XLOC_003752


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003752
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 45136015 ~ 45143840 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008716
cacacacacacacacacacacacacacacacatacacactaaccTTCAGACTCTACAGATACTGTGCTTCTGTGCCAGAGGTTACAGGTAGGAGAAGAATAAATCTCTTCTTTTCTAATTTCCAAGAGTACGTAACACGTCTGTAATTCCTTCAGAAATGTGAGAGCAGGTTTATTTGTTCACAGGGGCGAGCTGCAGATTAAACCTCGCTCTAATAATGAGTCAGTGTTTTTGAGAACTCGGTGATTGTGTGTAAATCTGTGGTCGGAGACTCTATTGTGGAGAAGCTGATTTGGTTGGTAAATGATTGCAAACAGGAGTGAAATAAAAGTGCCGGCGGTGCACTAGAGCACAGTTCACCATATCTATAGTAGATTTATACACTCTGTCAGAGATTTTAAGGTAAAAAGGCATTATATGTGGGTCAAAGATGCAAGGTTAACTCTACAAAGTGATTTAGTTATTAACAtgttatttatgtaataaaataataagtaaaaggTAATGAACATGGTATAAAATATAACAAAGTAATTACAATTCATctagaattattaataataattcatttattcattttccttcagcatagtccataatccagcatgttttacgtagcggatgcccttccagctgcaactcagtactggaatacacccatacacacttacactatggccaatttagtttaccaatTTCCCAATAAcgcatgtgttcggactgtgggggaaaccggagcacccggaggaaacccacaccaacacggggagaacatgcaaacccgaaccattgaccttctcactgtgaggccacagtgctaaccactgagcctccatgTTGCcgttaataataatgaatgtatTCTATATAACGCCTTTCCAGCACTCAACGATGCTTTACAACAAAAGTAggaggaaaaaaaactaaaaggttagaGAAAATAGCAGACTAATAATTCATAAAAGGAATAACAAAGACGAGAACAAATAGCAAAAATGAAATGAGCATTATTGACTGTaacattcagaaaataagtgagttttaagatgaaacttaaacttaaaaataaaagttatgcaGTGAAGCATGTGTGGGGGATGAAAatagtttaatataaaaaaataataagtaatacacatgatataaaatgtaaacaatagttACAATTACTTTAGActttgaataattaaattaagacaataaataattttctaaaaagtaatgaaatagacataaaaaatatttaaaaaataaatttcatcaagaattaaattaattaacagaAGAAAATTACAAGAAAAAAGTCATGAACAtggtttaaatataaaaatagttaCAATTCATCTTAAAGtaattaaatcaaaaagtaatgaacatggtataaaatataaagaaataattaGAATCCatctataattaaaataattaaattaatataataatgtaataagtaaaaaaactaatgaacaaggtataaaatattacaattcatctagaataaaaataattaaatttattaataaaataagtaaaattaatgcaattaatgtaattgaaataaaaaGAACATTACAGTTTATTCACATTTAATGGTACTTCTCTCTTTTAAATAAActaagtgtaatttaaattttaaataaacaaagttttttttccctcaccgctgtcgccactgcctcgcatggttcaggattggtagagctacgcatcgatgaatttgctcttcagtgtttgaactctcagtaatgattaaatcacactgaactgagctaaactgaactgaactgaacttaaacactaaaacctgaaccacactgttccagttactgaaccacactgttccagttactatgaccatttatgtgaagctgctttgacacaatctacattgtaaaagcgcaatacaaataaagctgaattgaattgaactaacCAGTGataattttatattgtaataaagtcatgtaattataaaatatttttgacaaaatCTAGTTTAATGTTCAGTAGCCTGTAGATCCGTGATTTACTTCAAATCTCTCTATTCTTATGATTACTAAGCTCAAATATTAACTTTTAATTGCAGGTCAGAGAGAAACCAtgcaacattttattattttaacacatttccctTACTGTAGAAAAAACAATCCCTGTTTGGTTTGTGTACACTATATTTTTGTGTTTCATTTACAGGATATACACTGTAATTGTTCTGTTGTTATTGCAAACAAAAAGTATTTCCAAGCCTTCCAGTCCGGAAGTGTGTTAATCTGCGCATGCGCGAACCCTCCGCCATACACGCGATGTTTTATTTACACAAGTTACTCCAAAAACAATCACGACAACATGATAACAATTGGACATTCATGAAAAATTCAGTTTCTTCGTGTTTGTCTGAGGGTCAAAACTGTTATATTAACGTTACAACCATTACACTTGCATCACCCCAGTCTTGTCTTTAACAGTTATAAACGCGTctaaaagtttatattttattttaatgactaaTGTGATGACATAACGAGGTTACTCCGAGTCCTTAGttttaataaaacagaaaacattagACTGAAGTAATTCCCGGCAGTTTCTGCTGAATAACCGCCGTTAACCCTTTATGAGGCGAACCCTTCCCGCTCCAAATTTCCTGCAAATAACGCTACTCACCGTGTTTCTCAGTCAGATGTAGTGGTTTAGTCCTGTGTTATAATGCGTTATTACATCCTCGCTCCATACTTCGGTACCGAACGCGCTTCCTCCGCCGTTCAGACCGAAACAGTCCTCCGCCGTTGCTGCCAACACACCGGTACCGCGAAACACCGCCTACAAGCAAAGACGCCGAAGGTTCGGTTCATGAATATTAATCACGTAAGGCCACGTTCGTTCAAGACAACTCGCTGATAGGCTGAAAGCAAGCATGGAAGAGTTCGCTGACCAATTAAAGCATCACACAGTGTGCGTGgactaattattaaatattaattaggtTACACAACCTAAAACTCTGGAAATATCTAAGCAACATTGAAGAATTGTAATTATTCATGAGATTAGCTTTCACCagtataacatttataatttagatgCAATGCATTAAGACATTGCGCTGATAGTATTATTAGCAAGGCAGAATCTGTGGACATATTTAGATTTATCtgcacataaaataaataatcagagAATTTATGCGGAACGATTTTGAGAGTTTAGTAATTAAGAACTTAACATCAAATGTAAAGAAATAtgacttattatttaaaataatacttattatttaaggcttacaatgcaaatccaattagaaccacttgtttggtaaacaaaattAGTCTCTCACAtaacatatctactaaaagacagaaaatattactttacaaatattgCTACTAACTGTATTTCACATAAATCACACTGTCATTTGCATACTAATCAATATTACTGAAATGACTATAAAACtgattacgtttacacacatttacatcaaTGACTCAAATATGGACTAAATATCTGCAGATTTCGCTGTGTGTGCAGATTCCTTGTGGGCCTAATCATAAGTGTGTCAAAAGCAAGTTTATGAGTGTTGATATTTCCCCGTCCTCTAGAATAACACAGAGAGTGTGTTGTGTTTCAGAACAATCTCTCCATTCACAATCACAACAATCACAACAACTGTGCTCAAATCAGTGCTTTATTAACGCTTCAATCACACGCTGACACCACAGTCTGCTCCAGGAAAGCACACTTAAAGCAGCTGGTGAAGGTGATTTGCTAGTTTTACTAGTTAACAAGTGCCTTTAAAACACCAAACCAGTTCTGCGGCCGGTCCAAACCTGTTTATCCAGTCAATACAAACTCAAAACAAAGACAACAAACTGATGAACATCTTCAGCACCATTGACCCGTGTTACATTTGAACTCATTTGCATTTGAGTGTCAAATTCTGCAGTGCTTTAAgtgattaaaacatttaaataactatGAAAAACACCTTACACAAACActttcctgaacacacacacacacacacacacacacacacaccagatggAAACACACTTCTGCTGTCTTAATGACGTTTAACATTTAATGCTAGTGTCTCATTGGAGAAAGAGTGAGGTCATTGTGAGGTCAACTCACAAGTCGGTTCCAGAGCAGTGCATTCTAGGTAATTTGGCGATCATCAACTTTTCCCGATCATCTTCAGGAGAAGCTGCAGAAGAAATTAAGCGGATCAATAATGCATAACAACTGCCTTAAAAACACATCGACTGATTTCCGCCTGATAATTTTAGTTTGATTCAGTTTGATTGGTTTTATTCATTTAGTTACAAAATTTGTTTAGTTTcatcttatttaataaaaaataataataaataaaaaaagtgtactttaaatttataattaatcattaattCAAAAATTTAATCATGTATTTAactgataattataataaatccattattacAAAATTATGCAGCCCTAcagaaatgtataaataaaaattgtgatttaaataacaatattaataataaaacgtaTATTACCACTAATTTTACAGTTGCAGTAAATACTATTTCATTTTTACACGGTTTTAAAGACAAATTTTACTATAGATGCTTTTGCTTCATTTCACATtagataaataacaaataataaataaataaaactattatttaattaattgcattttcatttgaaataataaatatattatggcAAATTTTAGCAGTCacacaaaaaatcttaatttttaaattatattttttttaattaattaattaatactatcataaaaaaaaaaaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaacttatattggtactattattttacagttgttatgtaaattaaaatgtcgatttattttttattttatttgtttaaaaaaatttttactatatgtatatttttgcctaattgtacatttattaaaaataataaataaataagtttattgTT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>TCONS_00007227
actaaccTTCAGACTCTACAGATACTGTGCTTCTGTGCCAGAGGTTACAGGTCAACTTTGATGAAAGCCATCAAATATTAAACAAGATGCAAACTTTGCATCTCCAAGATGTACCTTTGATTTGCGGTGATACGTCATATTGTGTCCAGTCAGTGGACAGAACCATGGCTGCTAGATGAGCTCCTGCTGAATGACCACACAGattacatcaaagagcttagaatgaccaagaggcgacgcTCAGTAGAGAGTTCCATTGCAACatcagcgcccagcaacagcctcgcgattccaccattttggagtgaaagcgatctgCGATcagccgtccattggatcttattgctatTGCTTATTGCTAATAAAGCTTTTATGTAAAAAGCCA

Function

GO:

id name namespace
GO:1901615 organic hydroxy compound metabolic process biological_process
GO:0044281 small molecule metabolic process biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000101343

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008716 False 7824 lncRNA 0.31 1 45136015 45143838
TCONS_00007227 True 385 lncRNA 0.44 3 45136052 45143840

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003751 ogal coding upstream 9514 45110865 ~ 45126501 (+)
XLOC_003750 si:dkey-93h22.8 coding upstream 28102 45092866 ~ 45107913 (+)
XLOC_003749 cfap410 coding upstream 199695 44932852 ~ 44936320 (+)
XLOC_003748 NA coding upstream 224796 44907969 ~ 44911219 (+)
XLOC_003746 strn coding upstream 280806 44804685 ~ 44855209 (+)
XLOC_003753 tk1 coding downstream 9264 45153104 ~ 45158056 (+)
XLOC_003754 NA coding downstream 68925 45212765 ~ 45219387 (+)
XLOC_003755 tmc6b coding downstream 75718 45219558 ~ 45231199 (+)
XLOC_003756 tmc6b coding downstream 89508 45233348 ~ 45244641 (+)
XLOC_003757 CABZ01078080.1 coding downstream 90640 45234480 ~ 45236734 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 29012933 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 32424019 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 32441752 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 32450416 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 32455987 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003747 FO744859.1 non-coding upstream 284422 44851474 ~ 44851593 (+)
XLOC_003745 NA non-coding upstream 332710 44792503 ~ 44803305 (+)
XLOC_003743 NA non-coding upstream 383358 44676506 ~ 44752657 (+)
XLOC_003740 NA non-coding upstream 593017 44539504 ~ 44542998 (+)
XLOC_003761 NA non-coding downstream 187561 45331401 ~ 45335873 (+)
XLOC_003763 NA non-coding downstream 211015 45354855 ~ 45356339 (+)
XLOC_003765 CU459093.1 non-coding downstream 245537 45389377 ~ 45390076 (+)

Expression


Co-expression Network