RNA id: TCONS_00052538


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052538
length 920
lncRNA type read_through
GC content 0.47
exon number 2
gene id XLOC_024970
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 2570435 ~ 3314196 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGTAGCTGTGGaataactctaatcattcagcgGAGGGATATAGAGCTGTAATgcgctctaaacctgccggaactactttagctgagcATTTATCTGACGGTAACCAAACACCTCAGAGTGATCACCAGATCATACTATTAATGGAAGGATGCTGTCCAGAACATTCTGCAAATGAATTAAGCGCTCAGATCCTAATGTTGATAATACTTTCTGTTCGAAATGTTTGAGAATCACTGGGGTAAAGTTTGTGAatgtgtatgatgtgtatgtaAGCTCATCATCAGAGCTGAGCAGGAGTGGTTTCTTGTTACTGCAGCTGTTGGATCTGATCCActatcagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgggtgggtgtgtgtgtgagtttgtatgtgtgagtgtgagtgagttcttgtgtgtgtgcatgtatatgtgtgtgtacatgtgtctatgcttgtgtgtgtgagagtgtgtgcttgtgtgtgtcagAACTTGTCATAAGAGCTGAGCAGAAGTGCTTAGTTCTTGGATCTGCTctgctgtgagtgtgtgtatgtttgtgtgtgcgcatataTGTGTGTCTGCGTCTATGCTTGTAGTGTTTTCTCTTTGCTGCAGCTGTTGGATCTGCTctgctctgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgctggtcagAACTCATCATCAGAGCTGAGCAGCAGTGTTTTCTCGTTGCTGCAGCTGTCGGATCTGCTGATTGGCTCTGCTCGGCTCTGCTGTGTGTACTGCTGATAGGCTGGGGAGAAGTTGTGAATGGCATCCTGCAGAATGTCTCCCGGGTTCATCGTCTCCTTCAGACTGCTGGAGATACTCATGGGGGCGCTGcggcctgacacacacacacacaaacacagaagcaaTGTCACCATCGCTGTAATG

Function

GO:

id name namespace
GO:0044421 obsolete extracellular region part cellular_component
GO:0033165 interphotoreceptor matrix cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052533 lncRNA upstream 95052 2473420 ~ 2476560 (+) False XLOC_024968
TCONS_00052531 lncRNA upstream 427667 2142629 ~ 2143945 (+) False XLOC_024967
TCONS_00052532 lncRNA upstream 427667 2142906 ~ 2143945 (+) True XLOC_024967
TCONS_00052530 lncRNA upstream 759349 1811391 ~ 1812263 (+) True XLOC_024965
TCONS_00052305 lncRNA upstream 938394 1631812 ~ 1633218 (+) True XLOC_024958
TCONS_00052311 lncRNA downstream 165108 3479304 ~ 3479704 (+) True XLOC_024983
TCONS_00052540 lncRNA downstream 168806 3483002 ~ 3489660 (+) False XLOC_024984
TCONS_00052543 lncRNA downstream 168922 3483118 ~ 3489660 (+) False XLOC_024984
TCONS_00052542 lncRNA downstream 168922 3483118 ~ 3489660 (+) False XLOC_024984
TCONS_00052541 lncRNA downstream 168922 3483118 ~ 3489660 (+) True XLOC_024984
TCONS_00049517 mRNA upstream 627980 1942219 ~ 1943632 (+) True XLOC_024966
TCONS_00049513 mRNA upstream 809632 1749793 ~ 1761980 (+) True XLOC_024963
TCONS_00049512 mRNA upstream 834022 1735214 ~ 1737590 (+) True XLOC_024962
TCONS_00049511 mRNA upstream 841799 1724941 ~ 1729813 (+) True XLOC_024961
TCONS_00049510 mRNA upstream 856997 1698430 ~ 1714615 (+) True XLOC_024960
TCONS_00049528 mRNA downstream 140414 3454610 ~ 3465646 (+) True XLOC_024982
TCONS_00049529 mRNA downstream 155404 3469600 ~ 3481763 (+) False XLOC_024983
TCONS_00049530 mRNA downstream 205411 3519607 ~ 3528258 (+) True XLOC_024985
TCONS_00049531 mRNA downstream 231629 3545825 ~ 3550612 (+) True XLOC_024986
TCONS_00049532 mRNA downstream 259500 3573696 ~ 3578297 (+) True XLOC_024988
TCONS_00049514 other upstream 767130 1782815 ~ 1804482 (+) False XLOC_024964
TCONS_00049515 other upstream 767130 1783192 ~ 1804482 (+) False XLOC_024964
TCONS_00049516 other upstream 768267 1788195 ~ 1803345 (+) True XLOC_024964
TCONS_00049505 other upstream 983011 1586054 ~ 1588601 (+) True XLOC_024955
TCONS_00049504 other upstream 985187 1576753 ~ 1586425 (+) False XLOC_024955
TCONS_00049552 other downstream 955158 4269354 ~ 4270546 (+) True XLOC_025004
TCONS_00049569 other downstream 2724007 6038203 ~ 6038338 (+) True XLOC_025028
TCONS_00049575 other downstream 3046685 6360881 ~ 6370802 (+) True XLOC_025032
TCONS_00049594 other downstream 5075359 8389555 ~ 8389671 (+) True XLOC_025061
TCONS_00049598 other downstream 5714298 9028494 ~ 9028642 (+) True XLOC_025069

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
tiger barb (Puntius tetrazona) TU23906 True 2052 lncRNA 0.46 2 NC_056701.1 1328179 ~ 1331182 (-)