XLOC_005973 (sertad2b)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_005973
gene name sertad2b
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 24500963 ~ 24524545 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00011806
GGCGATTGTGTCGGTCATAGTGACTGACTCCGGGCTCGCGGAGAGTCTGCTGTCCTTTTCTCTCTCCACAAACTCGCGGGCGACCTTTTTCGTCAGCTGCGGGACTTTCATCGCTGCGGACTGTCCACGATAAAACAAAGATCCATCCCGATGCTTCAGTTTATTTCCCCGGCTGAAGTAGACGAGATATATGTTGGGTAAAGGGGCAAAGCGGAAACTAGATGAGGATGAAGAGGGGCTGGAAGGCAAAGCGTTGGCGGCAGGGGCCGGAGCCGAAGGGCTGTCCAAGGTCTCCTACACCCTGCAGAGGCAGACTATCTTCAACATGTCTCTAATGAAGCTGTACAACCACCGGGCGGTCACCGAGCCCAGCCTGGAAAAACGTGTGCTTATAAACAACATGCTGAGGCGCATCCAGGATGAACTGAAGCAAGAGGGCAACCTTCGACCGCTCTTTTTCCCACCTTCCCCTCCACCTGATGACCCAGTAGATGAAAGTTTCCGCGAGCCACAGCCTGCTTTCAGCGTTTTGTCCATGGTGGCGCCCCCCATCTCCCAGTCCCCGGCTCTCTCCGCTTCTAGCCTGACATCCCCTTCATCAGGCCTGTCAAACCCAGCGCCTCTGGAGGCCTGTCTCACCCCGGCCTCTCTTTTAGAGGAGgacaatgtctccctttgcacaTCACCCTCACCGCTCGCTCCCCCTGCTCCTACATCAAGACTCTCTCCATCTGTGGCCAGAGATAGCTTCTCTTCAGCCCTGGATGAGATTGAGGAGCTCTGTCCTTCACCTTTACCTACAGCTACGTCAGCGCCCGGTGCTACCTCCCCCTCGCCTCTCCAGTTGTGTCCCCCCAGCTTAAACTCAGGGGCCTTGGACTCCAAAGACTGCAGTAAGCCCTGCAGCCCGAAGCTTGAAGGGCTGGTCCCGCTGGCCGAGGAACGTTCAGCGGTCCCCAACACACCAGAGACTCTTCCTCCTAACAGCCTGGACATGAGCACCTCTCCGTCAGCCTCGTCCTCTGGATTTCTGACGGACCTAGCTCTGGACGACATCCTCTTTGCAGACATTGACACCTCCATGTACGACTTTGACCCCTGCACCTCATCCTCAGGTGCGGCACCATCAAAACTGGCGCCCATGGTGACTGCGGATGAGCTTCTCAAGACTTTTTCGCCATACAGTGGTGCCGCTCCTGCTGTCAGCTCCAACCAGCCTTTCAAAATGGACCTCACAGAACTGGACCATATCATGGAGGTGCTTGTGGGATCGTGACCGGGGTTTGGAAGGGAACTTGCTCGGGGGAGGAAATGCAAATCCAATCAAAGAGTTTTTAAATGcagaacagaacaaaactgaAGAATTACTTTGTGAGTGTTTGgtttttttgtacagtttttttttgtgtttgttttgtttttaaagactaATGTCCATTTTAATGGTGATGTTGCCCAGTACTACTTCTCAACACTGTGCATGCACTGTGCTTGCCTTTCCCAAAAAATTGAACATGAGGAAATCTTACGGAACACATTTTGGATTCTGGCCGATCCGAGTGCCTTCATCATTTACGACCACTTGGTAAATTCTTGTTTGTTTGTCTCGTCTCTTTATTTCCTCGTCATTTCTAATTGAACAAGATGGATTATCAGCTGTACTGTCTCTCTTTCCCCTTCTCAGCATACAGGTGCAAGAATGTGCAACGGCAGCCTTGTTCTCATGTTCATTTTCACAAAGCACAATGATTTTGAAAGCAGAATGTTGCTATTTTATGTTTATGTGGTGTTTTTTTATGTTCAGAgctgttttattgctttttagtaatatttaaaataggctgtTAATATGTGGTCATCTATTCATTGAATTGTTTGTCTGCTTCcgcttaaaggggtagttcaccatTTACTCAACCTCCTTCCAAggctgtatgagtttctttcttctgtcggaTAAAAAAGATACAGTCAAGCCTAAAATTATTCACAGCCCTTGTAAATTCCTACTTCGTTAATTTAAATCAACCAGCAGGTTTTTTTTTCCCAGAAATGACAGAAAATTATCCTAAAAGATAATAAGATGATTTACAATAGGCATCATtgtctaaaaaaatatttctccGCTTTTATGAACAAAAAGTggcagtcagaatttgccaggggcaTGAATAGTTTCAGGCTTGACTATATGACTattggctctattttaacgatctaggtgcaaagtctaaagcacatgaaGCAAAAGCAttagggcgtgtctgaatccactttttcaattttaaggatagaaaaatatgctctgcaccccagcgcatggtctaacagggttgtgcttattctcttaatgagttatgggtgtgttttgagcatatcgTACATTAAACCAGTCAGAGTCTCTGTCTGCAGAGAAATGAGcatcctccattcggcctctttactttttctttacttttactctttactccttcacTTCCGTGGATAAGAAAACGGTGTTACGCACTTTACTAAAGACGTCTTTCatcctacatatttaatttcgtttaagcacaaagatttgtttcaaaactatttctaaatttagttctaatttccagcaaaggaataaatgaacagtaattatatccaaacacgcgtcctattcttatgccccatatggtgatgcattcgtctacaaaacctgacaggtggacaaatataaacgtgttgttaataataacattataaaatgcaaattgtcatgaataaactgaaaaaagccacTCGAGATAAGGCatagaggcagtggtttttatatttatgtagaaaataattatttttgagaCATTTAattgcattgtattttattttaatttcaatgttaattaaataacattttattgctgtacatcctgtgtgtattaagcaatgcgtACGCGTTTGGACtcgcataggcgcataactaatgtGCTCTGCGCTGTACTTTAGATAGTTAATGGTGCagcctatttcagttcctcaaaatagcaatgcgccttaacacacctcctttatagatcggcacacccatgagtccacaaagtggcgcaaatagatttgctatgtaaacaacatggtgcaaaatgtgaaaatgactgttgcgctggtctaaaaatagcaacaaatcgtgcccAACACGTCTTGCTCCTTATTGctctgggtgtatgatagggccctttatctCTTGActatattaaaaatttattttgtccaaataatgaaagtcaatgagtTTCAGTATTCTTTGCACACCATTCTTTAAACTATGTTCTGCTTCACAGAAGAAATCAAATCTTTTTGGTCTGGAGCAATATAGAGTTGAGTAAATGATAAGATTTTCATTCTGGTGGAACTATCCATTTAACCTTCCTTcaacaaaacatatatatatatttatgaaatgaaAGCATTTATGGATTGTGGTTTACCAGGTTATTTATACATTTGATGTGTGTAGTGGTCAGATATTTACAGTCAACCAACCAAATTTCTTGCGATCTGCCATAACGGCTCAAGATTCCATTTGTTTACATCTCAGCTGGCAATAAGCGAACGTTTGTTCTGATGCACATTGTTTTACAGATACATTTCTTCAATTAATAAGCCAATGCTAAACCCCTTTACGCTACAAATACTGTATGCAATCAATGCTTTTCTGATCAGTAATAAGCAAACTGTCAACTTCTCTCAGCCATTTCCTTTTTTATCTGTGTCAAGGCATTGTTGGAACTTCCCTTTTTTGGCCTTTGTTTTTGTCCTTCTATCATCACTCAGTTTTAGCCGGTTCAGTTTTAATGCTACACTAATGCAAAGAGGGTCTATGCATGTCTGCTCATGCAAAATGGGGCGAAATTCAGACCACCGTACTGGACATGCAAGTTTATAAGTACTATTCAGTTACCATCATCATCTGTTTGCCAAACATTTCTGTCATACACATCTCTCAACGGTACATTTCTGTTAACATACTAATGCATGCAGGATTATAGCTCATAATTGTACAGATGATTTTTGTATGGTTTGgtcttattttattatatttataccaTTGTTTTGTTTGAGTTTTATTGATTGTGTCTGTTCATGTTCCAGTCAGACTTTCTCTCTGATGTCCTGCTGGGTTCTAGTGTCGTTTTGGCCAGTAGATATGGCCATATTACATTTTAGCTGGGGAGTTTGATATGCACAAGTATGAGGGGAAAGTATTCTGCATGTATGTGCAATAAACAGCACAGTATATTTGCTATTAAGAAACACTGAAGGCAATGAGGATGGTTGGAAGGATCATTTTATGTGTCTGACATAAAAGGAAAGGGACCATTTATCATATCAGCTGTATTAGACTGACATAAACTAGCTAATTAAATATACACACCGACAAAAACTGTGCATAATATGCCTTGGTAAGGATCAACTGGGGACGGAAGGAGCGTGCAATGTCAGAGAGAGAGGAAAACGTAGACATTTATTCTTCAATAAGTGTGACCAGTCATAATCTGATGTTTTAAGAGACATTTTTGGTTGGTTTTCACCCAGAGTTCAAAAGAGAGAATGTCTGCGAATTGAAAACATGCGTGAATGAGAGCCGGACAAAAAAACCATGGAATCAAAACTATGATTAATATTACTTCTAGGATTTTTGGATTTGGAGTGTttgttttaagttatttattgttttgtttcctgtgtaaatatatttattttatttcttccgATGTTAAGCTAACATCCAGATTGTAATTTGTACAGAATATGAGATAGGAATGTATTATGCTTACGGGAATGTATCACTGCTTATTAATTGGGGTGGAAGccattttgtttatgtttgtttcatcttgttttaatatgcattattttatGTTTCTCGTATGATCATTTGGGGTGGCGTTCGTGCTAGATGTTGAGATCAACATGCTCTGCCCCTATTTAATTATgagtatttaatgttttatgtatttcAGATTGTGTGCAAGGGA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>TCONS_00011807
AGATATATGTTGGGTAAAGGGGCAAAGCGGAAACTAGATGAGGATGAAGAGGGGCTGGAAGGCAAAGCGTTGGCGGCAGGGGCCGGAGCCGAAGGGCTGTCCAAGGTCTCCTACACCCTGCAGAGGCAGACTATCTTCAACATGTCTCTAATGAAGCTGTACAACCACCGGGCGGTCACCGAGCCCAGCCTGGAAAAACGTGTGCTTATAAACAACATGCTGAGGCGCATCCAGGATGAACTGAAGCAAGAGGGCAACCTTCGACCGCTCTTTTTCCCACCTTCCCCTCCACCTGATGACCCAGTAGATGAAAGTTTCCGCGAGCCACAGCCTGCTTTCAGCGTTTTGTCCATGGTGGCGCCCCCCATCTCCCAGTCCCCGGCTCTCTCCGCTTCTAGCCTGACATCCCCTTCATCAGGCCTGTCAAACCCAGCGCCTCTGGAGGCCTGTCTCACCCCGGCCTCTCTTTTAGAGGAGgacaatgtctccctttgcacaTCACCCTCACCGCTCGCTCCCCCTGCTCCTACATCAAGACTCTCTCCATCTGTGGCCAGAGATAGCTTCTCTTCAGCCCTGGATGAGATTGAGGAGCTCTGTCCTTCACCTTTACCTACAGCTACGTCAGCGCCCGGTGCTACCTCCCCCTCGCCTCTCCAGTTGTGTCCCCCCAGCTTAAACTCAGGGGCCTTGGACTCCAAAGACTGCAGTAAGCCCTGCAGCCCGAAGCTTGAAGGGCTGGTCCCGCTGGCCGAGGAACGTTCAGCGGTCCCCAACACACCAGAGACTCTTCCTCCTAACAGCCTGGACATGAGCACCTCTCCGTCAGCCTCGTCCTCTGGATTTCTGACGGACCTAGCTCTGGACGACATCCTCTTTGCAGACATTGACACCTCCATGTACGACTTTGACCCCTGCACCTCATCCTCAGGTGCGGCACCATCAAAACTGGCGCCCATGGTGACTGCGGATGAGCTTCTCAAGACTTTTTCGCCATACAGTGGTGCCGCTCCTGCTGTCAGCTCCAACCAGCCTTTCAAAATGGACCTCACAGAACTGGACCATATCATGGAGGTGCTTGTGGGATCGTGACCGGGGTTTGGAAGGGAACTTGCTCGGGGGAGGAAATGCAAATCCAATCAAAGAGTTTTTAAATGcagaacagaacaaaactgaAGAATTACTTTGTGAGTGTTTGgtttttttgtacagtttttttttgtgtttgttttgtttttaaagactaATGTCCATTTTAATGGTGATGTTGCCCAGTACTACTTCTCAACACTGTGCATGCACTGTGCTTGCCTTTCCCAAAAAATTGAACATGAGGAAATCTTACGGAACACATTTTGGATTCTGGCCGATCCGAGTGCCTTCATCATTTACGACCACTTGGTAAATTCTTGTTTGTTTGTCTCGTCTCTTTATTTCCTCGTCATTTCTAATTGAACAAGATGGATTATCAGCTGTACTGTCTCTCTTTCCCCTTCTCAGCATACAGGTGCAAGAATGTGCAACGGCAGCCTTGTTCTCATGTTCATTTTCACAAAGCACAATGATTTTGAAAGCAGAATGTTGCTATTTTATGTTTATGTGGTGTTTTTTTATGTTCAGAgctgttttattgctttttagtaatatttaaaataggctgtTAATATGTGGTCATCTATTCATTGAATTGTTTGTCTGCTTCcgcttaaaggggtagttcaccatTTACTCAACCTCCTTCCAAggctgtatgagtttctttcttctgtcggaTAAAAAAGATACAGTCAAGCCTAAAATTATTCACAGCCCTTGTAAATTCCTACTTCGTTAATTTAAATCAACCAGCAGGTTTTTTTTTCCCAGAAATGACAGAAAATTATCCTAAAAGATAATAAGATGATTTACAATAGGCATCATtgtctaaaaaaatatttctccGCTTTTATGAACAAAAAGTggcagtcagaatttgccaggggcaTGAATAGTTTCAGGCTTGACTATATGACTattggctctattttaacgatctaggtgcaaagtctaaagcacatgaaGCAAAAGCAttagggcgtgtctgaatccactttttcaattttaaggatagaaaaatatgctctgcaccccagcgcatggtctaacagggttgtgcttattctcttaatgagttatgggtgtgttttgagcatatcgTACATTAAACCAGTCAGAGTCTCTGTCTGCAGAGAAATGAGcatcctccattcggcctctttactttttctttacttttactctttactccttcacTTCCGTGGATAAGAAAACGGTGTTACGCACTTTACTAAAGACGTCTTTCatcctacatatttaatttcgtttaagcacaaagatttgtttcaaaactatttctaaatttagttctaatttccagcaaaggaataaatgaacagtaattatatccaaacacgcgtcctattcttatgccccatatggtgatgcattcgtctacaaaacctgacaggtggacaaatataaacgtgttgttaataataacattataaaatgcaaattgtcatgaataaactgaaaaaagccacTCGAGATAAGGCatagaggcagtggtttttatatttatgtagaaaataattatttttgagaCATTTAattgcattgtattttattttaatttcaatgttaattaaataacattttattgctgtacatcctgtgtgtattaagcaatgcgtACGCGTTTGGACtcgcataggcgcataactaatgtGCTCTGCGCTGTACTTTAGATAGTTAATGGTGCagcctatttcagttcctcaaaatagcaatgcgccttaacacacctcctttatagatcggcacacccatgagtccacaaagtggcgcaaatagatttgctatgtaaacaacatggtgcaaaatgtgaaaatgactgttgcgctggtctaaaaatagcaacaaatcgtgcccAACACGTCTTGCTCCTTATTGctctgggtgtatgatagggccctttatctCTTGActatattaaaaatttattttgtccaaataatgaaagtcaatgagtTTCAGTATTCTTTGCACACCATTCTTTAAACTATGTTCTGCTTCACAGAAGAAATCAAATCTTTTTGGTCTGGAGCAATATAGAGTTGAGTAAATGATAAGATTTTCATTCTGGTGGAACTATCCATTTAACCTTCCTTcaacaaaacatatatatatatttatgaaatgaaAGCATTTATGGATTGTGGTTTACCAGGTTATTTATACATTTGATGTGTGTAGTGGTCAGATATTTACAGTCAACCAACCAAATTTCTTGCGATCTGCCATAACGGCTCAAGATTCCATTTGTTTACATCTCAGCTGGCAATAAGCGAACGTTTGTTCTGATGCACATTGTTTTACAGATACATTTCTTCAATTAATAAGCCAATGCTAAACCCCTTTACGCTACAAATACTGTATGCAATCAATGCTTTTCTGATCAGTAATAAGCAAACTGTCAACTTCTCTCAGCCATTTCCTTTTTTATCTGTGTCAAGGCATTGTTGGAACTTCCCTTTTTTGGCCTTTGTTTTTGTCCTTCTATCATCACTCAGTTTTAGCCGGTTCAGTTTTAATGCTACACTAATGCAAAGAGGGTCTATGCATGTCTGCTCATGCAAAATGGGGCGAAATTCAGACCACCGTACTGGACATGCAAGTTTATAAGTACTATTCAGTTACCATCATCATCTGTTTGCCAAACATTTCTGTCATACACATCTCTCAACGGTACATTTCTGTTAACATACTAATGCATGCAGGATTATAGCTCATAATTGTACAGATGATTTTTGTATGGTTTGgtcttattttattatatttataccaTTGTTTTGTTTGAGTTTTATTGATTGTGTCTGTTCATGTTCCAGTCAGACTTTCTCTCTGATGTCCTGCTGGGTTCTAGTGTCGTTTTGGCCAGTAGATATGGCCATATTACATTTTAGCTGGGGAGTTTGATATGCACAAGTATGAGGGGAAAGTATTCTGCATGTATGTGCAATAAACAGCACAGTATATTTGCTATTAAGAAACACTGAAGGCAATGAGGATGGTTGGAAGGATCATTTTATGTGTCTGACATAAAAGGAAAGGGACCATTTATCATATCAGCTGTATTAGACTGACATAAACTAGCTAATTAAATATACACACCGACAAAAACTGTGCATAATATGCCTTGGTAAGGATCAACTGGGGACGGAAGGAGCGTGCAATGTCAGAGAGAGAGGAAAACGTAGACATTTATTCTTCAATAAGTGTGACCAGTCATAATCTGATGTTTTAAGAGACATTTTTGGTTGGTTTTCACCCAGAGTTCAAAAGAGAGAATGTCTGCGAATTGAAAACATGCGTGAATGAGAGCCGGACAAAAAAACCATGGAATCAAAACTATGATTAATATTACTTCTAGGATTTTTGGATTTGGAGTGTttgttttaagttatttattgttttgtttcctgtgtaaatatatttattttatttcttccgATGTTAAGCTAACATCCAGATTGTAATTTGTACAGAATATGAGATAGGAATGTATTATGCTTACGGGAATGTATCACTGCTTATTAATTGGGGTGGAAGccattttgtttatgtttgtttcatcttgttttaatatgcattattttatGTTTCTCGTATGATCATTTGGGGTGGCGTTCGTGCTAGATGTTGAGATCAACATGCTCTGCCCCTATTTAATTATgagtatttaatgttttatgtatttcAGATTGTGTGCAAGGGAAAGGTTTGTGAAGCAATACTTTATTCTCTGCAAACTTTTAGATTTCAATCTTCCAAAGCCTATTTCTGGGGAAAACAAATCTTTTTGAGAACCCTCAATGCCAAAtgtaaaaagaagaagaagaaaggcaGCATGATTTTTGAtgatattggttgttgtttttttaaatggtatCTCACTGTCC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Function

symbol description
sertad2b Predicted to be involved in chromatin-mediated maintenance of transcription. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human SERTAD2 (SERTA domain containing 2).

GO:

id name namespace
GO:0048096 chromatin-mediated maintenance of transcription biological_process
GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0140110 transcription regulator activity molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030616-569 Predicted to be involved in chromatin-mediated maintenance of transcription. Predicted to be active in nucleus. Orthologous to human SERTAD2 (SERTA domain containing 2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000055530

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00011806 False 5555 mRNA 0.40 2 24500963 24524545
TCONS_00011807 True 5361 mRNA 0.40 1 24519175 24524535

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_005972 rab1ab coding upstream 89002 24402406 ~ 24411961 (+)
XLOC_005971 zgc:153169 coding upstream 98863 24396666 ~ 24402100 (+)
XLOC_005970 pdcd2 coding upstream 117158 24380132 ~ 24383805 (+)
XLOC_005969 ccsapb coding upstream 206860 24287093 ~ 24294103 (+)
XLOC_005968 acta1b coding upstream 216521 24279021 ~ 24284442 (+)
XLOC_005974 lgalslb coding downstream 27709 24552254 ~ 24554028 (+)
XLOC_005975 NA coding downstream 46075 24570620 ~ 24572928 (+)
XLOC_005976 echs1 coding downstream 54563 24579108 ~ 24582236 (+)
XLOC_005977 fuom coding downstream 59856 24584401 ~ 24586483 (+)
XLOC_005978 NA coding downstream 73120 24597665 ~ 24649939 (+)
XLOC_005962 CR352246.1 non-coding upstream 679663 23821186 ~ 23821300 (+)
XLOC_005959 NA non-coding upstream 1090453 23388493 ~ 23410510 (+)
XLOC_005957 CR356222.1 non-coding upstream 1260386 23227531 ~ 23240577 (+)
XLOC_005954 NA non-coding upstream 1454094 23032097 ~ 23046869 (+)
XLOC_005951 NA non-coding upstream 1659569 22840009 ~ 22841394 (+)
XLOC_005984 AL929005.1 non-coding downstream 304208 24828753 ~ 24828869 (+)
XLOC_005997 BX530079.1 non-coding downstream 919439 25443984 ~ 25444523 (+)
XLOC_006005 NA non-coding downstream 1245454 25769999 ~ 25782811 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000012_12613737_12614861 SERTAD2 coding CI01000012 null 12611559 ~ 12616211 (-)