G40519


Basic Information

Item Value
gene id G40519
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000005
NCBI id null
chromosome length 7630583
location 7292072 ~ 7317486 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU45965
CTCTCCAGTTCTGTCAGGTTGGTGGTAAACGTTTGTGGACAGCCATTTTTAGGTCTCTCCAGAGATGCTCAATTGGGTTTAAGTCAGGGCTCTGGCTGGGCCATTCAAGAACAGTCACGGAGTTGTTGTGAAGCCACTCTTTCGTTATTTTAGCTGTGTGCTTAGGGTCATTGTCTTGTTGGAAGGTAAATCTTCGGCCCAGTCTGAGGTCCTGAGCGCTCTGGAGAAGGTTTTCGTCCAGGATATCCCTGTACTTGGCCGCATTCATCTTTCCCTCGATTGCAACCAGTCGTCCTGTCCCTGCAGCTGAAAAACACCCCCACAGCATGATGCTGCCACCACCATGCTTCACTGTTGGGACTGTATTGGACAGGTGATGAGCAGTGCCTGGTTTTCTCCACACATACCGCTTAGAATTAAGGCCAAAAAGTTCTATCTTGGTCTCATCAGACCAGAGAATCTTATTTCTCACCATCTTGGAGTCCTACATGCGGGCTTTCATGTGTCTT
>TU45983
CGAGCTCGAGCGCGTTCAAAACATCGGCGGGAGGCGCTTGATGCACAGTCGGATTGTGATAATATATTCTTTTAATATCAGGATTATAAATATAAAATTACAACTAGGCCAGTGTTTACAGTTAGATTCAGTGGTTTAATGCTCCCTCATGCCCGGAACTAAAGTTAAAGTGTTATTAAATTGAAGCGGGAAGGCTGGAAACCAACTAGCAGCTCTAGGAAATGTAGTACATATTTTGATTCTGGGAAGCCATCAGATGACCATGTAAGTCCAGACTGCAGAAAGGCTTCAGTGAACTATAACATGCTGCTGTGGATCAGTCCTGAAGACACCAGTGATTTACAGAAAATGTCCTGTTCATACCATATGCATCAATGGAATCCAGGACTCACAGTCATCTTTTCTGCTGCCTTTTCTTTCTGACTTCTGGACAATGAGGTATTCGTTTCCAATTCTCCCTATCAATTAGCATTTCAATAAATGTAATTAAAAAAGTAAAATTAAATGAGAATTCATCAGTGCAGTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGATATTAAAACAACCA
>TU45979
CGAGCTCGAGCGCGTTCAAAACATCGGCGGGAGGCGCTTGATGCACAGTCGGATTGTGATAATATATTCTTTTAATATCAGGATTATAAATATAAAATTACAACTAGGCCAGTGTTTACAGTTAGATTCAGTGGTTTAATGCTCCCTCATGCCCGGAACTAAAGTTAAAGTGTTATTAAATTGAAGCGGGAAGGCTGGAAACCAACTAGCAGCTCTAGGAAATGTAGTACATATTTTGATTCTGGGAAGCCATCAGATGACCATGTAAGTCCAGACTGCAGAAAGGCTTCAGTGAACTATAACATGCTGCTGTGGATCAGTCCTGAAGACACCAGTGATTTACAGAATCTGGAGGTCCACTGGTGGGTTCAGATCCAGGGTCGATTTAAGAAAATCCTCCAGGAAAGAAATCATGTCAGAAGAGTTTTCCTCAGCTTTTTCCGGTACGCCGTAAATCCTGATGTTCGACCCTCTTGGTCATTTAGCCTGGCTTCAATTTGTTCAGTTAGCTGTAGCATCTCTTCCAGCACTTCTTCAGTGTTTTGGATTCGGGTCTC
>TU45977
CGAGCTCGAGCGCGTTCAAAACATCGGCGGGAGGCGCTTGATGCACAGTCGGATTGTGATAATATATTCTTTTAATATCAGGATTATAAATATAAAATTACAACTAGGCCAGTGTTTACAGTTAGATTCAGTGGTTTAATGCTCCCTCATGCCCGGAACTAAAGTTAAAGTGTTATTAAATTGAAGCGGGAAGGCTGGAAACCAACTAGCAGCTCTAGGAAATGTAGTACATATTTTGATTCTGGGAAGCCATCAGATGACCATGTAAGTCCAGACTGCAGAAAGGCTTCAGTGAACTATAACATGCTGCTGTGGATCAGTCCTGAAGACACCAGTGATTTACAGGTGGAAGAGAATTAATGTCACAGTTATAATAACCTGGGGAACTAAAGAGACCTTTCTCCTGACTCTGAGAAACAGGAACCTGATGGATCTTATCTGGGGCCCCTGGGAGCCTTCCAAAGCTCTGAACTCCAAGTTGGTGACCCCAAAACCCCAATGGGGTCACCTGTGGGGTGCTCATCCTGCTAAAATGAGAGAAATCAGGGAATTGGGATCGTTCAGGGGCGGGCTAGTACTGTCACAATATGTCCCTGATATGAGGGAATGTGTTCTATTTAAATCATATTTAAATTAATGTAAAATAAAATATTTTAAGATATTAACATCATAAAATAGTTTTGTATCATATTCAAAATATTTCTTAAAACGCTCAAACTTGAATTCCGTAAAATGTCTTGTTTATACCAAATGTGTCAACGATATCAAGGACCCTTCTGTTTTAATTCATTAATTCATATATTTCAAAGTATAGTCAAATATTTAAAATATATTAAACTGAATATTGAATATTTTAAAATATTCAAATAATATTCTATTTATATGTAAAAAATTATATTATCTTTGTTTAAAACACTCAATGTTTGAATTGTCAATTCCATAACATTCCTTGTTTATACTTTATGCATTAATGATATTAGGGACCCTTTATATTGTACATTGTTTAAATCATATGTAAAT
>TU45960
CGAGCTCGAGCGCGTTCAAAACATCGGCGGGAGGCGCTTGATGCACAGTCGGATTGTGATAATATATTCTTTTAATATCAGGATTATAAATATAAAATTACAACTAGGCCAGTGTTTACAGTTAGATTCAGTGGTTTAATGCTCCCTCATGCCCGGAACTAAAGTTAAAGTGTTATTAAATTGAAGCGGGAAGGCTGGAAACCAACTAGCAGCTCTAGGAAATGTAGTACATATTTTGATTCTGGGAAGCCATCAGATGACCATGTAAGTCCAGACTGCAGAAAGGCTTCAGTGAACTATAACATGCTGCTGTGGATCAGTCCTGAAGACACCAGTGATTTACAGGTGGAAGAGAATTAATGTCACAGTTATAATAACCTGGGGAACTAAAGAGACCTTTCTCCTGACTCTGAGAAACAGGAACCTGATGGATCTTATCTGGGGCCCCTGGGAGCCTTCCAAAGCTCTGAACTCCAAGTTGGTGACCCCAAAACCCCAATGGGGTCACCTGTGGGGTGCTCATCCTGCTAAAATGAGAGAAATCAGGGAATTGGGATCGTTCAGGGGCGGGCTAGTACTGTCACAATATGTCCCTGATATGAGGGAATGTGTTCTATTTAAATCATATTTAAATTAATGTAAAATAAAATATTTTAAGATATTAACATCATAAAATAGTTTTGTATCATATTCAAAATATTTCTTAAAACGCTCAAACTTGAATTCCGTAAAATGTCTTGTTTATACCAAATGTGTCAACGATATCAAGGACCCTTCTGTTTTAATTCATTAATTCATATATTTCAAAGTATAGTCAAATATTTAAAATATATTAAACTGAATATTGAATATTTTAAAATATTCAAATAATATTCTATTTATATGTAAAAAATTATATTATCTTTGTTTAAAACACTCAATGTTTGAATTGTCAATTCCATAACATTCCTTGTTTATACTTTATGCATTAATGATATTAGG
>TU45980
AGACACAAAATATTTATTTATTTTCAACGGCTATTTGTCTGTTTAAGGAAATGACGTCTTTGTGCCTTGGACGTTTCCGGTTAGGTGTCGAGCTCGAGCGCGTTCAAAACATCGGCGGGAGGCGCTTGATGCACAGTCGGATTGTGATAATATATTCTTTTAATATCAGGATTATAAATATAAAATTACAACTAGGCCAGTGTTTACAGTTAGATTCAGTGGTTTAATGCTCCCTCATGCCCGGAACTAAAGTTAAAGTGTTATTAAATTGAAGCGGGAAGGCTGGAAACCAACTAGCAGCTCTAGGAAATGTAGTACATATTTTGATTCTGGGAAGCCATCAGATGACCATGTAAGTCCAGACTGCAGAAAGGCTTCAGTGAACTATAACATGCTGCTGTGGATCAGTCCTGAAGACACCAGTGATTTACAGGTGGAAGAGAATTAATGTCACAGTTATAATAACCTGGGGAACTAAAGAGACCTTTCTCCTGACTCTGAGAAACAGGAACCTGATGGATCTTATCTGGGGCCCCTGGGAGCCTTCCAAAGCTCTGAACTCCAAGTTGGTGACCCCAAAACCCCAATGGGGTCACCTGTGGGGTGCTCATCCTGCTAAAATGAGAGAAATCAGGGAATTGGGATCGTTCAGGGGCGGGCTAGTACTGTCACAATATGTCCCTGATATGAGGGAATGTGTTCTATTTAAATCATATTTAAATTAATGTAAAATAAAATATTTTAAGATATTAACATCATAAAATAGTTTTGTATCATATTCAAAATATTTCTTAAAACGCTCAAACTTGAATTCCGTAAAATGTCTTGTTTATACCAAATGTGTCAACGATATCAAGGACCCTTCTGTTTTAATTCATTAATTCATATATTTCAAAGTATAGTCAAATATTTAAAATATATTAAACTGAATATTGAATATTTTAAAATATTCAAATAATATTCTATTTATATGTAAAAAATTATATTATCTTTGTTTAAAACACTCAATGTTTGAATTGTCAATTCCATAACATTCCTTGTTTATACTTTATGCATTAATGATATTAGG
>TU45961
CGAGCTCGAGCGCGTTCAAAACATCGGCGGGAGGCGCTTGATGCACAGTCGGATTGTGATAATATATTCTTTTAATATCAGGATTATAAATATAAAATTACAACTAGGCCAGTGTTTACAGTTAGATTCAGTGGTTTAATGCTCCCTCATGCCCGGAACTAAAGTTAAAGTGTTATTAAATTGAAGCGGGAAGGCTGGAAACCAACTAGCAGCTCTAGGAAATGTAGTACATATTTTGATTCTGGGAAGCCATCAGATGACCATGTAAGTCCAGACTGCAGAAAGGCTTCAGTGAACTATAACATGCTGCTGTGGATCAGTCCTGAAGACACCAGTGATTTACAGGTGGAAGAGAATTAATGTCACAGTTATAATAACCTGGGGAACTAAAGAGACCTTTCTCCTGACTCTGAGAAACAGGAACCTGATGGATCTTATCTGGGGCCCCTGGGAGCCTTCCAAAGCTCTGAACTCCAAGTTGGTGACCCCAAAACCCCAATGGGGTCACCTGTGGGGTGCTCATCCTGCTAAAATGAGAGAAATCAGGGAATTGGGATCGTTCAGGGGCGGGCTAGTACTGTCACAATATGTCCCTGATATGAGGGAATGTGTTCTATTTAAATCATATTTAAATTAATGTAAAATAAAATATTTTAAGATATTAACATCATAAAATAGTTTTGTATCATATTCAAAATATTTCTTAAAACGCTCAAACTTGAATTCCGTAAAATGTCTTGTTTATACCAAATGTGTCAACGATATCAA
>TU45963
CCATGATCACATCTGGCAGTGATTATCACCTCATCACACACACCTGTGCGATCCTCTTCACCATCTTCACCAGATAAGACTGTTATTCTCCGCCATTTCAACTACAATGATGATATCCAGTCATACTTACATCGGTACAGAAGAAAAACACAAGCCAAGGAAAACTACGCACATTTGTCAGCTACGCGGGAACAACACATATGTGGGGGAAGCCATCAGATGACCATGTAAGTCCAGACTGCAGAAAGGCTTCAGTGAACTATAACATGCTGCTGTGGATCAGTCCTGAAGACACCAGTGATTTACAGGTGGAAGAGAATTAATGTCACAGTTATAATAACCTGGGGAACTAAAGAGACCTTTCTCCTGACTCTGAGAAACAGGAACCTGATGGATCTTATCTGGGGCCCCTGGGAGCCTTCCAAAGCTCTGAACTCCAAGTTGGTGACCCCAAAACCCCAATGGGGTCACCTGTGGGGTGCTCATCCTGCTAAAATGAGAGAAATCAGGGAATTGGGATCGTTCAGGGGCGGGCTAGTACTGTCACAATATGTCCCTGATATGAGGGAATGTGTTCTATTTAAATCATATTTAAATTAATGTAAAATAAAATATTTTAAGATATTAACATCATAAAATAGTTTTGTATCATATTCAAAATATTTCTTAAAACGCTCAAACTTGAATTCCGTAAAATGTCTTGTTTATACCAAATGTGTCAACGATATCAA
>TU45969
CCATGATCACATCTGGCAGTGATTATCACCTCATCACACACACCTGTGCGATCCTCTTCACCATCTTCACCAGATAAGACTGTTATTCTCCGCCATTTCAACTACAATGATGATATCCAGTCATACTTACATCGGTACAGAAGAAAAACACAAGCCAAGGAAAACTACGCACATTTGTCAGCTACGCGGGAACAACACATATGTGTATATGTGCTGCCGAAGCAAGCACGAACTGAGAGATCTGACCACAGCTACTTATACCGGGGATCTCCAGGGAAGCCATCAGATGACCATGTAAGTCCAGACTGCAGAAAGGCTTCAGTGAACTATAACATGCTGCTGTGGATCAGTCCTGAAGACACCAGTGATTTACAGGTGGAAGAGAATTAATGTCACAGTTATAATAACCTGGGGAACTAAAGAGACCTTTCTCCTGACTCTGAGAAACAGGAACCTGATGGATCTTATCTGGGGCCCCTGGGAGCCTTCCAAAGCTCTGAACTCCAAGTTGGTGACCCCAAAACCCCAATGGGGTCACCTGTGGGGTGCTCATCCTGCTAAAATGAGAGAAATCAGGGAATTGGGATCGTTCAGGGGCGGGCTAGTACTGTCACAATATGTCCCTGATATGAGGGAATGTGTTCTATTTAAATCATATTTAAATTAATGTAAAATAAAATATTTTAAGATATTAACATCATAAAATAGTTTTGTATCATATTCAAAATATTTCTTAAAACGCTCAAACTTGAATTCCGTAAAATGTCTTGTTTATACCAAATGTGTCAACGATATCAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU45965 False 509 lncRNA 0.49 1 7292072 7292580
TU45983 False 561 lncRNA 0.37 3 7302804 7314434
TU45979 False 557 lncRNA 0.47 3 7308809 7314434
TU45977 False 1020 lncRNA 0.43 2 7312992 7314434
TU45960 False 981 lncRNA 0.36 2 7313031 7314434
TU45980 False 1069 lncRNA 0.48 2 7313031 7314522
TU45961 False 768 lncRNA 0.40 2 7313244 7314434
TU45963 False 731 lncRNA 0.36 3 7313244 7317486
TU45969 True 798 lncRNA 0.42 4 7313244 7317486

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000005_07190084_07218097 NA coding downstream 73939 7189596 ~ 7218133 (-)
CI01000005_07143500_07144465 NA coding downstream 147507 7143482 ~ 7144565 (-)
CI01000005_07111233_07112234 NA coding downstream 179806 7110722 ~ 7112266 (-)
CI01000005_07093538_07094533 NA coding downstream 197503 7093482 ~ 7094569 (-)
CI01000005_07052874_07068345 NA coding downstream 223695 7052730 ~ 7068377 (-)
CI01000005_07355833_07360372 NA coding upstream 38347 7355833 ~ 7360372 (-)
CI01000005_07373961_07374634 NA coding upstream 55924 7373410 ~ 7374634 (-)
CI01000005_07398684_07399164 MPC1.S, MPC1, MPC1.L coding upstream 81001 7398487 ~ 7399164 (-)
CI01000005_07436839_07437813 NA coding upstream 118579 7436065 ~ 7438424 (-)
CI01000005_07591912_07592984 NA coding upstream 274426 7591912 ~ 7592991 (-)
G40520 NA non-coding downstream 4830 7285314 ~ 7287242 (-)
G40518 NA non-coding downstream 7137 7283721 ~ 7284935 (-)
G40503 NA non-coding downstream 60220 7231606 ~ 7231852 (-)
G40499 NA non-coding downstream 69179 7222607 ~ 7222893 (-)
G40497 NA non-coding downstream 71713 7220011 ~ 7220359 (-)
G40531 NA non-coding upstream 1103 7318589 ~ 7318965 (-)
G40547 NA non-coding upstream 8396 7325882 ~ 7326152 (-)
G40549 NA non-coding upstream 9549 7327035 ~ 7327239 (-)
G40539 NA non-coding upstream 21340 7338826 ~ 7343204 (-)
G40550 NA non-coding upstream 46390 7363876 ~ 7364088 (-)
G40487 NA other downstream 95644 7195795 ~ 7196428 (-)
CI01000005_06481721_06483251 NA other downstream 808583 6481355 ~ 6483265 (-)
G39515 NA other downstream 1457533 5833792 ~ 5834539 (-)
G38415 NA other downstream 2890962 4381238 ~ 4401110 (-)
G38510 NA other downstream 3085864 4204845 ~ 4206208 (-)
G40540 NA other upstream 208735 7526221 ~ 7532148 (-)

Expression


Co-expression Network