G243874


Basic Information

Item Value
gene id G243874
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000057
NCBI id null
chromosome length 6014843
location 2438184 ~ 2455117 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU276790
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>TU276793
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>TU276794
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>TU276791
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Function

GO:

id name namespace
GO:0016071 mRNA metabolic process biological_process
GO:0000375 RNA splicing, via transesterification reactions biological_process
GO:0000377 RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile biological_process
GO:0006397 mRNA processing biological_process
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome biological_process
GO:0016607 nuclear speck cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG:

id description
ko03040 Spliceosome

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU276790 False 4177 lncRNA 0.36 3 2438184 2444418
TU276793 False 3873 lncRNA 0.36 10 2438184 2446846
TU276794 False 4704 lncRNA 0.40 17 2438184 2455117
TU276791 True 2710 lncRNA 0.36 2 2441563 2444418

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000057_02416295_02420310 CDA coding upstream 17642 2416295 ~ 2420542 (+)
CI01000057_02412538_02415631 NA coding upstream 22251 2411516 ~ 2415933 (+)
CI01000057_02395285_02396439 NA coding upstream 41623 2394598 ~ 2396561 (+)
CI01000057_02347155_02370642 PUSL1 coding upstream 67520 2347155 ~ 2370664 (+)
CI01000057_02244141_02246824 NA coding upstream 190555 2243793 ~ 2247724 (+)
CI01000057_02548444_02558549 NA coding downstream 92778 2547895 ~ 2559692 (+)
CI01000057_02618561_02619733 GATA2A, GATA2 coding downstream 163303 2618420 ~ 2619771 (+)
CI01000057_02693930_02700711 GNL3 coding downstream 238813 2693930 ~ 2700711 (+)
CI01000057_02707814_02708251 NA coding downstream 252697 2707814 ~ 2708374 (+)
CI01000057_02758170_02782493 CAMK1A, CAMK1.L, CAMK1B, CAMK1 coding downstream 303053 2758170 ~ 2782566 (+)
G243876 NA non-coding upstream 5994 2431886 ~ 2432190 (+)
G243877 NA non-coding upstream 10610 2423960 ~ 2427574 (+)
G243924 NA non-coding upstream 35747 2402181 ~ 2402437 (+)
G243875 NA non-coding upstream 53912 2375977 ~ 2384272 (+)
G243902 NA non-coding upstream 93498 2344420 ~ 2344686 (+)
G243933 NA non-coding downstream 46416 2501533 ~ 2501909 (+)
G243973 NA non-coding downstream 115438 2570555 ~ 2570798 (+)
G243985 NA non-coding downstream 136381 2591498 ~ 2591769 (+)
G243986 NA non-coding downstream 137016 2592133 ~ 2592371 (+)
G243989 NA non-coding downstream 141588 2596705 ~ 2682061 (+)
G243558 NA other upstream 1479813 956063 ~ 958371 (+)
G243557 NA other upstream 1482989 954843 ~ 955195 (+)
CI01000057_00417827_00418207 NA other upstream 2017674 417700 ~ 418655 (+)
G243975 NA other downstream 121336 2576453 ~ 2576852 (+)
G243991 NA other downstream 180120 2635237 ~ 2652560 (+)
G245231 NA other downstream 631979 3087096 ~ 3292562 (+)
G245401 NA other downstream 1082452 3537569 ~ 3538442 (+)
CI01000057_03842028_03844033 NDUFS7.S, MGC85267, NDUFS7 other downstream 1386911 3842028 ~ 3844691 (+)

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