RNA id: TCONS_00049524


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00049524
length 5782
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 4
gene id XLOC_024977
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 3022061 ~ 3072467 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGTGCTTTATCTACTGGATTTGATCATTCTCTTACAGTTGCTGCTTCTCTTTCTGCAGGTGAAATTAAAAGCAGTGAATACAACCATCTGaagctcacattcacacaaatcTCAAAGAGATGAGATGTTTCAAAGAGATGTTTTTCTGTAAGTGCTGCAGAGGAGCCAGAGAAGAGCACGACATTATAGAAGGAGACAAACTGCTTCAAGACAATGATGAGAGGACAAGCTCACTCCAAAAAAGGGTTGATGCATTGAAAATGAGAGAAATGACCGCCGGATTGAACGTGGTCCTGCTGGGAAAAACAGGAGCCGGAAAAAGCTCATCAGGAAACACAATCCTGGGTCGACAAGCTTTCATCACACAGAAAAGTGTCGCACAAGACGTCACTGTGGAGTCTGGATCATTCGGTGAACTACCAGTCTCTGTTTACGACACTCCAGGATTATCAGATATAGAGATGAGTGAAGAAGAGATTCGGCAGATGATCAATGAGAAGATCCTCCAAATATGTTCATcaggtctgtgtgtgtttctgctggtcATCAAAGCAGACAGATTCACTGAAGAAGACAGAAAAACTGTGGAGAAGATTGAGAAGATCCTGGGAGAAAACAACCAGAACAACACCTGGATTCTGTTCACCAGAGGAGACAAACTGGAGGGAGAAAACATGACGATAGAGAAGTTCATAGAGGAGACTGAAGAACTGAAGACACTCGTGCAGAAATATGAGGACAGATACCATCtgttcaacaacaacaagatgaagaaggaggaagaggaggagggggGACCAAGTGAACAAGTAAAGATACTGTTCAATAAAATACTGAAGCCTTACCTCGACACAATGGcagGAGAAAAGATATGGCAGCAGAATACACTGAAGAGAAAAATACCAGCAAATATTGGAGCAGTCTCTCGTGTCTCCGGTCTCCCCTCCAGACGGATTGTTCTTCTCGGTAAATCTGGTGTTGGTAAAAGTGCAGTTGGAAACACAATCCTGGGACAGAAAGAGTTTACATCTGTGATGAGCACAAATTCAGTAACCCGCGTTTGTTCAGCAGCTCAGTCCACAGTTTCAGGCAGATCTGTGTCTGTAGTCGACACTCCTGGATTCTTTGACACAAAGATGAAACCTGAAGAGTTAATGATGGAGATCGCCAGAAGTGTGTATATCTCCAGTCCTGGACCTCACGCTTTCCTCATTGTGTTTCATGTGAACACGAGATTCACTGAACAGGAGGAACAGATTCCTCAGATGATTGAGCTGATGTTTGGTGAAGAAGTGTTGAAATACTCCATCATTCTCTTCACTCATGGAGATCTGCTGGATGGCGAGTCAGTAGAGAAGCTGATAGAGGAGAACTTTGCCTTAAGATCTCTAGTCCAGCAGTGTGGAGGCAGATATCATGTGTTCAACAATAAAGTGAATAACAGAGAGCAGGTGGAGGATCTACAGCAGAAGATTGACTCAATGATACAGCAGAATGGAGGAGGACACTACACTAACCAGATGTATGAAGATGCTCAGATATTCAGacaagaggaagaagaggagagAAAACTACAAGAGGAGAAACAAATACAAGAGGAGATTGAGAGAGAGATAAAGGAGACTGAGGAGAGAATCAAAGCAGAAATGGAAGCTGAAAATCTTAAAGCAGAGAGACTGAGTGAGGAAGAACAGAGAAGACGAGAGAAACAAAGACAAGAGGAGATAGAGAGAGTGAAGAAGAATACTGAGGAGAGGGTTAGAAAAGAAATTAAAGCTAAAAAGGAGACAGAAGAGAGAATCAGAGCAGAGAATAAGGCTAAATTAAATGAGGAGAGtggctttttaaactttttttccaaATACAAACATCATTTTGCCACGGCAGGACATGTTGTTGGAGGAATTGCTATCGGAGCTGCAGTTTTATCTGGAGTTGGAGTTGGAGCTGCTGCTGGAGCTGGTTTAGCAGCTTTTTGTGCTGGAGTAGGAAGTGTTTCAGTTGCTGGAGCTGCTGTTGGAGGTGTTGTTGGAGGTGTTGTTGGAGGTGTTGCTGCTAGCAAATATGAGGAAGAAATAAAGTGGAAGAAGAGAAGaagagaagaagaagagagaGAACAACAAGTtgacaaaaaaatacaagaaGAGATTGAGAGAGCAATAAAGGAGATTGATGAGAGATTCAGAGAAGAAATGGTAGCTAAAAATCTTAAAGCAGAGAAACAGAGTGAGGAAGAACAGAGAAGACAAGAGAAACAAAGACTAGAGGAGATTAAGAGAGTAAGAGAAAAGACAGAGGAGAGAATCAGAGCAGAAATTGAAGCTAAAAAGCAGAGAGACGGAGTAAGGAAGAACAGAGAAGACGAGAGAAACAAAAACAAGAGGAGTTAGAGTGATAAAAGAGACAGAGGAGAGAGTCAGAGCAGAAAATGAGGCTAAATTAAACGAGAAgagtggatttttttatttttttaagagagGAAGAAGAGAGGAAGAAGAGAGAAAACAACAAGTTGACAAACAAATACAAGAGGAGATTGAGAGAGTGATAAAGGAGACAAAGGAGAGATTTAGAGAAGAAATGGAAACTGAAAATCTTAAAGCAGAGAGACAGAGTGAGGAAGAACAGAAAAGATGAGAAAAACAAAGACAAGAGGAGATAGAGAGAGTGAGAATGGAAACTGAGGAGAGGGTCAGAACAGAGAAAATAGCTCCATTAGCATCTCTATCATCAAAACAACAAAATTACAGAACAAAATAGGAAATACAAAACAATTGAAAcagttttatgatttttttttaagggggggtTGTGATGGTGTTGTTGCTTGTAGAGCTGTTGGTGGTGTAATTGGTAGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTTTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGTTGCTTTAGCTGATGTTGGTGGAGTTGCTGCTTTAGCAGTTTGTGGATTTTTAGCAGGCTAATCAGAGATCTGTTTAATTAAGTTTTTGATTAATTCTTTAATAATTCAAAAGATGTGGCCATTAAGGATGTGTGTCTCAAGAAAAGTGATCTTGAGAACTTTATATCTGAACTGGTGCGGACCGTGCTGAAGTTCTCCTGCACATGATGAACAGTATGAATTATGAATTCTTatgaattatttcattattaatagtTGATACATGCATGGGTGTTTGAAGAAATGTTTTCTTGATTAAAGATTTTTGGCTGTGGGTGCACAAATTTGCTTTGGTTTAAACGACACATTGATTTAA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Function

GO:

id name namespace
GO:0015801 aromatic amino acid transport biological_process
GO:0089709 L-histidine transmembrane transport biological_process
GO:0032329 serine transport biological_process
GO:0097458 obsolete neuron part cellular_component
GO:0022836 gated channel activity molecular_function
GO:0022839 ion gated channel activity molecular_function
GO:0022857 transmembrane transporter activity molecular_function
GO:0005215 transporter activity molecular_function
GO:0015075 ion transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000122435

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00052306 lncRNA upstream 81571 2961566 ~ 2965338 (+) True XLOC_024974
TCONS_00052533 lncRNA upstream 570349 2473420 ~ 2476560 (+) False XLOC_024968
TCONS_00052531 lncRNA upstream 902964 2142629 ~ 2143945 (+) False XLOC_024967
TCONS_00052310 lncRNA downstream 207142 3279609 ~ 3280874 (+) True XLOC_024981
TCONS_00052311 lncRNA downstream 406837 3479304 ~ 3479704 (+) True XLOC_024983
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TCONS_00052542 lncRNA downstream 410651 3483118 ~ 3489660 (+) False XLOC_024984
TCONS_00049523 mRNA upstream 67780 2971852 ~ 2979129 (+) True XLOC_024976
TCONS_00049522 mRNA upstream 84922 2959343 ~ 2961987 (+) False XLOC_024974
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Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU341595 True 628 lncRNA 0.46 2 NW_019171375.1 23999 ~ 45157 (-)