RNA id: TCONS_00004130


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00004130
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.45
exon number 1
gene id XLOC_002137
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 24353750 ~ 24353866 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AACAATTACTGTATctccctgcagcccaagaccggttactcactgaagctaagcagggctgaatcttatcagtacctggatggttgatcacatggaaaaactaggttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000175156

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00005711 lncRNA upstream 256440 24097055 ~ 24097310 (+) True XLOC_002135
TCONS_00005710 lncRNA upstream 257280 24096239 ~ 24096470 (+) True XLOC_002134
TCONS_00005894 lncRNA upstream 360833 23983307 ~ 23992917 (+) False XLOC_002132
TCONS_00005709 lncRNA upstream 360833 23990633 ~ 23992917 (+) False XLOC_002132
TCONS_00005893 lncRNA upstream 762692 23588675 ~ 23591058 (+) True XLOC_002131
TCONS_00004131 lncRNA downstream 43232 24397098 ~ 24398671 (+) True XLOC_002138
TCONS_00005895 lncRNA downstream 50824 24404690 ~ 24412025 (+) False XLOC_002139
TCONS_00005896 lncRNA downstream 52678 24406544 ~ 24407548 (+) True XLOC_002139
TCONS_00004136 lncRNA downstream 75263 24429129 ~ 24435726 (+) False XLOC_002140
TCONS_00005712 lncRNA downstream 85754 24439620 ~ 24445992 (+) False XLOC_002140
TCONS_00004127 mRNA upstream 55708 24048663 ~ 24298042 (+) False XLOC_002133
TCONS_00004126 mRNA upstream 55708 24048663 ~ 24298042 (+) False XLOC_002133
TCONS_00004128 mRNA upstream 57161 24048883 ~ 24296589 (+) True XLOC_002133
TCONS_00004124 mRNA upstream 794206 23553533 ~ 23559544 (+) True XLOC_002130
TCONS_00004123 mRNA upstream 802794 23548674 ~ 23550956 (+) True XLOC_002129
TCONS_00004132 mRNA downstream 68151 24422017 ~ 24435893 (+) False XLOC_002140
TCONS_00004133 mRNA downstream 68151 24422017 ~ 24442546 (+) False XLOC_002140
TCONS_00004137 mRNA downstream 91832 24445698 ~ 24493323 (+) False XLOC_002140
TCONS_00004139 mRNA downstream 115056 24468922 ~ 24493273 (+) False XLOC_002140
TCONS_00004138 mRNA downstream 115056 24468922 ~ 24493273 (+) True XLOC_002140
TCONS_00004125 other upstream 361051 23992381 ~ 23992699 (+) True XLOC_002132
TCONS_00004117 other upstream 935803 23417833 ~ 23417947 (+) True XLOC_002122
TCONS_00004107 other upstream 1446830 22891183 ~ 22906920 (+) True XLOC_002113
TCONS_00004103 other upstream 1506346 22847272 ~ 22847404 (+) True XLOC_002111
TCONS_00004086 other upstream 2317503 22035161 ~ 22036247 (+) False XLOC_002097
TCONS_00004134 other downstream 68365 24422231 ~ 24442358 (+) False XLOC_002140
TCONS_00004135 other downstream 73063 24426929 ~ 24435439 (+) False XLOC_002140
TCONS_00004147 other downstream 306276 24660142 ~ 24664449 (+) False XLOC_002143
TCONS_00004149 other downstream 314908 24668774 ~ 24672929 (+) False XLOC_002143
TCONS_00004165 other downstream 1594376 25948242 ~ 25960748 (+) True XLOC_002157