XLOC_005706


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_005706
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 2149770 ~ 2153016 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013539
aatctcttagtgtgtaactttattgaatggatttgatcgtattaatctaggaaaagtctgtaaaataacagtgtttctctgtaaaactcttgTTGTAGTAACTATTGAacagatttgatcgtaataatcttggaaaaagactgtaaaataacagtgtttctctgtaaaactcttagtgtataactttattgaacagatttgatcgtaataatctaggaaaagtctgacGCTGACCATAGGAGGGCATCAGTTTAATCTGAAATGTACTCTATTTTagtatattttacatttgctaaagaaaaaacaaatcaatcaataaatgtaGCCTGAGGTTCGTATTTCCAATGAGTCAGATGTGAATAATATCTCATATGAAATTGTGAATGTCCATTCAGAAAGCTGTGGATTACAGTATCAGCAGTCGTCAGACACACATTGACTGGGCTAATATTGATTTAGCGCTGGCAACCTTAATTCAGCTTTTGACAGAGCTGCGTGTCTGCAGTAAATGGCTTATTAAGTAATCAAACATCGGGCCTATTCTGCACTTTGAATGAAAATTGATTGTGAGGTAAAAATGACATGAAATATATCtcaagaaaggtgatttaaagtGAAGTGCATGGAGAAAAGAAGCCGTGTCAGATCAATGTCAAAACCCACAGAAACTCTGACAGCCACCTAGATAGGCTTGAGTATAAAAGCtattatgaattagcatttcTGAATTCAATCAATACAGAGAAGTGTCTTGGACAGattcttttatttataaattaattgaaaAGGCCACATCATATTAAAGGCACCGTGACTGTGTAAATGTATTGCGGACAATTTCAGACTCTTGGACTGAATGAGTGCACTTAAAAGGGCACATGGTTAGTCTTTAAGGGCCCTAATGGCGGGTGAAAGTAATGCTGTTAGCCTTTGGTGTTAATAAAAACATGTtcattaactgatgttaacagaTTTGACTTTTGAACTTTAATCAAtgcaggcttattctgaaaacgtacctctatatacatttgtggagagcaccaaatatgcaCCTGGAGGTACGCTTTTTTTGCGAAtacaccagaggtcactgtgtacGCTTTCTCAGATCTCAAAATTCTCTCATGAGCATGGGGGGTGGGGGTCGGATGGGTGGGTAATAACAGGTGAAAGTGAAAAACGGGGGGGCTTTGGGGGGTGTCACGGATAGAGGGGAGATCACAGataaaagtgaagagcgggggtaaGGGTAATcacagatgaaagtgaagagtggggtgGGGGGGGTCACGGATATATGTGAAGAGCAGGGGGAGATCACAGataaaagtgaagagcgggggtaaGGGTAATcacagatgaaagtgaagagtggaGTGGGGGGGTCACGGATATATGTGAAGAGCGGGGGGAGATCACAGatgaaagtgaagagtgggggggGGGGTCGCGGATATATATGAAAAGTGGAGGGGAGATCACAGATAAAAGTGAAGGGTGGGGGCTGGGGGGGATATCCACAGGCTCTTAATGATGTATGGGCCCTTAGGATTGTCCTAACGCCACCCCCCCTCCCCCACAAAGCGGCACCCCTGCTCATGAGTGCTTGCTGTTcacgtgtaaatccaccagaggctgctgttgactgactgactgactgactgaccgaccgatcaCCCTACCTttccccttccctaaacacaaatgatcatgttttgaaaagcaatccagaaaaagaaaagcccttgcggctgcctgatttttaccctgttttcagattttaccacataatTGCccggttatttacttgtttatttaattttttggtatttgtttttgttttacctgttttctggaaccgctctttgtcggacttgaaccctgtcgtcagggctggagcaagctgaactgccgctcaaGGCAAAGAACGGCCgtgccgccctcaaccctaaagtgaaaGCACGGGGTATTATACCtcactagacgtggatataactgagggcgcgtgTGGTTAGggtagtgttgcggacgccgccttCTCTTAGCCGCCCTACGCGGATATAgcgcgcgggtggtgagggtagtgtcggggatgccgccctctctattctgccgccctatgcggccacctaggttgcctctatggacgcgccggccctgcctgttgtcatggtcaactctttTCTGCGTCTCGAATCCAccgacatacatggcaagctactggaaaAACTGGCAAAAGCGGGAAAACCgttcacatggaggtaagcatGTGAAAAATAAGCCGCGTAGCCTTGGTTTTAAAGATGAAGTGCAGCCAGATGTagctctggctatataattcgcactctccagaaatgtatacgggggtacatATTAACACCGAGCCTGTGTTGCAACcattaaatactataataatcATCAACTCACCCTTGTTTCAAACAgccttcttcagaatatctttagtgttcaacagaagaaagaaatgtcTAAAAGTTACATGTATTATGTGCCATTACTAAatgtaaattgtttgtttaaattcagcccagatCAATTGTTTTACTTTAAATTCTGTAAATCCAAGgattgattttattaatattatattatttataatacatttatttattataaaatgaatgaaaatgaaaatgatttatttatttatttataataaatatgactcattatttatgatattattatttttaaagagaaATGTATGATCTAATTTGCATAAATCAATCCAATCAGATCAAATTCACTTTTTAATTACAGAATAAATGTTTTCAAGTGCTAAGAGCCAGCTGGATGTGTGCGCCACGGTTACAGTTGAGATCAAACTTTATAGTGGTCTTCATGTGTGTGTCTCGTGAGTGCTGACTGCTGAGGGAACATCTTGAGTGGACGCCAGCCGGCTCTTGTAGTCTTCTTGTCTTTCTGAAGGCTGTGGGTCTGAATCTGCTGGAGCATCTGCCGGAGCTTCAGCGCAGAGACCTCCGCTGACAAACTGAAAACACATGATCGGGTTACTAATGAGACAGCAGACAAGCGGTCAGTGCAGAGTGCATCAACAAATCACCGAACCATGACGCTCTCACAAAAC
>TCONS_00013538
aatctcttagtgtgtaactttattgaatggatttgatcgtattaatctaggaaaagtctgtaaaataacagtgtttctctgtaaaactcttgTTGTAGTAACTATTGAacagatttgatcgtaataatcttggaaaaagactgtaaaataacagtgtttctctgtaaaactcttagtgtataactttattgaacagatttgatcgtaataatctaggaaaagtctgacGCTGACCATAGGAGGGCATCAGTTTAATCTGAAATGTACTCTATTTTagtatattttacatttgctaaagaaaaaacaaatcaatcaataaatgtaGCCTGAGGTTCGTATTTCCAATGAGTCAGATGTGAATAATATCTCATATGAAATTGTGAATGTCCATTCAGAAAGCTGTGGATTACAGTATCAGCAGTCGTCAGACACACATTGACTGGGCTAATATTGATTTAGCGCTGGCAACCTTAATTCAGCTTTTGACAGAGCTGCGTGTCTGCAGTAAATGGCTTATTAAGTAATCAAACATCGGGCCTATTCTGCACTTTGAATGAAAATTGATTGTGAGGTAAAAATGACATGAAATATATCtcaagaaaggtgatttaaagtGAAGTGCATGGAGAAAAGAAGCCGTGTCAGATCAATGTCAAAACCCACAGAAACTCTGACAGCCACCTAGATAGGCTTGAGTATAAAAGCtattatgaattagcatttcTGAATTCAATCAATACAGAGAAGTGTCTTGGACAGattcttttatttataaattaattgaaaAGGCCACATCATATTAAAGGCACCGTGACTGTGTAAATGTATTGCGGACAATTTCAGACTCTTGGACTGAATGAGTGCACTTAAAAGGGCACATGGTTAGTCTTTAAGGGCCCTAATGGCGGGTGAAAGTAATGCTGTTAGCCTTTGGTGTTAATAAAAACATGTtcattaactgatgttaacagaTTTGACTTTTGAACTTTAATCAAtgcaggcttattctgaaaacgtacctctatatacatttgtggagagcaccaaatatgcaCCTGGAGGTACGCTTTTTTTGCGAAtacaccagaggtcactgtgtacGCTTTCTCAGATCTCAAAATTCTCTCATGAGCATGGGGGGTGGGGGTCGGATGGGTGGGTAATAACAGGTGAAAGTGAAAAACGGGGGGGCTTTGGGGGGTGTCACGGATAGAGGGGAGATCACAGataaaagtgaagagcgggggtaaGGGTAATcacagatgaaagtgaagagtggggtgGGGGGGGTCACGGATATATGTGAAGAGCAGGGGGAGATCACAGataaaagtgaagagcgggggtaaGGGTAATcacagatgaaagtgaagagtggatgggggggGGGGTCGCGGATATATATGAAAAGTGGAGGGGAGATCACAGATAAAAGTGAAGGGTGGGGGCTGGGGGGGATATCCACAGGCTCTTAATGATGTATGGGCCCTTAGGATTGTCCTAACGCCACCCCCCCTCCCCCACAAAGCGGCACCCCTGCTCATGAGTGCTTGCTGTTcacgtgtaaatccaccagaggctgctgttgactgactgactgactgactgaccgaccgatcaCCCTACCTttccccttccctaaacacaaatgatcatgttttgaaaagcaatccagaaaaagaaaagcccttgcggctgcctgatttttaccctgttttcagattttaccacataatTGCccggttatttacttgtttatttaattttttggtatttgtttttgttttacctgttttctggaaccgctctttgtcggacttgaaccctgtcgtcagggctggagcaagctgaactgccgctcaaGGCAAAGAACGGCCgtgccgccctcaaccctaaagtgaaaGCACGGGGTATTATACCtcactagacgtggatataactgagggcgcgtgTGGTTAGggtagtgttgcggacgccgccttCTCTTAGCCGCCCTACGCGGATATAgcgcgcgggtggtgagggtagtgtcggggatgccgccctctctattctgccgccctatgcggccacctaggttgcctctatggacgcgccggccctgcctgttgtcatggtcaactctttTCTGCGTCTCGAATCCAccgacatacatggcaagctactggaaaAACTGGCAAAAGCGGGAAAACCgttcacatggaggtaagcatGTGAAAAATAAGCCGCGTAGCCTTGGTTTTAAAGATGAAGTGCAGCCAGATGTagctctggctatataattcgcactctccagaaatgtatacgggggtacatATTAACACCGAGCCTGTGTTGCAACcattaaatactataataatcATCAACTCACCCTTGTTTCAAACAgccttcttcagaatatctttagtgttcaacagaagaaagaaatgtcTAAAAGTTACATGTATTATGTGCCATTACTAAatgtaaattgtttgtttaaattcagcccagatCAATTGTTTTACTTTAAATTCTGTAAATCCAAGgattgattttattaatattatattatttataatacatttatttattataaaatgaatgaaaatgaaaatgatttatttatttatttataataaatatgactcattatttatgatattattatttttaaagagaaATGTATGATCTAATTTGCATAAATCAATCCAATCAGATCAAATTCACTTTTTAATTACAGAATAAATGTTTTCAAGTGCTAAGAGCCAGCTGGATGTGTGCGCCACGGTTACAGTTGAGATCAAACTTTATAGTGGTCTTCATGTGTGTGTCTCGTGAGTGCTGACTGCTGAGGGAACATCTTGAGTGGACGCCAGCCGGCTCTTGTAGTCTTCTTGTCTTTCTGAAGGCTGTGGGTCTGAATCTGCTGGAGCATCTGCCGGAGCTTCAGCGCAGAGACCTCCGCTGACAAACTGAAAACACATGATCGGGTTACTAATGAGACAGCAGACAAGCGGTCAGTGCAGAGTGCATCAACAAATCACCGAACCATGACGCTCTCACAAAAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013539 False 3109 lncRNA 0.42 2 2149770 2153016
TCONS_00013538 True 3050 lncRNA 0.41 2 2149770 2153016

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_005705 NA coding upstream 116727 1983311 ~ 2033043 (+)
XLOC_005704 hmgcll1 coding upstream 168043 1928361 ~ 1981727 (+)
XLOC_005703 bmp5 coding upstream 243038 1872767 ~ 1906732 (+)
XLOC_005702 col21a1 coding upstream 283059 1799003 ~ 1866711 (+)
XLOC_005700 zmp:0000000760 coding upstream 363625 1726953 ~ 1786145 (+)
XLOC_005707 klhl31 coding downstream 185745 2338761 ~ 2350762 (+)
XLOC_005708 CR376766.2 coding downstream 199273 2352289 ~ 2352995 (+)
XLOC_005709 gclc coding downstream 204621 2357637 ~ 2392664 (+)
XLOC_005710 CR376766.1 coding downstream 233397 2386413 ~ 2386533 (+)
XLOC_005711 elovl5 coding downstream 241248 2394264 ~ 2417409 (+)
XLOC_005701 CABZ01044297.1 non-coding upstream 384148 1765507 ~ 1765622 (+)
XLOC_005687 NA non-coding upstream 1163507 973009 ~ 986263 (+)
XLOC_005685 NA non-coding upstream 1287874 859057 ~ 861896 (+)
XLOC_005671 NA non-coding upstream 1445432 471548 ~ 704338 (+)
XLOC_005715 NA non-coding downstream 518416 2671432 ~ 2676336 (+)
XLOC_005718 BX571701.4 non-coding downstream 680076 2833092 ~ 2833207 (+)
XLOC_005722 NA non-coding downstream 770904 2923920 ~ 2928455 (+)

Expression


Co-expression Network