RNA id: TCONS_00068806


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00068806
length 536
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 2
gene id XLOC_033599
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 19664036 ~ 19664661 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCTTGAATTCTCTTAATCAGATCCGGTTCTACTGCACCTCTGCCCTTCCGAACACTGCTGCTAAATCCTTCCCTGCTGGCCCAAACGTCAATTATCACACTCCTGCTGAGCCTGGAAATAAAAGCAAAGTGCTGCTAAAGGGATCCACTTATTCTTTTTACTCCTATACTgtgtaatgttaatgttaaagCAGGAAAAAGTCAGATCAAAGAGTTGTAATTCTCTATACTAGTAAGCAATGTTTCTGAACTCCCACAAATGCTCCAATTCTAGTTCAGATTTCTTTTTCTTAGAATTGTAACAATCCTAATATATTACATTTCTGTCCAAGACATAACCAAGGGGGCCAAGCCTGGATAAACTGTGTTAATAGTGTGTTGTTAGTAGTCTAGTTTGTAATCTGGGTGTTCAGAAAACAGTATGTTGCTAACGTCAACCTggtttcaccaagtaggacatgatcATGCCATGGATTAACACCTATGTTGATCTTGGAAcagcattccaatcagccaatcagagttaagggatacgtt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068805 lncRNA upstream 25647 19636729 ~ 19638389 (+) True XLOC_033598
TCONS_00068804 lncRNA upstream 149133 19512765 ~ 19514903 (+) True XLOC_033592
TCONS_00065727 lncRNA upstream 164583 19498511 ~ 19499453 (+) True XLOC_033590
TCONS_00065726 lncRNA upstream 164641 19495958 ~ 19499395 (+) False XLOC_033590
TCONS_00065722 lncRNA upstream 179186 19484269 ~ 19484850 (+) True XLOC_033589
TCONS_00065737 lncRNA downstream 74054 19738715 ~ 19746525 (+) True XLOC_033600
TCONS_00065739 lncRNA downstream 97935 19762596 ~ 19771819 (+) True XLOC_033601
TCONS_00065744 lncRNA downstream 186803 19851464 ~ 19852599 (+) False XLOC_033604
TCONS_00065746 lncRNA downstream 197236 19861897 ~ 19864379 (+) False XLOC_033604
TCONS_00065757 lncRNA downstream 467699 20132360 ~ 20137469 (+) True XLOC_033607
TCONS_00065734 mRNA upstream 42407 19615056 ~ 19621629 (+) False XLOC_033597
TCONS_00065735 mRNA upstream 42895 19615068 ~ 19621141 (+) True XLOC_033597
TCONS_00065733 mRNA upstream 59136 19600262 ~ 19604900 (+) True XLOC_033596
TCONS_00065732 mRNA upstream 76494 19562045 ~ 19587542 (+) True XLOC_033595
TCONS_00065731 mRNA upstream 105194 19552381 ~ 19558842 (+) True XLOC_033594
TCONS_00065736 mRNA downstream 74004 19738665 ~ 19760223 (+) False XLOC_033600
TCONS_00065738 mRNA downstream 97934 19762595 ~ 19807258 (+) False XLOC_033601
TCONS_00065740 mRNA downstream 152645 19817306 ~ 19825746 (+) True XLOC_033602
TCONS_00065741 mRNA downstream 170908 19835569 ~ 19848037 (+) True XLOC_033603
TCONS_00065742 mRNA downstream 186228 19850889 ~ 19880266 (+) False XLOC_033604
TCONS_00065712 other upstream 636966 19026314 ~ 19027070 (+) True XLOC_033584
TCONS_00065710 other upstream 648525 19014767 ~ 19015511 (+) True XLOC_033581
TCONS_00065709 other upstream 655457 19007840 ~ 19008579 (+) True XLOC_033580
TCONS_00065656 other upstream 2316897 17346399 ~ 17347139 (+) True XLOC_033546
TCONS_00065651 other upstream 2403268 17255795 ~ 17260768 (+) False XLOC_033545
TCONS_00065774 other downstream 802888 20467549 ~ 20471363 (+) False XLOC_033616
TCONS_00065791 other downstream 980520 20645181 ~ 20651731 (+) False XLOC_033625
TCONS_00065803 other downstream 1967439 21632100 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065804 other downstream 2056467 21721128 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065845 other downstream 3131422 22796083 ~ 22800865 (+) False XLOC_033659

Expression Profile

//