RNA id: TU2074610


Basic Information

Item Value
RNA id TU2074610
length 2285
RNA type TUCP
GC content 0.39
exon number 2
gene id G1813442
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 44108244 ~ 44110867 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ACTTGGTCCTAAATTAATATAAACTTCAAATAATAACACAATTATTGAGTGTCACTCAATGTTGCTTTAACTCAGTGTCACTCAGTGTTGTTTTTACTCAGCCTTCCAGGTAGCGTGAGGGGACGGTATGAGGGTACTTAACTGTTGGTTACTGGATCATTGGAGGAAAAGAACACCCTGTCAGACATACCAAGCACTGTCTTATGGCTCTGTGATGTTGGGCTGTTGTACACAACTGATATTTGTGGATTTTGTATTGAATGCTAAATAATTGACTAaacctaaaaaaataaaaaaaaacattatttaactaggcaagtcagttaagaataagttcttatttacaatgacagcctgtcgttctgccccttgttcaggggcagaacgacagattgttaccttgccagctcggggattcgatctagtaagcgttcggttactggcccaatgctctaaccacttggcaaACTGCCACCCTTACACTgaatataccaaacattaggaacaccgtccTCGTATTAGGTTGTACCCACCACCCGGTTGCCCTCAGAagactcaattcgtcagggcatggactctacaaggtgtcaaaagcgttccacagggatgctggatttatgttgactccaatgtttcccgcAGTTGTGttaaattggctggatgtcctttgggtggtggacaattctagatacacacgagaaactgatgagcgtgaaaaacccaacagcttTGCGGTTATTGCCACAAACCTGctgcgcctggtacctactaccataccctgttctaaGACACTTCAATGTTtggtcttgtccattcaccctctgaatggaacacatTCTCTATGGATGTCTCTATTGTCTGAAGGCTTATAAATCAtccttaacctgtctcctccccttcatctacactgattgaaaagGATTTAATAAGCAACACCAataagtgatcatagctttcaaccTAGATTGACCTGGTCAGAGCAGGGatccttaatgttttgttcactcagtgtatcgTAATACACTGTGAGCTAGTCTTAAACTCATGTGTTTATAGGCCGGGCTTGTGTGAGCTAGTCTTAAACTCATGTGTCTATAGGCCGGGCTTGTGTGAGCTAGTCTTAAACTCATGTGTTTATAGGCCGGGCTTGTGTGAGCTAGTCTTAAACCCATGTGTCTATAGGCCGGGCTTGTGTGAGCTAGTCTTAAACCCATGTGTCTATAGGCCGGGCTTGTGTGAGCTAGTCTTACACTGCTGGTGTCACCATGTGGGCCGGGCTTGGTTCCATTGCATGTCCAAGAGGCTAACCCAGGGCTCAGGCGGTGGTGTTCATGCTTTCTGGCTGTtgcactatgtactgtatgtaccctCACCTCACTCTCTCACTGCTACCTACTTTAACATTTCACCCGTTCAGACAACACCCACAACAGACAAGACCGGAGCAGGCAGACATCACTCACAGCAGACAAGACAGTGGCAGGCAGACATCACTCACAGCAGACAAAACAGTGGGAGGCAGACATCACTCACAGCAGACAAGACAGTGGCCGGTAGACATCACTCACAGCAGACAAGACAGTGGCAGGCAGACATCACTCACAGTGATAATGTAATAATGAAGTAACAACAGTAATAATGTTGTCTTAATGgagtaataacagtaataatgaAGTAATAACCGTAGTAATAACGCAATAAAGTAATAATGACAGTAGCAATAATGAagtaataacagtagtaatatTGAATAATGACAGTAGTAATATTGTAATGAagtaataacagtagtaatatTGTAATGAAGTAATAATGAagtaataacagtagtaatatTGTAATGAagtaataacagtagtaatatTGTAATGAAGTAATGACAGTAGTAATATTGTAATGAAGTAATAATGAAGTAATGACAGTAGTAATATTGTAATGAAGTAATAATGAAGTAATGACAGTAGTAATATTGTAATGAAGTAATGACAGTAGTAATAATGAagtaataacagtagtaataatgaagtaataacagtagtaataaTGAAGTAATAACAGTAGTAATTATGAAataataacagtagtaatatTGTAATGAagtaataacagtagtaatatTGTTTTAATGAAGTAATAATGAAGTAATAATAGCAGTAAAACTGTATAAAGACATTATTCTGGGTCACATTAGCACTTTGTGCATTGTGACACTTACTGTTAGCCAGGTCCCAGAATATGCTAGTTGTAAATTCAACAACTTTACTTGCTGCTCTTTCACCTTTTCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2074652 lncRNA upstream 20807 44078949 ~ 44087437 (+) True G1813475
TU2074576 lncRNA upstream 92662 44015255 ~ 44015582 (+) True G1813439
TU2074555 lncRNA upstream 102419 43967883 ~ 44005825 (+) True G1813419
TU2074482 lncRNA upstream 217933 43841540 ~ 43890311 (+) True G1813354
TU2074454 lncRNA upstream 372511 43724577 ~ 43735733 (+) True G1813332
TU2074658 lncRNA downstream 20827 44131694 ~ 44132872 (+) True G1813481
TU2074592 lncRNA downstream 29376 44140243 ~ 44145216 (+) False LOC110502168
TU2074593 lncRNA downstream 33193 44144060 ~ 44145216 (+) True LOC110502168
TU2074662 lncRNA downstream 35834 44146701 ~ 44146942 (+) True G1813485
TU2074678 lncRNA downstream 44396 44155263 ~ 44155647 (+) True G1813493
XM_036959366.1 mRNA upstream 112869 43992238 ~ 43995375 (+) True LOC110502167
XM_036959365.1 mRNA upstream 129017 43976015 ~ 43979227 (+) True LOC118943610
XM_036959082.1 mRNA upstream 136832 43970398 ~ 43971412 (+) True LOC110501910
XM_036959598.1 mRNA upstream 199424 43907659 ~ 43908820 (+) True LOC118943642
XM_036959597.1 mRNA upstream 255218 43850609 ~ 43853026 (+) True LOC118943641
XM_036959372.1 mRNA downstream 37762 44148629 ~ 44322071 (+) False LOC110502169
XM_036959381.1 mRNA downstream 37762 44148629 ~ 44322071 (+) False LOC110502169
XM_036959382.1 mRNA downstream 37762 44148629 ~ 44322071 (+) False LOC110502169
XM_036959383.1 mRNA downstream 37762 44148629 ~ 44322071 (+) False LOC110502169
XM_036959380.1 mRNA downstream 84058 44194925 ~ 44298345 (+) False LOC110502169
TU2074041 other upstream 957860 43149762 ~ 43150384 (+) True G1812953
TU2073416 other upstream 1372377 42729601 ~ 42735867 (+) True LOC110502157
TU2073435 other upstream 1384130 42723672 ~ 42724114 (+) True G1812428
TU2072843 other upstream 1718957 42372306 ~ 42389287 (+) True LOC110501889
TU2072841 other upstream 1767852 42329273 ~ 42340392 (+) False LOC110501889
TU2074675 other downstream 207291 44318158 ~ 44320111 (+) True LOC110502169
TU2074792 other downstream 251794 44362661 ~ 44371923 (+) True G1813588
TU2074885 other downstream 387590 44498457 ~ 44508051 (+) True G1813665
TU2074893 other downstream 456021 44566888 ~ 44573921 (+) True LOC110501918
TU2076178 other downstream 999680 45110547 ~ 45111229 (+) True G1814811

Expression Profile