RNA id: TCONS_00018744


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018744
length 255
lncRNA type intronic
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_008206
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 768181 ~ 768435 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gcctgacatatttacagctccaaaatattttaaatcgctctcaaaataaaatattttgtgttcaaaaagggaaaaaagtgtacgtttttacccagacatttaaaataatatattttagagccaTAATCACAGAACTGTGATATGTTTATGCAAGGTTGTCAtattgtcagaatcttatacaggcCCATGCCTAAAGACGACTAAcagtttttttgtaaaattagcacttcttgtgcaTTGCACCTTCACGTCAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00018864 lncRNA upstream 98737 658362 ~ 669444 (+) True XLOC_008204
TCONS_00018863 lncRNA upstream 220300 546153 ~ 547881 (+) True XLOC_008200
TCONS_00018862 lncRNA upstream 268358 497208 ~ 499823 (+) True XLOC_008197
TCONS_00018743 lncRNA upstream 696276 63799 ~ 71905 (+) True XLOC_008193
TCONS_00018745 lncRNA downstream 55007 823442 ~ 826975 (+) True XLOC_008210
TCONS_00018746 lncRNA downstream 439285 1207720 ~ 1211561 (+) False XLOC_008224
TCONS_00018748 lncRNA downstream 439285 1207720 ~ 1220123 (+) False XLOC_008224
TCONS_00018747 lncRNA downstream 439285 1207720 ~ 1220123 (+) True XLOC_008224
TCONS_00018749 lncRNA downstream 453382 1221817 ~ 1234693 (+) True XLOC_008225
TCONS_00016547 mRNA upstream 46623 714203 ~ 721558 (+) True XLOC_008205
TCONS_00016546 mRNA upstream 124710 638457 ~ 643471 (+) True XLOC_008203
TCONS_00016543 mRNA upstream 131019 618081 ~ 637162 (+) False XLOC_008202
TCONS_00016545 mRNA upstream 134867 627619 ~ 633314 (+) True XLOC_008202
TCONS_00016544 mRNA upstream 144640 618376 ~ 623541 (+) False XLOC_008202
TCONS_00016548 mRNA downstream 13282 781717 ~ 787548 (+) False XLOC_008207
TCONS_00016549 mRNA downstream 15714 784149 ~ 786281 (+) True XLOC_008207
TCONS_00016550 mRNA downstream 22785 791220 ~ 805111 (+) True XLOC_008208
TCONS_00016551 mRNA downstream 39462 807897 ~ 814805 (+) False XLOC_008209
TCONS_00016552 mRNA downstream 40212 808647 ~ 822157 (+) False XLOC_008209
TCONS_00016581 other downstream 310554 1078989 ~ 1079104 (+) True XLOC_008218
TCONS_00016597 other downstream 775251 1543686 ~ 1543768 (+) True XLOC_008229
TCONS_00016598 other downstream 775422 1543857 ~ 1543943 (+) True XLOC_008230
TCONS_00016599 other downstream 792230 1560665 ~ 1568342 (+) True XLOC_008228
TCONS_00016606 other downstream 1105223 1873658 ~ 1873778 (+) True XLOC_008236