G375973


Basic Information

Item Value
gene id G375973
gene name NA
gene type non-coding
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047620.1
NCBI id CM018566.1
chromosome length 19313417
location 14553837 ~ 14630233 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU445225
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>TU445229
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>TU445233
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>TU445235
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>TU445236
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU445225 False 942 lncRNA 0.33 2 14553837 14599354
TU445229 False 2645 lncRNA 0.36 2 14553837 14630233
TU445233 False 943 lncRNA 0.33 2 14553837 14599354
TU445235 True 3128 lncRNA 0.40 2 14553837 14558881
TU445236 False 2639 lncRNA 0.36 2 14553837 14630233

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
spred2a spred2,LOC108441255 coding upstream 5285 14533010 ~ 14548552 (+)
ppp3r1b PPP3R1,ppp3r1,LOC108441257,LOC107727894,LOC106024317,LOC107699153 coding upstream 88109 14442504 ~ 14465728 (+)
cnrip1a cnrip1a,LOC108258529,LOC108441258,LOC107676313,LOC107594460,LOC107684253,LOC107583248 coding upstream 112543 14435948 ~ 14441294 (+)
LOC113537569 fbxo48 coding upstream 119831 14430947 ~ 14434006 (+)
prokr1a LOC108258526,LOC108441199 coding upstream 145888 14395092 ~ 14407949 (+)
taf5l taf5l coding downstream 23014 14653247 ~ 14658894 (+)
capn9 capn9,LOC100136217,LOC106564727,LOC106587445 coding downstream 34429 14664662 ~ 14681386 (+)
ltv1 ltv1,LOC107594288,LOC107100359 coding downstream 52151 14682384 ~ 14694809 (+)
LOC113537710 NA coding downstream 86491 14716724 ~ 14719276 (+)
LOC113537648 NA coding downstream 95734 14725967 ~ 14730341 (+)
G375970 NA non-coding upstream 31303 14518989 ~ 14522534 (+)
G375955 NA non-coding upstream 72318 14481221 ~ 14481519 (+)
G375931 NA non-coding upstream 192797 14360720 ~ 14361040 (+)
LOC117596176 NA non-coding upstream 225136 14327369 ~ 14328701 (+)
LOC113537225 NA non-coding upstream 286226 14247687 ~ 14267611 (+)
G376191 NA non-coding downstream 159813 14790046 ~ 14790471 (+)
G376202 NA non-coding downstream 175485 14805718 ~ 14866892 (+)
G376245 NA non-coding downstream 242990 14873223 ~ 14873501 (+)
G376242 NA non-coding downstream 280492 14910725 ~ 14916443 (+)
G376273 NA non-coding downstream 347540 14977773 ~ 14977978 (+)
LOC113537358 LOC108258898,LOC108258899 other upstream 193233 14358742 ~ 14360604 (+)
G375711 tpt1,LOC107734570,LOC107598740 other upstream 511223 14023250 ~ 14042614 (+)
gpalpp1 gpalpp1 other upstream 532706 14016523 ~ 14021131 (+)
metap1d metap1d,LOC107719722,LOC107704334,LOC107699077 other upstream 2427642 12109571 ~ 12126195 (+)
LOC113537724 sept3 other upstream 3485835 11062016 ~ 11068002 (+)
rfx1b LOC108258648,LOC108443334,LOC108239327,LOC102792673,LOC101471697 other downstream 449454 15079687 ~ 15099905 (+)
smdt1b NA other downstream 484234 15114467 ~ 15116878 (+)
jag1a jag1 other downstream 735566 15365799 ~ 15400404 (+)
G376467 NA other downstream 791166 15421399 ~ 15424798 (+)
G376488 slc9a3r2 other downstream 860813 15491046 ~ 15492575 (+)

Expression


Co-expression Network