RNA id: TCONS_00044677


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00044677
length 205
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 1
gene id XLOC_021814
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 32562610 ~ 32562814 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCTTGCTCTGTCGATCAGACACTTGCTTCTGTTTTCTCAAAGTCTGATTATTgtgctcttcttcttcttcttcttctttccgTTTCTCTGTCACTCTCATTTCAGCCTGGTGTGACATGTCTTCTCCAGTTATTTTTCATCATTAGTTCATTATTCCCTGATTGCTCTGTCATTGGGCTCACTCTGCTTTTGTCTGGCCAGACTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00044855 lncRNA upstream 74884 32480330 ~ 32487726 (+) True XLOC_021812
TCONS_00044854 lncRNA upstream 143786 32392493 ~ 32418824 (+) False XLOC_021809
TCONS_00043257 lncRNA upstream 152683 32406356 ~ 32409927 (+) False XLOC_021810
TCONS_00043252 lncRNA upstream 164766 32392520 ~ 32397844 (+) False XLOC_021809
TCONS_00044853 lncRNA upstream 309533 32250356 ~ 32253077 (+) True XLOC_021807
TCONS_00044856 lncRNA downstream 14236 32577050 ~ 32579434 (+) True XLOC_021815
TCONS_00044857 lncRNA downstream 892749 33455563 ~ 33459265 (+) True XLOC_021820
TCONS_00043283 lncRNA downstream 1415897 33978711 ~ 33983432 (+) True XLOC_021831
TCONS_00043285 lncRNA downstream 1424641 33987455 ~ 33991280 (+) False XLOC_021832
TCONS_00043291 lncRNA downstream 1476580 34039394 ~ 34043302 (+) True XLOC_021834
TCONS_00043263 mRNA upstream 29998 32499916 ~ 32532612 (+) True XLOC_021813
TCONS_00043262 mRNA upstream 127677 32426954 ~ 32434933 (+) True XLOC_021811
TCONS_00043261 mRNA upstream 132492 32426954 ~ 32430118 (+) False XLOC_021811
TCONS_00043254 mRNA upstream 139262 32392612 ~ 32423348 (+) False XLOC_021809
TCONS_00043267 mRNA downstream 733774 33296588 ~ 33309622 (+) True XLOC_021818
TCONS_00043269 mRNA downstream 820769 33383583 ~ 33444055 (+) False XLOC_021819
TCONS_00043270 mRNA downstream 850990 33413804 ~ 33444055 (+) True XLOC_021819
TCONS_00043272 mRNA downstream 1155788 33718602 ~ 33729552 (+) True XLOC_021822
TCONS_00043273 mRNA downstream 1189461 33752275 ~ 33757742 (+) True XLOC_021823
TCONS_00043260 other upstream 140860 32412534 ~ 32421750 (+) True XLOC_021809
TCONS_00043259 other upstream 152683 32407195 ~ 32409927 (+) True XLOC_021810
TCONS_00043247 other upstream 455129 32101211 ~ 32107481 (+) False XLOC_021804
TCONS_00043240 other upstream 524391 32032765 ~ 32038219 (+) False XLOC_021802
TCONS_00043229 other upstream 621736 31933675 ~ 31940874 (+) True XLOC_021797
TCONS_00043264 other downstream 556196 33119010 ~ 33119124 (+) True XLOC_021816
TCONS_00043265 other downstream 727459 33290273 ~ 33290361 (+) True XLOC_021817
TCONS_00043266 other downstream 731819 33294633 ~ 33309585 (+) False XLOC_021818
TCONS_00043268 other downstream 818340 33381154 ~ 33420840 (+) False XLOC_021819
TCONS_00043271 other downstream 975237 33538051 ~ 33538169 (+) True XLOC_021821