XLOC_003748


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003748
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 44907969 ~ 44911219 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008713
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>TCONS_00008714
ACTCGCTTTAGTAATCAGCAGAAGTTTTCTATATTTATTCAATTAGGTTGAAACAACTTTTGAATCTGCAAACATGATTTAGTGGTAAAAAATTGGCAGCATTTCTACAGCTGAGAAAAACACTGAGGATCATAATAAACCACAGCACTCATACAGATACAGAGAAAAGCAGATTACATAGCCAAAATAAACAACCACTCACACATACAGAGAGAAGAGGAGATGACGTCCAGTAACTCCAGAGACATTCATGTCAGCAGCACAATAATAAACCATTTAAACTAAAGCCCAGTGCATTAATCCGTGAAGAAACACAAACAATGAAGCTCATTCAGACACGGAGATATAAATTTGGACTCTGAGGGGAATATTACAGCAGGATGacgattaataaactaataaatacacaACAAAGGCACAAGCGAAGGGCAAACGCACAAATACTACACCTGAATAATAGAGTTATCATCAACACTGAGGCTCTCGCATcctaaaggaacactccacctttATTGAGAATATTCCTATATCTTACAGCCTAGCTTCACCATTTGCTCATCATTCAGctgacttttagcttagcttagcatagatcattaaatcagattagactattagcttagcttagcacagaTCATCAAATCAGActattagcttagcatagataatttaATCAAAGTAGACCCTTATCTTAGCTTAGCCTAGactgaccgagtttggacacccctgcattagcTTGGCTTAGCACAAATCATTAAATAGGACTAGACTATTAGATTAGCATAGATCGAAGAATTGAATTAGACCATTAAATTAGTTTAGCATCGATCATTGAATCAAAAAATACCATTAGCTTAGCATTACATCGATCATCGAATCGGattagaccattagcttaGCAttgcatagatcattgaatcggattagatcaaTCGCATTAAAcctttagcttagtttagcatagatcattgaaatcAGATTAGAATAATAGCCtagcttagcataggtcattaaattagattaaaccaTTAGATCACCCTAGCAAAGACAATTGAATCCAATTATTCCATTAGCTTCTCATAGCTCagtgaattggattagaccattagcttcaGTTAACAGTTTATAGAATCAAAATAGACCCTTAGTTTAGCAAACATAACTGAATGGAATTAGACCATTATCTTAGATCACTGTCTCTGATTAGAtcattagcttagcatagatcattgagtATGATTAAACCATttgcttagcatagatcattgagtcTGATTAGACTTTTAGCTTATCATAGATCATTAAttttggattagaccattagcttagcatagatcattgaatctgattagataGCTTATCTTAACAGTTCATTGAATCAAAATAGAcccttagcttagcatagataactGGATCGGATTAGAATGAAAATGCATTGTTTACTTCAAGCACTGAAATCAGATTAGATCATTATCTTAGTTTAGATCATTGATTCGGATTAGActattagcttagcatagatcattgaatcggatttgaatcggattagaccaatagttttaataattttcagtGATCTATGCTATGATAACAaaatagtctaatctgattcaatcatCTATGCTAAGGTAattgtctaatctgattcaatgatctatgccaaGCTAACGATcgaatccgattcaatgatttatgctaagctaagggTTAAATCCagttcaatgatctatgctaagctaagctaatggtttaatctgattcaatgatctttgctaagctaagctaatggtctaatctgattaaatgatctatgctaagctaagggTCTAATCCAGTTCAATAGTCTATGCtaagctaatggtctaatcagattcaatgatctatgctaagctaatggtctaatctgattttatgatctatgctaagctaagctaatggtctaatatgatttaatgatttatgctaaccTAAGGGTCTAATCCagttcaataatctatgctaagctaatggtctaatcagattcaatgatctatgctaagctaagctaaaagtgctccagccagaGCCAGAgttcagctgaatggattcagaaatgCTAAAACTCTGCGGTTTAACTCTAGAGGATGTGAGAAATTAAATTATTCTCAATAATAGGGGCGTGTTTCACTAAAGCATCAGTAAACGAGTCTCTCTTTAATTGTGTGCTGGATAATACTAGTGTTTGTTGGCTCAGAGGTCTGGAGGGTTAATTTGGTTAAGGAGGATGAAGGCTTGCTAATGCTAGCGCTAGCTCTAAAAGCCCGTCTCGATGCTAAGGGTTCGACGGGTCACATGTTCGATCTCTCCGGTCACGTATTCGTCGAAACTGGTCTGATATTTGGCCAACATCTTCTGCATGGGCCGCAGGTTCAGCCACCACTGCTCCTTCGGCATCCTGTGCCTGGAACAGAAACAATACAAACTCTGATCAACAGTAATGATTACAACCTAATGACTGTGTTGATCATGTGATCTGATTGGTCGCTGTGTTGATCATGTGAATCAGTCAGTGTAGGTGTGGTCTGATTGGTCGCTGAGTTAATCATGTAAATCAGTCAGTGAAGGTGTGATCTGTTTGGCCGCTGAGTTGATCATGTGAATCAGTCAGTGAAGGTGTGATCTGATTGGCCGCTGAGTTGATCATGTGAAACGGTCAGTGAAGGTGTGATATGATTGGCCGCTGATTAGATCATGTGAATCAGTCAGTGAAGGTGTGATCTGATTGGCAGATGTGAATCAGTTAGTGAAGGTGTGATCTGATTGGCAGATGTGAATCAGTTAGTGAAGgtgtgatctgattggctaatgtgAACCAGTCAGTAAAGATGTGATCTGATTGGCCGATGTGAATCAGTCAG
>TCONS_00008715
AATCAGCAGAAGTTTTCTATATTTATTCAATTAGGTTGAAACAACTTTTGAATCTGCAAACATGATTTAGTGGTAAAAAATTGGCAGCATTTCTACAGCTGAGAAAAACACTGAGGATCATAATAAACCACAGCACTCATACAGATACAGAGAAAAGCAGATTACATAGCCAAAATAAACAACCACTCACACATACAGAGAGAAGAGGAGATGACGTCCAGTAACTCCAGAGACATTCATGTCAGCAGCACAATAATAAACCATTTAAACTAAAGCCCAGTGCATTAATCCGTGAAGAAACACAAACAATGAAGCTCATTCAGACACGGAGATATAAATTTGGACTCTGAGGGGAATATTACAGCAGGATGacgattaataaactaataaatacacaACAAAGGCACAAGCGAAGGGCAAACGCACAAATACTACACCTGAATAATAGAGTTATCATCAACACTGAGGCTCTCGCATcctaaaggaacactccacctttATTGAGAATATTCCTATATCTTACAGCCTAGCTTCACCATTTGCTCATCATTCAGctgacttttagcttagcttagcatagatcattaaatcagattagactattagcttagcttagcacagaTCATCAAATCAGActattagcttagcatagataatttaATCAAAGTAGACCCTTATCTTAGCTTAGCCTAGactgaccgagtttggacacccctgcattagcTTGGCTTAGCACAAATCATTAAATAGGACTAGACTATTAGATTAGCATAGATCGAAGAATTGAATTAGACCATTAAATTAGTTTAGCATCGATCATTGAATCAAAAAATACCATTAGCTTAGCATTACATCGATCATCGAATCGGGTTAGAccattagcttagcataaatcattaaatctgaTTAAACCATTAGCTTAACATAAATAATTGGagcagattagaccattagcttaGCAttgcatagatcattgaatcggattagatcaaTCGCATTAAAcctttagcttagtttagcatagatcattgaaatcAGATTAGAATAATAGCCtagcttagcataggtcattaaattagattaaaccaTTAGATCACCCTAGCAAAGACAATTGAATCCAATTATTCCATTAGCTTCTCATAGCTCagtgaattggattagaccattagcttcaGTTAACAGTTTATAGAATCAAAATAGACCCTTAGTTTAGCAAACATAACTGAATGGAATTAGACCATTATCTTAGATCACTGTCTCTGATTAGAtcattagcttagcatagatcattgagtATGATTAAACCATttgcttagcatagatcattgagtcTGATTAGACTTTTAGCTTATCATAGATCATTAAttttggattagaccattagcttagcatagatcattgaatctgattagataGCTTATCTTAACAGTTCATTGAATCAAAATAGAcccttagcttagcatagataactGGATCGGATTAGAATGAAAATGCATTGTTTACTTCAAGCACTGAAATCAGATTAGATCATTATCTTAGTTTAGATCATTGATTCGGATTAGActattagcttagcatagatcattgaatcggatttgaatcggattagaccaatagttttaataattttcagtGATCTATGCTATGATAACAaaatagtctaatctgattcaatcatCTATGCTAAGgtaattgtctaatctgattcagtgatctatgctaagctaacaaTCAAATCTGATTCATTGATCTATGGCAAGCTAACGATCGAATCCGATTCAAGGATTTATGCTAAGCCAAGGGTTAAATCCagttcaatgatctatgctaagctaatggtttaatctgattaaatgatCTATGCTAACCTAAGGGTCTAATCCagttcaatgatctatgctaagctaagctaatggtttaatctgattcaatgacctatgctaagctaagctaatggtctaatatgatttaatgatttatgctaaccTAAGGGTCTAATCCagttcaataatctatgctaagctaatggtctaatcagattcaatgatctatgctaagctaagctaaaagtgctccagccagaGCCAGAgttcagctgaatggattcagaaatgCTAAAACTCTGCGGTTTAACTCTAGAGGATGTGAGAAATTAAATTATTCTCAATAATAGGGGCGTGTTTCACTAAAGCATCAGTAAACGAGTCTCTCTTTAATTGTGTGCTGGATAATACTAGTGTTTGTTGGCTCAGAGGTCTGGAGGGTTAATTTGGTTAAGGAGGATGAAGGCTTGCTAATGCTAGCGCTAGCTCTAAAAGCCCGTCTCGATGCTAAGGGTTCGACGGGTCACATGTTCGATCTCTCCGGTCACGTATTCGTCGAAACTGGTCTGATATTTGGCCAACATCTTCTGCATGGGCCGCAGGTTCAGCCACCACTGCTCCTTCGGCATCCTGTGCCTGGAACAGAAACAATACAAACTCTGATCAACAGTAATGATTACAACCTAATGACTGTGTTGATCATGTGATCTGATTGGTCGCTGTGTTGATCATGTGAATCAGTCAGTGTAGGTGTGGTCTGATTGGTCGCTGAGTTAATCATGTAAATCAGTCAGTGAAGGTGTGATCTGTTTGGCCGCTGAGTTGATCATGTGAATCAGTCAGTGAAGGTGTGATCTGATTGGCCGCTGAGTTGATCATGTGAAACGGTCAGTGAAGGTGTGATATGATTGGCCGCTGATTAGATCATGTGAATCAGTCAGTGAAGGTGTGATCTGATTGGCAGATGTGAATCAGTTAGTGAAGGTGTGATCTGATTGGCAGATGTGAATCAGTTAGTGAAGgtgtgatctgattggctaatgtgAACCAGTCAGTAAAGATGTGATCTGATTGGCCGATGTGAATCAGTCAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008713 False 2881 lncRNA 0.37 2 44907969 44911219
TCONS_00008714 False 2897 lncRNA 0.37 3 44907994 44911219
TCONS_00008715 True 2916 lncRNA 0.37 2 44908006 44911219

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003746 strn coding upstream 52760 44804685 ~ 44855209 (+)
XLOC_003747 FO744859.1 coding upstream 56376 44851474 ~ 44851593 (+)
XLOC_003745 NA coding upstream 104664 44792503 ~ 44803305 (+)
XLOC_003743 NA coding upstream 155312 44676506 ~ 44752657 (+)
XLOC_003744 irf2bp2b coding upstream 181681 44723019 ~ 44726288 (+)
XLOC_003749 cfap410 coding downstream 21633 44932852 ~ 44936320 (+)
XLOC_003750 si:dkey-93h22.8 coding downstream 181647 45092866 ~ 45107913 (+)
XLOC_003751 ogal coding downstream 199646 45110865 ~ 45126501 (+)
XLOC_003752 NA coding downstream 224796 45136015 ~ 45143840 (+)
XLOC_003753 tk1 coding downstream 241885 45153104 ~ 45158056 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 28784887 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 32195973 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 32213706 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 32222370 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 32227941 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003740 NA non-coding upstream 364971 44539504 ~ 44542998 (+)
XLOC_003738 NA non-coding upstream 457606 44447688 ~ 44450363 (+)
XLOC_003754 NA non-coding downstream 301546 45212765 ~ 45219387 (+)
XLOC_003757 CABZ01078080.1 non-coding downstream 323261 45234480 ~ 45236734 (+)
XLOC_003761 NA non-coding downstream 420182 45331401 ~ 45335873 (+)
XLOC_003763 NA non-coding downstream 443636 45354855 ~ 45356339 (+)

Expression


Co-expression Network