RNA id: TCONS_00026876


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00026876
length 297
lncRNA type inter_gene
GC content 0.45
exon number 3
gene id XLOC_012662
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 13494240 ~ 13515308 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGATCTTTGACCTTTGGGCAGCCATCTTTGATTTGACTTTATTAATTTGCAAACTCACACACAGCAACATCCTTCATCATCCTCTTGTAACCAAAATTACACGCTGGGTAAAGTGCTGGAGCTGGATGTGTGGAGTACTGAGCACAAGAATCACGCTGACTGACTCAGCTTCCTCCTACATATGACAGCAGAGCTTCACAGACCCAATTCTATTTCACCTTCATTAAATGGGAAAGAGTGGGCTGGAAGTTCAGCTATAAACTCTGCGTTTCATCTGAGTCTGGAACGACGTGGGG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027068 lncRNA upstream 334486 13133657 ~ 13159754 (+) True XLOC_012654
TCONS_00026875 lncRNA upstream 552220 12941800 ~ 12942020 (+) True XLOC_012652
TCONS_00027067 lncRNA upstream 839595 12580449 ~ 12654645 (+) True XLOC_012650
TCONS_00027066 lncRNA upstream 1031730 12452154 ~ 12462510 (+) True XLOC_012649
TCONS_00027065 lncRNA upstream 1131414 12360479 ~ 12362826 (+) True XLOC_012648
TCONS_00027070 lncRNA downstream 719216 14234369 ~ 14239459 (+) True XLOC_012665
TCONS_00025327 lncRNA downstream 1130571 14645724 ~ 14647889 (+) False XLOC_012672
TCONS_00025328 lncRNA downstream 1132767 14647920 ~ 14649295 (+) False XLOC_012672
TCONS_00025329 lncRNA downstream 1137643 14652796 ~ 14655181 (+) True XLOC_012672
TCONS_00025332 lncRNA downstream 1178621 14693774 ~ 14697233 (+) True XLOC_012674
TCONS_00025306 mRNA upstream 173178 13315739 ~ 13321062 (+) True XLOC_012661
TCONS_00025305 mRNA upstream 180903 13309862 ~ 13313337 (+) True XLOC_012660
TCONS_00025304 mRNA upstream 186983 13300768 ~ 13307257 (+) True XLOC_012659
TCONS_00025302 mRNA upstream 200598 13248956 ~ 13293642 (+) False XLOC_012658
TCONS_00025303 mRNA upstream 214181 13275735 ~ 13280059 (+) True XLOC_012658
TCONS_00025307 mRNA downstream 277337 13792490 ~ 14132720 (+) False XLOC_012663
TCONS_00025308 mRNA downstream 322593 13837746 ~ 14134035 (+) True XLOC_012663
TCONS_00025310 mRNA downstream 761850 14277003 ~ 14329439 (+) False XLOC_012666
TCONS_00025311 mRNA downstream 791906 14307059 ~ 14331863 (+) False XLOC_012666
TCONS_00025312 mRNA downstream 814078 14329231 ~ 14332060 (+) True XLOC_012666
TCONS_00025284 other upstream 1663220 11830905 ~ 11831020 (+) True XLOC_012642
TCONS_00025282 other upstream 2036910 11457213 ~ 11457330 (+) True XLOC_012639
TCONS_00025273 other upstream 2752077 10742049 ~ 10742163 (+) True XLOC_012635
TCONS_00025271 other upstream 2823502 10670661 ~ 10670738 (+) True XLOC_012633
TCONS_00025267 other upstream 3477614 10016508 ~ 10016626 (+) True XLOC_012628
TCONS_00025309 other downstream 433657 13948810 ~ 13948924 (+) True XLOC_012664
TCONS_00025324 other downstream 1127718 14642871 ~ 14649295 (+) False XLOC_012672
TCONS_00025333 other downstream 1473926 14989079 ~ 14996705 (+) True XLOC_012675
TCONS_00025343 other downstream 2197276 15712429 ~ 15712545 (+) True XLOC_012689
TCONS_00025358 other downstream 2618531 16133684 ~ 16140348 (+) False XLOC_012697

Expression Profile

//