CI01000012 null 12675311 ~ 12678283 (-)