XLOC_030457 (taf6)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_030457
gene name taf6
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007116.7
NCBI id CM002889.2
chromosome length 72500376
location 53580846 ~ 53765478 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00059509
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Function

symbol description
taf6 Predicted to enable transcription coactivator activity. Predicted to contribute to RNA polymerase II general transcription initiation factor activity. Predicted to be involved in RNA polymerase II preinitiation complex assembly. Predicted to act upstream of or within transcription initiation from RNA polymerase II promoter. Predicted to be part of transcription factor TFIID complex. Orthologous to human TAF6 (TATA-box binding protein associated factor 6).

GO:

id name namespace
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KEGG:

id description
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ko03021 Transcription machinery
ko03036 Chromosome and associated proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040912-23 Predicted to enable transcription coactivator activity. Predicted to contribute to RNA polymerase II general transcription initiation factor activity. Predicted to be involved in RNA polymerase II preinitiation complex assembly. Predicted to act upstream of or within transcription initiation from RNA polymerase II promoter. Predicted to be part of transcription factor TFIID complex. Orthologous to human TAF6 (TATA-box binding protein associated factor 6).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000100423 ENSDARG00000102998

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00059509 False 6933 mRNA 0.39 14 53580846 53765478
TCONS_00059508 False 6990 mRNA 0.40 15 53580846 53765478
TCONS_00059510 False 853 processed_transcript 0.43 2 53581489 53607703
TCONS_00059511 False 2463 mRNA 0.42 13 53691803 53761946
TCONS_00059512 True 922 processed_transcript 0.47 9 53700294 53757505

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_030456 BX323994.1 coding upstream 96057 53479576 ~ 53484789 (+)
XLOC_030455 NA coding upstream 388041 53191662 ~ 53192805 (+)
XLOC_030454 NA coding upstream 389779 53188004 ~ 53191067 (+)
XLOC_030453 hint2 coding upstream 512912 53009083 ~ 53067934 (+)
XLOC_030452 scarb2a coding upstream 718041 52844681 ~ 52862805 (+)
XLOC_030458 sat2b coding downstream 59481 53824959 ~ 53865456 (+)
XLOC_030459 naa38 coding downstream 110691 53876169 ~ 53908674 (+)
XLOC_030460 CR450749.2 coding downstream 340532 54106010 ~ 54108514 (+)
XLOC_030461 rangrf coding downstream 514657 54280135 ~ 54294086 (+)
XLOC_030462 bspry coding downstream 635493 54400971 ~ 54415064 (+)
XLOC_030449 BX957336.2 non-coding upstream 1138354 52438392 ~ 52442492 (+)
XLOC_030448 FP016029.1 non-coding upstream 1355041 52225684 ~ 52225805 (+)
XLOC_030446 AL935198.1 non-coding upstream 1523292 52055227 ~ 52057554 (+)
XLOC_030464 NA non-coding downstream 716281 54481759 ~ 54482867 (+)
XLOC_030470 NA non-coding downstream 945545 54711023 ~ 54711655 (+)
XLOC_030472 NA non-coding downstream 1300304 55065782 ~ 55074200 (+)
XLOC_030473 CU207241.1 non-coding downstream 1354032 55119510 ~ 55123220 (+)

Expression


Co-expression Network