RNA id: TCONS_00002849


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00002849
length 425
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id XLOC_000381
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 32011880 ~ 32012378 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tttaaatagttatgtatttgtaacatttcattttcttgttagaTTCTACTGCCCCACCACCCTCTCAATTTTCAAGTGAAATGAAAACGGTGTCACCAACAGACAGCTGTGTTTCTGTTCTCTCAACAAAAAGACCTCGAACTGACGACCAATTTACTGAGGCCAAGGAGCTTGTAAAAGATgtattggggaaaaaaagtgcAGGGGAGAAGATTTTTCAGGAGTACAGAGCAACTGGGAAAATCACAGATTCTACAAGGCGAATTCTTGTGAATGCTGTAGTTGGAGACATGATTGAAAAACATGGgtaaagtatataaatataagctGTTTTTACAATGCATTGTCATcccaattaaagggatagttcacccaaaactgaaaattttgtcatcatttactcaccatttacttgttttttttct

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003083 lncRNA upstream 86 32010262 ~ 32011794 (+) True XLOC_000380
TCONS_00000637 lncRNA upstream 490908 31519239 ~ 31520972 (+) True XLOC_000371
TCONS_00002847 lncRNA upstream 652561 31354585 ~ 31359319 (+) False XLOC_000370
TCONS_00002846 lncRNA upstream 652561 31354585 ~ 31359319 (+) False XLOC_000370
TCONS_00002848 lncRNA upstream 652561 31356349 ~ 31359319 (+) True XLOC_000370
TCONS_00000651 lncRNA downstream 5059 32017437 ~ 32018115 (+) True XLOC_000383
TCONS_00002850 lncRNA downstream 1505424 33517802 ~ 33518823 (+) True XLOC_000394
TCONS_00000683 lncRNA downstream 1684963 33697341 ~ 33701916 (+) True XLOC_000399
TCONS_00003084 lncRNA downstream 2219225 34231603 ~ 34234056 (+) False XLOC_000404
TCONS_00002851 lncRNA downstream 2219360 34231738 ~ 34232127 (+) True XLOC_000404
TCONS_00000649 mRNA upstream 32370 31942961 ~ 31979510 (+) True XLOC_000379
TCONS_00000648 mRNA upstream 144163 31864404 ~ 31867717 (+) True XLOC_000378
TCONS_00000646 mRNA upstream 212521 31725154 ~ 31799359 (+) False XLOC_000377
TCONS_00000647 mRNA upstream 232023 31725301 ~ 31779857 (+) True XLOC_000377
TCONS_00000644 mRNA upstream 289005 31706668 ~ 31722875 (+) False XLOC_000376
TCONS_00000650 mRNA downstream 1310 32013688 ~ 32014487 (+) True XLOC_000382
TCONS_00000652 mRNA downstream 39203 32051581 ~ 32077473 (+) False XLOC_000384
TCONS_00000654 mRNA downstream 41781 32054159 ~ 32074141 (+) True XLOC_000384
TCONS_00000655 mRNA downstream 329106 32341484 ~ 32385665 (+) False XLOC_000385
TCONS_00000656 mRNA downstream 329356 32341734 ~ 32342951 (+) True XLOC_000385
TCONS_00000645 other upstream 289005 31706669 ~ 31722875 (+) True XLOC_000376
TCONS_00000632 other upstream 948030 31057240 ~ 31063850 (+) True XLOC_000367
TCONS_00000628 other upstream 1046876 30955925 ~ 30965004 (+) True XLOC_000366
TCONS_00000618 other upstream 1784375 30227391 ~ 30227505 (+) True XLOC_000361
TCONS_00000617 other upstream 1845815 30165953 ~ 30166065 (+) True XLOC_000360
TCONS_00000653 other downstream 39235 32051613 ~ 32065030 (+) False XLOC_000384
TCONS_00000657 other downstream 501611 32513989 ~ 32514104 (+) True XLOC_000386
TCONS_00000661 other downstream 693731 32706109 ~ 32706227 (+) True XLOC_000388
TCONS_00000663 other downstream 1202863 33215241 ~ 33216718 (+) False XLOC_000390
TCONS_00000664 other downstream 1202865 33215243 ~ 33216083 (+) True XLOC_000390

Expression Profile

//