G1648230 (smoc1)


Basic Information

Item Value
gene id G1648230
gene name smoc1
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 63973979 ~ 64019874 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1886050
GGCTTGGTCAAAAGAAAAAGCTTTGCTTAGTAAAGTCCTCGTGTTGTAACACACCTGTCTAAAAGATATAGTGAACTAGATGCTTGCGTTTGAGACGGCCCCTTTCTAAAAGCAGTGATATATTTTCACCAGAAGGGGTCAGTAATGTGCTCTTGTTCCCCTTAGAGAGATTCTTCTTCCCGTGTCCAAAGCAACCACATTGACACCTGTTACATACAGGAAGTCAAATGCTGTGGGAGAGGTCTACACTCCAAAAAAATTAGGGATGGTCTTACAGTTTGGGTCCTATATTAATGTGTCATAAGTACATTTAGTACCGCTATTTGTCGTGATgtgaataaaaataaaagatggtATTGCTTTTTTAGAAAGTTTAGTCCAAAAGCTCCACAATGAAACAAggaaaccaacaacagaatatgaTACATATTTACATTGAGAGCCTTCTCTCTTACTTTAGTTCCATGGGGACAGAGTATGGTTTCCAGGGATAAGTCCATATAAgcaaacaaatacacacataaacaATCACAAATAAACAAACCTCATCTTTCTGAATTTAGAAAGATAACAATTGTGGatatcgttttttttttctgtcagtctttaatttatttatttattttattttaattatgACTGTGGTGACATTTTCAGTCAGTTACGCCACTGTTGAAGTGGTTTCAGACCTGTGGTTACTGTAACATATTATTAAGCCTAATGGGGTTAGCATAACAGACCATAGACAAAACCTGACCAAAGATCAATGTGTTTCTGACATGGGAATTTCAGCCGAGGTGTATTCATTAGCgcacactgtagcaaaaaaagaaacaagagtttctattggacaaattcaggtagggtccctccccgtttcgtcctgtttggttcctagtgaatacaccccccctatctctctctgtctctgtttgccTGTTCAGTGTCTGTTCTGCCTAAATTATCTTATGGTTGATTTAAAATACAGTGCCAGGGGTTTAATGTCTAAACCTCTCATTACTATGACTCTTAAAGAAATACTTTAAACTTAACTCAGTCAGTCTCACAGTTTCCTTTCCACCCCATACCATTTTCACATAATGAATATTGCAGTTCAtatacattttacaaaaacaaaacatactGAACACATTCGCTTGTATTTGTGCACTACTTCCCTGTACATATAGCCTCTCTAGTCAGGGACCAACGTAAATAACACTTCACACGGCTACTGGACTTCTGAAGGGGTGAACTATTAGGGATTGAGTCTCTTTACTTCTGCAGCTGAACTCTGATCTTTCTTTTCGGATCCCAGGACCCCTATGAcaacagctagtcttcctggggttcatgaacacacacacaaaaacaaatacGTGATCGTCGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACGGGTGATCTAACAGGTGATCTAACTGGTGATCTAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACAGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACAGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTTGTCATTGTTTTCTGCTGGTTACAGCTACAGATGAGCAGTTTATTGTAGAGCAAACTGAGGCTGTTGATTTGCAGCCCGTTTAAAAAACCTTTGTCGTGTCATCAGCTCCTGTGTTATcaaggagacagaacagagagaacacagccTCACAGCTGACAGAGGAACATTGGCACTGACAGATAAACACTATAGGAAATTGTTTTCTGTGTTCGAAGACACATTTTAACTGTGTTTCTACCTTCGTGTGCTATTATATGAAATGACAGGATGTTGTGTTGCAAGAACGCCAAAGCAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACGTGGATAATGTCCCAGCGAAGACCCAGAACGCCACAGCAACATGGGTAATGTCCCAGTGAAGAACCTTACAGGGGATAACTGTCTCGCTGCGATTAAACATTAAGGTTAACAATAAGAAGAAGAGTTATTATTCTTATCGAGATATTTTAAGTCACACTAGAAAATATCAAACAAATATCAAAACAGATAGAAAGTCAAACATAGGGAGGAGAAAGTGCAAATATTTTGGCGCCACTTCTTGTTTTGTTTTCTCTTGTTTTTTTTCCATTCTTCTTTTTGTACAGGAACTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTTTCTCTTTACTGTCAGTCAGAAAGCGCACAGATGCCTTCCCTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACTCTGTTGTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAatccttccCTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACTCTGTTCTAatccttccctctgttctaaCTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGCTCTAACTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACCCttccccctgctctcctctcctctcagcttctGGAGCCTTCCTTCCTCACACCAGACGACCTACTCCTTGCTGACCCCAAGACAACCCTTCAGCTCCAGAAGTGAGATGGCTTTGTCCTTGTTCAGGTCACAGTAGTCAGTGAACTTCCTGGCACATTTCTTGGGTTTGGCTTTCTTCTTGACGTATCTCTTGAAGGGCTTCAGCTCCTTCTTGTTGATGTCATGGCTGCTGTTGTTGTCCAGCTGGGTAAAGTACCAGTGGACCACCCTCTCCTCTAGAGTGTGGCTGGGGTCCGGCTC
>TU1886051
GGCTTGGTCAAAAGAAAAAGCTTTGCTTAGTAAAGTCCTCGTGTTGTAACACACCTGTCTAAAAGATATAGTGAACTAGATGCTTGCGTTTGAGACGGCCCCTTTCTAAAAGCAGTGATATATTTTCACCAGAAGGGGTCAGTAATGTGCTCTTGTTCCCCTTAGAGAGATTCTTCTTCCCGTGTCCAAAGCAACCACATTGACACCTGTTACATACAGGAAGTCAAATGCTGTGGGAGAGGTCTACACTCCAAAAAAATTAGGGATGGTCTTACAGTTTGGGTCCTATATTAATGTGTCATAAGTACATTTAGTACCGCTATTTGTCGTGATgtgaataaaaataaaagatggtATTGCTTTTTTAGAAAGTTTAGTCCAAAAGCTCCACAATGAAACAAggaaaccaacaacagaatatgaTACATATTTACATTGAGAGCCTTCTCTCTTACTTTAGTTCCATGGGGACAGAGTATGGTTTCCAGGGATAAGTCCATATAAgcaaacaaatacacacataaacaATCACAAATAAACAAACCTCATCTTTCTGAATTTAGAAAGATAACAATTGTGGatatcgttttttttttctgtcagtctttaatttatttatttattttattttaattatgACTGTGGTGACATTTTCAGTCAGTTACGCCACTGTTGAAGTGGTTTCAGACCTGTGGTTACTGTAACATATTATTAAGCCTAATGGGGTTAGCATAACAGACCATAGACAAAACCTGACCAAAGATCAATGTGTTTCTGACATGGGAATTTCAGCCGAGGTGTATTCATTAGCgcacactgtagcaaaaaaagaaacaagagtttctattggacaaattcaggtagggtccctccccgtttcgtcctgtttggttcctagtgaatacaccccccctatctctctctgtctctgtttgccTGTTCAGTGTCTGTTCTGCCTAAATTATCTTATGGTTGATTTAAAATACAGTGCCAGGGGTTTAATGTCTAAACCTCTCATTACTATGACTCTTAAAGAAATACTTTAAACTTAACTCAGTCAGTCTCACAGTTTCCTTTCCACCCCATACCATTTTCACATAATGAATATTGCAGTTCAtatacattttacaaaaacaaaacatactGAACACATTCGCTTGTATTTGTGCACTACTTCCCTGTACATATAGCCTCTCTAGTCAGGGACCAACGTAAATAACACTTCACACGGCTACTGGACTTCTGAAGGGGTGAACTATTAGGGATTGAGTCTCTTTACTTCTGCAGCTGAACTCTGATCTTTCTTTTCGGATCCCAGGACCCCTATGAcaacagctagtcttcctggggttcatgaacacacacacaaaaacaaatacGTGATCGTCGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACGGGTGATCTAACGGGTGATCTAACAGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACAGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTTGTCATTGTTTTCTGCTGGTTACAGCTACAGATGAGCAGTTTATTGTAGAGCAAACTGAGGCTGTTGATTTGCAGCCCGTTTAAAAAACCTTTGTCGTGTCATCAGCTCCTGTGTTATcaaggagacagaacagagagaacacagccTCACAGCTGACAGAGGAACATTGGCACTGACAGATAAACACTATAGGAAATTGTTTTCTGTGTTCGAAGACACATTTTAACTGTGTTTCTACCTTCGTGTGCTATTATATGAAATGACAGGATGTTGTGTTGCAAGAACGCCAAAGCAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAGCATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAGCATGGATAATGTCCCAGCGAAGACCTAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAAAAACGTGGATAATGTCCCAGCGAAGACCCAGAACGCCACAGCAACATGGGTAATGTCCCAGTGAAGAACCTTACAGGGGATAACTGTCTCGCTGCGATTAAACATTAAGGTTAACAATAAGAAGAAGAGTTATTATTCTTATCGAGATATTTTAAGTCACACTAGAAAATATCAAACAAATATCAAAACAGATAGAAAGTCAAACATAGGGAGGAGAAAGTGCAAATATTTTGGCGCCACTTCTTGTTTTGTTTTCTCTTGTTTTTTTTCCATTCTTCTTTTTGTACAGGAACTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTTTCTCTTTACTGTCAGTCAGAAAGCGCACAGATGCCTTCCCTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACT
>TU1886052
GGCTTGGTCAAAAGAAAAAGCTTTGCTTAGTAAAGTCCTCGTGTTGTAACACACCTGTCTAAAAGATATAGTGAACTAGATGCTTGCGTTTGAGACGGCCCCTTTCTAAAAGCAGTGATATATTTTCACCAGAAGGGGTCAGTAATGTGCTCTTGTTCCCCTTAGAGAGATTCTTCTTCCCGTGTCCAAAGCAACCACATTGACACCTGTTACATACAGGAAGTCAAATGCTGTGGGAGAGGTCTACACTCCAAAAAAATTAGGGATGGTCTTACAGTTTGGGTCCTATATTAATGTGTCATAAGTACATTTAGTACCGCTATTTGTCGTGATgtgaataaaaataaaagatggtATTGCTTTTTTAGAAAGTTTAGTCCAAAAGCTCCACAATGAAACAAggaaaccaacaacagaatatgaTACATATTTACATTGAGAGCCTTCTCTCTTACTTTAGTTCCATGGGGACAGAGTATGGTTTCCAGGGATAAGTCCATATAAgcaaacaaatacacacataaacaATCACAAATAAACAAACCTCATCTTTCTGAATTTAGAAAGATAACAATTGTGGatatcgttttttttttctgtcagtctttaatttatttatttattttattttaattatgACTGTGGTGACATTTTCAGTCAGTTACGCCACTGTTGAAGTGGTTTCAGACCTGTGGTTACTGTAACATATTATTAAGCCTAATGGGGTTAGCATAACAGACCATAGACAAAACCTGACCAAAGATCAATGTGTTTCTGACATGGGAATTTCAGCCGAGGTGTATTCATTAGCgcacactgtagcaaaaaaagaaacaagagtttctattggacaaattcaggtagggtccctccccgtttcgtcctgtttggttcctagtgaatacaccccccctatctctctctgtctctgtttgccTGTTCAGTGTCTGTTCTGCCTAAATTATCTTATGGTTGATTTAAAATACAGTGCCAGGGGTTTAATGTCTAAACCTCTCATTACTATGACTCTTAAAGAAATACTTTAAACTTAACTCAGTCAGTCTCACAGTTTCCTTTCCACCCCATACCATTTTCACATAATGAATATTGCAGTTCAtatacattttacaaaaacaaaacatactGAACACATTCGCTTGTATTTGTGCACTACTTCCCTGTACATATAGCCTCTCTAGTCAGGGACCAACGTAAATAACACTTCACACGGCTACTGGACTTCTGAAGGGGTGAACTATTAGGGATTGAGTCTCTTTACTTCTGCAGCTGAACTCTGATCTTTCTTTTCGGATCCCAGGACCCCTATGAcaacagctagtcttcctggggttcatgaacacacacacaaaaacaaatacGTGATCGTCGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATATAACGGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACTGGTGATCTAACGGGTTGTCATTGTTTTCTGCTGGTTACAGCTACAGATGAGCAGTTTATTGTAGAGCAAACTGAGGCTGTTGATTTGCAGCCCGTTTAAAAAACCTTTGTCGTGTCATCAGCTCCTGTGTTATcaaggagacagaacagagagaacacagccTCACAGCTGACAGAGGAACATTGGCACTGACAGATAAACACTATAGGAAATTGTTTTCTGTGTTCGAAGACACATTTTAACTGTGTTTCTACCTTCGTGTGCTATTATATGAAATGACAGGATGTTGTGTTGCAAGAACGCCAAAGCAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAGAAACATGGATAATGTCCCAGTGAAGACCCAAAAACGTGGATAATGTCCCAGCGAAGACCCAGAACGCCACAGCAACATGGGTAATGTCCCAGTGAAGAACCTTACAGGGGATAACTGTCTCGCTGCGATTAAACATTAAGGTTAACAATAAGAAGAAGAGTTATTATTCTTATCGAGATATTTTAAGTCACACTAGAAAATATCAAACAAATATCAAAACAGATAGAAAGTCAAACATAGGGAGGAGAAAGTGCAAATATTTTGGCGCCACTTCTTGTTTTGTTTTCTCTTGTTTTTTTTCCATTCTTCTTTTTGTACAGGAACTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTTTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTGTCTGCTCCATCTTTCTCTTTACTGTCAGTCAGAAAGCGCACAGATGCCTTCCCTCTGTTCTAACCCTTCCCTCTGTTCTAACT

Function

symbol description
smoc1 Predicted to enable calcium ion binding activity and extracellular matrix binding activity. Acts upstream of or within optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development. Predicted to be located in extracellular region. Is expressed in brain; head; optic cup; optic vesicle; and pectoral fin. Human ortholog(s) of this gene implicated in microphthalmia with limb anomalies. Orthologous to human SMOC1 (SPARC related modular calcium binding 1).

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1886050 False 3591 lncRNA 0.42 11 63973979 64019874
TU1886051 False 2941 lncRNA 0.40 4 63973979 63977831
TU1886052 True 2642 lncRNA 0.40 3 63973979 63977831

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110514319 rbm25 coding upstream 254969 63648369 ~ 63719010 (+)
plek2 plek2 coding upstream 408495 63557803 ~ 63565484 (+)
LOC110498294 LOC106599381 coding upstream 439276 63506786 ~ 63534703 (+)
fbln5 fbln5 coding upstream 473807 63435324 ~ 63500172 (+)
LOC110498409 LOC106592792 coding upstream 559397 63380908 ~ 63414582 (+)
ccdc177 LOC106586969 coding downstream 173635 64193509 ~ 64201734 (+)
LOC118941525 NA coding downstream 182346 64202220 ~ 64215617 (+)
LOC118941526 NA coding downstream 195412 64215286 ~ 64220569 (+)
LOC118941371 NA coding downstream 461553 64481427 ~ 64482263 (+)
LOC118941527 ERH coding downstream 520411 64540285 ~ 64552914 (+)
G1648221 NA non-coding upstream 15120 63958620 ~ 63958859 (+)
G1648174 NA non-coding upstream 58780 63914566 ~ 63915199 (+)
G1648170 NA non-coding upstream 63779 63909603 ~ 63910200 (+)
G1648115 LOC106591229 non-coding upstream 102042 63868825 ~ 63871937 (+)
G1648111 NA non-coding upstream 110379 63854961 ~ 63863600 (+)
G1648245 NA non-coding downstream 1606 64021480 ~ 64022657 (+)
G1648253 NA non-coding downstream 18183 64038057 ~ 64038537 (+)
G1648261 NA non-coding downstream 33266 64053140 ~ 64053731 (+)
G1648281 NA non-coding downstream 68743 64088617 ~ 64089441 (+)
G1648295 NA non-coding downstream 107837 64127711 ~ 64129427 (+)
G1647477 NA other upstream 769922 63202756 ~ 63204057 (+)
G1647411 NA other upstream 896836 63075149 ~ 63077143 (+)
G1647342 NA other upstream 955291 63016955 ~ 63018688 (+)
srsf5a LOC106611464 other upstream 1480260 62486921 ~ 62493719 (+)
G1648296 NA other downstream 108334 64128208 ~ 64129068 (+)
G1648608 NA other downstream 960490 64980364 ~ 64980943 (+)
G1649268 NA other downstream 1441899 65461773 ~ 65463454 (+)
G1649291 NA other downstream 1524503 65544377 ~ 65545055 (+)
G1649309 NA other downstream 1558565 65578439 ~ 65582582 (+)

Expression


Co-expression Network