RNA id: TCONS_00043271


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00043271
length 119
RNA type rRNA
GC content 0.57
exon number 1
gene id XLOC_021821
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 33538051 ~ 33538169 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TATTGCCGGCAGATAGCTTTCTGCAACTCTCCCATggccgcccactgaagctaagcagggctgcacccggtcagtacctggatgggagaccacagggggaagctaggttgctgcaaaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000117239

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044857 lncRNA upstream 78786 33455563 ~ 33459265 (+) True XLOC_021820
TCONS_00044856 lncRNA upstream 958617 32577050 ~ 32579434 (+) True XLOC_021815
TCONS_00044677 lncRNA upstream 975237 32562610 ~ 32562814 (+) True XLOC_021814
TCONS_00044855 lncRNA upstream 1050325 32480330 ~ 32487726 (+) True XLOC_021812
TCONS_00043257 lncRNA upstream 1128124 32406356 ~ 32409927 (+) False XLOC_021810
TCONS_00043283 lncRNA downstream 440542 33978711 ~ 33983432 (+) True XLOC_021831
TCONS_00043285 lncRNA downstream 449286 33987455 ~ 33991280 (+) False XLOC_021832
TCONS_00043291 lncRNA downstream 501225 34039394 ~ 34043302 (+) True XLOC_021834
TCONS_00044859 lncRNA downstream 509247 34047416 ~ 34185014 (+) False XLOC_021835
TCONS_00044858 lncRNA downstream 509247 34047416 ~ 34185014 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043269 mRNA upstream 93996 33383583 ~ 33444055 (+) False XLOC_021819
TCONS_00043270 mRNA upstream 93996 33413804 ~ 33444055 (+) True XLOC_021819
TCONS_00043267 mRNA upstream 228429 33296588 ~ 33309622 (+) True XLOC_021818
TCONS_00043263 mRNA upstream 1005439 32499916 ~ 32532612 (+) True XLOC_021813
TCONS_00043262 mRNA upstream 1103118 32426954 ~ 32434933 (+) True XLOC_021811
TCONS_00043272 mRNA downstream 180433 33718602 ~ 33729552 (+) True XLOC_021822
TCONS_00043273 mRNA downstream 214106 33752275 ~ 33757742 (+) True XLOC_021823
TCONS_00043275 mRNA downstream 239350 33777519 ~ 33901337 (+) True XLOC_021825
TCONS_00043277 mRNA downstream 369730 33907899 ~ 33928316 (+) True XLOC_021827
TCONS_00043278 mRNA downstream 396059 33934228 ~ 33951831 (+) False XLOC_021828
TCONS_00043268 other upstream 117211 33381154 ~ 33420840 (+) False XLOC_021819
TCONS_00043266 other upstream 228466 33294633 ~ 33309585 (+) False XLOC_021818
TCONS_00043265 other upstream 247690 33290273 ~ 33290361 (+) True XLOC_021817
TCONS_00043264 other upstream 418927 33119010 ~ 33119124 (+) True XLOC_021816
TCONS_00043260 other upstream 1116301 32412534 ~ 32421750 (+) True XLOC_021809
TCONS_00043274 other downstream 221578 33759747 ~ 33760665 (+) True XLOC_021824
TCONS_00043276 other downstream 290496 33828665 ~ 33830190 (+) True XLOC_021826
TCONS_00043288 other downstream 464588 34002757 ~ 34002873 (+) True XLOC_021833
TCONS_00043293 other downstream 509247 34047416 ~ 34053709 (+) False XLOC_021835
TCONS_00043296 other downstream 509394 34047563 ~ 34185009 (+) False XLOC_021835