RNA id: TCONS_00049499


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049499
length 616
lncRNA type antisense
GC content 0.55
exon number 2
gene id XLOC_024952
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 1260360 ~ 1268825 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCTTCAGTTTTATTCTCAAAagacttataaaataaaatacatgacaGCCCTTGATGTGAGGGATATTTCTGCCGTTGATGCATTTGAGCACTTGATTGTACTGAAGCAGCGTGAGCCATACTGTATTGCTGGGAAGGAGAAAACGAACCAGCTGCACTGCTATTACTCCCCACGACTGCAGAGCCACAGTCCATGGAGTAGGGAGAAATCATTCCGGAGGAAGACCCTGAACCGGAGAGGTGTTGGTACTGGTGCCCATCCACGTTTGTGTACCTAAATCCGGCTCCGTAAGCGGCTCCACCTCTTCGGCTTCGGTCTCGCCCACTCACAGAGAAGTAATAATCCATACTGTCCTTTCGGTAGGAGTTCCCCCCCGCGCTGCTCTGCGGCATCTCTGTGACCGCTCGCCTGGAGCTGTAGCCATGTACCGGAGCATGcaggtgctgctgctgctgggccCGCAGGTGCAAGTGCTGCCCGTGGCTCTGTAGGCTGGTCTGGGCCTGCTGAAGGGACACATAGTCCTCGGAGGTCCTGGGGGAGATCTGAAGGTCTGACGGGTGGGTCTGATATGGGGAACTGACTACGCCTGCTCCACGGCTGAACCCTGGGTGGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000149193

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052526 lncRNA upstream 23643 1235024 ~ 1236717 (+) False XLOC_024951
TCONS_00052527 lncRNA upstream 23643 1235405 ~ 1236717 (+) True XLOC_024951
TCONS_00049493 lncRNA upstream 69018 1187244 ~ 1191342 (+) True XLOC_024947
TCONS_00049488 lncRNA upstream 106311 1150386 ~ 1154049 (+) True XLOC_024944
TCONS_00052525 lncRNA upstream 124620 1132938 ~ 1135740 (+) False XLOC_024943
TCONS_00052303 lncRNA downstream 286074 1554899 ~ 1563730 (+) False XLOC_024954
TCONS_00052528 lncRNA downstream 304025 1572850 ~ 1577061 (+) False XLOC_024955
TCONS_00052529 lncRNA downstream 307928 1576753 ~ 1597978 (+) False XLOC_024955
TCONS_00049507 lncRNA downstream 320739 1589564 ~ 1590504 (+) False XLOC_024956
TCONS_00049506 lncRNA downstream 320739 1589564 ~ 1590504 (+) True XLOC_024956
TCONS_00049498 mRNA upstream 32230 1223824 ~ 1228130 (+) True XLOC_024950
TCONS_00049497 mRNA upstream 38111 1219344 ~ 1222249 (+) True XLOC_024949
TCONS_00049496 mRNA upstream 42133 1211280 ~ 1218227 (+) True XLOC_024948
TCONS_00049495 mRNA upstream 42182 1211242 ~ 1218178 (+) False XLOC_024948
TCONS_00049494 mRNA upstream 42192 1209006 ~ 1218168 (+) False XLOC_024948
TCONS_00049500 mRNA downstream 223349 1492174 ~ 1501255 (+) True XLOC_024953
TCONS_00049508 mRNA downstream 368533 1637358 ~ 1639983 (+) True XLOC_024959
TCONS_00049509 mRNA downstream 420395 1689220 ~ 1704409 (+) False XLOC_024960
TCONS_00049510 mRNA downstream 429605 1698430 ~ 1714615 (+) True XLOC_024960
TCONS_00049511 mRNA downstream 456116 1724941 ~ 1729813 (+) True XLOC_024961
TCONS_00049471 other upstream 405730 842733 ~ 854630 (+) True XLOC_024931
TCONS_00049457 other upstream 837622 420342 ~ 422738 (+) True XLOC_024918
TCONS_00049501 other downstream 285477 1554302 ~ 1559477 (+) False XLOC_024954
TCONS_00049502 other downstream 288028 1556853 ~ 1682090 (+) True XLOC_024954
TCONS_00049503 other downstream 304025 1572850 ~ 1576295 (+) False XLOC_024955
TCONS_00049504 other downstream 307928 1576753 ~ 1586425 (+) False XLOC_024955
TCONS_00049505 other downstream 317229 1586054 ~ 1588601 (+) True XLOC_024955

Expression Profile

//