XLOC_006800 (srsf5a)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006800
gene name srsf5a
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 36526806 ~ 36535128 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013087
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>TCONS_00013086
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>TCONS_00013088
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>TCONS_00013090
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>TCONS_00013091
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Function

symbol description
srsf5a Predicted to enable mRNA binding activity. Predicted to act upstream of or within RNA splicing and mRNA processing. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Is expressed in nervous system; otic vesicle; pectoral fin; pharyngeal arch; and solid lens vesicle. Orthologous to human SRSF5 (serine and arginine rich splicing factor 5).

GO:

id name namespace
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GO:0005634 nucleus cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0003723 RNA binding molecular_function
GO:0003729 mRNA binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-030131-7336 Predicted to enable mRNA binding activity. Predicted to act upstream of or within RNA splicing and mRNA processing. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Is expressed in nervous system; otic vesicle; pectoral fin; pharyngeal arch; and solid lens vesicle. Orthologous to human SRSF5 (serine and arginine rich splicing factor 5).

Ensembl:

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RNA

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TCONS_00013092 True 427 mRNA 0.50 5 36533430 36534405

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_006798 dcaf5 coding downstream 87745 36406274 ~ 36439061 (-)
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XLOC_006785 BX510990.1 non-coding downstream 564340 35962350 ~ 35962466 (-)
XLOC_006784 NA non-coding downstream 601322 35925042 ~ 35925484 (-)
XLOC_006779 BX663524.1 non-coding downstream 934429 35592242 ~ 35592377 (-)
XLOC_006775 CU138575.1 non-coding downstream 1156122 35370569 ~ 35370684 (-)
XLOC_006814 NA non-coding upstream 460505 36995633 ~ 36997760 (-)
XLOC_006815 NA non-coding upstream 474684 37009812 ~ 37012236 (-)
XLOC_006817 NA non-coding upstream 575084 37110212 ~ 37110536 (-)
XLOC_006819 AL845493.1 non-coding upstream 643474 37178602 ~ 37178716 (-)

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