XLOC_000269


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000269
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 22510734 ~ 22518754 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003067
CCAGTTTCTAACTTTACCTCCTAAATGACTCACTGCTGAGTGACACAGATGCATGGCAGTGACAAAAAGTGAAGCCTCTTGTATTTTATTTGGATACAGATTTACCAGCTAAACCAAGCGAGATGAAAGGGAAAGCTTAAAGCAGACAGGGCATTTCATTCAGTGACAAAACGTGATCGCGACTAAACGTGGACTTGTTGCAAACTTTACGTAAACAGCTTTCAGTGAGTCGACAAGACTTTAAATATTTCAACGCTCTGACGCACAAGCGGTGTTGACGAAAGTGGAAAATGAATAACTCGCATTTCATTACCACAGTAGAACCTCTGGGTTCACCTACCGGTTTCCGCTGATAAATGGCTTTAAAGCGATTAAGCAAAATTGTGCTAGCGTTGTTGTCTAAAATAGCCGTCGGTTTCCCCGCAGTTACAGTGTCTTCCGAGCGAGACGAATATGCGCCTGAAAACTCCGCGTTGCGCGCGCGCGCAGCGGCGTGAAGAATGGATTTAACTGCGTAGAAAGAAAGGTGCACATATAAAGAGCAACCTGGGGTACAGCAAGAATATCTGGAATCACGATCGTCCATTATGGGAGAACTGCTGGCCTGGTGTTCCATAGAAAACCAAAGCAGAGACCACCATCACCCATAGATTCAACTGCTCCAGTCAACTTCTTGGTAAATACAGCCGTCTTTGAGGGAATCTTTGTTCATTTAAGAA
>TCONS_00003068
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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003067 False 719 lncRNA 0.45 3 22510734 22518754
TCONS_00003068 True 7694 lncRNA 0.33 1 22511061 22518754

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000268 si:dkey-234d14.2 coding upstream 81881 22427135 ~ 22428853 (+)
XLOC_000267 dnah6 coding upstream 275313 22002649 ~ 22235421 (+)
XLOC_000266 kdm4c coding upstream 538821 21937201 ~ 21971913 (+)
XLOC_000265 pax5 coding upstream 695180 21725821 ~ 21815554 (+)
XLOC_000264 primpol coding upstream 937721 21563311 ~ 21573013 (+)
XLOC_000270 CR376846.1 coding downstream 2458 22521212 ~ 22521326 (+)
XLOC_000271 anxa5b coding downstream 136121 22654875 ~ 22665098 (+)
XLOC_000272 zmynd10 coding downstream 172502 22691256 ~ 22703383 (+)
XLOC_000273 BX908795.1 coding downstream 324181 22842935 ~ 22876174 (+)
XLOC_000274 si:dkey-92j12.5 coding downstream 642615 23161369 ~ 23240046 (+)
XLOC_000263 NA non-coding upstream 1009250 21500645 ~ 21501484 (+)
XLOC_000262 NA non-coding upstream 1169081 21331425 ~ 21341653 (+)
XLOC_000260 CR762427.1 non-coding upstream 1256252 21254353 ~ 21254482 (+)
XLOC_000256 NA non-coding upstream 2363185 20146405 ~ 20147549 (+)
XLOC_000254 NA non-coding upstream 2481668 20026889 ~ 20029066 (+)
XLOC_000281 NA non-coding downstream 970357 23489111 ~ 23506518 (+)
XLOC_000283 CT573447.1 non-coding downstream 1232345 23751099 ~ 23751213 (+)
XLOC_000285 dre-mir-218a-2 non-coding downstream 1348124 23866878 ~ 23866965 (+)
XLOC_000287 BX119984.1 non-coding downstream 1595771 24114525 ~ 24114558 (+)

Expression


Co-expression Network