G10882


Basic Information

Item Value
gene id G10882
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 15979023 ~ 15982578 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU14704
gTGTCATTCTCCCAATACGTAACATCTGAACACCTCCACTGAAGTACTTTCCAATATTACAGGTTCATGGTAACGTAACATAAATGAAATTCAAAGAAACACTGCATCAACAACATTCATTATGCAAGTGGATGGCTGACGGTGGTgggcacaaaaaaaatcttcgacaGCATTGTGTGAAGGGTgaagtttcttttttaaaaagttcttcCGAGGGTCATCGCGGCTCCCGTCCATGCACCGATTAATGTCCTGCTGGTAGTCTGAACACATTAATTCAATACCTGTTCATTCAGAATCGCCATTATCGTTCCTGGGTAAACCACCGGACACTGCGAGAAGAAGGCGTCGGCTCAGTGGGCCATGCAGCAATGCTTTATCAATGTAAACGTAGCTCTGTGAGCTCAGTGCTGAAGCAAGCAATACTACACTACAATTAGACATTCACAAAGTCTGCCGTTCAGGTTCAGATTATTACAAAACACGTAACGCTCGTTCAGTAACAGTGCGCAAAACTGAGCACCCGACATCCCAACGTGGCAAAACTGCCTTAAGAAGGAGGTTATgataggtatgtgtgtgtgggtccaCACCAGAGTTGCAAAATTCAGGTCCAAAAAGAACcagttcttgaaccagttccattCAGGCTTATAAGAACCATGGTGATTTACCTCAAAATCTGCCTGTGTTTaaaccagttttagtggaacaaTCAAAACGTCAAATCATAATCAGACACGCCCAAAAACATTGTCAAAGTTTGAGCTGAAGAAGTTAGTATTTTTCGGTTCCCATTGCGAACAAAAGTTCCTGGTTTCTGAACTTATACGTGGTTTCAAATTCTGTTAAATGGTGCCAGTTCTACATCGGGGGTCCTAAATTTTCAACTTCTGGTCCAGACTTTCATTTGTACTCATGCATTGCCCAGTAAGTGTGATGGTGAACCAGTGGTGGTTTAGGCAAGGCTGTGGCGGCTGCTGGCTTCGCACCTCTCGgtgagagagatgaagaaataACACTTCTCTCCATCGAGCAGTTTCAGTTATGTACAGAACTATATACACTAACGGGTGAATCCTGGATCTTTTTATCAGCACAACCGTACATGCTAATGTCGCTAACAACCAGTGTAAACCAGTAGCCACCAAATTAGCAagaataactttattaaaatgCTAACTATCAGCTTTTCACTTTCATTAATGGCAAAATgcttagggtgttttcacacaagCACTATATGATCTATCTGGTTCCTTTGCACGCCTGGTGTGGTTTATTTCAGCAGGTGTGAAATCAGTAATCGCACTCTGGTGCAGACCAAAATAACCGCATTAAGACCCGTGGTTACCCCTAGTAGTTACCCTTGGTCTggtcaaatatatttatattttaagtgaaTAAATGGCTGTTCagttgcagtttaacctgatataatagccagataattactacaacTATAAACAAACGCTCCATGCTAATCTTTTTTCACACTGAACGCCACATGTGCAGCGCTCACCGCGTACGCCCGCTCAAGTCCGCTTACTGTGCAGACTTCCAATtgcaaacactgtgtttaaagcagcttcacactgcacaaatatacagctctggaaaaaaaataagagaccacataaaaatgatgagtttctttgattttacctaattgaaaacctctggcatttaatcaagaggaagatggatgatcacaagccaacaaaccaaactgacctgcctgtttttttgcaccaggagtggcataaagttatccaaaagcagtgtgtaagactggtggaggagagaacatgccaagatgcatgaaaactgtaattaaaatcagggttattcgaccaaatattgatttctgaactcttaaaactttatgaatatgattacAGGCTCAATATGCATTGTGAAATAATGATAGACTGCTTATCATTATGTTGATGAACGAAGCTAATGCAAAGAGTGGGTGAAAATTATCTTTATGAAAATGACATTCCAATGCTTATTATGAGGCAAGTCAATAATGGTAACATTACTAAAGCATAAAAACATGTAAGACATTGTGGCAAATGGAGTAATTAGCAGATGATCACAAATTCACTGATAGCCAGGTTAGCATTATGAGTTTTCATACAATgctagcagtgttagcattatttACAGACATCATAATAAGCATTGTGACATCATTCAACAATGCATTTATGTAGCTCTCTACTTTTGTGTATTATTAGTAATGTTAGCATTACTGGCTGACACCAGAATAAGcagtgaatgtattttttttgtggtacATTTCAAATTTGCTTTCACCCACTAGCGTTTCTCAGGGCTCATTTGTGACTGCTATCTTGCTTTGTTAGCAACATCAGCATTACCGATTAACATAATTATAAGCATTTTGATGTTGATGTGTTCTTATAATAGAAAATGTTGGCTTCTCACATTCATCCACTGTTAGCAATGCTAACAATTTAGCTGACTGACATAACAGTTATATTAACTGGCAATGCTTTATACTGTATGAATTTCCACTTTCTTGTATTGTTAGCAttacaaaaaaatcatttttataatgGTGCTCATGTTTTAGTAATGGTAATGGTAATATTAGCATTGCTGAAGCATTGTGACATCCTTTAACAATGCTTATATGTGGCTATTTAGTTTCAAGCATTGTTACAAACATTGGTTAACTTGCATCAAAATAAACGTTGTGATGTCATTCACATTATTGTAATTTGCGCTGTTTGTCTTCATCCACTGTTAGCAACATCAGcatttttaaaggagaactctgtgaaactgactttgtctgtagtaaaacatgataaagagtacgaacatttgttgaatagcccacctccgctctcgcgcagctttccgagatctaGGAATTTTGAGCAGTTTGCAAACAGGCTACAATGagttttaatggggcatatttttcccctgcagataaattgccttttacactgttatccaggctcaaagaagctccacacctcattggtagaatctggagagccctgacattcaAAACGAGGCataaagaactttaaaagaaGTGCATAAGAAGTTACTATTAAAGTATTAATAACCACTGCTATCGTAACTTACATCTCCGGGCACTGCcatcttaaagtaaagtcatgatcagtaGAGTGACGAGGACGTAAAGTTGCAGGCTGGAAACGCACAAACGCGTtatgtcttcttttttcttagCCTTCTCCTCCGTTATGCCAGCTGAAGCTGCAGTGTAAAAATCCATTtgtctgcaggggcaaaatatgccccattaaaacccattctagcctgtttg
>TU14706
gTGTCATTCTCCCAATACGTAACATCTGAACACCTCCACTGAAGTACTTTCCAATATTACAGGTTCATGGTAACGTAACATAAATGAAATTCAAAGAAACACTGCATCAACAACATTCATTATGCAAGTGGATGGCTGACGGTGGTgggcacaaaaaaaatcttcgacaGCATTGTGTGAAGGGTgaagtttcttttttaaaaagttcttcCGAGGGTCATCGCGGCTCCCGTCCATGCACCGATTAATGTCCTGCTGGTAGTCTGAACACATTAATTCAATACCTGTTCATTCAGAATCGCCATTATCGTTCCTGGGTAAACCACCGGACACTGCGAGAAGAAGGCGTCGGCTCAGTGGGCCATGCAGCAATGCTTTATCAATGTAAACGTAGCTCTGTGAGCTCAGTGCTGAAGCAAGCAATACTACACTACAATTAGACATTCACAAAGTCTGCCGTTCAGGTTCAGATTATTACAAAACACGTAACGCTCGTTCAGTAACAGTGCGCAAAACTGAGCACCCGACATCCCAACGTGGCAAAACTGCCTTAAGAAGGAGGTTATgataggtatgtgtgtgtgggtccaCACCAGAGTTGCAAAATTCAGGTCCAAAAAGAACcagttcttgaaccagttccattCAGGCTTATAAGAACCATGGTGATTTACCTCAAAATCTGCCTGTGTTTaaaccagttttagtggaacaaTCAAAACGTCAAATCATAATCAGACACGCCCAAAAACATTGTCAAAGTTTGAGCTGAAGAAGTTAGTATTTTTCGGTTCCCATTGCGAACAAAAGTTCCTGGTTTCTGAACTTATACGTGGTTTCAAATTCTGTTAAATGGTGCCAGTTCTACATCGGGGGTCCTAAATTTTCAACTTCTGGTCCAGACTTTCATTTGTACTCATGCATTGCCCAGTAAGTGTGATGGTGAACCAGTGGTGGTTTAGGCAAGGCTGTGGCGGCTGCTGGCTTCGCACCTCTCGgtgagagagatgaagaaataACACTTCTCTCCATCGAGCAGTTTCAGTTATGTACAGAACTATATACACTAACGGGTGAATCCTGGATCTTTTTATCAGCACAACCGTACATGCTAATGTCGCTAACAACCAGTGTAAACCAGTAGCCACCAAATTAGCAagaataactttattaaaatgCTAACTATCAGCTTTTCACTTTCATTAATGGCAAAATgcttagggtgttttcacacaagCACTATATGATCTATCTGGTTCCTTTGCACGCCTGGTGTGGTTTATTTCAGCAGGTGTGAAATCAGTAATCGCACTCTGGTGCAGACCAAAATAACCGCATTAAGACCCGTGGTTACCCCTAGTAGTTACCCTTGGTCTggtcaaatatatttatattttaagtgaaTAAATGGCTGTTCagttgcagtttaacctgatataatagccagataattactacaacTATAAACAAACGCTCCATGCTAATCTTTTTTCACACTGAACGCCACATGTGCAGCGCTCACCGCGTACGCCCGCTCAAGTCCGCTTACTGTGCAGACTTCCAATtgcaaacactgtgtttaaagcagcttcacactgcacaaatatacagctctggaaaaaaaataagagaccacataaaaatgatgagtttctttgattttacctaattgaaaacctctggcatttaatcaagaggaagatggatgatcacaagccaacaaaccaaactgacctgcctgtttttttgcaccaggagtggcataaagttatccaaaagcagtgtgtaagactggtggaggagagaacatgccaagatgcatgaaaactgtaattaaaatcagggttattcgaccaaatattgatttctgaactcttaaaactttatgaatatg
>TU14709
ctaattttcagtTCAGTTGGATCTGATTCGTCTCATTTTTAACCCAGTGTGTGATGGTATGTAGAGCCCAAATTCTGGAGATTGTGTCTGACCAAATATGTATGGGTCTAACTGTATCAGTAAATGTCCACACAGAACTTACTGCTACTGCTTGTGTATTGCTTTTTAGACAGCACcacttataaatatttaaaacatcagggttttttttaagcctttattgTGTCATTCTCCCAATACGTAACATCTGAACACCTCCACTGAAGTACTTTCCAATATTACAGGTTCATGGTAACGTAACATAAATGAAATTCAAAGAAACACTGCATCAACAACATTCATTATGCAAGTGGATGGCTGACGGTGGTgggcacaaaaaaaatcttcgacaGCATTGTGTGAAGGGTgaagtttcttttttaaaaagttcttcCGAGGGTCATCGCGGCTCCCGTCCATGCACCGATTAATGTCCTGCTGGTAGTCTGAACACATTAATTCAATACCTGTTCATTCAGAATCGCCATTATCGTTCCTGGGTAAACCACCGGACACTGCGAGAAGAAGGCGTCGGCTCAGTGGGCCATGCAGCAATGCTTTATCAATGTAAACGTAGCTCTGTGAGCTCAGTGCTGAAGCAAGCAATACTACACTACAATTAGACATTCACAAAGTCTGCCGTTCAGGTTCAGATTATTACAAAACACGTAACGCTCGTTCAGTAACAGTGCGCAAAACTGAGCACCCGACATCCCAACGTGGCAAAACTGCCTTAAGAAGGAGGTTATgataggtatgtgtgtgtgggtccaCACCAGAGTTGCAAAATTCAGGTCCAAAAAGAACcagttcttgaaccagttccattCAGGCTTATAAGAACCATGGTGATTTACCTCAAAATCTGCCTGTGTTTaaaccagttttagtggaacaaTCAAAACGTCAAATCATAATCAGACACGCCCAAAAACATTGTCAAAGTTTGAGCTGAAGAAGTTAGTATTTTTCGGTTCCCATTGCGAACAAAAGTTCCTGGTTTCTGAACTTATACGTGGTTTCAAATTCTGTTAAATGGTGCCAGTTCTACATCGGGGGTCCTAAATTTTCAACTTCTGGTCCAGACTTTCATTTGTACTCATGCATTGCCCAGTAAGTGTGATGGTGAACCAGTGGTGGTTTAGGCAAGGCTGTGGCGGCTGCTGGCTTCGCACCTCTCGgtgagagagatgaagaaataACACTTCTCTCCATCGAGCAGTTTCAGTTATGTACAGAACTATATACACTAACGGGTGAATCCTGGATCTTTTTATCAGCACAACCGTACATGCTAATGTCGCTAACAACCAGTGTAAACCAGTAGCCACCAAATTAGCAagaataactttattaaaatgCTAACTATCAGCTTTTCACTTTCATTAATGGCAAAATgcttagggtgttttcacacaagCACTATATGATCTATCTGGTTCCTTTGCACGCCTGGTGTGGTTTATTTCAGCAGGTGTGAAATCAGTAATCGCACTCTGGTGCAGACCAAAATAACCGCATTAAGACCCGTGGTTACCCCTAGTAGTTACCCTTGGTCTggtcaaatatatttatattttaagtgaaTAAATGGCTGTTCagttgcagtttaacctgatataatagccagataattactacaacTATAAACAAACGCTCCATGCTAATCTTTTTTCACACTGAACGCCACATGTGCAGCGCTCACCGCGTACGCCCGCTCAAGTCCGCTTACTGTGCAGACTTCCAATtgcaaacactgtgtttaaagcagcttcacactgcacaaatatacagctctggaaaaaaaataagagaccacataaaaatgatgagtttctttgattttacctaattgaaaacctctggcatttaatcaagaggaagatggatgatcacaagccaacaaaccaaactgacctgcctgtttttttgcaccaggagtggcataaagttatccaaaagcagtgtgtaagactggtggaggagagaacatgccaagatgcatgaaaactgtaattaaaatcagggttattcgaccaaatattgatttctgaactcttaaaactttatgaatatg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU14704 True 3334 lncRNA 0.39 1 15979245 15982578
TU14706 False 1894 lncRNA 0.41 1 15979245 15981138
TU14709 False 2116 lncRNA 0.37 1 15979023 15981138

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
rnf113a rnf113a,LOC106606873,LOC107693494,LOC106601610 coding upstream 1990 15965965 ~ 15977033 (+)
LOC103025681 NA coding upstream 231300 15741172 ~ 15747723 (+)
prmt1 prmt1,LOC107729532,LOC107658485,LOC107689671 coding upstream 700601 15272744 ~ 15278422 (+)
LOC103046681 LOC108427369 coding upstream 844654 15117166 ~ 15134369 (+)
polr3d polr3d coding upstream 957202 15014840 ~ 15021821 (+)
LOC103033944 LOC103033944 coding downstream 55230 16037808 ~ 16040212 (+)
limd2 limd2,LOC107721965,LOC107674139,LOC107658411 coding downstream 63676 16046254 ~ 16080694 (+)
map3k3 map3k3,LOC107674169,LOC107570753,LOC107658467 coding downstream 107445 16090023 ~ 16135374 (+)
gfap gfap coding downstream 172652 16155230 ~ 16172380 (+)
LOC103035750 kcnh6a,kcnh6,LOC108427397,LOC107674162,LOC107570755,LOC107583039,LOC107658465 coding downstream 202430 16185008 ~ 16267197 (+)
G10877 NA non-coding upstream 27847 15950934 ~ 15951176 (+)
G10865 NA non-coding upstream 57593 15863842 ~ 15921430 (+)
G10843 NA non-coding upstream 225755 15751508 ~ 15753268 (+)
G10826 LOC108427385,LOC100528069,LOC108427383,LOC106526789,LOC108274011 non-coding upstream 265623 15671611 ~ 15713400 (+)
G10822 NA non-coding upstream 692288 15285715 ~ 15286735 (+)
G10903 NA non-coding downstream 199372 16181950 ~ 16215622 (+)
G10909 NA non-coding downstream 320125 16302703 ~ 16304584 (+)
G10910 NA non-coding downstream 324450 16307028 ~ 16311890 (+)
G10913 NA non-coding downstream 331241 16313819 ~ 16316489 (+)
G10914 NA non-coding downstream 334050 16316628 ~ 16318015 (+)
G10879 NA other upstream 18645 15952846 ~ 15960378 (+)
G10838 NA other upstream 209780 15758762 ~ 15769243 (+)
G10825 syt5a,LOC108427381,LOC107658481 other upstream 323685 15650282 ~ 15655338 (+)
G10510 smg1,LOC107729485,LOC107583093 other upstream 1571582 14404403 ~ 14407441 (+)
LOC111193423 arl6ip1,LOC107658451 other upstream 1580328 14314792 ~ 14398695 (+)
ddx42 ddx42 other downstream 29116 16011694 ~ 16035284 (+)
ccdc47 ccdc47,LOC107674171,LOC107658463,LOC107729550,LOC107721963 other downstream 242143 16224721 ~ 16300667 (+)
LOC111194200 NA other downstream 1156847 17139425 ~ 17143348 (+)
LOC103043893 picalmb,LOC108435293,LOC107726102,LOC107662770,LOC107597534,LOC107729110,LOC107699893,LOC108278317,LOC105903807 other downstream 3430229 19412807 ~ 19444831 (+)
LOC103033739 gkup,LOC108436512,LOC108278261,LOC106612544,LOC105024033,LOC107709108,LOC107717281,LOC107657260,LOC107586304 other downstream 4980471 20963049 ~ 20990064 (+)

Expression


Co-expression Network