RNA id: TCONS_00002854


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00002854
length 322
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_000414
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 34857368 ~ 34861057 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTAAAGTCTAACCACTTTTCTTTTAACTGCTcctgtaaaatagtttttgtacTCTAATTAATTAAACCGGTTCAAATTTGTCTTGCAGGGTCAATAACAATCAGTCATCTGTCAGACATAAGTCTGTAAGAATAATATAAggctttgcatttatttatttgttgttccttaaataattgaattattacTTTTCtcactgttgttttgtttgtctgtAGAATTGTCTCCAGTGCAAATGATCCTCTGTCATCACACTCCCTGAGGACACTCCAGAGTAGCAGGTCTACATGTTCGGTTAAGAGACTGGATTCTGAGAGCGAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003085 lncRNA upstream 404359 34450659 ~ 34454447 (+) True XLOC_000408
TCONS_00003084 lncRNA upstream 624750 34231603 ~ 34234056 (+) False XLOC_000404
TCONS_00002851 lncRNA upstream 626679 34231738 ~ 34232127 (+) True XLOC_000404
TCONS_00000683 lncRNA upstream 1156890 33697341 ~ 33701916 (+) True XLOC_000399
TCONS_00002850 lncRNA upstream 1339983 33517802 ~ 33518823 (+) True XLOC_000394
TCONS_00003086 lncRNA downstream 174971 35034294 ~ 35093512 (+) False XLOC_000415
TCONS_00003087 lncRNA downstream 217144 35076467 ~ 35093512 (+) True XLOC_000415
TCONS_00003088 lncRNA downstream 1037069 35896392 ~ 35898437 (+) True XLOC_000421
TCONS_00003089 lncRNA downstream 1097138 35956461 ~ 35963062 (+) False XLOC_000423
TCONS_00000721 lncRNA downstream 1097138 35956461 ~ 35963062 (+) False XLOC_000423
TCONS_00000708 mRNA upstream 51747 34763543 ~ 34807059 (+) True XLOC_000413
TCONS_00000707 mRNA upstream 71847 34763539 ~ 34786959 (+) False XLOC_000413
TCONS_00000705 mRNA upstream 131289 34696503 ~ 34727517 (+) True XLOC_000412
TCONS_00000706 mRNA upstream 151985 34701144 ~ 34706821 (+) True XLOC_000411
TCONS_00000703 mRNA upstream 152127 34695389 ~ 34706679 (+) False XLOC_000411
TCONS_00000709 mRNA downstream 335131 35194454 ~ 35234700 (+) True XLOC_000416
TCONS_00000711 mRNA downstream 613896 35473219 ~ 35491005 (+) False XLOC_000417
TCONS_00000710 mRNA downstream 613896 35473219 ~ 35491005 (+) False XLOC_000417
TCONS_00000712 mRNA downstream 614074 35473397 ~ 35488704 (+) True XLOC_000417
TCONS_00000713 mRNA downstream 635514 35494837 ~ 35609659 (+) False XLOC_000418
TCONS_00000704 other upstream 152336 34695514 ~ 34706470 (+) False XLOC_000411
TCONS_00000699 other upstream 170164 34685445 ~ 34688642 (+) False XLOC_000410
TCONS_00000695 other upstream 458452 34400240 ~ 34400354 (+) True XLOC_000407
TCONS_00000688 other upstream 735834 34122880 ~ 34122972 (+) True XLOC_000403
TCONS_00000685 other upstream 891533 33967157 ~ 33967273 (+) True XLOC_000401
TCONS_00000714 other downstream 635581 35494904 ~ 35515273 (+) False XLOC_000418
TCONS_00000717 other downstream 931569 35790892 ~ 35803084 (+) True XLOC_000419
TCONS_00000728 other downstream 1294938 36154261 ~ 36154377 (+) True XLOC_000425
TCONS_00000735 other downstream 1806220 36665543 ~ 36690899 (+) False XLOC_000428
TCONS_00000740 other downstream 1868974 36728297 ~ 36746569 (+) True XLOC_000429

Expression Profile

//