XLOC_000300


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000300
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 24596326 ~ 24599988 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00002833
gcaatttttaaaacctgatttacgcctattatcttagttttctttttttaaaaatatgtaatttttattttgttcatgaaaagcgtctgtaaacggggtcgaaactactgtatgaataaacttcggcccacgtgacatcccttcacggtgagtttaacgccgctctgctattggtcaaactgcatcagcggtgagttctcagatgagttcaactgtcaacattaaatattacgttaatgctgcataatatatttttatcggagattagttggtgtttataaatatgttatcatttactttatatttaatgagtaaaaatatattcggttgtccagtttagggtaactatgcctaataaaactttgattcattcatattatttattatttactttattattttactttaaaaaaatattaaatttcaagtactaagtttaaaaatgttttcagctgatatttttcattttaaattatttattaaagttggggtcattgtatgtggcgatctattttttacagtctatgctcgctgtcccaaggttcattgcgatcccaaggttcactgcggttttccacaagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactcttcacagcactgcagctaaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatctagtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggaaccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgtttattatgatggcatttccaaaggcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataattgtttttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgatttttattatttatttttatttgtggcattataaataaattataaatgtt
>TCONS_00002832
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>TCONS_00002834
cggttttccacaaggtaagtaaaaaatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactcttcacagcactgcagctaaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatctagtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggaaccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttcttgttgttgtgaaagctgtttattatgatggcatttccaaaggcatcatttgaaaagattttttgcagtgcagttttacttgagcttgacataccagatgtatgacatgaataaatatcacaaaataaatataataataataatacaaaatatacatttccttcaattataattgtttttaatcatttatatatgtatggtaatatattattgcattaaaaacttataaaatatatatttttggttaaaatatatatttttgcatttttgtgtgatttttattatttatttttatttgtggcattataaataaattataaatgtt
>TCONS_00002835
acttacattactttacaactgcttaatgcagtactgatgtatctagtagtttagtgggtttaactaatgtcacatctgtttttattcatttcagatgcagaaacttttgacatatgaattcatcttgactaaggaactcttcacagcactgcagctaaacagtcacaacctcacagagctgcacaactgccccactcagatcagtgttgaagctggaacctcatctagtgtacagcaaaggcagagctgaaaattcactgtttgtcttgtattgtgtgtggcaaaacctggaataacacatgggaaccctccaggaattgctgacactttacgcccaagtctcctcatgctaaccggattgcaatatgacagtctagtcagcataaacacctggactcaccaagcacactttggttctcagtgttttgtaaaaatagtttttgctattcttcagtaaatacttgaatatgttttgaacttattctacttttgatgtttaagttcagaaagttgttattataaacataatttgcatttgtcatgaacttgacttctt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00002833 False 1366 lncRNA 0.31 4 24596326 24599988
TCONS_00002832 False 2800 lncRNA 0.31 2 24596326 24599988
TCONS_00002834 False 810 lncRNA 0.31 4 24596893 24599988
TCONS_00002835 True 556 lncRNA 0.38 3 24597676 24599665

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000299 dctpp1 coding upstream 37577 24557414 ~ 24558749 (+)
XLOC_000298 fam160a1a coding upstream 81653 24469313 ~ 24514673 (+)
XLOC_000297 NA coding upstream 133021 24462460 ~ 24463305 (+)
XLOC_000296 qdprb2 coding upstream 204653 24387659 ~ 24391673 (+)
XLOC_000295 qdprb2 coding upstream 210347 24382651 ~ 24385979 (+)
XLOC_000301 BX005016.1 coding downstream 520101 25120089 ~ 25120205 (+)
XLOC_000302 mnd1 coding downstream 578118 25178106 ~ 25216235 (+)
XLOC_000303 tmem131l coding downstream 618189 25218177 ~ 25316149 (+)
XLOC_000304 NA coding downstream 840049 25440037 ~ 25442701 (+)
XLOC_000305 NA coding downstream 950065 25550053 ~ 25553299 (+)
XLOC_000292 NA non-coding upstream 232636 24361993 ~ 24363690 (+)
XLOC_000290 NA non-coding upstream 252592 24336980 ~ 24343734 (+)
XLOC_000289 NA non-coding upstream 452156 24126380 ~ 24144170 (+)
XLOC_000288 NA non-coding upstream 477259 24118367 ~ 24119067 (+)
XLOC_000308 NA non-coding downstream 1119665 25719653 ~ 25721702 (+)
XLOC_000322 AL954695.2 non-coding downstream 1951046 26551034 ~ 26554839 (+)

Expression


Co-expression Network