RNA id: TCONS_00052310


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052310
length 469
lncRNA type inter_gene
GC content 0.41
exon number 2
gene id XLOC_024981
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 3279609 ~ 3280874 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGCAGTTAGCACAAGTCAAACTTCAATCAAAATGACCAAAGACATACAGGTACATACCAGAAATCGTAGGACCCTTCAGATAAAATTCAGCTTTCTATTGGGTTCATGGTTTAGAGAGGTCACATCACTGGGCTTTGAAGGATATAGCAGAAGcgGTCCTAGAAAAACAAATGATTGAAAACAAGAGTGGTACTCGCGCACCTTAGAGGTCCTTGCTTGGGAGGATTTCAGCACAAGATGGACTCGGGCCTTTAGGTCTCAAGTCCACATCATATTTAACAGGAAATAAATGTGCCTTTCATATAAAAAGATTAAGACAAAAGTAGTAGCTTAGTAGCACAGGGGAATTTTTACTACAGTCTCACCATTAAACATAAAAGGCTTCAATCAAACAGTCAAGTGATCAGTGCACCTTTGTTCAACCATCCAAAATTGATCCCAGTGTTTGGGTGCCCTGGTCTGAACACAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052534 lncRNA upstream 113415 2473427 ~ 3166194 (+) False XLOC_024968
TCONS_00052535 lncRNA upstream 113415 2473432 ~ 3166194 (+) True XLOC_024968
TCONS_00052308 lncRNA upstream 230309 3022061 ~ 3049300 (+) False XLOC_024977
TCONS_00052309 lncRNA upstream 230309 3046705 ~ 3049300 (+) False XLOC_024977
TCONS_00052307 lncRNA upstream 309624 2966612 ~ 2969985 (+) True XLOC_024975
TCONS_00052311 lncRNA downstream 198430 3479304 ~ 3479704 (+) True XLOC_024983
TCONS_00052540 lncRNA downstream 202128 3483002 ~ 3489660 (+) False XLOC_024984
TCONS_00052543 lncRNA downstream 202244 3483118 ~ 3489660 (+) False XLOC_024984
TCONS_00052542 lncRNA downstream 202244 3483118 ~ 3489660 (+) False XLOC_024984
TCONS_00052541 lncRNA downstream 202244 3483118 ~ 3489660 (+) True XLOC_024984
TCONS_00049527 mRNA upstream 139635 3139240 ~ 3139974 (+) True XLOC_024980
TCONS_00049526 mRNA upstream 164035 3113543 ~ 3115574 (+) True XLOC_024979
TCONS_00049525 mRNA upstream 179371 3099492 ~ 3100238 (+) True XLOC_024978
TCONS_00049524 mRNA upstream 207142 3046909 ~ 3072467 (+) True XLOC_024977
TCONS_00049523 mRNA upstream 300480 2971852 ~ 2979129 (+) True XLOC_024976
TCONS_00049528 mRNA downstream 173736 3454610 ~ 3465646 (+) True XLOC_024982
TCONS_00049529 mRNA downstream 188726 3469600 ~ 3481763 (+) False XLOC_024983
TCONS_00049530 mRNA downstream 238733 3519607 ~ 3528258 (+) True XLOC_024985
TCONS_00049531 mRNA downstream 264951 3545825 ~ 3550612 (+) True XLOC_024986
TCONS_00049532 mRNA downstream 292822 3573696 ~ 3578297 (+) True XLOC_024988
TCONS_00049514 other upstream 1475127 1782815 ~ 1804482 (+) False XLOC_024964
TCONS_00049515 other upstream 1475127 1783192 ~ 1804482 (+) False XLOC_024964
TCONS_00049516 other upstream 1476264 1788195 ~ 1803345 (+) True XLOC_024964
TCONS_00049505 other upstream 1691008 1586054 ~ 1588601 (+) True XLOC_024955
TCONS_00049504 other upstream 1693184 1576753 ~ 1586425 (+) False XLOC_024955
TCONS_00049552 other downstream 988480 4269354 ~ 4270546 (+) True XLOC_025004
TCONS_00049569 other downstream 2757329 6038203 ~ 6038338 (+) True XLOC_025028
TCONS_00049575 other downstream 3080007 6360881 ~ 6370802 (+) True XLOC_025032
TCONS_00049594 other downstream 5108681 8389555 ~ 8389671 (+) True XLOC_025061
TCONS_00049598 other downstream 5747620 9028494 ~ 9028642 (+) True XLOC_025069