RNA id: TU39320



Basic Information


Item Value
RNA id TU39320
length 11650
lncRNA type inter_gene
GC content 0.50
exon number 2
gene id G34635
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000004
NCBI id null
chromosome length 17451736
location 14980342 ~ 14995039 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


GTAATTTCAAAATGAAAATTAATTTTTCATACTGTACATTATAATGCAGTGATGCCTAAATTCACTTGTAGCATTTGAAATTATTTTAGTGTTACATTAGTAATAAAATTTAATATGAATATCACCATTATTGGTTAATATTAAAAAATATTTTTCGACTCATCATTATCGGTCAGAATTGTAATCTTTTGGGGCATCCCTATTTAGTTTGTTTTCAGTGTACTTTTCTTATACTTTACAACACTACAGTATAATTTCCCCCCCATTCCCATCTCACTCCGTGACTCACATCGACCTGACTGTCAGATCAGCTCAGAAACCCTGACTGAATGATAGATTGTGTTTGCTAGTATAGGAAATGATAAGAAAATATTACCTCACACCGCAAACTTCTCTAAATGTACAGCCGTTGCAAGAACAGGCTCGTGTTTTGTATGCTGTAGAGGTTCAATCTCTCTTTGAAGCAGCTTTGACACCATGCCGAGAGCTTTGTCTTGGGAAAAGAGAGTAGGATGCTGTCAAACCAGATCTTTTGTTTCTCCTCCTTTACTTTTCTTTCTTCATCTGGAATTAAACTCTGCCAGCAAGTAGAAAAGTTGTGTTTTTAGTGTCTGCCGAGTGACTTTTTATGGCCAATTTCTTTGTATGGCATAGAGTGCTGATATAGTTAGTGTGAGCTGGTTATTCCCTGTCCATGGTGCTGAATTTCTTTTGTGCAAGGGATAGAGAAGGTATCAGCAGCGTTCTGCAAGGCTCTGTGCTGTGCTGTGCAGCTTTTGCGGTGTGCTATTTCCTGCAGTGGGAGCTGTTTTTATGCATTTGAGGATGAATCTAGAATCTGGTACACTGTGATGCAGCAATCAGCACTGTCTCTTAAGTCCACCATCTGTTGTAGTTCTTGGACATTTATGGGAGATCTGTCAGTGTAATTGTGTGTTTGTCTTGGCTGGGAGGGCATTGATCTGACCCACGGCATCTAACAGAGCAGCAGTCACTGTCTCAGTAATTACATGTTTTCATTAAGAAAACTTGAGCAGCGTGCAATGGGGAGACGAAAGAAAAACAAAGCAAATTATATGTGGTATTTGTTTATTTGAATGTCTTGAATTTTTATATTTAAACATTTAAAAAGCAGTGCATTTTATCTGTCAAATATCTGCCAAAGGGTTTATGGGAAATCACTAAATTACAAAAGAGGCTTTTAGAGAACTGGGATGCTTTTAAACTGCACTTTATTTTTTAATTAGGCATTCTCAATGGAGAATTTTGCTGATCATGTTTTTTTTCCAGCAGCATGTTTCCTGGAAATATCTCTCACCTAGCAAATTCCTAACGTCTTTTTTCATCTTATACAATATAAAGGGAGAAAGAGACAGACATGCACACACACAGGGAGTGATGATTTTATTATACTAATATTAAAATGCTGAAGTTGAGGTGTTTACGCTTGTGTCAGAGTGAGCTGCTTTGGGCAGGTGGGAACTAAATATGGAAAACAAACATAGGAGCAGGTGAAAAAATAAAGCAGAAAAAAGCTCAAATGGACAAAGGAAGCTCTTTGTTTATAAATCTCTCCTATCAACATGTTTCATGTCCTACTCAATCACTTATGATGCAAAATTATGTTAGAGATTCTGTATGAAGTCCTTGATGTGATAGCGCCGTCATCGACATAGATGACGACAAATATAGGGGAATTGATTTTTGAAAGATAACTTACAAACCTTTAAAGACAGACCTACTGTGAGCTACGAGGTTGTTAATCGAGGGTAAATGCTTTTGTTGAAGCCATCAGCCTGTATTATTTCAACTTATTTTTTTAAAAATCGCGTTCAACAGTGGAATCCCTGGTGAAAAACTACATTACCCATGATTCTGCAGAGAAAGCTCCACTAATCAGAGGATCGGGAAAATCAAATCTTGCCAGAAGACCAAGCAGTCATGGGGACTGTAGTTCTTTCCCTCATTAAAGGGGTCATGAATTGAGAAATCAAATTTTCTTTCATCTTTTGATCATCATCAGGTCATGGTACTAAGAAAATACAGAACTCAAAATTTCCTTGTTAGTCCAAAAACAGCTTTTTATTGAAACCAAGCTGCCAGAACAACTCGTTTTGGATTTTATCACATTATGACAGTATAGTGCGATGAAAGACCGCCTCTGCAGAAGAAGATCAACGCCTACTTCTACAACATTGCCTCTTTAGCCCCGCCCACTGATTAACCCATATCATGTAGTAGGCTAGTAAATACAAGACAAACACAGGATTACTCCAGCAACAAAATGATAGAGATGTCTCTGAGGATTACAAGATGTTTTGCAGTGCCAAGTTGTGGAAAAACAGTCTTTGCTTCGCCTCCCTTGATCATAACATTAAGAAAGAGTGGATGAACTTTATTTTAACAAAGTTCCAGATCGCATCAGTAAGACACTGTTTGTTTGTTTGCTTCATTTTACTTCGGATTTATTTTTTAACAAAACGCTGTTTCAGCACAGGCTTTTCAGCATGAAAATAAAAGATGATGCAGTGCAGACTATATTAGATCTGACAGCAATGTCACAACACACTAGTGTGAGTAACAATGTTTTTACCACGTGTGTTTAATAAGTACTGACTATTTACACTGCAGCGCTGCAGTCAAACTGTGAATAGTTGTGATTTGCCGTTCTTTCCTTTGCTTCGGCATTTATGGAGTTAATGCGTCGGATACAGAAGAAAGCACGTAGAGAACGCTTCTTTTGTTGTTTTGATCGAGACATTCGCTGTAATCCTGAATAAAAGCTTCCGTAAGTGAGATCTTCTGTTTTCTCACCAGTAAGACATTATAACACGTTTCATTTTATTTAAAACACGACACTCCAAATGACATTATATTTTCACTTTATCAAAAATAATGAACGATGAATAGCCTATAAGAGTGACAAATGATGGTACATATTTATTCATAACTCCGTTTACACAAAACACTGTAAGTTATCATTTGTCAATTATAACTGTGATAACTCCAAGTACTTAAAGGGAACCCCTGTTATTAAGACTTGTATGGCTTAATATAAAGTAAATGATGTCTCTTACTGAAATATGTAAACCCCATGAAAGACTTGCGTTATTTAAAATCTCCATGACATATTTGGACAATGGGCGGCGCCATTTTGTTTAGGTGCACAGTGCGTTCTGTGTCGATGACGTCAAATGGTTGCACTCGGTGAGCTACTGACACTGTCCTGTTGTTATTTTTACCACAACACAACTCAGAATATAATATACGATGCCACATTGTGCAGCTTTTGGTTGTAATTTTCCGTCGATGAGCCAGAAGAGAAGTGTTTACTGCTTTACTAGCGATAAGAGGAGAAAAGAATGGGAAGTTGTGAAGAATGTGGGCGAATAAAACTTCCTTTATTTGCCACAACCAAGACTTATAAAGCATATGTAAACATGTATACATTTTTCACATTGCTGGCAAATATTTCAATGTAACAATATTTTTGAACATTGGAAGTTTTCAAAACAATTCCAAACGTGTAATGGTGCAGACGCTGAAAATTATTTTAATATGCAAAACTGTTGCCCAATCATAGCAATGGGCGTTTACTTCCCAGTCTTGAATGAGACACGCCCATCAAAACAGAGAGTTTGGTTCAAAAACAGGATAGAAAATAGCTTATTACTTCTAAATTAGGATCTTGATAACATTATAAGTGGACTTCAGGAAACATAATTTAAAAAAGATATGCAGCTCATGACCCCTTTAAGATGTTAAATATACAGTCTTGTACCTTGTCTTTTTATCAAACTTTTTTTGCTTCAAATCAAAGTTGTAATGTTGTGATTCACCTTGTAGCTTGTTGTTTTGTTTCATGACTTATAGCATTTAAAGTCCCTATGGGTATTTTTATGAATAGGAAAAGTATTTCCAGAACCAATGTTGCACCCTAGGAAATGTCTAGACAGCGTGATTGACCAATCAGAATCAAGTATTCCATAAAGCTGTTATATAAAATAATAATGGAATTCAATTCATAATATAACACTAGTTTCCACAGTAAGCTAATTACAAAAGATTTCACCGAGCTAAATGTACAGTATGAGTGCAACCCTTTAATTATTGTTTTTCAGTCTCATGTCAAAATGACAGAAATAGTCTTGCTATCTTAATGTTTGTATAAGCAACCTGAAGCTATGCAGTGTTTCTGCATGATAAGACATAATAACAATAATAAAGAACGTTTTTTTATGTTTTATATTGGATGCAACAATGTAATTACAAAGAGACCGTAATTAGAGTCTTATGCCCTACCACCTTAAGAATATGCCGTTTCCATTTCTTTTTCACTCAATCCCAAACCAATCAAAATATCTGCGGAGAGGCATATCCACACTCTGTATTTTTTCTTTTCCCTCCATTTTCCTTCGTTTAAATGAGAGTGCTGACCCCATTAGATAAAAAAAAGAAGAGAAGACAGACTGCATTCATTTTGAGAAGAGTGATTAATTACAGATGTTACTGAGACAATGAAATATAGATCATACCGACTGGGACTCCAGCCGGGTTTACTCAGTGTCAGGCTCTTCCAATTTTGATCAGAGGGAAAGGAATTCATCGCCGAGCTCTTTGCCACAGGTTTTTGTGATCATTAACATTCTCTTCAAAGGCTTGCAATAAAGCATGCTAACCAAAAAATCCACCCAAAAAGGCAGAAGGAAAGTTGTGACGTGCTGTGGTAGATTTATCTAGATATTTTTTTTGCAGTCTGTTGCAACTCATTTGGAGCTTGTGTAAATGGCGTTTTGAAATGAAATCTCTAAACCAAATCCTTTGGTCGACAGATGCACGAGAGAACGAAATGGAAAGAGAGGATGTGCGAAGGAAAAGGCGAGAGAAGATATACTTTGCATGGCTGAGATAAAAGACAGATCATTAGTCAGGGCTCTTAATATAACTGCAGGAACAGGAGAGCGTGGCACTGTCGGTTTTTAGACATTTGGGATCTATTT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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU39228 lncRNA downstream 59003 14921068 ~ 14921339 (-) True G34558
TU39220 lncRNA downstream 67606 14910081 ~ 14912736 (-) True G34550
TU39113 lncRNA downstream 87047 14889692 ~ 14893295 (-) True G34470
TU39111 lncRNA downstream 92286 14885825 ~ 14888056 (-) True G34468
TU39117 lncRNA downstream 142020 14837689 ~ 14838322 (-) True G34474
TU39346 lncRNA upstream 35406 15030445 ~ 15030741 (-) True G34661
TU39348 lncRNA upstream 36952 15031991 ~ 15032373 (-) True G34663
TU39349 lncRNA upstream 43553 15038592 ~ 15038910 (-) True G34664
TU39351 lncRNA upstream 53673 15048712 ~ 15049140 (-) True G34666
TU39358 lncRNA upstream 58824 15053863 ~ 15054107 (-) True G34670
CI01000004_14951433_14957539.mRNA mRNA downstream 22501 14951176 ~ 14957841 (-) True CI01000004_14951433_14957539
CI01000004_14897662_14906408.mRNA mRNA downstream 73916 14897250 ~ 14906426 (-) True CI01000004_14897662_14906408
CI01000004_14860344_14863053.mRNA mRNA downstream 116894 14860286 ~ 14863448 (-) True CI01000004_14860344_14863053
CI01000004_14846825_14850092.mRNA mRNA downstream 128811 14846785 ~ 14851531 (-) True CI01000004_14846825_14850092
CI01000004_14843132_14843640.mRNA mRNA downstream 136363 14842913 ~ 14843979 (-) True CI01000004_14843132_14843640
CI01000004_14999971_15002640.mRNA mRNA upstream 4236 14999275 ~ 15002640 (-) True CI01000004_14999971_15002640
CI01000004_15063428_15066310.mRNA mRNA upstream 68389 15063428 ~ 15066310 (-) True CI01000004_15063428_15066310
CI01000004_15068206_15086386.mRNA mRNA upstream 72716 15067755 ~ 15086519 (-) True CI01000004_15068206_15086386
CI01000004_15086759_15087492.mRNA mRNA upstream 91646 15086685 ~ 15087533 (-) False CI01000004_15086759_15087492
CI01000004_15159447_15160043.mRNA mRNA upstream 164369 15159408 ~ 15160043 (-) True CI01000004_15159447_15160043
TU39197 other downstream 152219 14827630 ~ 14828123 (-) True CI01000004_14827536_14831360
TU39186 other downstream 171813 14808052 ~ 14808529 (-) True CI01000004_14808034_14808645
TU39120 other downstream 197686 14782131 ~ 14782656 (-) True CI01000004_14775109_14792782
TU39156 other downstream 223688 14755938 ~ 14756654 (-) False CI01000004_14756092_14758171
TU39154 other downstream 228623 14751171 ~ 14751719 (-) True CI01000004_14749034_14751685
TU39317 other upstream 16322 15011361 ~ 15025221 (-) True G34632
TU39354 other upstream 56137 15051176 ~ 15052775 (-) False G34668
TU39355 other upstream 56137 15051176 ~ 15051869 (-) True G34668
TU39323 other upstream 91632 15087179 ~ 15090358 (-) True G34638
TU39411 other upstream 285977 15281016 ~ 15281649 (-) True G34718

Expression Profile