RNA id: TCONS_00072833



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00072833
length 580
RNA type mRNA
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_037000
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 12905591 ~ 12953824 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


ctAAAGATGGATAGTGGGCATGGTACTCTTGCAGACTCCCTAGAGATAAATGCTGAATATCGTTCTCATGTCAAGCTGTTAGAAGCAGACACACTTAGAAAGGACCTGACAAAAAAAGATCAGGAAATACGAAGGTTGAGGATCAAGGCTGAAACACTACAGACTGAAATCGACCGACTGCACTCTCTATTAAAAAATGGGAACATGAAAACTGGGCCAACAGAGAATGAGGACTGGGATAGGGAAAAGCAGCAAGTGTCCACTATCCTTTTAGAAAAGGAGGAGAGGGACAGACTCCTCAGAGAGAAGGATGTTGAAGTATATGCATTAAAGGAGCGAGCTGAGGAGATGAGCAAGGACAGGGATCGGGTCAGGATAGCACTGGAGAAGACTGAAGCCATGCTGATTTACTATAAGGAGAGACTGGGACATCAGGAGCACAAGAGAAAGCAGACAGGAGGTGATATTTCATTGgaaaaagTGTCTGCGGATGAGCTGGATACAGAATCTGCTGTTCATGGGCGTCTGTCGGCGATGCAGCAGGCTGTAGCACAACTGGAGGTGCAGCAGAACCTTCTTG

Function


GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-081104-380 Orthologous to human CEP250 (centrosomal protein 250).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000135797

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00072832 lncRNA upstream 4756 12943279 ~ 12943755 (+) False XLOC_037000
TCONS_00075073 lncRNA upstream 479468 12461619 ~ 12469043 (+) True XLOC_036995
TCONS_00072807 lncRNA upstream 2010042 10936773 ~ 10938469 (+) True XLOC_036987
TCONS_00075072 lncRNA upstream 2188398 10737086 ~ 10760113 (+) True XLOC_036985
TCONS_00074886 lncRNA upstream 2383565 10562638 ~ 10564946 (+) True XLOC_036982
TCONS_00072835 lncRNA downstream 125513 13076852 ~ 13089863 (+) True XLOC_037001
TCONS_00072841 lncRNA downstream 282236 13233575 ~ 13234144 (+) False XLOC_037003
TCONS_00072842 lncRNA downstream 283681 13235020 ~ 13239029 (+) False XLOC_037003
TCONS_00075074 lncRNA downstream 517735 13469074 ~ 13471527 (+) True XLOC_037005
TCONS_00075075 lncRNA downstream 1161136 14112475 ~ 14117000 (+) True XLOC_037014
TCONS_00072831 mRNA upstream 4492 12934536 ~ 12944019 (+) False XLOC_037000
TCONS_00072829 mRNA upstream 32854 12905591 ~ 12915657 (+) False XLOC_037000
TCONS_00072827 mRNA upstream 44944 12894578 ~ 12903567 (+) False XLOC_036999
TCONS_00072828 mRNA upstream 47548 12896340 ~ 12900963 (+) True XLOC_036999
TCONS_00072825 mRNA upstream 54420 12887491 ~ 12894091 (+) False XLOC_036998
TCONS_00072834 mRNA downstream 8421 12959760 ~ 13111163 (+) False XLOC_037001
TCONS_00072836 mRNA downstream 169080 13120419 ~ 13212790 (+) True XLOC_037002
TCONS_00072837 mRNA downstream 278246 13229585 ~ 13233872 (+) False XLOC_037003
TCONS_00072838 mRNA downstream 278268 13229607 ~ 13251327 (+) False XLOC_037003
TCONS_00072839 mRNA downstream 278875 13230214 ~ 13251031 (+) False XLOC_037003
TCONS_00072822 other upstream 120391 12828005 ~ 12828120 (+) True XLOC_036996
TCONS_00072821 other upstream 493568 12444524 ~ 12454943 (+) True XLOC_036994
TCONS_00072820 other upstream 493753 12444519 ~ 12454758 (+) False XLOC_036994
TCONS_00072815 other upstream 1500602 11447777 ~ 11447909 (+) True XLOC_036991
TCONS_00072801 other upstream 2604531 10343864 ~ 10343980 (+) True XLOC_036980
TCONS_00072843 other downstream 287478 13238817 ~ 13246526 (+) True XLOC_037003
TCONS_00072844 other downstream 497190 13448529 ~ 13448648 (+) True XLOC_037004
TCONS_00072854 other downstream 763072 13714411 ~ 13728936 (+) True XLOC_037008
TCONS_00072861 other downstream 813918 13765257 ~ 13786953 (+) True XLOC_037009
TCONS_00072865 other downstream 1048464 13999803 ~ 14003253 (+) True XLOC_037011

Expression Profile


//