XLOC_005715


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_005715
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 2671432 ~ 2676336 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013540
gtacttcggttttccccacagtccaaacatgcactataggggaattgtattaactaaattggctttagtgtatgggtgttgcccagtactgggttgcggttggaagggcatccgctgtgtaaaacatatgctggaatagttgacggttcattccgctgtggcgacccctaacaaataagggactaaaccgaaagaaaatgaataaatgaataggcTGTGAAATACCCTGGACAGACGGCCAGTCCATCACAGGCTTACATACAATCAGGCTTACAGGCAGTTGACCATCTCCAGTTCACCTCTGCATGTCTTTATATTGTATAGAAAGCAGGAGCGCTTGAAGCAAACCCAGTCATTCTTCATCCCTCATTCAGGTTTTCATCAACTCTCTTTTCTCATCCTGGACTTGATTAGAAACTGCGATACAAGGAGGTAATGTGAGAACATGGTGAGAAAATGACACACTTCTGTAATCACCGCAGCAATCTACTAAAATAGCCGATCTGAAAGCTCACAGTGTAATTGTTCCTATAATTAATTCATCCATCTTCACTGCCAGTATTGCTGGATTGCTCATTTTAAAGGACAGTtgatctaaaaatgaaaatgacattaATGTTATAGCATCCAAAAATTATTTGTCATTAATCAGCTTGAGTTTACACAGTCTACGGCCTccaaaaggataaaaaaaaaataatgatatttttCTTACTTTATTTAGAGGCTCACTATTGGTCACGTCTATTGTTATGGTTAGCCTATATTTTCCATGCTATTTTACTCCTTTCCAGCTGGCAGTCATATATGTTAAAACATTATGATTTTGAACATTAAGAAGCATAAGTTTTACAccttaaaataatggtccattagttaatattaattactaatagcaatacatttatttattaatctttgttgaCGTGAGTTAAGTTAATTAACGGTAGTATATGTTAACTCAGAATGCATGAACTAATGTTAACCAGCACAACGTTGGatgttaaaggttcaggacaccctggagaactttttttatattaacagatgtgtgtgtgtgttgagcatcagttaagacaatgttagcacctgtcagctgtaattgtggggaaaactggataattgtgagcttttgtcagctaatttcagcttccaggtttaaaatgatttttggggcgggatcaaaatcggcgacgtagtgCAGTACtacaagtgcaatgatgacgcgtcggtttctcattattattcagagcagagttttcttatcctatgagaagagccggctgcttaattattcatgagacctgccagtgtcaagcccgagctgtgagacacggacccaagcacacagtatttagccgttcatgaagactcatatgcgtttgtttccatgatccacggggtttgttgcatgttttcccccgcgatcttgtcagggccgatcatacagcaaagctgtgtgtgtgctgctagcatttttgtcaggagagcagcacgagaattagagaatggcggacgttgacttttatcaggagttcgttcacattcagacacatcgccgtgctgctgtgtttgcctaaatcctccagattaccagcagggttattggttaaaatagacaggtcaggagagtctgagtctgctggatacggggatcaagggagaatcctcatttatagtgtttacatgaacacatctttacaatgatataaattgtggttgtctgtatatgaaattacgaataacaaatgtagcagggcattaaatcactgttcatttctttgcattttaactttgtaaactataaactcatgcgtctcctcacggtttgtctcatttttgtgagataactgacaacaacagttgttcgctcacgttctcccctgctggccacgcccactcctgcccgatgctcgcggagctccacccccattaatcatgcatcttttgaaaaaattctgaagtagactttaaccgaaagtggggggtgtcatggccctttaataatgccttagtaaatgttgaactatgattaataaatgctttacaagattatttatATTCATGATACAGTAACTAATGGACCAttgttctaaagtgttaccaaaagaaTGAGAGGACGTCAATGACACTGGAAGTCTTTTTAATTTACAATGGCCACGCCACACTGCTCTTAAAATGGATAGGGCATGGAAAGCAAGCTTTTTAGTCAGTAAAAATCAAggaaaagtcagggaatttgacaTTTTGCTTTGAGTGGGAACTCTAATATTATATACCTTGAGCCTAGTATGCAGGAGGACACACACTAATTTCCTTTACATAAGCATTGAGTCAAGGATCCCTCAGCAGATTCAATATCACACAGCTGTTCAACACACGAACTGTAGTGAATCTGTGAGAAAGTGAAGCAGATTCTGCCCACGCATCATAAATCCCTCAACATCTGCTGCAGAAATGATCCTCAGCCCATGTCAAAAGCGTCTCGTTCATCTTAATGAAACACCTCTGAACACCTTTTCATTAACTTTGATGAAGATGGGGAATTGTGAAGATGATCTCTCTCTAATAGCCGTCCTGTTTGTGTTTTCTCAATagttgtgcattaaaaaaaacggCTACGCTTGTGAAAATGATCAGTTTCGTGTCTCAGTAGCAAGGTCAGCATGTTTAATGTCTCCTTCAGTGGCATTCCCTGAGGACAATTACAAGGTGATTAGTCTGAGTTTGGTTCGAATGCTTTTCTTGAGCTGGATTTATTTTTGGAAGCGTCAAAATCATCATCCAAGACGTTTCCCTGAGGGTTTGGCAACATGAATAGCAATGCAAACTTACTTAGTTTTCAAATCTTTGAGAACAATTGCTGTATTAATATGTTCCAGTTCTGAATGTATTGAAAATAGCACTGGAAAAAAATGACAGTGGTACAGAGAGTGAGGAATATATTTTTGGTGCTAAATGTATAACATATAAGGTgacgtttaaaaataaatatatatatttaaaattatttagccttgatatatcatgttttttttgtgcGTACTGTGACCTATAGACATATTCTTGTGAGAATGGCTCGAACAAAATCCCAAATATaagtttaataaaaaagtattaaagctttctaaataaaatacagatttattaaacttaCAATATGAGTCTGATTATTTTAGGTCAGTCTTATGCCGCAGTCATACTAgtgagtttgagcttgcgaaattctgatGTATGCGCTGCAAAAGGGGCGAGTctgaacaagatgattagacattttaaaaagtgagcgattggtccatatttaacatttctgtacaaagaggtcatgttttgatctttgattggtctcacgcagccACATGATGCTATTTCACAGGTAAGAGGCGACGAGCTTGCCTGTCGCACAAACTTGCGTTTCTAGTCTGCCGCACTCgtaactcaggctcattctgaaaacaaacaaaaaaaaaatacatttctgagGAGCTTCAAATATGTCCTAGGATTTACGTTTTTGTTTTCCCAAATCCGCCAGAGGCTGCTCTGTTTGCTTTTTTAGAACTCAAATTTATCTTGCGATTGaaattcgtgcctgctgttctcatgtgaatccactagaggccgctgtcaaatGACTCGCTGACCCACTAACCGAgataaacaacaggctgaaaacgtGGTAAGATCATGACGGCTTTTccttttctgcattgctttttaaaacactatgggttgggtttaggggagggtgtgggtgggtcagtcagtcattcagtcgacagcaagctggcctggtcaGCTAAAGTTTATATGTCACCCTCAGGTGGATTTCTGCAAGAAGAGGACTCGCAAGAGTagtttgagatcatcaaaaagcatacacagcgccctctggtggatttgcaaaaacgaACACTGCAAGCAGACATAACTCCAGCTACGTATTATGCTGTCCCCAGAAATGTGTACCAGGGTATGTAtctacaatgagcctgggttctaAGATTTACATCTGTACATTTACAACTGCTTTATTGCTAAACAGACGTACAAATTAAAAcgtcaaataaaacacacacttttTAAGGTGTCTTTGTTAACATTCAACTCCTGAGTAATGTTAATTAGTGGAATTAATAGAAGAGAATAGGGTTTGTTGCATGTAATCATGCATAATTAATTGttattactatagtaattacatgGAACATGTGTAACAATGACactttaaattaaagtgttaccaaaaaagcCGACTGATTTAATATCTAAAAGGGAGATTCTTGCATTTAGTGCTTTggaatgtatattatttaatgttttctttttctttttggataTGTAAcccatttaaacaaacaaaaaagagaaTGTTTCAGAGGTAACAGAATTATGTCATGTACATAAAGTGATTTGTGTTGTGCAGAGATcttttatatatgtgtatttgcAGATTTTCAGAACTCTTGCGGTGAATCCATGTTTACGCAGACGTCAGAATACTCTAGTTTCTACAGCAGGTCCTTCTTTTATACCCAGCAGATGTTTCATATAGTTGTCTTTTAGACAGAGGACATGAAGTGTCATCACTGTCATTGAACACGGCATGCTGATTCATTTGTGACGAGAAATCATTTTATATGGAGAAGCATGCCCGGCCTcgaaaagcactttgaattgtatTTCGATGATTATACTTAAATGTTCAGATAACAGTTAACTGTAATCAAACAAAGAagagaataaagaaaagaaaGTGTGTTCTTTCAGCAAACCCGACTGAGTGTATTTCTGAGTTGTGGATTGTGTTTTGTTGCCATC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013540 True 4824 lncRNA 0.38 2 2671432 2676336

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_005714 plpp4 coding upstream 6319 2538636 ~ 2665113 (+)
XLOC_005713 lhb coding upstream 145399 2523032 ~ 2526033 (+)
XLOC_005712 arfgef3 coding upstream 173111 2442841 ~ 2498321 (+)
XLOC_005711 elovl5 coding upstream 254023 2394264 ~ 2417409 (+)
XLOC_005709 gclc coding upstream 278768 2357637 ~ 2392664 (+)
XLOC_005716 wdr11 coding downstream 56615 2732951 ~ 2828218 (+)
XLOC_005717 si:ch211-233m11.1 coding downstream 154238 2830574 ~ 2849857 (+)
XLOC_005718 BX571701.4 coding downstream 156756 2833092 ~ 2833207 (+)
XLOC_005719 XPO5 coding downstream 184929 2861265 ~ 2892011 (+)
XLOC_005720 CABZ01087629.1 coding downstream 218200 2894536 ~ 2901707 (+)
XLOC_005710 CR376766.1 non-coding upstream 284899 2386413 ~ 2386533 (+)
XLOC_005708 CR376766.2 non-coding upstream 318437 2352289 ~ 2352995 (+)
XLOC_005706 NA non-coding upstream 518416 2149770 ~ 2153016 (+)
XLOC_005705 NA non-coding upstream 638389 1983311 ~ 2033043 (+)
XLOC_005701 CABZ01044297.1 non-coding upstream 905810 1765507 ~ 1765622 (+)
XLOC_005722 NA non-coding downstream 247584 2923920 ~ 2928455 (+)
XLOC_005723 NA non-coding downstream 266945 2943281 ~ 2944990 (+)
XLOC_005725 AL935294.2 non-coding downstream 583207 3259543 ~ 3260961 (+)
XLOC_005726 NA non-coding downstream 942930 3619266 ~ 3620828 (+)

Expression


Co-expression Network