RNA id: TCONS_00003085


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003085
length 526
lncRNA type antisense_over
GC content 0.43
exon number 2
gene id XLOC_000408
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 34450659 ~ 34454447 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCCACGCCCCCTGCTGCTATATAAAAAGTGTCGGAGAGGATTCGCGGGCTTTAGCCACATTGACCAGCAGATGGAGACAAATATCACTTCAAAAACGTTGCTGTTTGTTAACTGTCCAAGTCAGCAGTCAACAAGACAGTAACTAACACAGAGATGCTTTCAACAGCTGGAACTAAAACAGGAAGTGCTTCATCCAGCGACAGGAAGTCCTAACCAAAGCTGGAGCAATGTACAAGTCTGTCTGCCCACTGGTTTCCTGTGTGACTAGTCTGCTGTGAGACAAACTAACACTTTATCACACTATTGTTGTCATCTGATGAGCCTAAAGACAGCAGTTTAGGTTTCAAAGCATGTTTGCACAGGATGTTGGTGAGTGGTGTCCTTTGCTGTTAATTTGTAAGCTTTGAGGGTGTTGCTTCAGTGATGAGGAAATGCAAAATGCTCAGATCTATTTAAATGGACTTTGCTGACTAATAAATGGGTTgtactttaaataaatcaaaattacctGAAGTGTGCTCTCGTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003084 lncRNA upstream 216603 34231603 ~ 34234056 (+) False XLOC_000404
TCONS_00002851 lncRNA upstream 218532 34231738 ~ 34232127 (+) True XLOC_000404
TCONS_00000683 lncRNA upstream 748743 33697341 ~ 33701916 (+) True XLOC_000399
TCONS_00002850 lncRNA upstream 931836 33517802 ~ 33518823 (+) True XLOC_000394
TCONS_00000651 lncRNA upstream 2432544 32017437 ~ 32018115 (+) True XLOC_000383
TCONS_00002852 lncRNA downstream 402921 34857368 ~ 34859323 (+) False XLOC_000414
TCONS_00002853 lncRNA downstream 402921 34857368 ~ 34861057 (+) False XLOC_000414
TCONS_00002854 lncRNA downstream 404359 34858806 ~ 34859323 (+) True XLOC_000414
TCONS_00003086 lncRNA downstream 579847 35034294 ~ 35093512 (+) False XLOC_000415
TCONS_00003087 lncRNA downstream 622020 35076467 ~ 35093512 (+) True XLOC_000415
TCONS_00000694 mRNA upstream 153256 34295925 ~ 34297403 (+) True XLOC_000406
TCONS_00000693 mRNA upstream 188666 34243650 ~ 34261993 (+) True XLOC_000405
TCONS_00000691 mRNA upstream 216721 34203858 ~ 34233938 (+) False XLOC_000404
TCONS_00000690 mRNA upstream 218410 34203817 ~ 34232249 (+) False XLOC_000404
TCONS_00000692 mRNA upstream 218421 34224360 ~ 34232238 (+) False XLOC_000404
TCONS_00000696 mRNA downstream 42408 34496855 ~ 34556723 (+) False XLOC_000409
TCONS_00000697 mRNA downstream 72766 34527213 ~ 34558804 (+) True XLOC_000409
TCONS_00000698 mRNA downstream 230958 34685405 ~ 34694365 (+) False XLOC_000410
TCONS_00000700 mRNA downstream 231023 34685470 ~ 34694359 (+) True XLOC_000410
TCONS_00000701 mRNA downstream 240926 34695373 ~ 34706763 (+) False XLOC_000411
TCONS_00000695 other upstream 50305 34400240 ~ 34400354 (+) True XLOC_000407
TCONS_00000688 other upstream 327687 34122880 ~ 34122972 (+) True XLOC_000403
TCONS_00000685 other upstream 483386 33967157 ~ 33967273 (+) True XLOC_000401
TCONS_00000684 other upstream 715525 33735018 ~ 33735134 (+) True XLOC_000400
TCONS_00000681 other upstream 756755 33683231 ~ 33693904 (+) True XLOC_000398
TCONS_00000699 other downstream 230998 34685445 ~ 34688642 (+) False XLOC_000410
TCONS_00000704 other downstream 241067 34695514 ~ 34706470 (+) False XLOC_000411
TCONS_00000714 other downstream 1040457 35494904 ~ 35515273 (+) False XLOC_000418
TCONS_00000717 other downstream 1336445 35790892 ~ 35803084 (+) True XLOC_000419
TCONS_00000728 other downstream 1699814 36154261 ~ 36154377 (+) True XLOC_000425

Expression Profile

//