XLOC_008789 (CU929391.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008789
gene name CU929391.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 44206698 ~ 44226221 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00017450
TCTAAAGGAGGCTGCTGCTCCTCTGTGCAAAACGCGCATGCGCGGTGAGGAGGTTTACAACAGTTATGGATACATTTGCGGCAGCAACATAACAGCGTACATCATGTTTTCCAAATCGACATGTGGCCCAGTGATCACAGCAAGAAATCTGCAGTAAATTCTGAAGGTATTTCCATCATGAAGATTAGAGGAGCGTCTAAACACACAGGAGATCATTCAGATCAGATGGAGGAGAACGAGCAAAGACAAGAAGAGGATGAGGAACGCAACTTCAACACTAAAGGAACTAAAACAACACATCTGCACAGCTGtcgtcagtgtggaaagagtttcagaagAAAATCCAAACTGAAAAAACACAGAAAGACTCacgctggagagaaaccgtacacctgTACtgaatgtggaaagagtttctcaCAGCTGGACAGTTATAAACAGCACCAGAAAACACATGAAGACAAGAGAGATCATGAGTGTttgcagtgtgggaagagttttactaCAGCTGGCAGTCTGAAAATCCAccagagaattcacactggagaaaaacctcaCAAGTGCTCATATTGTGAGAAGAGTTTCAGTCATTCAGGACACTTAAAATCACACGagcgaattcacactggagaaaagccgtaTCACTGTActcagtgtggaaaaagtttcaAAGACAAATCCAGTCTGACTTATCATCTGCttgttcacactggagagaagccgtttacctgcactcagtgtggtcaTGATTTTAGATCATCGTCAAATCTGAAAcaacacatgagaattcacacaaATGAGAAGCCTTATGCATGTCTGTTCTGTGAAAAGAGATTTTCACGTCTCTGTGATTGTAAACGGcaccagaaaacacacactgGTGAGAGAGATCATGAGTGTTTgcagtgtgggaagagctttaCTCAATCTGGCAGTCTGAAAATCCACcaaatgattcacactggagaaaaacctcaCAAGTGCTCATATTGTGAGAAGAGTTTCAGTCGGTCTTCACATCTGAAATCACACGagcgaattcacactggagagaagccgtattGCTGTCCTCCATGTCAGAAGAGTTTCAAAGACTCATGCAGTCTGACTTATCATCTGCttgttcacactggagaaaagccattCAGCAGCTGAACGTTCATTTCCAGATTCATATAAAAGCTCAAGTGCTCATATTGTGAGAAGAGACTCAGTGGGTCTGGAGTATGTTCACACTGAGTGTCAGTGGTTATTAATATGAGAAGGCTTTGTTCTGTATGAGGAAAAGTTTACACAGATTCATTTTGTTCAGAATGTTTTTGACTTGACTTTGGAGAAACTAATAACTCTAACACATAATGCTAGTTTCAGCGAGAGCTCAGTGTTATTTTAAGTTCTGTTTTAGTTCATTATACTCAGATGTTTTCTCCTGTTGTTCTAATTAAAGAGCTGCACCAGATTTTAAAGCTCCAACCCTGTAGTTTGTTGACAGTAATATTGAGATCTGAAACTGATGCTCATGTAATGTGATGTTCCTGTTAGTTCAGTCCTGTGTTATAGAAATCAGACAGacacattttgtcattatttttcatATAAGAGTAGCCGTGTCCACTGGTAAATAAACGTTTGGCTTTCAGTTTCATCAGCTTCAGCTGAACTAAGtagtgtggagttagcatgtttccccgtgttggcgtgggtttgctccggtttgccccacagcccaaacacttgctctaaaggtgaattgaataaactaaattggtcgtagtgtatgagtgtgtgtgaatgagtgtgtatgggtgtttcccagtactgggttgcagctggaagggcatccactgcgtaaaacaaatgctgaataagttggcggttcattccactgtggagcccccgatgaataaagggactaagctgaaggaagatTAATGAATGAAGGTTTTCTATTTACAAATCtgtttaaaaagtgaaaaatacCTGATTTTGTGGGTTTGTGTTATTAAATTGGTTTACAGTACTTCAGTTTTCACTCATGAACAATTCTGTGAATGAAAAAATACAAGAATTTGTGGACTAAAACTCTTAAGTTTATGATTGTGCAGTTTATAGCCTGTTAACACCAATAAAACGAGATTAATGTGTCAATTTACAGAAGATTTCagacattataataataaatgaagagaaaacttaattgtttaacaGCTCAGTTACACTTTATGTCcctttcatttaattcatttgtcATGTTTAACTAAACAAGCAGACACATATGAGGCTATAACtatacagataataaatataataatatagtaataaatagATGTTTGACTTTCAGTTTCATCATGTCTGACTATCTCTAGCTGAACTCAACAGTTTGTTATGATGCTTTATAttgattatattgttttatagtattattttagtttaatcaACACTGATTTACACAAACATGATTTCTTTTTTCTCCCGATCTCAGatcaataaacattttaatgaccaaaatatatattatactttcaataaaacatttataaatgattttGTAATAGTTATGCACGTTTAGATGATGTTTTCAGTCAATTAATGACACAAATACTTTGCTGACTAAACTGAAGCGATATATTTACCGCGTTTTGGCTTTTGATGCTAAAGCGCCCTCTGGAGGAAGTTAACGCTCAGTGTGAAACACGCATGCGCAGTACCGGAGTTAAGAAAACTGCGGCGGGAACATGCAGCGAACAGAGTAAGAGCCTTTTATAAACGAAAGAATTAATGTCTGTTAGTTTAATATTGCTTTAGATGAACTATAACAACATTATGTCTGACATATATTCAGTTTAATCCACTACATCATAAATAGGTTCGTGTGTGAAGTCTGTATAATTTTCAAATAATCCAACAtggtgttttacatttatttatataagatACATAGAGATAGTTTCAGCAcagtattcattttattattgataACGGCAGTAACTTGTTgtatcattttattatatattattttatgtaatatgattcatttatatttttatttatttaatttatttgtttttgatgtgTTCACAGTGAATCACAGCCTTTCCTACACAGAAATTGCAGTAAATGGTGAAAATATCCCATCATAAAGACTAGAAGAGCATCTAAACTATCAGGAGATCATTCAGGTTGGtgaatatatatgattttttttctttttatatatttgcacTGATTTCAGGTGTTGATTAT
>TCONS_00017451
ATTTaggaaaagtattgtttgctaattcttattaatgaaatcatattagcagccaatgactatcaaagtacaacattgattacagtcaattaaatagtgctaatgttgttttgaagtcattcctagatgtgatttcagaccgaatattcaaagtaccatggtaaacaatataggcagtgtcactgaacaaatgtgtagataaaaaaaaaaactttacctttATATTTAGTATTAGCAAACAATACTTTTACTAAATCATATTgtcaaggagaaagtctgaatgtgtgaatataaaccagCTTTACTTCTATAAAAACAAGGTCTTTTTTTAATCCTGTAATAATATTTCATGCTATTTTCAAAGAATTCAATatggtgttttgcttttttttatcataaagATGCTTTCAGCTCTGTATTTTCTTATTGACAATGATAGTaacaagtaaatatatatttttataatacattattatgtAATTTATAAGACATTCAACACaatgcattaatttattattttatttgggtggttcattccactgtggcaacccctgaataataagggaactaagctgtaggaaaatgaataaattgttttttatttgacttCTTCAGATGTTTTCCAAATCGACATGTGGCCCAGTGATCACAGCAAGAAATCTGCAGTAAATTCTGAAGGTATTTCCATCATGAAGATTAGAGGAGCGTCTAAACACACAGGAGATCATTCAGATCAGATGGAGGAGAATGAGCAAAGACAAGAAGAGGATGAGGAACGCAACTTCAACACTAAAGGAACTAAAACAACACATCTGCACAGCTGtcgtcagtgtggaaagagtttcagaagAAAATCCAAACTGAAAAAACACAGAAAGACTCacgctggagagaaaccgtacacctgTACtgaatgtggaaagagtttctcaCAGCTGGACAGTTATAAACAGCACCAGAAAACACATGAAGACAAGAGAGATCATGAGTGTttgcagtgtgggaagagttttactaGAGCTGGTAATctgaaaatccaccagaggattcacactggagaaaaacctcaCAAGTGCTCATATTGTGAGAAGAGTTTCAGTCATTCAGGACACTTGAGAGTACATGAacgaattcacactggagaaaagccgtaTCACTGCACTCAGTGTGGTCACGATTTTAGATCATCGTCAATTCTGAAActacacatgagaattcacacaaATGAGAAGCCTTATGCATGTCTGTTCTGTGAAAAGAGATTTTCACGTCTGGGTTCTTGTAAACAgcatcagaaaacacacactggcGAGAGAGATCATGAGTGTTTgcagtgtgggaagagctttaCTACAGCTGGTTATCTGAAAATCCACcaaatgattcacactggagaaaaaccttaCACATGCTCATATTGTGAGAAGAGTTTCAGACAGTCTGGAGACTTGAAAAGACACGagcgaattcacactggagaaaggcCGTATCTTTGTACTCAATGTGGAAAGAGTTACAAAGACAAATCCAGTCTGACTTATCATCTGCttgttcacactggagagaagccgtttacCTGTACTCAATGTGGTCATGATTTTAGATCATCAACAAGTCTGAAActacacatgagaattcacacaaACGAGAAGCCTTATGCATGTCTGTTCTGTGAAAAGAGATTTTCACGTCTCAGTGATTGTAAACAGcaccagaaaacacacactgacGAGAGAGATCAtgagtgtttggactgtgggaagagCTTTACTACAGCTGGTTATCTAATACGCCACcaaaggattcacactggagaaaaacctcaCAAGTGCTCATACTGTGAGAAGAGTTTCAGTCGGTCTTCACAGCTGAAAAAACACGagcgaattcacactggagaaaagccgtaTTACTGTCCTCCATGTCAGAAGAGTTTCAAAGACTCATGGAGTCTGACTTATCATCTGCttgttcacactggagaaaagccattCAGCAGCTGAACGTTCATTTCCAGATTCATATAAAAGCTCAAGTGCTCATATTGTGAGAAGAGACTCAGTGGGTCTGGAGTATGTTCACACTGAGTGTCAGTGGTTATTAATATGAGAAGGCTTTGTTCTGTATGAGGAAAAGTTTACACAGATTCATTTTGTTCAGAATGTTTTTGACTTGACTTTGGAGAAACTAATAACTCTAACACATAATGCTAGTTTCAGCGAGAGCTCAGTGTTATTTTAAGTTCTGTTTTAGTTCATTATACTCAAATGTTTTCTCCTGTTCTAATTAAAGAGCTGCAGCAGATTTTAAAGCTCCAACCCTGTAGTTTGTTGACAGTAATATTGAGATCTGAAACTGATGCTCATGTAATGTGATGTTCCTGTTAGTTCAGTCCTGTGTTATAGAAATCAGACAGacacattttgtcattatttttcatATAAGAGCAGCCGTGTCCACTGGTAAATAAACGTTTGGCTTTCAGTTTCATCAGCTTCAGCTGAACTAagcagtgtggagtttgcatgtttccccgtgttggcgtgggtttgctccggtttgccccacagcccaaacacttgctctaaaggtgaattgaataaactaaattggtcgtagtgtatgagtgtgtgtgaatgagtgtgtatgggtgtttcccagtactgggttgcagctggaagggcatccactgcgtaaaacaaatgctgaataagttggcggttcattccactgtggagcccccgatgaataaagggactaagctgaaggaagatTAATGAATGAAGATTTTCTATTTACAAATCTGTTTTAAAACGGAAAGAGACCTGATTTTGTGGGTTTGTGTTATTAAATTGGTTTACAGTACTTCAGTTTTCACTCATGAACAATTCTGTGAATGAAAAAATACAAGAAATTTGTGGACTAAAACTCTTAAGTTTATGATTGTGCAGTTTATAGCCTGTTAACACCAATAAAACGAGATTAATGTGTCAATTTACAGAAGATTTCagacattataataataaataaagagaaaacttaattgtttaacaGCTCAGTTACACTTTATGTCCCTTTCATTTAATTCAGTTGTCATGTTTAACTAAACAAGCAGACACATATGAGGCTATAACtatacagataataaatataataatatagtaataaatagATGTTTGACTTTCAGTCTCATCATGTCTGACTATCTCTAGCTGAACTCAACAGTTTGTTATGCTACTTTATAttgattatattgttttatagtattattttagtttaatcaACACTGATTTACACAAACATGATCTCTTTTCTCCCGATCTCAGatcaataaacattttaatgaccaaaatatatattatactttcaataaaacatttataaatgattttGTAATAGTTATGCACGTTTAGATGATGTTTTCAGTCAATTAATGACACAAATACTTTGCTGACTAAACTGAAGCGATATATTTACCGCGTTTCGGCTTTTGATACTAAAGCGCCCTCTGGAGGAAGTTAACGCTCAGTGTGAAACACGCATGCGCAGTACCGGAGTTAAGAAAACTGCGGCGGGAACATGCAGCGAACAGAGTGAGAGCCTTTTATAAACGAAAGAATTAATGTCTGTTAGTGTAATATTGCTTTAGATGAACTGTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000088039

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00017450 False 3243 mRNA 0.36 3 44206698 44226221
TCONS_00017451 True 3659 mRNA 0.36 2 44208464 44222660

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008788 CU655961.4 coding upstream 1170 44201056 ~ 44205528 (+)
XLOC_008787 CU655961.3 coding upstream 13287 44190931 ~ 44193411 (+)
XLOC_008786 zgc:165514 coding upstream 17064 44184367 ~ 44189634 (+)
XLOC_008785 CU655961.2 coding upstream 63195 44133972 ~ 44143503 (+)
XLOC_008784 zgc:112998 coding upstream 107776 44093286 ~ 44098922 (+)
XLOC_008790 CU929391.3 coding downstream 2696 44228917 ~ 44230508 (+)
XLOC_008791 zgc:162962 coding downstream 24114 44250335 ~ 44256095 (+)
XLOC_008792 cwf19l2 coding downstream 57502 44283723 ~ 44348780 (+)
XLOC_008793 GUCY1A2 coding downstream 140335 44366556 ~ 44404098 (+)
XLOC_008794 msantd4 coding downstream 246135 44472356 ~ 44493753 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc upstream 22954416 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008783 NA non-coding upstream 136295 44066151 ~ 44070403 (+)
XLOC_008781 NA non-coding upstream 260291 43945720 ~ 43946407 (+)
XLOC_008779 CABZ01073033.1 non-coding upstream 377181 43829389 ~ 43829517 (+)
XLOC_008775 NA non-coding upstream 998453 43203855 ~ 43208245 (+)
XLOC_008773 NA non-coding upstream 1106299 43092822 ~ 43100399 (+)
XLOC_008795 NA non-coding downstream 260042 44486263 ~ 44488525 (+)
XLOC_008796 NA non-coding downstream 311927 44538148 ~ 44809977 (+)
XLOC_008797 CABZ01037139.1 non-coding downstream 635062 44861283 ~ 44861399 (+)
XLOC_008799 NA non-coding downstream 782193 45008414 ~ 45012176 (+)
XLOC_008800 NA non-coding downstream 998716 45224937 ~ 45245369 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G397487 NA non-coding CI01000239 null 264842 ~ 320771 (+)