G166819


Basic Information

Item Value
gene id G166819
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000032
NCBI id null
chromosome length 4185905
location 3221575 ~ 3235567 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU189513
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU189513 True 10837 lncRNA 0.37 2 3221575 3235567

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000032_03210864_03212974 TMEM129 coding upstream 7411 3210864 ~ 3214164 (+)
CI01000032_03168377_03169554 NA coding upstream 51828 3168281 ~ 3169747 (+)
CI01000032_03142737_03156736 NA coding upstream 62786 3141742 ~ 3158789 (+)
CI01000032_03083089_03083664 NA coding upstream 137429 3081983 ~ 3084146 (+)
CI01000032_03046961_03053202 RRAGA.L, RRAGB, RRAGA, MGC78980 coding upstream 167649 3046961 ~ 3053926 (+)
CI01000032_03323107_03325296 NA coding downstream 87540 3323107 ~ 3325637 (+)
CI01000032_03326549_03327076 NA coding downstream 90982 3326549 ~ 3328864 (+)
CI01000032_03535729_03536058 NA coding downstream 300162 3535729 ~ 3536863 (+)
CI01000032_03959089_03961976 NA coding downstream 723372 3958939 ~ 3962210 (+)
CI01000032_04115597_04116265 NA coding downstream 880030 4115597 ~ 4116316 (+)
G166816 NA non-coding upstream 54 3214622 ~ 3221521 (+)
G166857 NA non-coding upstream 25471 3194034 ~ 3196104 (+)
G166861 NA non-coding upstream 111230 3110142 ~ 3110345 (+)
G166860 NA non-coding upstream 114424 3106747 ~ 3107151 (+)
G166853 NA non-coding upstream 129250 3092109 ~ 3092325 (+)
G166974 NA non-coding downstream 206141 3441708 ~ 3441992 (+)
G167039 NA non-coding downstream 309986 3545553 ~ 3546243 (+)
G167077 NA non-coding downstream 374031 3609598 ~ 3689130 (+)
G167111 NA non-coding downstream 418561 3654128 ~ 3654454 (+)
G166765 NA other upstream 264362 2956788 ~ 2957213 (+)
G166734 NA other upstream 371891 2835314 ~ 2849684 (+)
CI01000032_02773889_02774396 NA other upstream 445527 2773889 ~ 2774501 (+)
CI01000032_01698448_01701006 NA other upstream 1520287 1698448 ~ 1701288 (+)
G165570 NA other upstream 1864008 1349578 ~ 1357567 (+)

Expression


Co-expression Network