RNA id: TU74270



Basic Information


Item Value
RNA id TU74270
length 6339
lncRNA type antisense_over
GC content 0.37
exon number 2
gene id G65248
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000010
NCBI id null
chromosome length 12265998
location 7447656 ~ 7454020 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


ACATTTTTAAAATTTCAGTACTGACTTGGTATCGCGGTACTTTTGACACTAATTTAATGTTTCTCGTATTCATTTAGTTTAGAAAAAATGCCTTGATTATTTTTAAATAGATGTGTTTTAGTTGGTACATTAACCCTTAAACAGGCAACGTGTACCACCGGATACATACTAAATAATTTTTCATCCAAATTCTGTTATCATCAAAGTTGAGTCTGTTTGGAGTACGTGGGTCACATGGTTAAAGTTTTCTGTGCTCGTTTTGTCACTTTGACCTAAAGCCAACATGTCCGCCCATGGTGCAATGACCAGTACAGGGAGCCCAGTTTACCTTGAGACACCTTTTTTTATACTCTAATAGGGAAATGTATCCTTGGAGATACAACTCATAAAATCCAAACTACATCAAATATTTCAAAAATTCCTTTGGATATGTTTTACTTAAGTCCAGATGATATAAAAAGTGACATGAAATGATTTTTTGCTGATCATTTTCCACTCTTGCCTGTTTAAGGGTTAAGCAGTTGTAATCTACTTAATCTACTCTGAAGATCCTTTTAAGCCATTTCAGAGAAAATGTACGTGTGTGCGTGTGTGCTTTTTCTCTGAAATGGCTTAAGTTAAAAGGCTTCTTTCATACCAGGTGGATATTTATAAATACTATATTATACTTTATTTTATCTATACCAGCACTAGTTTGTAAAATTGCTGTGTAATTACTGGGAGTATTATTCTTTGTGCATTGGCATTGTGATGTTTTGTGAACTTGTTGGTCTTTTTATATCGTTCACCTGCCCCCGACTGAAGATTTTCCTAGTTGACTGTTAACTAGGGCTGAACGATTTTGGAAAAGAATCTAATTGCGATTAATTTTACCAATATTGTGATTGCGATTTAATATGCGATTATTTTTTAAGCTCTTTATCTTCTGTATTATTCAACAAAGATAAGCAATAAATCTCTCACGATTTGATTAAATTCCGATTCTGGGAGTCACAGTCCGATTTCAAAATGATTCTTGATCTTTTTTCTTATTGATTAGTCTATCAATAAAACTTTTTTATTATTTAAATGTAATTATAAGTACTTTTTAAAATAATTACACATTAAAATTTTTATTTAAAACAATTTCCTGTTAAGAATTTTAAATAAACTAATATAAAACAGGGCTTAGATTAAGCCAGGATTAGACCTTAGTTTAATTAGGACTAGCTTTTATAAATGTGCCTTAGAAAATAACATTACTGGTCTGCATCTTGAGGCAAAACACGGCACTGATATATTTTAAGACATGTCAGTGCAAGTTGCCTTCAGTTAAAACAGCTCAAACATTTATTTTAGTCTGGAACTAGGCTTAAGCCTTGTCTGTGAAACTGAGGAAAAGCCAGTAAATAATAAAGAGGAGGAAAAAAAAAAACAAAAAAAACAAAAACAAATTACAAGCAGTAAACAAAGAGTGCTTTCAGTATTTAAGAGTATCTGAACATTTTCCTTTCAAGAGCTGTACGTGATCTTTCTCTTTCTCAGCTTTACTGTTGTTTATTATGATGACATCATATCTAATAAGCTGCATTCACACTAATGCGCAGATCTCTTTTGAAATATAAGATGTGGTTTGTCCTGTCTGTTTGATCCCTTAAGACATAACTGACTGTTTACATTAATTTCGCATCATAAAAGCATTTTGAGATGCAAGTACATTTAACCACTTAAACGGAGTCGCGCACAGCCCGCATGCGCGAGCACACTTCACAAACCGCGCGTCAGCATTTGAAATTGACATAACAACATAACTGAGGCAGCGTTCGTAGAGCATTTGTAAGGAAAATACCGGCGGACGAGACGACACACTGCAAGAGTAAGCAAAGCACGTGTTTCTCACATCGCATCCTGTGCAATGAAGCGCGCGAATGTCCTTGTAGCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGCAATTGGAAGCGAGCAGAATAAGTTTCTAAGCACACGCAGCGCCATCGCGCATCTGTGGTTAAAAACTATTTTCTAAGAATTCTAAGAGCTTATTTTCTAAGAATTCAGCAGCCCAAAGTCAATTATTCCGCTTATACTATGGTTACCACACCTCAAGACACTGTTCCGATATTGTATTTCAAGACATTTGTCAAGTTTTTGTCTTTAAAAGACTCTTGTGTGTGGGACTAATTTCTTACACATCTCATCCCAAGCCTCCGTTGCTAATTCCAAAACGTCATTTCAGAACTAGTAACAGAGGCTTGAGCCTTGATAGCAGACTAATATCATTGATATGGTTATTAACGCAGTTGTATGGAACTGCAATGCGGTCAAGACCTACCTAGAACTACTTTAGCCGTGCGTTTCCCTGAAAATAATTGCAGACCTTAAAGAGCGTTGGTCAACCAATCAGATTCAAGCATTCAACAGCCCCGTAGTATAAGTTAAACAAGTTCTGCAGTAAGCCCAATACTAATTTAGCTTACACACACTCACTTCCACTCAAAGACTTGGATATGCGGCTAATATTAGTGCACATTTATCTAGGTTCAAGTTAACGTTAGAGTGAGCGGCCATGTAAAGTGGCTATACGTTAGGCTACTACTTAAATTTTTAAAATAATAAGTCATGTTTGAAGTCACTTGTCACTTTTTTGTGGTCATTCTTTTCCGTCTTGAAATGTTCCCACACTTTGGATTTTCTGCCCAACATTTTACCGCATGGACCAGCTGTGTTAAAGATCTGTCACTGCGTGACATCACCAATTCCTGTGGAGTTTTTTTTCTGCAACTAACTGACTAAAATTTAGTCAACCAAGTCTCTTCTCGTCGACTATTAGGGGGCAGCCCAAAAAATTGTTGATAGACAGATATGTTGTTCTGGCCAATTAATGAGCCAATTTGATATTACCAGCCTGATCTTGATCATGTCGGTTTGGCTGATTTACAGATGTATTTGTTCATTCTTGTATCAAAAACCCACCAATAGCCTTGTCAATAGATAGTAAACATTTTCAGTGAATTGTGTAAAATAACTCGGTTTGATTTTAGTTTTTATAAACATTGCATTTGTCATCATTAAGTTTTATAAGTATTCTAATTGACCACCCCACTCTCTAGATATCAGCATTGGCCATTAAAAAACCCTGTATTGGCTGACCACTAATAAATATCAATTAGGACTTCCCTATCATATAGAGGTCTTTTTTCATTATACAATGCCTTTGCTTTTGCTCCTGCTCCTGTCTTCTGTTGATAAGTGTGGCGGCCGATTTACTGCTCTAGTGGGTATGTGGGTGTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCCACATACTCTTCCTCCTTGTCACACGTCTAACCTGTTGTATCTGCTTGTGTGGACAGGCTGTTCAGACATGTTAACATGACTAGCTGCGATTTGCAGGTTGAGTTTACATGCTGTCCCAGCACCCCTGCTCACCCCGGACTGTGTGGTGTGGACGGCTTCACGCTGATGGGCCTGTCGACAGGAAACAGCGTTGCAGACACATTTCAGCTTATTGGGAACAGCAGGGTCCTCCTCACAAGCTGCTTACGGGGTCCCGTCCCTCTGAGACTGAGCCGAGCCGGAGAGAGAGGAGAGTCTTGACCTTGTTGTGAGGAGTTTACTAAGTAAGACTGGAGGGTTTTTTAGGTTAGTTCTCAGGAGAGATGGGTGACAGCTTCCTGTGGAGACGTCTTAAGCATAGCAATCAGGATTTTTATTTTTGTATTTTTGGGCTTGGATTTGCATTATTGGACAGATGGAGATGGAATTTTATTTTATTAATTTGAAGAGGGAGATCAGGCTTGAACCTGTGTCGGCAGCATGAGAACCAAGGCTCAACATTTCTGGAACGTGCAATAGGAGTTTTTCAATGCATTTAGACAGAAACCCAGGTATATGAAGCTTTTAAGGACCCTCATGTCATTCTAAACCTGTTACTTTCTTTCTTTTGTAGAAATTGAAATGTTTTGCAGAATATCCTGATCGCTCTTTTCAATGCAGTACAGTGATGACGAAGGCCAAACTGGAAGTTAGCTTCACCCTGGTTACCTCATCAGAAACCCGATAGGATTTTTCTCTTTGGCTTTTGGATTATTATAGAACAGCTCTGTGAACAAAGGCACAGATCTATAAATCTATTTTTCTAGAGGTGTGTTTTTTTAAAAGTTGAACTTCTTTTAACTTGAGAGCCGCGTGTTTATAACACCGCGTCATATACGAAATGCTGCAAAAGATGTGAGCGCAACAGTCAAAAACGTCAGTCTAGCGCAAGTTTACATAGAAAAACAATGGAAAATCAGCGCAGTGGAATGCAAAAAAATGCGTTCTCTGTGAAAATGAACTAGACACAAACTTTTTCCTTAAAGTTTGAGTTAGAATACTTTGCAAGAGTGCAGTTATAAACGCAAGGGTTATATTGAGTTATTAGATGAGTTTTCTGTTTGCGTGATAACGTTTAATTTTCCTAACAACCTCTTTAGTCCTATTTAGCCACTTTTTTGCAACCGCCATTTTCAAGACAAAAAAAAGCTTTAATTAAATAACTAGGGGTTGTTACCGATGTATTTTACATGAGAATATCTTGAGCTTGTGCTACAGACCTTATTTCAGTCATTAAACCAAAAACATATAAAAAAAAACTCAAGAAGATGGAACCGGAAGTGCTAACATGCTCATATCCATTTTTGGCCTACAAAAATACATCATACCTGCAGCACTCTAAAAGGATGTGGCCTGTCCAACTCTAACAATGACTTTATAAATGTTATAATAGCAGCCCATATGATTCAATTTCTCTAAATAACTCCTCCGAAGTCATACAATGGCTGAATATGACCAAACTGAAATGTACATTTTTATTGGCTGAAAACCTTCCCCACCTCCACAGCTCTCAAATCTCATTTGTGTGAGTTCAGATAAGCTTTGATGTCAGTAAAGATCATCCTAAAACCAATGATATTTC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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU74286 lncRNA downstream 57027 7389960 ~ 7390629 (-) True G65264
TU74268 lncRNA downstream 100175 7347194 ~ 7347481 (-) True G65246
TU74260 lncRNA downstream 100988 7345614 ~ 7346668 (-) True G65238
TU74387 lncRNA downstream 172544 7274411 ~ 7275112 (-) True G65364
TU74382 lncRNA downstream 177073 7270219 ~ 7270583 (-) True G65359
TU74414 lncRNA upstream 56214 7510234 ~ 7510746 (-) True G65391
TU74460 lncRNA upstream 175295 7629315 ~ 7630306 (-) True G65427
TU74494 lncRNA upstream 205415 7659435 ~ 7663496 (-) False G65453
TU74490 lncRNA upstream 213952 7667972 ~ 7672117 (-) True G65453
TU74534 lncRNA upstream 314487 7768507 ~ 7808769 (-) True G65482
CI01000010_07409069_07441868.mRNA mRNA downstream 5788 7408497 ~ 7441868 (-) True CI01000010_07409069_07441868
CI01000010_07347866_07367517.mRNA mRNA downstream 79867 7347823 ~ 7367789 (-) True CI01000010_07347866_07367517
CI01000010_07342174_07344454.mRNA mRNA downstream 102611 7342174 ~ 7345045 (-) True CI01000010_07342174_07344454
CI01000010_07337002_07341920.mRNA mRNA downstream 105736 7336613 ~ 7341920 (-) True CI01000010_07337002_07341920
CI01000010_07320443_07334877.mRNA mRNA downstream 112663 7319816 ~ 7334993 (-) True CI01000010_07320443_07334877
CI01000010_07503276_07509080.mRNA mRNA upstream 48879 7502899 ~ 7509475 (-) True CI01000010_07503276_07509080
CI01000010_07528012_07533124.mRNA mRNA upstream 73670 7527690 ~ 7533124 (-) True CI01000010_07528012_07533124
CI01000010_07758998_07771497.mRNA mRNA upstream 304402 7758422 ~ 7771822 (-) True CI01000010_07758998_07771497
CI01000010_07775590_07780861.mRNA mRNA upstream 321384 7775404 ~ 7781172 (-) True CI01000010_07775590_07780861
CI01000010_07784276_07792092.mRNA mRNA upstream 330256 7784276 ~ 7792092 (-) True CI01000010_07784276_07792092
TU73887 other downstream 1351176 6093689 ~ 6096480 (-) False G64918
TU73846 other downstream 1530645 5916257 ~ 5917011 (-) True G64877
TU73495 other downstream 2204730 5049155 ~ 5242926 (-) True G64564
TU73132 other downstream 2834100 4613485 ~ 4613556 (-) True G64230
TU73142 other downstream 3211240 4229950 ~ 4236416 (-) False G64237
TU74496 other upstream 209671 7663691 ~ 7672343 (-) False G65453
TU74478 other upstream 388616 7842636 ~ 7873650 (-) True G65441
TU76444 other upstream 1187670 8641690 ~ 8674897 (-) True G67099
TU77386 other upstream 4474941 11928961 ~ 11932254 (-) True CI01000010_11929215_11933223
TU77396 other upstream 4510845 11968202 ~ 11968254 (-) True G67957

Expression Profile