LOC107196873


Basic Information

Item Value
gene id LOC107196873
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035909.1
NCBI id CM008312.1
chromosome length 44161018
location 20127319 ~ 20225184 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU151964
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>TU151968
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>XR_002650690.1
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU151964 False 1121 lncRNA 0.35 4 20127319 20224106
TU151965 False 2919 lncRNA 0.35 4 20127319 20143033
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TU151968 False 1195 lncRNA 0.35 4 20127319 20225184
XR_002650689.1 False 1443 lncRNA 0.35 3 20212741 20224457
XR_002650690.1 False 1036 lncRNA 0.35 3 20212741 20216191

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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ap1m2 ap1m2 coding downstream 118651 19997621 ~ 20008668 (-)
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LOC103032470 LOC105013178,LOC103022087,LOC100712378,LOC107596217 coding downstream 293434 19831362 ~ 19833885 (-)
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LOC103039925 cacng2,cacng2a,LOC107561356,LOC107680886,LOC107732897,LOC107729558,LOC107687643 coding upstream 337015 20562199 ~ 20642333 (-)
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G112390 keap1 non-coding downstream 167856 19956040 ~ 19959463 (-)
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G112265 NA non-coding downstream 416127 19605473 ~ 19711192 (-)
G112259 NA non-coding downstream 494902 19627374 ~ 19632417 (-)
G112439 NA non-coding upstream 4562 20229746 ~ 20230011 (-)
LOC111193746 NA non-coding upstream 147973 20373157 ~ 20376596 (-)
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G112547 LOC103040247,LOC108424720,LOC107737982,LOC107666673 non-coding upstream 472000 20697184 ~ 20700123 (-)
trnae-uuc_17 NA other downstream 31308 20095940 ~ 20096011 (-)
LOC103032158 LOC108424749,LOC108273301 other downstream 32993 20056171 ~ 20094326 (-)
zglp1 NA other downstream 285027 19834408 ~ 19842292 (-)
G112280 NA other downstream 393946 19732604 ~ 19733373 (-)
LOC103026630 LOC103026630,LOC108424735,LOC105910165,LOC105910166,LOC107705921,LOC107568399,LOC107676721 other downstream 490873 19588034 ~ 19636446 (-)
G112507 NA other upstream 46816 20272000 ~ 20317337 (-)
syngr1 syngr1 other upstream 233574 20458758 ~ 20555427 (-)
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G112778 LOC103032844,LOC108430042,LOC108246801,LOC105893128 other upstream 1376060 21601244 ~ 21652734 (-)
LOC103026049 slc38a3b,slc38a3,LOC108411719,LOC107666102,LOC108271853,LOC107723914 other upstream 2151128 22376312 ~ 22430384 (-)

Expression


Co-expression Network