RNA id: TCONS_00061804


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00061804
length 263
lncRNA type antisense_over
GC content 0.57
exon number 2
gene id XLOC_030496
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 57021588 ~ 57025500 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CAGAGATCCTCTTCTCCAGCAGCAGGCGGAAGGAGTTGGCTGTGATCTTGTTGTCCAGCACTCCCTGTCCCAACCCTCGATTGTCATCCTGATTGAGCCTGCGGTCCATTATCACCTCCAACTGACCGCTTTTAAGGCTGGCCGCTCCAAGCGACTGTGCAGTGAGCAGCGAGAGTCTGGCGCTGGAGTCCTGCAGGTAAAGCATGCTGGTCATGGGGTAGAAGTTTGCCTGCAGGGGGAGTTTAGCCATGGTTTTCCTCGGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00061472 lncRNA upstream 495895 56514990 ~ 56525693 (+) True XLOC_030494
TCONS_00061801 lncRNA upstream 505844 56474720 ~ 56515744 (+) False XLOC_030494
TCONS_00061803 lncRNA upstream 505844 56513455 ~ 56515744 (+) False XLOC_030494
TCONS_00061798 lncRNA upstream 511386 56474615 ~ 56510202 (+) False XLOC_030494
TCONS_00061797 lncRNA upstream 513385 56474610 ~ 56508203 (+) False XLOC_030494
TCONS_00061805 lncRNA downstream 213218 57238718 ~ 57241553 (+) True XLOC_030498
TCONS_00061806 lncRNA downstream 454514 57480014 ~ 57484466 (+) False XLOC_030502
TCONS_00059573 lncRNA downstream 690310 57715810 ~ 57718733 (+) True XLOC_030505
TCONS_00059583 lncRNA downstream 1390564 58416064 ~ 58417514 (+) False XLOC_030514
TCONS_00061473 lncRNA downstream 1391794 58417294 ~ 58421500 (+) True XLOC_030514
TCONS_00059559 mRNA upstream 23793 56965177 ~ 56997795 (+) False XLOC_030495
TCONS_00059560 mRNA upstream 23793 56965187 ~ 56997795 (+) True XLOC_030495
TCONS_00059553 mRNA upstream 715507 56277866 ~ 56306081 (+) False XLOC_030492
TCONS_00059554 mRNA upstream 715864 56277870 ~ 56305724 (+) False XLOC_030492
TCONS_00059555 mRNA upstream 740914 56277879 ~ 56280674 (+) False XLOC_030492
TCONS_00059561 mRNA downstream 184737 57210237 ~ 57234118 (+) True XLOC_030497
TCONS_00059562 mRNA downstream 294613 57320113 ~ 57325557 (+) True XLOC_030499
TCONS_00059563 mRNA downstream 303035 57328535 ~ 57354915 (+) False XLOC_030500
TCONS_00059564 mRNA downstream 312130 57337630 ~ 57354909 (+) True XLOC_030500
TCONS_00059565 mRNA downstream 416771 57442271 ~ 57453791 (+) True XLOC_030501
TCONS_00059556 other upstream 715777 56290135 ~ 56305811 (+) True XLOC_030492
TCONS_00059550 other upstream 763422 56256188 ~ 56258166 (+) True XLOC_030489
TCONS_00059549 other upstream 772853 56246736 ~ 56248735 (+) True XLOC_030488
TCONS_00059541 other upstream 1350006 55671466 ~ 55671582 (+) True XLOC_030479
TCONS_00059516 other upstream 2913074 54106010 ~ 54108514 (+) True XLOC_030460
TCONS_00059578 other downstream 1012272 58037772 ~ 58037886 (+) True XLOC_030510
TCONS_00059579 other downstream 1186661 58212161 ~ 58212284 (+) True XLOC_030511
TCONS_00059581 other downstream 1346723 58372223 ~ 58382646 (+) True XLOC_030512
TCONS_00059609 other downstream 2411000 59436500 ~ 59479829 (+) False XLOC_030529
TCONS_00059620 other downstream 2729644 59755144 ~ 59755261 (+) True XLOC_030535