RNA id: TCONS_00066072


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00066072
length 6756
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 9
gene id XLOC_033773
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 28901786 ~ 28999142 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTTTGTTGTCTGCTGGAGCTGGAGACAGACAGCTGAGAGTGAACagccgtgtatgtgtgtgtatatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgctgcttCACATTCAGACGCGCTGCACAAGCGTCTCGTCCAGAAACCCAAGACGACAACCGAGAGGACTCACTTGGATTACTGACAGCAGGTCCCGACACAATTTTCTCCTGAGAAAACTTGCCGGCGTTTTTCCTCTGTTAGGGTAAAAGCAAAAACATCGCATTTTCACCTTTATAAAAGCAGCAGTCTTCTCGGAAGGGGCCGCACCTTCAGCTGATCAGCATCCAGGGGTCATGAAGGAGTGAAGAAACACCTGGTCTGAAGATCTAGAAGGTCTTCTGGATGTAAAGTTGCAGAGCAGACGGGATCGAGGAAAACTGGAAGAGAAACGAAGAAGTAAAAGCAGGAGGGAAAGGGTTGGTTGGACTGGCTGAAGGGGGAAACCGAAGGGCTGGATGCGAGCCTTCATTCACTCTAGAAGTTCGCCGGTTCCTCAGAGATGGCCTCCAACTTCAATGACATTGTCAAGCAGGGCTATGTCCGCATGCGGAGCAGGAAACTGGGGatctATCGACGCTGCTGGCTGGTGTTTAAGAAGTCATCCAGTAAAGGACCTCGCAGACTGGAAAAATACCCTGATGAGAAGTCAGCCTACATCAGAGCCTGTCCTAAGGTGACAGAGATTAGTAATGTGAAGAACGTCACAAGATTGCCTCGTGACACGAAGCGACAGGCCGTGGCCATCGTTTTTACAGACGACACCTCTCGAACCTTCACCTGCGAATCAGAGCTGGAGGCTGAGGAGTGGTTTAAGACCTTGTCTATCGAGTGCCTGGGGACGCGTCTGAATGACATTAGTCTTGGAGAGCCAGACCTCCTGGCCGCTGgagttcagtgtgaacacacagAGCGTTTTAATGTGTTCCTGTTGCCCTGCCCAAATCTGGACATCTACGGTGAGTGTATGATGCagatcacacatgaaaacatctACCTGTGGGACATTCACAACCCTCGCACCAAGCTGGTAACCTGGCCGCTTTGTTCGCTACGCCGATACGGACGAGACGCTACACGCTTCACCTTCGAGGCTGGCAgGATGTGTGACAGTGGGGAGGGCCTGTACACTTTCCAGACACGGGAAGGAGAGCAGATCTACCAAAGGGTCCATTCTTCCACGCTGGCTATAGCTGAGCAGCATAAGAGAGTCCTCATGGAAATGGAGAAAAACAGCAAGCTTTTATCCAAGGGTCCAGAGGGGACGTCCTACCCTTGCACCCCAACAGCAATCTTACCACGAAGTGCTTTCTGGCACCACATCACCGGATCACAGGCTGGAGTGGACTCTGCTAATGGTGACCTCTACGGTGATCCTCAACCAGGAATGGACAGTGACCTCTTCTCTAAACGCCTTCCTCCAGAAAGACACTCCACACTTCCTATGGGCCGTGGCTGCTCTCAACCCCCGACACATTACCCCTCGTACCCCAGCGAGTGAGCGGCTCCGCAGTGAATCCTTCACGTTTTTCACCTCCTGACCTCCCTCCACACTGCACTCTGCCCTAAGTTTTTTCCATCAGCTCTCCTTCAGCAGGGGAAGATCCATGCTGCCTCGGTTCCCCCTGAGCCTGCCAGCGACGCCGAGGGCACGCACTGTGGAAAGAGGGAACGCACTGGGAAGTTTGAAGGGCGCACAGACCCTTCATacagacacaaaaaaaaagatggaaCCGGCTCACAGTGCAATATGGTCACTCTTGGTGGGAGTAGAAACTCCACTGTAGGTTCTTCTTAGTAGTATCTCTTATTCTAACTCTTAATCTCGTGCACGCTCTTCAACCCTATGCATGGTCCCCCATGGTAAACAGCTTAGACACATGTAGAAAGCCCTACACGTCTAAGACACAACCACTGCAGCCCTGGTGGAAGGGCCCTCAGAGGATAACACTCCTGCTCTCCAGTGTGAGTAGAAATCCAAAGTGTGTTTTGATCAGATGCTTTAATTTTCATTTGATTGGCATGTCTGACGGAGGACTCTGTGGAACTGGGAGCTGTTTCTGAGAGTGGCATTTTGGTCGTCTGGTTTGTTTCTCCTTTTCTCTTCTGTTAAAGTGACTTAATGGACAGCTGTAATGCCGTCCCGCTCTCCTTGTCATTATGAAGAAAGCCATTGGACGGAGGTGAGGGACTCGCTTGTGCACTTTGTGTACTTGTTGATCTTTTCAGACTCGCTGGTCCACTGTTTTATTGGGACAATGTTTTGAGGGTCAGAGATCCGCGTTTAGAGGGGAACAAAGATTATTATACCCATCTGAGGTGGaggaatgaattatttatttatttattgaagtttACCAACAAAGCACAAGACAGATTGCGGTGTATATTAGTAGGGTTTTCCTTAGCAGCTCAGCAGTTCTGTATGTAAAAGGGTTTGTACTGGCATTGTGAATGAGGAGAAAAACATCAGGGCTTTTCACACTTATCAAGTTAACCCTGAGTCATTCTAAATCTTCACGTTTCATGCTGCTTATTATTTATACTAGGTAAACAACTACTCCTGGGGGATTTGTATGATTGCTTAGCCCTGAGTTGATGTCTGCATTATTTCTTCAATGATTGGATGAATGCAGCACATGACATGACCACAAGTCTTTAAGGTTTTGGTTCCTGTTGTTGTATATTACTCCAAGCtaacatttttatgtaaaatgaatGGACTTTTAggattattattatctattttgaCTGTTTGACTGTTTTCCCTGAAAAACGAGGCAGTTTGTAATGTATCTGTGACTGTCCAAGGCACAAGATCGTGACACTTGATTGCTATCACTTGCTGAATATCTACCCATATCAAAATACAATTGCGTTGTTTAACACTGTATCACAAGTTTGCCAATTTTAACAAGTTTTGGATCTCATAAGtaggaccagacagaatctgcagacatttttttactatttatgttgagaattttgtaaaaaatctgcggatttatgcacaattattttggaagtatcgtaactaaaagCGTAATATACGAAATAAAAACAATAGCTTTTATACTTTTATTGAATGTTCacattgcaaatccaattagatccacttattgggtaaacaaagcaagtctctcatataatatctctactaaaagacaaaaaatgttactttaggaactgtattgtaaataaatcattttaatattactattattacatcacaataatattagtgaaattaataaaaaaaactgagtaaatataaatttacacacatttacagaagttcatacatagactcaatgatggcctcaaaatctgtggatttctgcgttTGCATATTCTGTGCAGGCCTAGTCATAAGTTAGATGTAGATTAAGTATTAAAGATTACATGTTGCCTTAGCCTGATCTcaaaggaaacataactatttaactttttgtcagtttagtggctaattcatacaaaatgtatgatttttaaaaggaggcgtggaacCAAATAAACTACAATGTACAAATGAAATTGTTGGAATTCGAATTGCTTCTTTTCCACTATTGTCCTAGGTAAACTTACTCTCCATCAAGACATTTCCCCTTTTCCTTTCCTTTGatgcgttcaaaataatgaacacattctcttaTTGACTGCGTAATTCATTGTggctactttaattttaatttagcattttttttttaaaaagctaattaatttaactaaaaagtaacttgcattacattttaaataaagtaaattcaatattattactttttttaaaaacgtaatgcgttattttacttgtttcttagaaaagtaatattattacacaaCTGGGGTTACTTGTAATGCATCACCCTCAACACTGATTAAGATAATAATCCTATAAAAAAAAGCACAGCTATCTCAAATTCAGACTTCAGCAGCCAATTTTCAGCCTTGAGATCACACTGAGGTAAAACAAAGATCACTATGATAGTGTtttcgaaataaaacaattagctATGAACAATAGCATCTAATGGTGTCTTGGAAAAAAGCAGTTGGTTATTAAAATCAGTGCGTATACATTAAATCAATTAGAAAACAAAACAGTTATCAAATACGCATGTGTTACATTATGTCTAGATCTTTGCATATTGAAGTAAAAGAACTGATCCAAGGCATCAGAATACCATTGATTTTCTAAACTGCCATTAAATTGCAGAAGACATCAACTTATCCAAGCTTTTCACAGAAAATATTCAGCTTTAATCagtaacattttcttaaatatttgtaaattaatgaCAATTTTCACACTAATTTAATGGAAAACATCCACCATTAATTACATAAGACCATTACATAATGATATACACCCTAGCAGCACTGATGTTTGACAACTAACTCTATTCTAGTTTCTTTAACCTTTATCCAGGGTTTCCAATCCGAGATTGAGAATGACAATATGGGTATTAGCAGAGTGTGAAAAGCCTTACTGTATCTTAAATAAAGTGGTAGGCCTCAAACGATACATGTTTCTTGCTTTCCAATGATTTCCATGAAATTAAGGGTGccataattgcttttattttttcagcAGACATAAATATTGTGTAGCTCACTGGCAAGTTTCTCATTAAGGCATTCATTCTCAGTATGAAACCCATTATGATGGATCTGCAGATAAGCAGTTAGCACAAATTGAGCCAAGTTTCTCATGCAATCTGTTGGAGTTTGATCAAGCTGGTTAGCCTTTGCTAGTTAAGCTATTCTGCTCATTTCTGTTGTGTCGAATCATTAATATGTGTCCCAAAGGTCATAAATAAACTCAAATTGGCTAATGTAGATGATCTATAAATGATTTGTCTGCAACAGAATTAACTTTGTTGCCTTTTCTGATTGAGCTTCAGTCCTGAGGGTTTGACTGTCGTTCAGTGCTAGGATttaatagaccattttgagggatgcacACAGTAAC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Function

GO:

id name namespace
GO:0008150 biological_process biological_process
GO:0005575 cellular_component cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-041008-91 Orthologous to human DOK4 (docking protein 4).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000113998

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00066064 lncRNA upstream 712105 28058202 ~ 28189681 (+) True XLOC_033767
TCONS_00068575 lncRNA upstream 812769 28058202 ~ 28089017 (+) False XLOC_033767
TCONS_00068859 lncRNA upstream 1069463 27823531 ~ 27832323 (+) False XLOC_033764
TCONS_00068576 lncRNA downstream 63033 29062175 ~ 29064397 (+) True XLOC_033780
TCONS_00066088 lncRNA downstream 86420 29085562 ~ 29090937 (+) True XLOC_033782
TCONS_00066099 lncRNA downstream 182934 29182076 ~ 29182727 (+) True XLOC_033789
TCONS_00068862 lncRNA downstream 279425 29278567 ~ 29280954 (+) True XLOC_033790
TCONS_00068577 lncRNA downstream 462223 29461365 ~ 29462263 (+) True XLOC_033793
TCONS_00066071 mRNA upstream 64468 28724919 ~ 28837318 (+) True XLOC_033772
TCONS_00066068 mRNA upstream 278494 28612671 ~ 28623292 (+) False XLOC_033771
TCONS_00066069 mRNA upstream 278515 28615033 ~ 28623271 (+) True XLOC_033771
TCONS_00066061 mRNA upstream 843266 27976448 ~ 28058520 (+) False XLOC_033767
TCONS_00066062 mRNA upstream 854566 27977065 ~ 28047220 (+) False XLOC_033767
TCONS_00066076 mRNA downstream 6480 29005622 ~ 29006398 (+) True XLOC_033774
TCONS_00066077 mRNA downstream 10019 29009161 ~ 29010135 (+) True XLOC_033775
TCONS_00066078 mRNA downstream 12891 29012033 ~ 29013884 (+) False XLOC_033776
TCONS_00066079 mRNA downstream 12902 29012044 ~ 29017892 (+) False XLOC_033776
TCONS_00066081 mRNA downstream 25140 29024282 ~ 29040707 (+) True XLOC_033777
TCONS_00066070 other upstream 168266 28724910 ~ 28733520 (+) False XLOC_033772
TCONS_00066067 other upstream 440208 28461463 ~ 28461578 (+) True XLOC_033770
TCONS_00066066 other upstream 643160 28255096 ~ 28258626 (+) True XLOC_033769
TCONS_00066065 other upstream 646609 28253644 ~ 28255177 (+) False XLOC_033769
TCONS_00066060 other upstream 988731 27912938 ~ 27913055 (+) True XLOC_033768
TCONS_00066080 other downstream 14997 29014139 ~ 29015168 (+) True XLOC_033776
TCONS_00066092 other downstream 134262 29133404 ~ 29140443 (+) True XLOC_033785
TCONS_00066097 other downstream 177782 29176924 ~ 29182744 (+) False XLOC_033789
TCONS_00066103 other downstream 503732 29502874 ~ 29506131 (+) False XLOC_033795
TCONS_00066104 other downstream 504089 29503231 ~ 29505187 (+) False XLOC_033795

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) TU145592 True 530 TUCP 0.42 2 CI01000026 4287873 ~ 4318645 (+)