RNA id: TCONS_00025646


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00025646
length 533
lncRNA type inter_gene
GC content 0.47
exon number 5
gene id XLOC_012854
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 30129771 ~ 30131831 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGTTCTGACGTTCTTCTCGACGCCGAAGGAGGATGGACTTGAAGGTCTCAAAGAAGCTGGAATACGCTCATGAAGACGAAACACAGACATTTGCAGAAAATGAAGTGGACGAGGAAGCAGTAGAGTGTAATAACGTGATTGCTGCAATTAGTGAGGATGCATCATCTTTTGAGAGTAATGCGAATGTCCTGCATATCCAGTGAAATAAGtcaTGATGAACCTGACTGAATGCATTCATCAACCATCTCCAACCAAGTCAGAGCTTCAAGGACAGCTTGTGCTAAAGGTGCCTGAGCTTGATTAAGAAAAAAAGCATCTCCACTGGCCAAAGTTTACAAAAAAGCAggtggcgcagtgggtagcatgatcgcctcaaatcatgaaggttgctggttcgagactcggctgggtcagttggcatttctgtgtggagtttgcatgttctctccatgttggcgtgggtttcctctgggtgctccggtttcaaagacatgcggtacaggtccaaagacatgcggtacaggtgaattgg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00025634 lncRNA upstream 955280 29156827 ~ 29174491 (+) False XLOC_012848
TCONS_00025635 lncRNA upstream 966657 29156849 ~ 29163114 (+) False XLOC_012848
TCONS_00025618 lncRNA upstream 2515068 27571488 ~ 27614703 (+) False XLOC_012839
TCONS_00026904 lncRNA upstream 3131182 26997576 ~ 26998589 (+) True XLOC_012832
TCONS_00027119 lncRNA upstream 3668344 26456681 ~ 26461427 (+) True XLOC_012825
TCONS_00026905 lncRNA downstream 941412 31073243 ~ 31074445 (+) False XLOC_012863
TCONS_00027120 lncRNA downstream 941412 31073243 ~ 31075016 (+) False XLOC_012863
TCONS_00026906 lncRNA downstream 941431 31073262 ~ 31075016 (+) False XLOC_012863
TCONS_00026907 lncRNA downstream 942154 31073985 ~ 31074789 (+) True XLOC_012863
TCONS_00026908 lncRNA downstream 1019974 31151805 ~ 31152607 (+) False XLOC_012864
TCONS_00025642 mRNA upstream 98822 30028135 ~ 30030949 (+) False XLOC_012853
TCONS_00025644 mRNA upstream 99163 30028179 ~ 30030608 (+) False XLOC_012853
TCONS_00025645 mRNA upstream 99679 30028637 ~ 30030092 (+) True XLOC_012853
TCONS_00025643 mRNA upstream 99783 30028160 ~ 30029988 (+) False XLOC_012853
TCONS_00025641 mRNA upstream 174380 29950233 ~ 29955391 (+) True XLOC_012852
TCONS_00025650 mRNA downstream 25203 30157034 ~ 30480827 (+) False XLOC_012855
TCONS_00025651 mRNA downstream 25367 30157198 ~ 30478544 (+) False XLOC_012855
TCONS_00025652 mRNA downstream 238508 30370339 ~ 30478544 (+) False XLOC_012855
TCONS_00025653 mRNA downstream 238728 30370559 ~ 30480827 (+) False XLOC_012855
TCONS_00025654 mRNA downstream 289697 30421528 ~ 30478544 (+) False XLOC_012855
TCONS_00025637 other upstream 954563 29175093 ~ 29175208 (+) True XLOC_012849
TCONS_00025628 other upstream 1825454 28303891 ~ 28304317 (+) True XLOC_012845
TCONS_00025621 other upstream 2392931 27736724 ~ 27736840 (+) True XLOC_012841
TCONS_00025607 other upstream 2933445 27196210 ~ 27196326 (+) True XLOC_012835
TCONS_00025594 other upstream 3381844 26747811 ~ 26747927 (+) True XLOC_012828
TCONS_00025666 other downstream 866795 30998626 ~ 31006058 (+) False XLOC_012861
TCONS_00025679 other downstream 1713673 31845504 ~ 31846556 (+) True XLOC_012868
TCONS_00025687 other downstream 1953108 32084939 ~ 32088944 (+) True XLOC_012873
TCONS_00025732 other downstream 3311433 33443264 ~ 33444257 (+) True XLOC_012909
TCONS_00025746 other downstream 3491086 33622917 ~ 33626850 (+) False XLOC_012918

Expression Profile

//