RNA id: TCONS_00052541


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052541
length 5790
lncRNA type antisense_over
GC content 0.40
exon number 2
gene id XLOC_024984
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 3483002 ~ 3489660 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGTCAGTTTATTTTCATAGTAAAGGATTCACATTATGAAGTATTTAAAGGTTGAAGTATAGACCAAAGAGAAATTTAAGAACTAAATGGAATTAGAAATGCATTGAAAATAAAAACCAATCACTGACATCCAATAGTTAATTTAACAAAGAATGTGATGCAGTGATTTCCAGTCACCTATTTACTCTAAACTTGTGTCTTTTTCGGGTAAATGAAAGGTTTCTGTGTGATGTAGTGGAGGATAAAATAGGGTATAtgtcgaagcatgctaataggacttttaatttgtcagtaacttGGGTTAAATGTTTCCGGTTAATTGAATGCCAGCATTTTTTACCCCACTATATTCAATGTAGCTTCTGCACTagtctgccgattctgacagtCGTGTgagcaaatttattattattttttttttacgcttgagcaactaaaatcgggtgtccaaactcagtcctggagggccaatgtctTAAATATCTaatttccaaccccaattaaacgcATCTGAATTGGcttatcaagctctttctaggtatactagaaatttCCAGGCAGgggtgttggagctaaactatgcagggcatcggacctccaggactgagtttggacatctctgaactaaatgaatgccaaagtctgtttaacttaATGTATTCGAgtaacattacaacattgatgctgtaaaaggaactgtatgaaATGGAAAACTCCcaataacaggtcactggaagtttatcagtatgggaaacacactagcttggcatatacccCATGAGGAGGAAAAGTATACACCAAAATACACAAAGTGTGAGGGTGATTTCTTTTGTGTCGGGAAGTTTAAAGTGTTAGGGAGTGTCTTTACACATTCACTGTTCATCGCCAGTTAAAAATCGCTTGGGTATGAACAAGGGGTGCACAATACTGGGAAAATATGTGTCATGTTGAGTATTGCTATAACATTTCTTAGCGTATTAATTTCCCTAGACATGCTATTTTCATgtatttaatcttatttatttaatgatattaaaataaacaatatttttttctaaacattctaattcagacaaaaaaaaaactgtgtggtGTTAGTCTTTAAAAACACTATGATTGAGTGATCATAGCAgatatttgaatttaattgtcTTTTGTCATTTTACGTCTTTCCTCTCGACTCTGcccattaatttttatttcaggtTGGGTCACTTTAGCCAATAGCAGAAAAGCAACTGTTGTGGAGGTGGGGCTAAAGATAGGAAGCCATCATCTGATTAGTCAAATTTAGATAACCAATGCCTAATTTTATTTATCACAGATGTCTGCAATACATGTATTGTATATACTATTATAGTGATAATAATCATTTTGAGATGTATTGTGTAGCCCGGGTGTGAATGCTGAAAAGCATCTCCAAAAAAATGTGAAGTTTAAGCATTATGCACGAGCATTAAGAATTGTTTGCATTCCGATTTTGACATTAAAGGCACAATAAATGGGAAAGGTAATAAAGTCTTTCTATGAGACGATCTGCCAACATCTATCAGAACTAGATGTCTTTGCTGCAGTCTGTAGCATGTTGACACTGGATCAGGTCCAATATGTAGTGGACACTGTAATGTCCATGTTACTGTGACTGTTGGGATAGATGGTTGTGTTTAGGATTGGGGAAGgcgtagacattaataactgaggtttggggtaggtgtagacgttaataactgtgagatTGGGTTTGGGGTAGGtctagatgttaataactgagggTAGGGTTGGAGTGGATGGatttagacattaataactgtgtggttgggtttagggttggggtagttgTAGACCAGGGGTGACCAAACTTGTACCTGCATGGCTGGtgttctggagagtttagctccaaccctaatcaaacacacccgaaccagctaatcaagctcttactagatatactggaAATATcctgacaggtgtgttgaagcaagttggagctattTTAATCAGGACATCTGCCCAACAGCACcgagtttggacacgcctggtgtagacattaataactgtgagggttgggtttagggttgaagtgggagtagatgttaataactgtgtgGTTGGGTTCAGagttagggtaggtgtagatgttaataattgtgaggttgggtttaagaTTGAGGTGTAGACCTGTAGACCTCAATAACTGtgaggttggggtaggtgtagatgttaataactgagggTTGGGGTTGGTGTAGTCCTTTAAAACTGTGAGGTTTAGAGTTGGAGTAGGTTTAAGCATTAATAACTGATGGgtaggtttagggatggggtAGGTGTACATGTTAATATTCGTGGGCTTGGGTTTAGGattgtgtagatgttaataactgagggTTGGGGATGGTGTAGTCCTTAATAACTGTGCAGTTGGTTTTAGATTTGAGtttggtgtagacgttaataactttTATGTTGTGCTTAGGGTTggtatagatgttaataactgtgaggttgggtttagggttgtggtaggtgtaaaTATAAGTAACACACATTGTAATGAGTAATTTAAATTGAATACAATTTGGTTCTTATTTCTAGCAACAACCACTAGCGCGGGCATGTCCACTAcaaatttgacatgatccagTACTTCATTGAGCACCAGACTGTGAGGATACACATTTTGTACTTATTGTTATGCTAGAGCGTATTGGTTGGTTGTTTCTGTGCCgctgtgtgtgtctctctttttctctctctctttctgtcccGCTCCTGTTTCCAGGTCGCTCTGCCTTAATTGGACGTGTTGCGTCTCTTTTGAAAAGGAGACTGATGGAGTCAGATCGCAGGAGGAGAGACGGAGAGCTTTCAAAGAATGTGCCGTTCTTGTTTAAAGCCTGTTGTAGTGCTTTTCTTCTTGATCTTAAATTGTGAACTTTAAGGGGCTCTCCACCTTTTTCCTTTCCCCTCCTTGTTGTGACTGTCACACACGTATACATTGTATAAAAAAGTCTGAAAGCTGAACCATTTACTGTGAACTGACCTTTTCTCCTGTTTTTGGTTTAGTTAAGGAGTAAGGGTATTTGTAATTCATTTTCTGCATTTCTGTTGGTTCAGTGGGTGAGTTATCTTCGGGTTGGAGTTAGCtgatgtattgtttattattttggccttgCTCAGTCCTGAAGCTATTTttgttacgccccattcacacggggtttcagcgtcaacgcttgactgaaggcgtgtctgaagttggggctgaagcgatcatcatagaagcgtcagccaatgaaattcagtcagcaataggccactgtcagAGCTGGTGTATTtgatacagcgatctgattggctgacgcttctgtcagCGCTTGAAAAATTGAGCTAgttccaacttctgcagcgagcaatgcctctgaagcggTGCCAACGGATCTGCAATGCAGTTAgacaacgcctgacgtcacccatttaaagtgaatgggaagcgttgacactgacgccccatgtgaatggggtgttAGTGCTCATTCTTTGTTTTCttgtaaataaaaacttttttttcgcCTTCTCACAATAaaataacctttatttatttatttataatgattaaacaggaaaagattaaaagataatcgaGTCTGACCCCGtatgaatgctgtttttcagcaggttcctgctccaatagtatctggatgcagcctttatgatgcaagctgagattgcatcactcagcgatgcaatgtcagacacaatgcactcaaatggagtgagtgatgtcactgtgatggttaggggtggggttaggtgagctcaTAAAAAggattggatgcagctcagattgcactgcaccaggtctgcattcagacccttCTCTCCTGCTCTTCAGAAAATAAAATGACAgacatctcatccatcaacacagtacaaacaatcaccaatcatataaaatagagaaaagcaggctactatctcagtggctacagcGATAGTTGACCATCAGAAGACGAGCAtggcatttttttaaacagtctCAGTGTTGGTATTGTTTTGAGATGATGTGGGATCTCATTCCAGACTTTTGTGAAAACAGAAAGATCTCTGTCCATAACAATGTTTAAAAGCCggtactggcaaacatccatttgtTACAGATCTGGTGGAACGATCAGTCCTTGTGTTGAGTTTTGGTACCAAAGCACAAAGGGCTGCTGAGGTAgcgctattttaaatttgataGTACAGTTTAATACCCGTGTTCATAATGtagttttgaaatgttaaagCTTTAGAAAGTGATGgagcaaaacagtgatgtgtccATCCAGAAAGTCTGTTGTGGATCTTATAGGCCCTATTGTACAGTCTAGCTATTGGCTCCAAGATATCGTTTGTTGTGAGAGACCAAACAGGCAAACCGTAAGACAAGGTAGACAAGATTATGGCATGCAGATAAGTTTCTGAAACAGAAGAAGACAAATTTGTCCTAATTTTGCCATAAACAAATAActtttgtttcagctttttataaacattttgcaCATGGTTACAATAAGAGAGTTGAGAGTCTAGACTGATTCCTGAATATTGATATGTGGGTACAATGGAAAGTGAGGagaggcgacgcagtgggtagcacgttcgcctcacggcaagaaggtcgctgattcgagcctcggctcagttggcgtttctgtgtggagtttgcatgttctccctgcagttgcgtgggtttcctccagttgctccggtttcccccacagtccaaagacgtggtacaggtgaattgggtaggctaaattgtccatggtgtatgagtgtgtgtgtgtgtgtgaatgagtgtatgtgaatgtttcccagagatgggttgtggctggaggggcatccgctgcgtaaaaacttgctggataagttggcggttcattgcactgtggcgaccccagattattaaagggactaagccgacaagaaaataaaataaaagataattttCTCCTAGGTGAATAAAAGTACACACACTCTGTTTTCTTAACATTAATAGTCAAATGATTGTCTTGCAGCCACTCATGTAAATGCTGAAGATCTCTTTAAGGTCATTTAAATCATAAACctgttaactgtttatttatttattttctttaactttTATGTTCAACCTCAGCCCTAGACATTTGTGGTCGTAACACTATTGTTATGGCAGTGATTCTTGGTTTAACTCTCATACCTTTTGGTTCTTTGCTGATTTTACAGCACTTTGGATAGGTTGTGTGAAAATGCTCTATAAATAaagggaaagaaagaaaagaaagaaaggcacAAAAATGTCCTCTCCTACACCAATCATTTCACTTATTTCCCTCTTGTTATTACCATTGTTTTTCTGTGCGCACAGATGCAGTTTCTATAACTCAACTTGTTGAACTACTGAACTACTTCTTTTGATAGGATACTTGATTTAATTTCGCATGGACAAATGGAGAAACCATGTAGAAAAAAAGTGCCGTTTTGAAAATACCCGTGTTTGTGAACAGGGCCTTAAAGTGGAGagaaaccgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtactagagTCGCTCCTGCTCCAGCCACACCACCGCCCTCTGCTGGCTGAGGATGGTGCTGCGTATGACAGCCAGCAGCTCGTCTGTGCTGTTCCATGTATTGGGCTCCACCGCACTGAACATCAGAGGAAGAGTCTCCAGCTGCAGCTCCTCCATCTGACTGGCCTCCATCAGGTCCTCCTCTCTGTGGCCTGACAACAGCTtcctg

Function

GO:

id name namespace
GO:0000902 cell morphogenesis biological_process
GO:0032989 cellular component morphogenesis biological_process
GO:0048666 neuron development biological_process
GO:0045202 synapse cellular_component
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052311 lncRNA upstream 3414 3479304 ~ 3479704 (+) True XLOC_024983
TCONS_00052310 lncRNA upstream 202244 3279609 ~ 3280874 (+) True XLOC_024981
TCONS_00052308 lncRNA upstream 433818 3022061 ~ 3049300 (+) False XLOC_024977
TCONS_00052309 lncRNA upstream 433818 3046705 ~ 3049300 (+) False XLOC_024977
TCONS_00052307 lncRNA upstream 513133 2966612 ~ 2969985 (+) True XLOC_024975
TCONS_00052312 lncRNA downstream 82167 3571827 ~ 3572831 (+) True XLOC_024987
TCONS_00052544 lncRNA downstream 179974 3669634 ~ 3674174 (+) False XLOC_024992
TCONS_00052545 lncRNA downstream 181427 3671087 ~ 3674174 (+) False XLOC_024992
TCONS_00052546 lncRNA downstream 182121 3671781 ~ 3674174 (+) True XLOC_024992
TCONS_00049544 lncRNA downstream 558129 4047789 ~ 4059144 (+) False XLOC_024999
TCONS_00049529 mRNA upstream 1355 3469600 ~ 3481763 (+) False XLOC_024983
TCONS_00049528 mRNA upstream 17472 3454610 ~ 3465646 (+) True XLOC_024982
TCONS_00049527 mRNA upstream 343144 3139240 ~ 3139974 (+) True XLOC_024980
TCONS_00049526 mRNA upstream 367544 3113543 ~ 3115574 (+) True XLOC_024979
TCONS_00049525 mRNA upstream 382880 3099492 ~ 3100238 (+) True XLOC_024978
TCONS_00049530 mRNA downstream 29947 3519607 ~ 3528258 (+) True XLOC_024985
TCONS_00049531 mRNA downstream 56165 3545825 ~ 3550612 (+) True XLOC_024986
TCONS_00049532 mRNA downstream 84036 3573696 ~ 3578297 (+) True XLOC_024988
TCONS_00049533 mRNA downstream 108895 3598555 ~ 3603348 (+) True XLOC_024989
TCONS_00049534 mRNA downstream 120480 3610140 ~ 3634849 (+) True XLOC_024990
TCONS_00049514 other upstream 1678636 1782815 ~ 1804482 (+) False XLOC_024964
TCONS_00049515 other upstream 1678636 1783192 ~ 1804482 (+) False XLOC_024964
TCONS_00049516 other upstream 1679773 1788195 ~ 1803345 (+) True XLOC_024964
TCONS_00049505 other upstream 1894517 1586054 ~ 1588601 (+) True XLOC_024955
TCONS_00049504 other upstream 1896693 1576753 ~ 1586425 (+) False XLOC_024955
TCONS_00049552 other downstream 779694 4269354 ~ 4270546 (+) True XLOC_025004
TCONS_00049569 other downstream 2548543 6038203 ~ 6038338 (+) True XLOC_025028
TCONS_00049575 other downstream 2871221 6360881 ~ 6370802 (+) True XLOC_025032
TCONS_00049594 other downstream 4899895 8389555 ~ 8389671 (+) True XLOC_025061
TCONS_00049598 other downstream 5538834 9028494 ~ 9028642 (+) True XLOC_025069